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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/data_managers/data_manager_fetch_plasmidfinder commit 5c04f6f49deca3735a752e5ac29027ba9d5ff000-dirty |
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modified:
data_manager/plasmidfinder_fetch_database.py |
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| b |
| @@ -209,7 +209,3 @@ if __name__ == '__main__': main() - -plasmidfinder_download = DownloadPlasmidfinderDatabase() -plasmidfinder_download.download_database() -plasmidfinder_download.write_json_infos() \ No newline at end of file |
| b |
| diff -r 5ffc68b4ec04 -r e05fd47bcca6 plasmidfinder-db/.gitignore --- a/plasmidfinder-db/.gitignore Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| @@ -1,2 +0,0 @@ -*.b -*.name |
| b |
| diff -r 5ffc68b4ec04 -r e05fd47bcca6 plasmidfinder-db/INSTALL.py --- a/plasmidfinder-db/INSTALL.py Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| [ |
| @@ -1,54 +0,0 @@ -#!/usr/bin/python3 -import shutil, os, sys - -# This scripts installs the PlasmidFinder database for using KMA -# KMA should be installed before running this script -# The scripts is assumed to be located together with plasmidfinder's '.fsa' files -# -# First clone the repository: git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder_db.git - -# Check if executable kma_index program is installed, if not promt the user for path - -interactive = True -if len(sys.argv) >= 2: - kma_index = sys.argv[1] - if "non_interactive" in sys.argv: - interactive = False -else: - kma_index = "kma_index" - -while shutil.which(kma_index) is None: - if not interactive: - sys.exit("KMA index program, {}, does not exist or is not executable".format(kma_index)) - ans = input("Please input path to executable kma_index program or enter 'q'/'quit' to exit:") - if ans == "q" or ans == "quit": - print("Exiting!\n\n \ - Please install executable KMA programs in order to install this database.\n\n \ - KMA can be obtained from bitbucked:\n\n\ - git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git\n\n\ - KMA programs must afterwards be compiled:\n\n\ - gcc -O3 -o kma KMA.c -lm -lpthread\n\ - gcc -O3 -o kma_index KMA_index.c -lm") - sys.exit() - - kma_index = ans - - if shutil.which(kma_index) is None: - print("Path, {}, is not an executable path. Please provide absolute path\n".format(ans)) - - -# Index databases - -# Use config_file to go through database dirs -config_file = open("config", "r") -for line in config_file: - if line.startswith("#"): - continue - else: - line = line.rstrip().split("\t") - species = line[0] - # for each dir index the fasta files - os.system("{0} -i {1}.fsa -o {1}".format(kma_index, species)) -config_file.close() - -print("Done") |
| b |
| diff -r 5ffc68b4ec04 -r e05fd47bcca6 plasmidfinder-db/Inc18.fsa --- a/plasmidfinder-db/Inc18.fsa Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| b'@@ -1,84 +0,0 @@\n->repUS7_2_rep(pMG1)_AB206333\r\n-ATGTTGAATAGTTGCGAGTATGCGGACGTTTTAGCTAAAATTCTTAAAAATGGAATTAAACAGTTTAATAGCAAAAATCTAGTTGCTTTTAAAAAGAATAGCAATAAGATTGGTGCTATTGCCGGATTTACTTCTAAAACAAACATGATAAAGACTAAAGGTCTTATATATCGTTCTATTGATCGTGTCTTGGAAGATTCAGATGTATTAACACACTGGACTCCTAACGTGTATTCATGGCTTGGTGGCGGTGAAAACAAAACAATTTTTGGTCACAAAGAAGCTAACTTAATTCAGATTAATACTTTTGTAGCAGATATTGACTATCCAGTAGGAGAAAAGAAAACGGATTTGAATTTACTAGTTCTTTATCTATTGGAAGAAGGGTTATTGCCTACACTGATTGTAGATACGCCAAAAGGTTATCATTGCTATTTTCTGATTCAAAACTATAACCAAGAAACTGATTCATTTGATAAGGCAAGCTATATTTCTAATTCAAATGATTTTAAATCTTTGAGAGTTGCTAAAAGAATATCAGAAAATATCAGAAAATCTATCCAAAATCGTTTACCACAAGTCGATATGGGCTGTAATCATTTTGGTATTTTTAGATTTCCAACTAAAAAAAATATTGTACATTATGAACCTAATTTCGTAGATACGTTTGAAGGGTATTTGAAATGGTCAAAAGACTTTGAAGAAAAAGAATATGCTTTAAAGAGGTCTAACTTGTCATTATTAGCTCCTAATTCTACTGGCAAGAAAGGGTCTAAACGACAAATTGATACTAAATGGTACGACTTTTTAATTCATACGGATATTGCTGAAGGAGATAGAAATAAAACTATTTTTACCTTAGCCCTGGCATGTAAATCAAGTGGCTTATCTATTGGCGAGTGTATGGATCAATTGGATCAACTTCAATTCAATAATGATTTGTCCTATTCTGAAGTTGAGAGAACAATAAGAAGTGCTTATCGTGGCGATTACAAAGGTGCTAAAAGTTCATATGTCAATGAAATTATCGAAAATTATGCTACACCTACCGAGTTTGAAAAATACTCAATAAATGTAAATAGACAAGCTGTTAAACGTAAAGGGAATCGTGTCGATCCGTCTAATTGGGTGAAATTTGCTAAACCTAGAGAAGAACGAAAATATAGTCATTTTGAAGAAAGTAAAGCTGATTTATTAGCTTACTTAGAAAGAAAACAAAGATCATTGAAAAAAAATGAGTTGTTTTTAAGTGTCTCTATGGGAACTATATCTGAAGAAACACAAATTCCTGTATCTACGTTAAAGGTGATTTTAAAAGAGCTTAGAACGGCGAATACAGTGATATTACGAACGTCTCGTGGTCGGTATGGATCGACTAAAATAGCAACAAGCAAATTTGTGGAAGCTAAAATATTAAATACAGTTATTCAGAATAAAAAAGATAAACAAGTATTTGTCTTAGAATTATTAGGAACAGCAAATAGCCACGTAGAAACGATTTTAAGACGTTATGAAGACAAAACAGTACCGTTCCATGCGAACATACTGAAAGAAAGAGAAAAGAGCAAACATGCGCCAATTAGAGGAGCTAATACAGGTTAG\r\n->repUS7_1_rep(pHTbeta)_AB183714\r\n-atgttgaatagttgcgagtatgcggacgttttagctaaaattcttaaaaatggaattaaacagtttaatagcaaaaatctagttgcttttaaaaagaatagcaataagattggtgctattgccggatttacttctaaaacaaacatgataaagactaaaggtcttatatatcgttctattgatcgtgtcttggaagattcagatgtattaacacactggactcctaacgtgtattcatggcttggtggcggtgaaaacaaaacaatttttggtcacaaagaagctaacttaattcagattaatacttttgtagcagatattgactatccagtaggagaaaagaaaacggatttgaatttactagttctttatctattggaagaagggttattgcctacactgattgtagatacgccaaaaggttatcattgctattttctgattcaaaactataaccaagaaactgattcatttgataaggcaagctatatttctaattcaaatgattttaaatctttgagagttgctaaaagaatatcagaaaatatcagaaaatctatccaaaatcgtttaccacaagtcgatatgggctgtaatcattttggtatttttagatttccaactaaaaaaaatattgtacattatgaacctaatttcgtagatacgtttgaagggtatttgaaatggtcaaaagactttgaagaaaaagaatatgctttaaagaggtctaacttgtcattattagctcctaattctactggcaagaaagggtctaaacgacaaattgatactaaatggtacgactttttaattcatacggatattgctgaaggagatagaaataaaactatttttaccttagccctggcatgtaaatcaagtggcttatctattggcgagtgtatggatcaattggatcaacttcaattcaataatgatttgtcctattctgaagttgagagaacaataagaagtgcttatcgtggcgattacaaaggtgctaaaagttcatatgtcaatgaaattatcgaaaattatgctacacctaccgagtttgaaaaatactcaataaatgtaaatagacaagctgttaaacgtaaagggaatcgtgtcgatccgtctaattgggtgaaatttgctaaacctagagaagaacgaaaatatagtcattttgaagaaagtaaagctgatttattagcttacttagaaagaaaacaaagatcattgaaaaaaaatgagttgtttttaagtgtctctatgggaactatatctgaagaaacacaaattcctgtatctacgttaaaggtgattttaaaagagcttagaacggcgaatacagtgatattacaaacgtctcgtggtcggtatggatcgactaaaatagcaacaagcaaatttgtggaagctaaaatattaagtacagttattcagaataaaaaagataaacaagtatttgtcttagaattgttaggaacagcaaatagtcacgtagaaacgattttaagacgttatgaagacaaaacagtaccgttccatgcgaacatactgaaagaaagagaaaagagcaaacatgcgccaattagaggagctaatacaggttag\r\n->repUS24_1_rep(pZB18)_AB611033\r\n-ATGTTGGATCGACAAGCATACATGGATGTCTTAGAAGGCATTTTAAAAGATGGATTGCAAAAATTTAATAGCAAAAATGTTATGCCTTTAAATAAGTCTGTTAACAAAAAAGGAGCTATTGTAGGCTTTGAATCAAAAGGTCGTTTGATTCAAAGCCAAGGTATAATCTATCGATCTCTTGAAAAACTTTACGCTGATAGCGAATTATTGACACATTGGACTCCTAATGTTTTCTCATGGATTGGTGGGGGAAAAGGGCAATCAGTTTGGGGGCATAGAGAGGATAATTTAATTCAAATAAATACATTTGTTGCTGATATTGATTTCCTTGACAAGAAAGACAAAATCAGTTTGAACAGCCTTGTTCTTTATCTACTGGAAGAAGGTCTTTTACCATATCTTATTTTAGATACACCAAAAGGGTATCATGCTTATTTTCTAATTAAAAACTATAACGAAGAGTCAAGAGAGTACGACAAGGCAAGTTATATTTCAAATGCGAATGGTTATAAATCGCTCCATGTTGCTAAAAGAATATCTGAAAATATAAGAAAAGCAATTAAAAATAGACTTCCAGAAGTTGATATGGGGTGCAATCATTTTGGCGTATTTCGGTTTCCTACACCTCGTAATATTGTGCATTTTGAACCTAATTTCACAAATACCTTTGAGG'..b'AGGTCGTATAAATCGCTTAGAGTATTCTCAACAGATGAATGCTTTGGTGTTTGACCTTGATGCAGTAGGTAAAAATGAGTTAATTAATTTCTTTTCAAGAATAGGAAAAAAGCCAGGGCTAAGAACGCTTCCTCAGCCGACTTTTATTGTAATGAGTGGTACAGGTCTCCATATTTACTATGTATTTAAAGAACCTATTGTTTTATATCCAAATATTAGGCTTCAAATGAAGCAGTTAAAGTATGATTTAACCTTTAAAATGTGGGAGTATAAGGCAACTTCTCAAGAAAAACAGATACAGTATCAGTCAATCAATCAAGGTTTTAGAATGGTTGGTTCTAGAAATGATAAATATGACTTACCAGTAAAGGCTTTTAAAACTGGAGAGAGAGTTACTTTAGATTATATTAATTCTTATGCAGATGAAGAAAAAAATAGAGTAGATATAAATAAGCGATTTAGACCAACTCAATATAGTTTAGAAGAAGCAGAAGAGAAGTTTCCTGAGTGGTATGAGAGAGTAATTGTTCAAGGAGATAAGAGAGCTAAAAGATGGGATATAAAGAGAGATCTTTATGATTGGTGGTTAAGACAGTCTTATAAAGTTAAAGGTGGACATCGTTATTTTTATTTGATGTGTATGGCAATTTATGCTGTAAAGTGTAATATTCCAAAAAATGAAGTTCGAGAAGATATGTATAAAATTTTTGATGAATTAAAGGAAATAGAACATTCTAATCCTTTAGAAGAAGATGATATTAAATCAGCTTTAGAAACCTATGACAGACAATATTATAATTTTACCATTGATGACATTGTAAAATTAACAGATATCCCTATTGAAAAAAACAAAAGAAATTATAGAAAACAAGATCAACATTTAAAACTTGCAAGAGGACAATTAGAATTACTTAAAGAGATGGGAGAAGTAGAAGTAGGTAGACCTTCAAAAGAGAGTCTTGTTAGGGAATATTTAGAAGATAATCCTGAGCATTCTCCAACAAAAATAGCTAGAAATTTAGGAATCAGTCGTACAACAGTTTATAAATATATTTAG\r\n->repUS18_1_rep(pKKS825)_FN377602\r\n-ATGAGTAATAATATAAAGAATAAGAAGAAGAATTATAGGGAAGTAGAAGAGCTATTAGCTTTTCATTACCAAGAAATAGAAGGGGAAGAATTTTATAAATATATATTTCCTAATAATCAAGATGAAGGAGAAATGTCGGGAGATTATTCTAAACCTAATGCTATTTATTTATATAAGGATCCTAAAGATGAAGGCACAGAAAGGAAGTTAAGAAGAAGAATAATGCTTAATGATACCTGGGAAGAAGACTATAGAGAGTTTGTAGAGGATAATCCTATGACTTTATGTTCAGGTTTAGCTTATAGAGGTCGTATAAATCGCTTAGAGTATTCTCAACAGATGAATGCTTTGGTGTTTGACCTTGATGCAGTAGGTAAAAATGAGTTAATTAATTTCTTTTCAAGAATAGGAAAAAAGCCAGGGCTAAGAACGCTTCCTCAGCCGACTTTTATTGTAATGAGTGGTACAGGTCTCCATATTTACTATGTATTTAAAGAACCTATTGCTTTATATCCAAATATTAAGCTTCAAATGAAGCAGTTAAAGTATGATTTAACCTTTAAAATGTGGGAGTATAAGGCAACTTCTCAAGAAAAACAGATACAGTATCAGTCAATCAATCAAGGTTTTAGAATGGTTGGTTCTAGAAATGATAAATATGACTTACCAGTAAAGGCTTTTAAAACTGGAGAGAGAGTTACTTTAGATTATATTAATTCTTATGCAGATGAAGAAAAAAATAGAGTAGATATAAATAAGCGATTTAGACCAACTCAATATAGTTTAGAAGAAGCAGAAGAGAAGTTTCCTGAGTGGTATGAGAGAGTAATTGTTCAAGGAGATAAGAGAGCTAAAAGATGGGATATAAAGAGAGATCTTTATGATTGGTGGTTAAGACAGTCTTATAAAGTTAAAGGTGGACATCGTTATTTTTATTTGATGTGTATGGCAATTTATGCTGTAAAGTGTAATATTCCAAAAAATGAAGTTCGAGAAGATATGTATAAAATTTTTGATGAATTAAAGGAAATAGAACATTCTAATCCTTTAGAAGAAGATGATATTAAATCAGCTTTAGAAACCTATGACAGACAATATTATAATTTTACCATTGATGACATTGTAAAATTAACAGATATCCCTATTGAAAAAAACAAAAGAAATTATAGAAAACAAGATCAACATTTAAAACTTGCAAGAGGACAATTAGAATTACTTAAAGAGATGGGAGAAGTAGAAGTAGGTAGACCTTCAAAAGAGAGTCTTGTTAGGGAATATTTAGAAGATAATCCTGAGCATTCTCCAACAGAAATAGCTAGAAATTTAGGAATCAGTCGTACAACAGTTTATAAATATATTTAG\r\n->repUS11_rep(pTEF3)_AE016832\r\n-ATGAAAGTTTCTGACGTTATTTCAGTTATTTTAAAAAGTGGCATTCGTGAATACAAGTATTTAAACAGCAAAATTAAACCAATCGGCTATAAAGCTGAAGGGAAAAAAGGTGCTATTTTTGGGTTTAGATCAAAGGAGTTAATGACGGAATCTCGTGGAATCGTTCTTACTTCTCAAGAAGCCTTAGCTGAAAATGAAGATAAATTTACTCATTGGACCCCTAATGTTTATAGTTATGGTGCATATGCTGATGATAATAGAACTATTGTTAAAGGCCACAACGAAAGAAACTTGCAACAAATCAATACTTTTGTAATCGATTTTGATCGCTCACTAGGTGAAATATTAGATTCTCAAATGATTCTCGATGCTGCAATTGATCTGGAACTGATGCCAACGCTAATTTTAGAAACTCCAGGGGGATTTCAAGCGTATTTCATTCTTGAAAATGCCTGGTACATTTCTTCAAAAAATAATTATCAATCAATCGAAGTGGCCAAGAGAGTATCTGAAAATTTAAGAAAAGCATTTGCTGAAGTATTGCCTTCGGTCGATTTGGGGTGCAACCATTTTGGTATTGCACGTATTCCTAGAACAGACAATGTAGTCTATTACTACCCAGCACTGACACATGATATGCAACAACTAATCCAGTGGTCCATGAAATTTGAGCCAAAAAGAACACATAAAAAACCGAATCTTAATGTTGTTGCTGTAAAGATGAATCAGATTAAAGAGCAGTGGGTTAAAGTTTTAATTGATAATCCGCAAGTCGTCGGTACTAAAGGAAAACTAGGACGAAACAATGTAATTTTTACTTTATCTTTGGCTTACTATGCGTCAAAAATTGAACAAGACCGCTGTTTTGATGATATGGATGTATTCAACAGTTCTTTGAATTATCCTCTATCAGTTTCAGAAATAAAGAGAATTGTTAAGAGTGCTTACTCAGGTAAATATAAAGGCGCAAGCAAAACCTATGTGCAAGAACTAGTGTCAAATTGGGGATTAGAATCGTTATCTGAGGAAAAAATGTTTACACAGCAAAGAAATACTTGGTACAAATTTAAGAAGGAACGTCATAAAAGAAAAAAATCTCACCTTTCCGAATGGAAAAAAGATATTTTAGATTACCTTGAAACCCAGTGTTATAGATATCGACCTGAAGTTAGTATGAAGAAAACAGATTTGCAAGCGGCTGTTACTTTCAATGGGCAATCGATTCCTAAAAGATCACTTGACCGTGCACTACAAGAATTAGTGGCCGAAGGTAAATTATTTGTACAAACAAAAGCCGGTAGGGGTGGAGGACTAGTAGTTGCTACTCGGAAAGCATTAATTCGTACAGTTATTCAAGTAAAACAGCAAGTCAAATATGCTTATAAACAGGGTATTAAGACATTCTTTAAAGAAGCTGATATGTTAGTAAGACTGTTTGAACAAACTGATAAAAACAGTCAAAGAGCCAGAGAATACAAGCAATTAAAACTATGGAACACTGGATAA\r\n' |
| b |
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| b |
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\r\n-atgaatacagtacaaaaagctattgaattaatactacataaagggttacgaaaatataaatctaaaaattcgaaagctggactagtatctattgcacatcaagagaaatttgaaagcaaagtgttaaatgggaagaagaataaaaagggttcaatttttattactcgtaagaaagaagatttaagcgctaagtttgggactcgtggcgtagtattatcttctgaagaagctgtactggatcatgtaggacaggcttctcactggacacctaatgtatataattttggtacatatggtcaaaatggtcttcgtacaattgtagggcatacggaaaagaacctacaacaaattaactgttttgttattgatattgattcaaagtcattccctatgactgcgattaatgatgtggcattaaatgcaggttttggtgtaccgactatgattcttgaaacaacgaagggttatcaagtgtattatgtgttggataaagctgtgtacgtatcaaataacaagaactttatagctattaaatcagcgaaacgtatctctcaaaacttaagagaaatgtttgctgagagtttgccaaacgtggatttaacatgcaatcactttgggttcttcagaatgccttcagttcaaaatgttgtgatgttctttgaggaaaatgtgtatacattcaaggagttacaggagtggagcaagcgtcaagacgacaataagggaaatgaacagtttcataatgtgatagagagtccttttgctaaaaacactcctgtagagcaaccaaagcaaatggatgaactatggttcaaacaagtaattagttgtacaaatgtatctccaaaacaaacaaaggcagggcgaaacaatgcgatttttaccctttctttagcgtgtttccaaagtcaatatgctattaaagacacaatggacttaatggatcagtttaatagtaacctagagcaaccgctagatcacacagaggttagaggaattgttatgtctgcatactctggaaagtaccaggcagcacataaagattacatagagcgtttattacaaacatacggtgtgggtggacaagcttcagcttttcgtgcaccttcagtattgtggaagaaacataagaaacaacgtaaggatcgtgtgcgtagtcattggcatgaatgggaagctgacattattactttcttatccatgaattcaaaaaacaaacctgtgctatactttacacaatcagaactgtgcgaagcgcttaacattccccgcagcacattaaacacggttctaaagaagagtacaaaaatccataaaacggttgagggaaaagggaaaacagcaaaaacaggattttctacaatcggcatgctaattgcatttgcattaaaagaaaatggcaaaagaagagagagctatttaaactacttacaagggctatttcctcaaatgggtaatattcttggacaagcaaaaacaagtaacgccatagaagaacaagagacactttacagcatattagaagggctaccagctggttaa\r\n->rep3_2_rep165(pBMB165)_DQ242517 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|
| b |
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| b |
| @@ -1,13 +0,0 @@ -# Database configuration file - Describes the content of the database -# Each db consist of 1 file(s) with the following extensions: fsa -# Other important files are: notes.txt -#db_prefix name description -enterobacteriales Enterobacteriales Enterobacteriales -Inc18 Gram Positive Inc18 -NT_Rep Gram Positive NT_Rep -Rep1 Gram Positive Rep1 -Rep2 Gram Positive Rep2 -Rep3 Gram Positive Rep3 -RepA_N Gram Positive RepA_N -RepL Gram Positive RepL -Rep_trans Gram Positive Rep_trans |
| b |
| diff -r 5ffc68b4ec04 -r e05fd47bcca6 plasmidfinder-db/enterobacteriales.fsa --- a/plasmidfinder-db/enterobacteriales.fsa Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 |
| b |
| b'@@ -1,288 +0,0 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