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planemo upload for repository https://github.com/Helmholtz-UFZ/ufz-galaxy-tools/blob/main/tools/dfast/ commit ceec7eb1afdcdebbbc145e7fe9fa5a38dafcd9b0
| author | ufz |
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| date | Wed, 16 Apr 2025 10:58:18 +0000 |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dfast.xml Wed Apr 16 10:58:18 2025 +0000 @@ -0,0 +1,245 @@ +<tool id="dfast" name="DFAST" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@" profile="24.0" license="MIT"> + <description>DDBJ Fast Annotation and Submission Tool</description> + <macros> + <token name="@TOOL_VERSION@">1.3.6</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token> + </macros> + <xrefs> + <xref type="bio.tools">dfast</xref> + </xrefs> + <requirements> + <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">dfast</requirement> + </requirements> + <version_command>dfast --version | cut -d" " -f3</version_command> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ + dfast + --genome '$genome_x' + --dbroot '$dbroot.fields.path' + #if $organism != '' + --organism '$organism' + #end if + #if $strain != '' + --strain '$strain' + #end if + + ## Genome settings + $genome.complete_cond.complete + #if $genome.complete_cond.complete + $genome.complete_cond.fix_origin + #if $genome.complete_cond.fix_origin + --offset $genome.complete_cond.offset + #end if + #end if + $genome.use_original_name + $genome.sort_sequence + --minimum_length $genome.minimum_length + + ##Locus_tag settings + --locus_tag_prefix $locus_tag.locus_tag_prefix + --step $locus_tag.step + $locus_tag.use_separate_tags + + ##Workflow option + ## --threshold $workflow.threshold_pident,$workflow.threshold_q_cov,$workflow.threshold_s_cov,$workflow.threshold_evalue + --aligner $workflow.aligner + $workflow.cds_method_cond.cds_method + #if $workflow.cds_method_cond.cds_method == "use_genemarks2" + $workflow.cds_method_cond.use_genemarks2 + #end if + $workflow.use_trnascan + $workflow.use_rnammer + --gcode $workflow.gcode + $workflow.amr + #if $workflow.gff + --gff '$workflow.gff' + #end if + $use_locustag_as_gene_id + --cpu "\${GALAXY_SLOTS:-1}" + ]]></command> + <inputs> + <param argument="--genome_x" type="data" format="fasta,fasta.gz" label="Genome"/> + <param argument="--dbroot" type="select" label="DFAST reference database" > + <options from_data_table="dfast"> + <validator type="no_options" message="Ne reference data available. Contact you Galaxy admin"/> + </options> + </param> + <param argument="--organism" type="text" value="" label="Organism name"> + <validator type="regex">[0-9a-zA-Z_ \-]*</validator> + </param> + <param argument="--strain" type="text" value="" label="Strain name"> + <validator type="regex">[0-9a-zA-Z_ \-]*</validator> + </param> + <section name="genome" title="Genome settings"> + <conditional name="complete_cond"> + <param argument="--complete" type="boolean" truevalue="--complete t" falsevalue="--complete f" checked="false" label="Treat the query as a complete genome" help="Not required unless you need INSDC submission files"/> + <when value="--complete t"> + <param argument="--fix_origin" type="boolean" truevalue="--fix_origin" falsevalue="" checked="false" label="Rotate/flip the chromosome so that the dnaA gene comes first" /> + <param argument="--offset" type="integer" min="0" value="0" label="Offset from the start codon of the dnaA gene"/> + </when> + <when value="--complete f"/> + </conditional> + <param argument="--use_original_name" type="boolean" truevalue="--use_original_name t" falsevalue="--use_original_name f" checked="false" label="Use original sequence names" help="in a query FASTA file" /> + <param argument="--sort_sequence" type="boolean" truevalue="--sort_sequence t" falsevalue="--sort_sequence f" checked="true" label="ort sequences by length" /> + <param argument="--minimum_length" type="integer" min="1" value="200" label="Minimum sequence length"/> + </section> + <section name="locus_tag" title="Locus_tag settings"> + <param argument="--locus_tag_prefix" type="text" value="LOCUS" label="Locus tag prefix"> + <validator type="regex">[0-9a-zA-Z_]+</validator> + <validator type="empty_field"></validator> + </param> + <param argument="--step" type="integer" min="1" value="10" label="Increment step of locus tag"/> + <param argument="--use_separate_tags" type="boolean" truevalue="--use_separate_tags t" falsevalue="--use_separate_tags f" checked="true" label="Use separate tags according to feature types" /> + </section> + + <section name="workflow" title="Workflow options"> + <!-- Disabled for now since it overwrites the thresholds for all steps, which all have different defaults + for more configurability we could use https://github.com/nigyta/dfast_core/blob/9d3b6d8255344e7b7174bd71fed8be26534990a5/dfc/default_config.py#L216 + <param name="threshold_pident" type="integer" min="0" max="100" value="0" label="Percent identity threshold"/> + <param name="threshold_q_cov" type="integer" min="0" max="100" value="70" label="Query coverage threshold"/> + <param name="threshold_s_cov" type="integer" min="0" max="100" value="70" label="Subject coverage threshold"/> + <param name="threshold_evalue" type="text" value="1e-5" label="Evalue threshold"> + <validator type="regex">1e-[0-9]+</validator> + </param> --> + <!-- \-\-references --> + <param argument="--aligner" type="select" label="Aligner"> + <option value="ghostx">ghostx</option> + <option value="blastp">blastp</option> + <option value="diamond">diamond</option> + </param> + <conditional name="cds_method_cond"> + <param name="cds_method" type="select" label="CDS prediction method"> + <option value="">MGA</option> + <option value="--use_prodigal">Prodigal</option> + <option value="--use_genemarks2">GeneMarkS2 (--use_genemarks2</option> + </param> + <when value=""></when> + <when value="--use_prodigal"></when> + <when value="--use_genemarks2"> + <param argument="--use_genemarks2" type="select" label="" help="TODO"> + <option value="auto">auto</option> + <option value="bact">bact</option> + <option value="arch">arch</option> + </param> + </when> + </conditional> + <param argument="--use_trnascan" type="select" label="tRNA prediction method"> + <option value="">Aragorn</option> + <option value="--use_trnascan bact">tRNAScan bacteria</option> + <option value="--use_trnascan arch">tRNAScan archaea</option> + </param> + <param argument="--use_rnammer" type="select" label="rRNA prediction method"> + <option value="">Barrnap</option> + <option value="--use_rnammer bact">RNAmmer bacteria</option> + <option value="--use_rnammer arch">RNAmmer archaea</option> + </param> + <param argument="--gcode" type="select" label="Genetic code"> + <option value="4">The Mold, Protozoan, and Coelenterate Mitochondrial Code and the Mycoplasma/Spiroplasma</option> + <option value="11" selected="true">The Bacterial, Archaeal and Plant Plastid Code</option> + </param> + <param name="disable_functional" type="select" optional="true" label="Disable functional annotation steps"> + <option value="--no_hmm">Disable HMMscan</option> + <option value="--no_cdd">Disable CDDsearch</option> + <option value="--no_cds">Disable CDS prediction</option> + <option value="--no_rrna">Disable rRNA prediction</option> + <option value="--no_trna">Disable tRNA prediction</option> + <option value="--no_crispr">Disable CRISPR prediction</option> + </param> + <param argument="--amr" type="boolean" truevalue="--amr" falsevalue="" checked="false" label="Enable AMR/VFG annotation" help="for plasmid-derived contigs" /> + <param argument="--gff" type="data" optional="true" format="gff3" label="Structural annotation" help="Ignores --use_original_name, --sort_sequence, --fix_origin"/> + </section> + <param argument="--use_locustag_as_gene_id" type="boolean" truevalue="--use_locustag_as_gene_id" falsevalue="" checked="false" label="Use locustag as gene ID for FASTA and GFF" help="Useful when providing DFAST results to other tools such as Roary" /> + <param name="outputs" type="select" multiple="true" label="Outputs"> + <option value="statistics" selected="true">Statistics</option> + <option value="cds">Coding sequences (nucleotide)</option> + <option value="protein">Proteins (aminoacid)</option> + <option value="embl">Annotation (embl)</option> + <option value="gbk">Annotation (gbk)</option> + <option value="gff" selected="true">Annotation (gff)</option> + <option value="pseudogene">Pseudogene summary</option> + <option value="rna">RNAs</option> + <option value="ddbj_annotation"> DDBJ annotation file</option> + <option value="ddbj_sequence">DDBJ sequence file</option> + </param> + </inputs> + <outputs> + <data name="statistics" format="tabular" from_work_dir="OUT/statistics.txt" label="${tool.name} on ${on_string}: Statistics"> + <filter>outputs and "statistics" in outputs</filter> + </data> + <data name="cds" format="fasta" from_work_dir="OUT/cds.fna" label="${tool.name} on ${on_string}: Coding sequences"> + <filter>outputs and "cds" in outputs</filter> + </data> + <data name="embl" format="embl" from_work_dir="OUT/genome.embl" label="${tool.name} on ${on_string}: annotation (embl)"> + <filter>outputs and "embl" in outputs</filter> + </data> + <data name="gbk" format="genbank" from_work_dir="OUT/genome.gbk" label="${tool.name} on ${on_string}: annotation (gbk)"> + <filter>outputs and "gbk" in outputs</filter> + </data> + <data name="gff" format="gff3" from_work_dir="OUT/genome.gff" label="${tool.name} on ${on_string}: annotation (gff)"> + <filter>outputs and "gff" in outputs</filter> + </data> + <data name="protein" format="fasta" from_work_dir="OUT/protein.faa" label="${tool.name} on ${on_string}: Protein sequences"> + <filter>outputs and "protein" in outputs</filter> + </data> + <data name="pseudogene" format="tabular" from_work_dir="OUT/pseudogene_summary.tsv" label="${tool.name} on ${on_string}: Pseudogene summary"> + <filter>outputs and "pseudogene" in outputs</filter> + </data> + <data name="rna" format="fasta" from_work_dir="OUT/rna.fna" label="${tool.name} on ${on_string}: RNAs"> + <filter>outputs and "rna" in outputs</filter> + </data> + + <data name="ddbj_annotation" format="txt" from_work_dir="OUT/ddbj/mss.ann" label="${tool.name} on ${on_string}: DDBJ annotation file"> + <filter>outputs and "ddbj_annotation" in outputs</filter> + </data> + <data name="ddbj_sequence" format="txt" from_work_dir="OUT/ddbj/mss.fasta" label="${tool.name} on ${on_string}: DDBJ sequence file"> + <filter>outputs and "ddbj_sequence" in outputs</filter> + </data> + </outputs> + <tests> + <test expect_num_outputs="2"> + <param name="genome_x" value="test.genome.fna" ftype="fasta"/> + <param name="outputs" value="statistics,pseudogene"/> + <output name="statistics"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="12"/> + <has_n_columns n="2"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="pseudogene"> + <assert_contents> + <has_n_lines n="7"/> + <has_n_columns n="11"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + <test expect_num_outputs="4"> + <param name="genome_x" value="test.genome.fna" ftype="fasta"/> + <param name="outputs" value="cds,protein,gff,rna"/> + <output name="cds"> + <assert_contents> + <has_n_lines min="1"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="protein"> + <assert_contents> + <has_n_lines min="1"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="gff"> + <assert_contents> + <has_n_lines min="1"/> + </assert_contents> + </output> + <output name="rna"> + <assert_contents> + <has_n_lines min="1"/> + </assert_contents> + </output> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ + DFAST is a flexible and customizable pipeline for prokaryotic genome annotation as well as data submission to the INSDC. + ]]></help> + <citations> + <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btx713</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data.sh Wed Apr 16 10:58:18 2025 +0000 @@ -0,0 +1,9 @@ +#!/bin/bash + +set -ex + +wget https://dfast.annotation.jp/dfast_core_db.tar.gz +tar -xvf dfast_core_db.tar.gz +mv db/ test-data/ +rm dfast_core_db.tar.gz +tree . \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/dfast.loc Wed Apr 16 10:58:18 2025 +0000 @@ -0,0 +1,3 @@ +# Format: +# value name version path +dfast dfast today ${__HERE__}/db/ \ No newline at end of file
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/test.genome.fna Wed Apr 16 10:58:18 2025 +0000 @@ -0,0 +1,74 @@ +>BBJM01000093.1 +CTGGTTTTGGAATTTTTCAGAATCCAACAGATACCCGAACCTTTATTCCATTTATTACCCAACTTAATTCACGAAACCATTTAGGTAAATATATTGTGGCAGATGCAGGATACGGATCTAAACCAAACTANNNNNTTGTAGAAGATGAATTATCAGATTGTGAATCATTAATCCCCTACGGGACTATGCTCAGAGAAAAAAGTCGAAAGTGGCAATCGGATGACCGTAAGGTTATGAACTGGAACTACGTTGAAAATGATGATTACTACATTGATCCTAAAGGTGTACGATTTAACTTTTTGC +>BBJM01000092.1 +GAGGTCGCTACATCGAATAAACTGCGTTGAAATTCCTTGTTTACACCCTTCAATTCCAATGGCGGTGGCTAGGTGAGTCTTACCGACACCGGAGGTGCCGATAAACAAAATGTTTTGATTCTCTTGGGTAAANNNNNNTGATCCTAAGTCCTCAATTGTCCCTTGGTTAATTCCTGGTTGATAGCTAAAGTCAAAGTCAGCTAACGTCTTTTCATATGGAAAGCGGGCTAGTTTAATTCTCAAATTAATCTTTTTTTGTTCCCGGTATTTAAGCTCAGCCGTTGTCAATTCGAATAAGGCATCACT +>BBJM01000091.1 +TAGATATAGTTTCCATGCAAATTTCAAAATCCGATATTCTTTACTATCCTTGTCATATTGTTTCATCAAATGTGTTCTTGTTTGATTAAATGAGCGGGTCATCATTGAGACAATATGAAAACGATCCACAATTATTTCTGCATTTGGAAACATCTGCTTGGCAATTGTCAACGCCGATGTGAAAATGTCGTTTTTTGCCGATTAAAAAATGCTGTTTTTTACCGATAAGGTTTACAGTGTCTCACTGCTCCTTTCTTTATTTTGTGAGCTGAAACCTGATAAATCAGGTCCAGAATTATCCTTCTTTT +>BBJM01000090.1 +AGATACGGTGCTTTCTAGTCGAAGTGAGTCACGATCATGTCTGGTTACATTCGTAGAACGTAAGACCCGACTTCTATGGGCCATCAAAGCCCCTAATAGAACGGCTAAGGCTCTAAACACCGCCTTTGGCAAGTTTATAGGGGCCTTCGGTCCCCAAGTAAAATCCATTACTGTTGATCATGGTAAAGAGTTTGCCAATTATCAGGCCCTAGAACAGGATTATCAGATCAAAGTTTATTTTTGCCATCCATATTCACCATGGGAGCGAGGTTCCAATGAATATTTTAATAGACGGTTACGCTGGTTCT +>BBJM01000089.1 +ATTTGGAAACATCTGCTTGGCAATATCTTTGTAGTAGCTATTCAGGTCAATTGATACTGTTTTAACGCGATCTCTGACGCTTTGAGGAAACTTTCTAAAATACTCAATATGATTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGAATCGATCCGGAAGAATCTGTACGATTTCATGGTCACCATCACCATTAATACAAATAAAATGTAGCTGACCTTTAATGCTGTAAGCAACGGTTGTAAAATATTGGAAAATACCGATTAGAAAATGTCGGTTTTCCAACATTTTTTTACGGTAAACTAAACGCATCTCAAATTTGGAGGAACTGAAATGCGTTTAGATGT +>BBJM01000087.1 +GAACAGGGATTTAAAGTTAATCACAAACGCGTCCTCCGAATTATGAAGGAACAAGGCTGGACATGTCAGGCCTTTAATAAGCAAACTCGTAAATATAACTCATACAAAGGAGTTGTTGATAGAATCGCCAAAAACAAGTTACACCGGCGATTCAAGACAGATCGACCATATCAAAAACTTGTCGCCGACGTTAGTGAATTTCGATACGGTCAGATGAGTCAAAGTGAGCGAATCTATTTAGAGCCCATCATGGATTTATTTTCGGGTGAAATTTTGGCATTTAACATTAGTGCACATCCAACTCTTGAGTTTGCGTTGAAGCCACTAAA +>BBJM01000086.1 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+ATCACGAAAAATCAGCTCACGCGAAACCGTGACCTTAATTGATGATCTGAGGCGAGTCTTCAAAACGTCGATTAGTTTTATCCTCAAAGCCGTTAAGATACCACGTAGCACGTACTATTATACTAAGCACAGCCAGGGACGAAAATATGATGATGACCAGGTTATCCAAGCCATTGATGAAATTCGCCAAACAGATGCCAAGTATACTCAAAAATACGGTTACCGTCGCATAACGTTAGTTATGCATGAACAGGAATTTAAAGTTAATCACAAACGCGTCCTCCGAATTATGAAGGAACAAGGCTGGACATGTCAGGCCTTTAATAAGCAAACTCGTAAATATAACTCATACA +>BBJM01000083.1 +CGTACACGGGTTCGGGCCTCCAGTGCGTTTTACCGCACCTTCACCCTGGACATGGGTAGGTCACCTGGTTTCGGGTCTACATCTACGTACTGAAACGCCCGTTTCAGACTCGCTTTCGCTACGGCTCCGTCTTTTCGACTTAACCTTGCACGTAAACGTAACTCGCCGGTTCATTCTACAAAAGGCACGCTATCACCCATTAACGGGCTCTAACTAATTGTAGGCACATGGTTTCAGGAACTATTTCACTCCCCTTCCGGGGTGCTTTTCACCTTTCCCTCACGGTACTGGTTCACTATCGGTCACTAGGGAGTATTTAGCCTTGGGAGATGGTCCTCCCGGATTCCGACGGAGTTTCACGTGTTCCGCC +>BBJM01000082.1 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+CGGACAATCTCTTCCATGTCATCGCGAAGATAATTAAATCTTTTCAGTGAAATAGGGTGAGAACGAATTAATTCTCCGTTATAATAAACGTATAGAGTATTGTCATCATGTTTAATTTGTACGGTTTCGTCAATATATCTGATGGGGACGGAGTATTTCCGATTTTGAAAGACAATCATTGATTCCTTGCTAACTTTCCTTGCGATGGTGTGGCTGGCATAGGCATCGAGTAAGTCATGATCAAAATCATGGAGATACTCTTTTTCTTTATCAAGCAATAAATAAGGCGGAATTTGAGTCGCCTGAGACTTCTCATGATTCAGCTGATCACACGTCAAATGAACAATCTCGGCTAAGTCTAGCGGCTCTTCAAACTCATGGTTGTAAACTTTAATTCGCTGAGTAGTTCTGGCCAACGCCTCAACCTTTCCTTTGGTTTGTGGCCGAAACGGTCG +>BBJM01000079.1 +AAGAGAAGTTGTTTTACATTGGTCTAGTTACTCAGGGAATGGCTCCTAATGCCGTTCAAAGAAAATATGGAGTTGAACATAGTCAAGTAAGCCGATGGGTAAAGCGTTATGGATTACAGGGGATCGATGGCCTGCGGCATCGACTCATGGGAAAGTATCCAAGTGAATTGAAATTAAAAATAGTTCTGGAGTACCTAGAAGGACACAGTTCTTATCCTCGATTATGCGATAAATATAATATTCCTAACGTTAGTACTATCTATCAATGGGTTCATCAGTATACTAGTGGTAAACAACTCACCACTAGGAGTGTGAAACAAGTGAAAGATGGTCGGAAAACAACCCAGCTGGAACGTGTAGAAATTGTTCAATGGATTATAGCAAACGATATGGATTACTCACGCGCCATGAATAAGTACAACGTGTCATATGGTCAGGTTTACTCGTGGACTCGGAAGTTTAAACAAGGTGGACCAGAAGCCCTTGTCGATCGTCGTGGTAAGGGAAAGACTGTGCATGA 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