Mercurial > repos > galaxyp > openms_idposteriorerrorprobability

comparison generate.sh @ 18:6daaa75ccb99 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproteomics/tools-galaxyp/tree/master/tools/openms commit 6e7368b7f178fbd1f08c28eea1b538add6943a65-dirty"
author galaxyp
date Sun, 13 Dec 2020 15:03:50 +0000
parents 6f6c1cb968a0
children 2ad1b4ec3e5e
comparison
equal deleted inserted replaced
17:6f6c1cb968a0 18:6daaa75ccb99
4 FILETYPES="filetypes.txt" 4 FILETYPES="filetypes.txt"
5 PROFILE="20.05" 5 PROFILE="20.05"
6 ## FILETYPES_RE=$(grep -v "^#" $FILETYPES | grep -v "^$" | cut -f 1 -d" " | tr '\n' '|' | sed 's/|$//'| sed 's/|/\\|/g') 6 ## FILETYPES_RE=$(grep -v "^#" $FILETYPES | grep -v "^$" | cut -f 1 -d" " | tr '\n' '|' | sed 's/|$//'| sed 's/|/\\|/g')
7 7
8 export tmp=$(mktemp -d) 8 export tmp=$(mktemp -d)
9 export tmp="/tmp/openms-stuff"
9 10
10 export CTDCONVERTER="$tmp/CTDConverter" 11 export CTDCONVERTER="$tmp/CTDConverter"
11 ############################################################################### 12 ###############################################################################
12 ## reset old data 13 ## reset old data
13 ############################################################################### 14 ###############################################################################
21 ## also creates 22 ## also creates
22 ## - conda environment (for executing the binaries) and 23 ## - conda environment (for executing the binaries) and
23 ## - the git clone of OpenMS (for generating the tests) 24 ## - the git clone of OpenMS (for generating the tests)
24 ## - ctd files 25 ## - ctd files
25 ############################################################################### 26 ###############################################################################
26 bash ./test-data.sh ./macros_autotest.xml 27 # bash ./test-data.sh ./macros_autotest.xml
27 28
28 ############################################################################### 29 ###############################################################################
29 ## get the 30 ## get the
30 ## - conda package (for easy access and listing of the OpenMS binaries), 31 ## - conda package (for easy access and listing of the OpenMS binaries),
31 ############################################################################### 32 ###############################################################################