Repository 'sirius_csifingerid'
hg clone https://eddie.galaxyproject.org/repos/tomnl/sirius_csifingerid

Changeset 5:b21082c0b9b7 (2019-08-01)
Previous changeset 4:901f09708f4b (2019-07-31) Next changeset 6:199293713c99 (2019-08-01)
Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/computational-metabolomics/sirius_csifingerid_galaxy commit 68d4c8427831853a6e0a307171f602c4f9a9bf71
modified:
sirius_csifingerid.py
sirius_csifingerid.xml
added:
test-data/CCMSLIB00000578155.msp
test-data/CCMSLIB00000578155_result.tsv
test-data/RP022611.txt
test-data/RP022611_result.tsv
test-data/invalid_adduct.msp
test-data/invalid_adduct_result.tsv
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 sirius_csifingerid.py
--- a/sirius_csifingerid.py Wed Jul 31 10:44:24 2019 -0400
+++ b/sirius_csifingerid.py Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
[
@@ -31,7 +31,8 @@
 parser.add_argument('--schema', default='msp')
 args = parser.parse_args()
 print(args)
-
+if os.stat(args.input_pth).st_size == 0:
+    exit('Input file empty')
 
 if args.temp_dir:
     wd = os.path.join(args.temp_dir, 'temp')
@@ -98,20 +99,6 @@
     return meta_info
 
 
-adduct_types = {
-    '[M+H]+': 1.007276,
-    '[M+NH4]+': 18.034374,
-    '[M+Na]+': 22.989218,
-    '[M+K]+': 38.963158,
-    '[M+CH3OH+H]+': 33.033489,
-    '[M+ACN+H]+': 42.033823,
-    '[M+ACN+Na]+': 64.015765,
-    '[M+2ACN+H]+': 83.06037,
-    '[M-H]-': -1.007276,
-    '[M+Cl]-': 34.969402,
-}
-
-
 ######################################################################
 # Setup parameter dictionary
 ######################################################################
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 sirius_csifingerid.xml
--- a/sirius_csifingerid.xml Wed Jul 31 10:44:24 2019 -0400
+++ b/sirius_csifingerid.xml Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
b
@@ -69,13 +69,33 @@
     <tests>
 
         <test>
+            <!-- Test "massbank" style data format  -->
             <param name="input" value="ML006801.txt"/>
             <output name="results" file="ML006801.tsv"/>
         </test>
         <test>
+            <!-- Test "generic format" style data format  -->
             <param name="input" value="generic.msp"/>
             <output name="results" file="generic.tsv"/>
         </test>
+        <test>
+            <!-- Test for glucose (qtof) MassBank data format  -->
+            <param name="input" value="RP022611.txt"/>
+            <param name="profile" value="qtof"/>
+            <output name="results" file="RP022611_result.tsv"/>
+        </test>
+        <test>
+            <!-- Test for glucose (q-exactive) GNPS, MoNA data format  -->
+            <param name="input" value="CCMSLIB00000578155.msp"/>
+            <param name="profile" value="orbitrap"/>
+            <output name="results" file="CCMSLIB00000578155_result.tsv"/>
+        </test>
+
+        <test>
+            <!-- Test invalid adduct  -->
+            <param name="input" value="invalid_adduct.msp"/>
+            <output name="results" file="invalid_adduct_result.tsv"/>
+        </test>
 
     </tests>
     <help>
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/CCMSLIB00000578155.msp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/CCMSLIB00000578155.msp Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
[
@@ -0,0 +1,55 @@
+Name: D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE
+Synon: $:00in-source
+DB#: CCMSLIB00000578155
+InChIKey: NBSCHQHZLSJFNQ-UHFFFAOYSA-N
+Precursor_type: [M-H]-
+Spectrum_type: MS2
+PrecursorMZ: 259.022
+Instrument: Q-Exactive Plus
+Ion_mode: N
+Formula: C6H13O9P
+MW: 260
+ExactMass: 260.029718626
+Comments: "cas number=54010-71-8" "pubmed id=5958" "SMILES=C(C1C(C(C(C(O1)O)O)O)O)OP(=O)(O)O" "computed SMILES=O=P(O)(O)OCC1OC(O)C(O)C(O)C1O" "computed InChI=InChI=1S/C6H13O9P/c7-3-2(1-14-16(11,12)13)15-6(10)5(9)4(3)8/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13)" "ion source=LC-ESI" "compound source=Commercial standard" "instrument=Q-Exactive Plus" "exact mass=260.03" "charge state=0" "source file=IROA_PLATE_neg_1_H.mzXML" "ms level=MS2" "origin=GNPS-EMBL-MCF" "author=pphapale, Alexandrov Theodore, Prasad" "ionization mode=negative" "precursor m/z=259.022" "precursor type=[M-H]-" "computed mass accuracy=1.7088355429058593" "computed mass error=-4.426259999945614E-4" "SPLASH=splash10-0002-9000000000-952cb45e58693e9f65b4" "submitter=GNPS Collaboration (University of California, San Diego)"
+Num Peaks: 40
+53.041370 0.041054
+59.012539 0.064363
+71.012398 0.228006
+73.028061 0.075870
+73.063553 0.074974
+76.275803 0.045210
+78.957573 25.209277
+80.963760 0.251310
+82.959442 0.110012
+83.059830 0.080083
+96.968170 100.000000
+97.972389 0.086076
+101.023033 0.843600
+102.224525 0.053152
+111.524658 0.047110
+122.061569 0.051876
+131.034348 0.069417
+138.978973 6.805775
+143.045074 0.077522
+150.924576 0.048922
+150.978821 0.448366
+168.989807 1.792421
+175.017166 0.273820
+177.014206 0.075262
+177.033279 0.093911
+179.028229 0.060016
+189.016006 0.069395
+199.000717 2.367082
+204.990021 0.056081
+214.751755 0.053999
+214.913773 0.079768
+223.000900 0.202970
+250.817719 0.051827
+258.921234 0.240552
+258.956421 0.115132
+258.981964 0.095161
+259.022217 1.307559
+264.273438 0.053000
+276.932190 0.888159
+277.930237 0.064464
+
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/CCMSLIB00000578155_result.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/CCMSLIB00000578155_result.tsv Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
b
@@ -0,0 +1,9 @@
+name inchikey2D inchi molecularFormula rank score name smiles xlogp pubchemids links
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE NBSCHQHZLSJFNQ InChI=1S/C6H13O9P/c7-3-2(1-14-16(11,12)13)15-6(10)5(9)4(3)8/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13) C6H13O9P 1 -2956.1759660162393 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C1C(C(C(C(O)O1)O)O)O)OP(=O)(O)O 208;5958;65127;439198;439284;439404;439427;440100;447096;449526;4178491;4459709;9817215;9859975;10038266;10332946;10422797;10422798;10848963;11499884;11536233;11651816;11651817;11701643;12314997;12598269;16219407;21604864;21604865;23421197;23421199;23421200;24802166;25200774;25244236;42609823;44589902;44629605;46936284;51351673;51351674;59660207;59660208;66804219;70828590;71048769;72200063;89530481;89533633;90087729;90657928;92043642;92144442;92331699;92450038;100983220;101251820;102072969;124302956;124303605 HMDB:(3498);KNApSAcK:(7307);Natural Products:(UNPD119019 UNPD208877);CHEBI:(47944 136602 41076 4141 17665 134068 91004 61567 61667 4170 61548 58735 17719 58225 60332 58247 48066);KEGG:(C02962 C03735 C00275 C02965 C01172 C00092 C00668 C01113);Plantcyc:(MANNOSE-6P CPD-15711 CPD-15712 D-HEXOSE-6-PHOSPHATE GLC-6-P ALPHA-GLC-6-P CPD-1241);YMDB:(2311);Biocyc:(CPD-15712 CPD-1241)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE HXXFSFRBOHSIMQ InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(14-2)15-16(11,12)13/h2-10H,1H2,(H2,11,12,13) C6H13O9P 2 -2968.8930033087277 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C1C(C(C(C(O1)OP(=O)(O)O)O)O)O)O 466;65533;122250;123912;439165;439279;439426;439995;644175;1549075;1549076;3034296;3246168;3551220;5702593;6560208;6560209;7091266;7098639;10084035;11108064;11299931;11536234;11557960;11586967;11637475;11701642;12773693;12773694;15720053;20706002;21120286;22298591;23421196;23421198;23724605;23724607;24802153;24802168;25134172;25244208;25245607;26470622;26470623;26470920;26470921;26470922;40467866;40467867;40467868;40473131;40473132;42609824;44224049;45109780;46173227;46173228;46878478;51397481;57349329;57466719;57616986;57616987;58434201;59383287;59973641;59973642;59985133;60023647;67062884;67062905;67062913;67062918;67794900;68298161;68937634;70124502;70837719;71122101;71728461;88462985;90472756;91265893;91658980;101503810;101747832;101747833;121494054;122545953;125293590;125293595;125293596;125293598 HMDB:(62705);KNApSAcK:(7389);Natural Products:(UNPD85752 UNPD57928 UNPD186485);CHEBI:(16077 17973 75522 24588 53072 58601 57684 60389 58336 60465 53025 16326 80181 58908 18205 16218 58409 57629);KEGG:(C15924 C15926 C01171 C03384 C00636 C00446 C01002 C00103 C00663);Plantcyc:(CPD-9828 GALACTOSE-1P GLC-1-P MANNOSE-1P CPDQT-4 CPD-448 CPD4FS-5);YMDB:(970);Biocyc:(CPD4FS-5)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE BGWGXPAPYGQALX InChI=1S/C6H13O9P/c7-2-6(10)5(9)4(8)3(15-6)1-14-16(11,12)13/h3-5,7-10H,1-2H2,(H2,11,12,13) C6H13O9P 3 -2996.823329466129 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C1C(C(C(CO)(O)O1)O)O)OP(=O)(O)O 719;124155;439160;439396;440641;440970;444848;5083448;9543488;15648788;16760431;20843252;21604862;21604863;23421195;24802142;25201714;25245410;42609822;46174048;46878483;52916945;86308139;91746169;92024282;102322321;122174030;124300900;124350439;124524514;124579643 HMDB:(6873);KNApSAcK:(7305);Natural Products:(UNPD153056);CHEBI:(57634 4251 81499 61553 58695 16084 6307 45804 47946 58926 61527);KEGG:(C06312 C18096 C01097 C05345 C00085);Plantcyc:(TAGATOSE-6-PHOSPHATE FRUCTOSE-6P);Biocyc:(L-TAGATOSE-6-PHOSPHATE)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE PMTUDJVZIGZBIX InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-3-4(9)5(10)6(2-8,14-3)15-16(11,12)13/h3-5,7-10H,1-2H2,(H2,11,12,13) C6H13O9P 4 -2999.570906011912 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C1C(C(C(CO)(O1)OP(=O)(O)O)O)O)O 193537;5176477;6398638;15703397;16069990;21126112;21126113;57357663;99639213;124202606 HMDB:(6800);CHEBI:(27884 57267 12350);KEGG:(C03267);YMDB:(878);Biocyc:(FRUCTOSE-2-PHOSPHATE)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE RHKKZBWRNHGJEZ InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-3-4(8)5(9)6(10,15-3)2-14-16(11,12)13/h3-5,7-10H,1-2H2,(H2,11,12,13) C6H13O9P 5 -3000.1754484579087 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C1C(C(C(COP(=O)(O)O)(O)O1)O)O)O 717;439394;10400369;21627880;23421194;25244216;51397484;52916944;90658050;90658051;90659357;90659358;92209483;97041850 HMDB:(1076);KNApSAcK:(19676);CHEBI:(37515 58674);KEGG:(C01094);Plantcyc:(FRU1P);Biocyc:(CPD-16154 CPD-16158 CPD-16159)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE INAPMGSXUVUWAF InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-2(8)4(10)6(5(11)3(1)9)15-16(12,13)14/h1-11H,(H2,12,13,14) C6H13O9P 6 -3061.8676349144794 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C1(C(C(C(C(C1O)O)OP(=O)(O)O)O)O)O 9;107737;160886;161368;440043;440194;4449629;5288642;5288700;6323385;7098643;10659045;13072112;18654477;25200523;25200860;25203035;35027167;53924828;59824613;59824614;59824615;59824616;101661021;121400595;121403401 HMDB:(6814);KNApSAcK:(7483);Natural Products:(UNPD107543 UNPD92136 UNPD189294);CHEBI:(58469 18169 62383 37493 18384 58433 18297 64841 58401 64838 84142 84141);KEGG:(C03546 C06155 C01177 C04006);Plantcyc:(1-L-MYO-INOSITOL-1-P D-MYO-INOSITOL-1-MONOPHOSPHATE CPD-6701 CPD-6702 CPD-6746 CPD-9887 D-MYO-INOSITOL-4-PHOSPHATE);YMDB:(2322);Biocyc:(D-MYO-INOSITOL-4-PHOSPHATE CPD-6701 CPD-6702 CPD-6746)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE GSXOAOHZAIYLCY InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-3(8)5(10)6(11)4(9)2-15-16(12,13)14/h4-7,9-11H,1-2H2,(H2,12,13,14) C6H13O9P 7 -3108.216292205978 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C(=O)C(C(C(COP(=O)(O)O)O)O)O)O 603;69507;151197;5459902;5459952;6602428;20111689;20111690;21114947;21872891;23615358;40467872;40467873;46943428;50909805;87615581 HMDB:(124);KNApSAcK:(19683);Natural Products:(UNPD94448);CHEBI:(57579 61519 134284 15946 15845 61559 47947 134283);Plantcyc:(D-ALLULOSE-6-PHOSPHATE);YMDB:(78);Biocyc:(CPD-15828 CPD-15826 D-ALLULOSE-6-PHOSPHATE)
+D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE ZKLLSNQJRLJIGT InChI=1S/C6H13O9P/c7-1-3(8)5(10)6(11)4(9)2-15-16(12,13)14/h3,5-8,10-11H,1-2H2,(H2,12,13,14) C6H13O9P 8 -3116.8648927434215 D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE C(C(C(C(C(=O)COP(=O)(O)O)O)O)O)O 481;65246;151033;439837;440076;6101730;11129032;11737049;14844438;20111955;21145035;23615304;54551858;54551860;54551861;54551863;91010818 HMDB:(60467);KNApSAcK:(19630);CHEBI:(38342 218 18105);KEGG:(C03654 C02888);YMDB:(655);Biocyc:(CPD-15970 CPD0-1116 CPD-531)
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/RP022611.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/RP022611.txt Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
[
@@ -0,0 +1,48 @@
+ACCESSION: RP022611
+RECORD_TITLE: D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-
+DATE: 2017.11.29
+AUTHORS: BGC, Helmholtz Zentrum Muenchen
+LICENSE: CC BY
+COPYRIGHT: Copyright (C) 2017
+COMMENT: CONFIDENCE standard compound
+COMMENT: INTERNAL_ID 226
+CH$NAME: D-Glucose
+CH$NAME: (3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol
+CH$COMPOUND_CLASS: N/A; Metabolomics Standard
+CH$FORMULA: C6H12O6
+CH$EXACT_MASS: 180.0634
+CH$SMILES: OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O
+CH$IUPAC: InChI=1S/C6H12O6/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-2/h2-11H,1H2/t2-,3-,4+,5-,6?/m1/s1
+CH$LINK: CAS 50-99-7
+CH$LINK: CHEBI 4167
+CH$LINK: KEGG C00031
+CH$LINK: PUBCHEM CID:5793
+CH$LINK: INCHIKEY WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N
+CH$LINK: CHEMSPIDER 5589
+AC$INSTRUMENT: maXis plus UHR-ToF-MS, Bruker Daltonics
+AC$INSTRUMENT_TYPE: LC-ESI-QTOF
+AC$MASS_SPECTROMETRY: MS_TYPE MS2
+AC$MASS_SPECTROMETRY: ION_MODE NEGATIVE
+AC$MASS_SPECTROMETRY: IONIZATION ESI
+AC$MASS_SPECTROMETRY: FRAGMENTATION_MODE CID
+AC$MASS_SPECTROMETRY: COLLISION_ENERGY 10
+AC$CHROMATOGRAPHY: COLUMN_NAME BEH C18 1.7um, 2.1x100mm, Waters
+AC$CHROMATOGRAPHY: FLOW_GRADIENT 95/5 at 0 min, 95/5 at 1.12 min, 0.5/99.5 at 6.41 min, 0.5/99.5 at 10.01 min
+AC$CHROMATOGRAPHY: FLOW_RATE 400 uL/min
+AC$CHROMATOGRAPHY: RETENTION_TIME 0.604 min
+AC$CHROMATOGRAPHY: SOLVENT A Water with 0.1% formic acid
+AC$CHROMATOGRAPHY: SOLVENT B ACN with 0.1% formic acid
+MS$FOCUSED_ION: BASE_PEAK 179.0572
+MS$FOCUSED_ION: PRECURSOR_M/Z 179.0561
+MS$FOCUSED_ION: PRECURSOR_TYPE [M-H]-
+MS$DATA_PROCESSING: REANALYZE Peaks with additional N2/O included
+MS$DATA_PROCESSING: WHOLE RMassBank 2.4.0
+PK$SPLASH: splash10-059i-9000000000-fd62712fc14434a3aa53
+PK$NUM_PEAK: 5
+PK$PEAK: m/z int. rel.int.
+  59.0138 278 715
+  71.014 264 679
+  72.9928 30 77
+  89.0251 388 999
+  101.0234 40 102
+//
\ No newline at end of file
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/RP022611_result.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/RP022611_result.tsv Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
[
b'@@ -0,0 +1,9 @@\n+name\tinchikey2D\tinchi\tmolecularFormula\trank\tscore\tname\tsmiles\txlogp\tpubchemids\tlinks\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tWQZGKKKJIJFFOK\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-2-3(8)4(9)5(10)6(11)12-2/h2-11H,1H2\tC6H12O6\t1\t-2990.5564974625718\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC(C1C(C(C(C(O)O1)O)O)O)O\t\t206;5793;6036;18950;64689;79025;81696;185698;439353;439357;439507;439583;439680;441035;441032;441033;441034;444314;448388;448702;451187;451188;451189;452245;455147;657055;1549080;2724488;3000450;3034742;5104362;5319264;6102790;6321330;6323336;6400264;6560213;6971003;6971007;6971016;6971096;6971097;6971098;6992021;6992084;7018164;7043897;7044038;7098663;7098664;7157007;9794056;9815418;9834129;9899007;10035228;10081060;10103794;10130220;10197954;10219674;10219763;10313382;10329946;10899282;10954241;11019447;11030410;11344362;11367383;11412863;11480819;11492034;11571906;11571917;11600783;11651921;11672764;11959770;11970126;12003287;12193653;12285853;12285856;12285861;12285862;12285863;12285866;12285868;12285869;12285870;12285871;12285873;12285877;12285878;12285879;12285885;12285886;12285889;12285890;12285891;12285892;12285893;12285894;16211884;16211941;16211984;16211986;16212959;16212960;16212966;16213546;16213640;16213872;16217112;16219580;21355827;22825318;22836365;22836366;23424086;24802149;24802163;24802281;24892722;42626680;44328781;44328785;46188479;46780441;46897877;50939543;51340651;54445181;54445182;56845432;56845995;57197748;57288387;57483528;57691826;57973135;58070804;58265153;58265160;58265166;58265178;58265190;58265196;58300638;58595959;58594768;58618581;58969552;59034276;59036328;59040622;59083882;59105109;59125088;59146659;59383280;59445439;59503407;59503411;59886072;59965103;60052896;60078648;66629908;67518639;67615000;67615455;67641738;67938791;67944215;67944290;67950444;68167579;68324677;68334110;69528681;70443535;70543261;71309028;71309128;71309129;71309140;71309397;71309503;71309513;71309514;71309671;71309852;71309905;71309908;71309927;71317094;71317095;71317096;71317097;71317182;71777654;75357255;76973265;86278404;87297824;87929779;87931119;88255060;88547603;88974141;89000581;89200515;89332529;89374440;89424182;89742272;89855666;90057933;90159939;90346255;90470917;90472751;90472752;90472753;90472761;90472762;90472770;90473076;90781811;90895196;91057721;92043367;92043446;101015849;101033892;101254308;101254309;101254310;101254311;101254312;101254313;101254314;101254315;101469918;101513786;101718250;101718251;101796201;102089288;102447462;102447463;102601142;102601177;102601371;102601743;102601816;117064633;117064644;117065485;117633116;117768413;117938207;118797420;118797610;118797621;118797622;118855887;118855889;118855904;118855910;118855920;118855925;118924468;121494058;121494046;122360911;122522140;125280077;125280078;125280079;125280080;125309563;125309564;125353406;125363512;125363513;125363514;125363515;126704391\tHMDB:(62202);KNApSAcK:(1126);Natural Products:(UNPD148053 UNPD72621 UNPD116684 UNPD119270 UNPD130932 UNPD158921 UNPD83717 UNPD175249 UNPD175204 UNPD191130 UNPD20367 UNPD175399);CHEBI:(37692 37671 37693 63421 37630 27667 72452 4191 4093 37619 15903 80962 37631 17925 37677 15444 37679 27380 4208 18246 16362 28729 37680 18269 4167 37740 59573 59552 27517 28100 37706 83029 28563 28102 37620 37686 37741 86059 4139 37744 68462 37627 28061 37704);KEGG:(C21032 C00221 C00031 C21050 C02209 C01825 C15923 C00936 C00738 C00737 C06465 C06466 C06464 C00984 C00962 C00159 C06467 C01487 C00267 C00124);Plantcyc:(ALPHA-GLUCOSE L-GALACTOSE ALPHA-D-GALACTOSE CPD-12601 CPD-13559 GALACTOSE CPD-15761 CPD-3607 CPD-15762 510-methenyl-thf GLC);YMDB:(894);Biocyc:(CPD-11613 CPD-13428 CPD-11611 CPD-13559 CPD-12844 CPD-15758 CPD-15627 CPD-15759 Alpha-D-Talose CPD-15628 L-SORBOSONE CPD-18461 CPD-15622 CPD-15624 CPD-15625 CPD-15757 CPD-15761 CPD-3607 CPD-15762 CPD-15621)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tRFSUNEUAIZKAJO\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-3-4(9)5(10)6(11,2-8)12-3/h3-5,7-11H,1-2H2\tC6H12O'..b'D-10726);YMDB:(204);Biocyc:(CPD-15986 CPD-10728 CPD-15987 CPD-10726 CPD-10727 CPD-10725)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tBJHIKXHVCXFQLS\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-3(9)5(11)6(12)4(10)2-8/h3,5-9,11-12H,1-2H2\tC6H12O6\t4\t-3015.0691577392213\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC(C(C(C(C(=O)CO)O)O)O)O\t\t1101;5984;6904;90008;92092;107428;5460024;10965117;11458041;11961810;15559364;15559365;15559366;15559367;15975980;56846514;71310259;87203108;87883498;88364517;89357936;90194848;90471261;100938761;100938762;100938763;100938764;100938765;101274261;102026061;102525471;126737088\tHMDB:(62538);KNApSAcK:(33848);Natural Products:(UNPD157348 UNPD11673 UNPD28362 UNPD42482);CHEBI:(13172 13022 134275 47693 27605 37724 27922);HSDB:(87-79-6);KEGG:(C21523 C10906 C01452);Plantcyc:(CPD-9570 CPD-15616 PSICOSE CPD-15382 TAGATOSE);YMDB:(657);Biocyc:(CPD-15825 PSICOSE)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tGZCGUPFRVQAUEE\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-3(9)5(11)6(12)4(10)2-8/h1,3-6,8-12H,2H2\tC6H12O6\t5\t-3017.5346505581906\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC(=O)C(C(C(C(CO)O)O)O)O\t\t24749;64731;80127;82308;84996;90173;94780;99459;102190;102288;107526;111112;111123;111317;134512;161658;165139;165171;165863;166991;167792;168037;169509;187891;3037556;3086538;5460248;6451569;10910141;10954115;11229130;11355844;11745248;11805319;12305796;12305797;12305799;12305800;12305811;15977259;16057040;21183545;45109778;53462839;53462852;53462878;56846079;56846519;56846584;57449163;57557846;58654615;58654624;60078498;60101813;66509130;71309394;71309492;71309493;71310055;71310073;71434190;71777455;76973373;87109007;87228435;87228929;87229000;87355288;88034483;88353328;89242343;89317890;89327884;89327885;89472723;89623639;90132269;90273086;90472355;90472363;92023398;92043770;92044000;100917967;101117002;101117003;101129024;101129025;101129026;101129027;101248541;101261456;101265967;101446815;101719777;101728293;101728294;102505103;102601198;102601265;102601267;102601589;102601778;102602086;119077284;119078796;126664755\tHMDB:(62473);Natural Products:(UNPD142849 UNPD3363 UNPD7578 UNPD95755 UNPD35192 UNPD45514);CHEBI:(37681 37695 28385 37617 28014 37675 33917 86058 37701 37746 17118 37626 68461);HSDB:(50-99-7);KEGG:(C01582);Plantcyc:(CPD-15373 CPD-15374 CPD-15590);YMDB:(789);Biocyc:(CPD-7409 CPD-15626 CPD-7408 CPD-9728 UDP-GLACTOSE CPD1G-120 CPD-15629 CPD1G-2 CPD-9327 4-AMINO-BUTYRALDEHYDE CPD-7420 CPD-15590 CPD1F-130 CHOLESTEROL_ESTER CPD-15756 4-TOLUENESULFONATE CPD1F-98 DEMETHYLMENAQUINONE UBIQUINONE-9 CPD-7419 ACETONE CPD1F-129 PARATHION CPD-15383 IRON-CHELATE CPD-15760 CPD-15620 VITAMIN_K_2)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tCDAISMWEOUEBRE\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-2(8)4(10)6(12)5(11)3(1)9/h1-12H\tC6H12O6\t6\t-3046.13843778621\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC1(C(C(C(C(C1O)O)O)O)O)O\t\t892;11973225;12302985;53714837;68591801;90768658;91019724;100996307;100996308\tHMDB:(34220);KNApSAcK:(1164);Natural Products:(UNPD40912 UNPD103126 UNPD106247 UNPD16776 UNPD54610 UNPD50920 UNPD136396 UNPD185125 UNPD191761);CHEBI:(27374 17268 27372 24848 25492 23927 27987 23311 10642 22357);KEGG:(C19891 C06153 C00137 C06151 C06152);Plantcyc:(MYO-INOSITOL CPD-8052 CPD-8059 CPD-8050);YMDB:(173);Biocyc:(CPD-8055 CPD-8054 CPD-8053 CPD-8059 CPD-8061 CPD-8060)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tKEQUNHIAUQQPAC\tInChI=1S/C6H12O6/c7-1-5(9)3-12-6(10,2-8)4-11-5/h7-10H,1-4H2\tC6H12O6\t7\t-3051.2416634815486\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC(C1(COC(CO)(CO1)O)O)O\t\t2723627;4180364;13560352;40503129;124202832\tHMDB:(32222)\r\n+D-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tYGMNHEPVTNXLLS\tInChI=1S/C6H12O6/c7-2-5(10)3(8)1-4(9)6(11)12/h3-5,7-10H,1-2H2,(H,11,12)\tC6H12O6\t8\t-3052.678076852649\tD-Glucose; LC-ESI-QTOF; MS2; CE: 10; R=; [M-H]-\tC(C(C(CO)O)O)C(C(=O)O)O\t\t10350;152990;5289313;14122626;15560246;21596764;21596765;21596766;21596767;21596768;21596769;21596770;58966097;88049798;89007240;89391706;101963537;101963539\tHMDB:(346)\r\n'
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/invalid_adduct.msp
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/invalid_adduct.msp Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
[
@@ -0,0 +1,13 @@
+NAME:  MZ:70.0659 | RT:1483 | XCMS_group:1 | file:1 | scan:NA | pid:NA
+PRECURSORMZ: 70.0658950805664
+ADDUCT: [M+INVALID_ADDUCT]+
+Comment:
+Num Peaks: 8
+50.4781379699707 3487.4296875 4.61
+51.0193099975586 3390.96948242188 4.49
+53.0031509399414 10011.958984375 13.25
+53.5898513793945 4252.7880859375 5.63
+54.3787727355957 3541.5107421875 4.69
+69.0455169677734 9650.0107421875 12.77
+70.0660934448242 37168.609375 49.18
+82.9910659790039 4077.36694335938 5.39
b
diff -r 901f09708f4b -r b21082c0b9b7 test-data/invalid_adduct_result.tsv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/invalid_adduct_result.tsv Thu Aug 01 07:43:40 2019 -0400
b
@@ -0,0 +1,1 @@
+name