Mercurial > repos > pimarin > data_manager_fetch_plasmidfinder
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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/data_managers/data_manager_fetch_plasmidfinder commit 5c04f6f49deca3735a752e5ac29027ba9d5ff000-dirty
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--- a/data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml Fri Feb 17 08:04:44 2023 +0000 +++ b/data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 @@ -26,7 +26,7 @@ <param name="database_select" value="latest"/> <output name="output_file" value="plasmidfinder_test_data_manager_latest.json"> <assert_contents> - <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date":\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name":\ "c18e08c17a59_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path":\ "plasmidfinder_database",\ "value":\ "plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-15"\}\]\}\}"/> + <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database"\:\ \[\{"date"\:\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name"\:\ "\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path"\:\ "plasmidfinder_database",\ "value"\:\ "plasmidfinder_\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w_\d\d\d\d-\d\d-\d\d"\}\]\}\}"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -35,7 +35,7 @@ <param name="database_select" value="2.1"/> <output name="output_file" value="plasmidfinder_test_data_manager_2.1.json"> <assert_contents> - <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date":\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name":\ "2.1_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path":\ "plasmidfinder_database",\ "value":\ "plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-15"\}\]\}\}"/> + <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date"\:\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name"\:\ "2.1_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path"\:\ "plasmidfinder_database",\ "value"\:\ "plasmidfinder_1307168b1ce7_\d\d\d\d-\d\d-\d\d"\}\]\}\}"/> </assert_contents> </output> </test>
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/plasmidfinder-db/INSTALL.py Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 @@ -0,0 +1,54 @@ +#!/usr/bin/python3 +import shutil, os, sys + +# This scripts installs the PlasmidFinder database for using KMA +# KMA should be installed before running this script +# The scripts is assumed to be located together with plasmidfinder's '.fsa' files +# +# First clone the repository: git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder_db.git + +# Check if executable kma_index program is installed, if not promt the user for path + +interactive = True +if len(sys.argv) >= 2: + kma_index = sys.argv[1] + if "non_interactive" in sys.argv: + interactive = False +else: + kma_index = "kma_index" + +while shutil.which(kma_index) is None: + if not interactive: + sys.exit("KMA index program, {}, does not exist or is not executable".format(kma_index)) + ans = input("Please input path to executable kma_index program or enter 'q'/'quit' to exit:") + if ans == "q" or ans == "quit": + print("Exiting!\n\n \ + Please install executable KMA programs in order to install this database.\n\n \ + KMA can be obtained from bitbucked:\n\n\ + git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git\n\n\ + KMA programs must afterwards be compiled:\n\n\ + gcc -O3 -o kma KMA.c -lm -lpthread\n\ + gcc -O3 -o kma_index KMA_index.c -lm") + sys.exit() + + kma_index = ans + + if shutil.which(kma_index) is None: + print("Path, {}, is not an executable path. Please provide absolute path\n".format(ans)) + + +# Index databases + +# Use config_file to go through database dirs +config_file = open("config", "r") +for line in config_file: + if line.startswith("#"): + continue + else: + line = line.rstrip().split("\t") + species = line[0] + # for each dir index the fasta files + os.system("{0} -i {1}.fsa -o {1}".format(kma_index, species)) +config_file.close() + +print("Done")
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/plasmidfinder-db/Inc18.fsa Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 @@ -0,0 +1,84 @@ +>repUS7_2_rep(pMG1)_AB206333 +ATGTTGAATAGTTGCGAGTATGCGGACGTTTTAGCTAAAATTCTTAAAAATGGAATTAAACAGTTTAATAGCAAAAATCTAGTTGCTTTTAAAAAGAATAGCAATAAGATTGGTGCTATTGCCGGATTTACTTCTAAAACAAACATGATAAAGACTAAAGGTCTTATATATCGTTCTATTGATCGTGTCTTGGAAGATTCAGATGTATTAACACACTGGACTCCTAACGTGTATTCATGGCTTGGTGGCGGTGAAAACAAAACAATTTTTGGTCACAAAGAAGCTAACTTAATTCAGATTAATACTTTTGTAGCAGATATTGACTATCCAGTAGGAGAAAAGAAAACGGATTTGAATTTACTAGTTCTTTATCTATTGGAAGAAGGGTTATTGCCTACACTGATTGTAGATACGCCAAAAGGTTATCATTGCTATTTTCTGATTCAAAACTATAACCAAGAAACTGATTCATTTGATAAGGCAAGCTATATTTCTAATTCAAATGATTTTAAATCTTTGAGAGTTGCTAAAAGAATATCAGAAAATATCAGAAAATCTATCCAAAATCGTTTACCACAAGTCGATATGGGCTGTAATCATTTTGGTATTTTTAGATTTCCAACTAAAAAAAATATTGTACATTATGAACCTAATTTCGTAGATACGTTTGAAGGGTATTTGAAATGGTCAAAAGACTTTGAAGAAAAAGAATATGCTTTAAAGAGGTCTAACTTGTCATTATTAGCTCCTAATTCTACTGGCAAGAAAGGGTCTAAACGACAAATTGATACTAAATGGTACGACTTTTTAATTCATACGGATATTGCTGAAGGAGATAGAAATAAAACTATTTTTACCTTAGCCCTGGCATGTAAATCAAGTGGCTTATCTATTGGCGAGTGTATGGATCAATTGGATCAACTTCAATTCAATAATGATTTGTCCTATTCTGAAGTTGAGAGAACAATAAGAAGTGCTTATCGTGGCGATTACAAAGGTGCTAAAAGTTCATATGTCAATGAAATTATCGAAAATTATGCTACACCTACCGAGTTTGAAAAATACTCAATAAATGTAAATAGACAAGCTGTTAAACGTAAAGGGAATCGTGTCGATCCGTCTAATTGGGTGAAATTTGCTAAACCTAGAGAAGAACGAAAATATAGTCATTTTGAAGAAAGTAAAGCTGATTTATTAGCTTACTTAGAAAGAAAACAAAGATCATTGAAAAAAAATGAGTTGTTTTTAAGTGTCTCTATGGGAACTATATCTGAAGAAACACAAATTCCTGTATCTACGTTAAAGGTGATTTTAAAAGAGCTTAGAACGGCGAATACAGTGATATTACGAACGTCTCGTGGTCGGTATGGATCGACTAAAATAGCAACAAGCAAATTTGTGGAAGCTAAAATATTAAATACAGTTATTCAGAATAAAAAAGATAAACAAGTATTTGTCTTAGAATTATTAGGAACAGCAAATAGCCACGTAGAAACGATTTTAAGACGTTATGAAGACAAAACAGTACCGTTCCATGCGAACATACTGAAAGAAAGAGAAAAGAGCAAACATGCGCCAATTAGAGGAGCTAATACAGGTTAG +>repUS7_1_rep(pHTbeta)_AB183714 +atgttgaatagttgcgagtatgcggacgttttagctaaaattcttaaaaatggaattaaacagtttaatagcaaaaatctagttgcttttaaaaagaatagcaataagattggtgctattgccggatttacttctaaaacaaacatgataaagactaaaggtcttatatatcgttctattgatcgtgtcttggaagattcagatgtattaacacactggactcctaacgtgtattcatggcttggtggcggtgaaaacaaaacaatttttggtcacaaagaagctaacttaattcagattaatacttttgtagcagatattgactatccagtaggagaaaagaaaacggatttgaatttactagttctttatctattggaagaagggttattgcctacactgattgtagatacgccaaaaggttatcattgctattttctgattcaaaactataaccaagaaactgattcatttgataaggcaagctatatttctaattcaaatgattttaaatctttgagagttgctaaaagaatatcagaaaatatcagaaaatctatccaaaatcgtttaccacaagtcgatatgggctgtaatcattttggtatttttagatttccaactaaaaaaaatattgtacattatgaacctaatttcgtagatacgtttgaagggtatttgaaatggtcaaaagactttgaagaaaaagaatatgctttaaagaggtctaacttgtcattattagctcctaattctactggcaagaaagggtctaaacgacaaattgatactaaatggtacgactttttaattcatacggatattgctgaaggagatagaaataaaactatttttaccttagccctggcatgtaaatcaagtggcttatctattggcgagtgtatggatcaattggatcaacttcaattcaataatgatttgtcctattctgaagttgagagaacaataagaagtgcttatcgtggcgattacaaaggtgctaaaagttcatatgtcaatgaaattatcgaaaattatgctacacctaccgagtttgaaaaatactcaataaatgtaaatagacaagctgttaaacgtaaagggaatcgtgtcgatccgtctaattgggtgaaatttgctaaacctagagaagaacgaaaatatagtcattttgaagaaagtaaagctgatttattagcttacttagaaagaaaacaaagatcattgaaaaaaaatgagttgtttttaagtgtctctatgggaactatatctgaagaaacacaaattcctgtatctacgttaaaggtgattttaaaagagcttagaacggcgaatacagtgatattacaaacgtctcgtggtcggtatggatcgactaaaatagcaacaagcaaatttgtggaagctaaaatattaagtacagttattcagaataaaaaagataaacaagtatttgtcttagaattgttaggaacagcaaatagtcacgtagaaacgattttaagacgttatgaagacaaaacagtaccgttccatgcgaacatactgaaagaaagagaaaagagcaaacatgcgccaattagaggagctaatacaggttag +>repUS24_1_rep(pZB18)_AB611033 +ATGTTGGATCGACAAGCATACATGGATGTCTTAGAAGGCATTTTAAAAGATGGATTGCAAAAATTTAATAGCAAAAATGTTATGCCTTTAAATAAGTCTGTTAACAAAAAAGGAGCTATTGTAGGCTTTGAATCAAAAGGTCGTTTGATTCAAAGCCAAGGTATAATCTATCGATCTCTTGAAAAACTTTACGCTGATAGCGAATTATTGACACATTGGACTCCTAATGTTTTCTCATGGATTGGTGGGGGAAAAGGGCAATCAGTTTGGGGGCATAGAGAGGATAATTTAATTCAAATAAATACATTTGTTGCTGATATTGATTTCCTTGACAAGAAAGACAAAATCAGTTTGAACAGCCTTGTTCTTTATCTACTGGAAGAAGGTCTTTTACCATATCTTATTTTAGATACACCAAAAGGGTATCATGCTTATTTTCTAATTAAAAACTATAACGAAGAGTCAAGAGAGTACGACAAGGCAAGTTATATTTCAAATGCGAATGGTTATAAATCGCTCCATGTTGCTAAAAGAATATCTGAAAATATAAGAAAAGCAATTAAAAATAGACTTCCAGAAGTTGATATGGGGTGCAATCATTTTGGCGTATTTCGGTTTCCTACACCTCGTAATATTGTGCATTTTGAACCTAATTTCACAAATACCTTTGAGGGATATTTAGAGTGGTCAAAAGAGTTTGAGAGAAAAGAAAAAGAAAAGAAAAAAGGAAATATGACTGTACTCTCAAATAAAACTAGGATTAAGTCTAACTTTCGCCAGATCGATACAAAATGGTACGACTACCTTATTCATGCAGATATTGAAGAAGGGGATCGGAATAGTGTTATTTTTACACTTTCATTGGCCTGCAAACAAAGCGGATTATCAATGGAGCAATGTATTGATCAAATGGATCAAATTGAGTTTAAAAATGATTTGAGTAATAAAGAAGTTCAAAGAACAATAAAGAGTGCATATGAGGGAGCGTATTCGGGAGCTAAAGGCTTTTATATTAACGAACTTTTGGAGAAATATACTACACCTAGTCAATTCAAAAAATACGCTGTCGCTACAGAGAATAAGATGGTTCATAAAAGAAAAGGCAATCGTGTTGATCCATGCTATTGGGTTAAATTTGCCAAAAATAGAGAAGAACGTACCTATAGCCATTTTAGTGAAAGTCAAGATGATTTGATGGCTTATTTGAAAAGCAAAGAAAAGCAGTTAAATGAAAACCAGCTGTATTTAGAGTTGAATATGGTCAATTTATCTGAAGAAACTAAGATTCCTTTATCTACGTTAAAAGTAATAATAAAAGAGCTGAAACAGGATAAAGATATAATTGTGAAAACTAAGCGTGGCCGGAATGGCAGTACAAAGATCGCAACGAGAAGATTTGTCGAAGTCAAGGTTTTAATGGCTGTCATAAGCCGTAACAAGGGAAATAAACTGTTTGCTACAGAATTACTAGAGAAAGATGAACAAACGCTTGTAGAAGAAATTATAAGCCGATATGAGAATAAAGCATTACCTTTTAGTGTAGATAAAGAAAAAGTTCAGAGAGAAAAAATTGCACCAATTAGAGGAGCTACAGGTTAA +>repUS25_1_LMIVRS16815(pLMIV)_NZ_CM001470 +ATGAATTCAAAATTGAATGAAATTGATTTATATACATACTCAGCTGTAATCTCTACAGTAGTTAAAGAAGGTATTACTGCATTTCGTAAGAAAAAAAGTAACGGCGTTTTGTCTATTCAACAACACTTTGCAGAATTAGAAGCTACACATGGTCATCGAAAAGGTGTGCAATTTGTTGTGCGTCAAAAAGAAGACTTGCAGCGTAAGCAAGGTGTTCGCGGATTTATCGTTACGAGTCAAGAAGCACTAATCCATGAAGCTAATAAAATTACACATTGGACTCCAAATGTTTTCAGATGGGGAACATATAGTGATCAACAACGAAAGTTCATTAAAGGTCATTCAGAAGATAATCTTCAACAAATCAATACATATGTCATCGATGTGGATACCAACAAAGTCGATGTGGCAGCGCTTATTATGGCATCGATGAAAATACTCAATCAAACACCCACATTTATTTTAAAAACAAACCAAGGTTTTCAGTTGTATTTTGTGCTAGAAAATCCTGTCTTCATCAGCAATACAAATAACTTTAAAAGTCTACGGGTGGCGAAACGTATTGCAACAAACTTAAAACATGCGTTTGCTGAAGAGTTACCGCATGTGGATCGAGGCTGCAATGATTTTGGCTTTTTCCGTGCGCCGAACACAGAAAATATTATTTTTGAAAACTTGGCCAATCAATTCAACTATAAGGAATTAATGTCCTGGTCGAAAATTTACTCACACAAACACAATAAGCCTGGATTAAAAGTAGTTCAATCACAAGATTCTTATGCAATTGCAACGAATCAATCTTGGTTTCAACAACTAGTTCAACTAACGAATATAAAAGGGCGGAAAGGACAGTTCGGAAGAAACAATGCGGTCTTTACACTAGCGCTTGCATGCTATTCTTCAGATAAAAGCTATGAAGAAGCATACGATTTCTTAGATGAATTCAATACAAATTTACAAGACTCTCTCTCTCAAAGAGAAATCGAACGTGTGTTAAAAAGCGCGTATTCCGGTAAATACAAGGGAGCTAGTTTAGAGTACATCAAGGGAATAATAGAAAGTTATCAAACTGATAGCGAAATGAAGCGTTCTACAGCATTTATCTTTGAACAGACGGGTAATCGGGTGTTTAGAAAGCACAGAAAAGCTCGGGAAAATCGCACGTACTCTCATTTCGAGGAGTGGGAAACGGATTTGGAAGAATACTTGCAAGCCACTATTCTCCCAGGACAAACATTTGCAGAAAAATCTCAAAGAGAACTTGCTGAAGAAACAAAAATACCTTTAGCCACGTTAAAAAAAATACTCAAGCACTCCAAACGAATTATTTCTAAGGTAGAAGGTAGAGGAAGAACAGCAAGAACATTAATATCAACAGTAGCTATTGTTGTCGAAGCAGCTATTCGTCACGCAATTACTAAAAAGCACGATCAAAGTGAAAAATACATTAGTTTTTTAGCAACTTTTACTGAAGCTGCGAAGTATATTACACGTAAAATCGATACAGATACACCTACGACAACAGCTCAGAACACCATTTTAGCGGCTTTACCTACAGGGGATAGCGCAAGTCGACAGATGTTTTTATTACTCGACAAGGTGTACAGAAGTAGGTCAAGTACTCTAATTTTTAAGAAGGCTGGCACTTAA 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