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Changeset 5:672c22d7f004 (2021-07-21)

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Commit message:
"planemo upload for repository https://github.com/RECETOX/galaxytools/tree/master/tools/matchms commit e4fdeb4c24f993c7f1a9ce851b9739ce9c0ff8e2"

modified:
matchms.xml
matchms_wrapper.py

added:
test-data/matches_test1_out.tsv
test-data/matches_test2_out.tsv
test-data/matches_test3_out.tsv
test-data/matches_test4_out.tsv
test-data/matches_test5_out.tsv
test-data/scores_test1_out.tsv
test-data/scores_test2_out.tsv
test-data/scores_test3_out.tsv
test-data/scores_test4_out.tsv
test-data/scores_test5_out.tsv

removed:
test-data/matches_fill_symmetric_hungarian.csv
test-data/matches_rcx_fill_greedy.csv
test-data/matches_rcx_fill_hungarian.csv
test-data/matches_rcx_rcx_modified.csv
test-data/matches_symmetric_fill_greedy.csv
test-data/rcx_fill_cosine_greedy.csv
test-data/rcx_fill_cosine_hungarian.csv
test-data/scores_fill_symmetric_hungarian.csv
test-data/scores_rcx_rcx_modified.csv
test-data/symmetric_fill_cosine_greedy.csv

diff -r 57959596262d -r 672c22d7f004 matchms.xml
--- a/matchms.xml Tue Jun 08 11:28:40 2021 +0000
+++ b/matchms.xml Wed Jul 21 07:43:45 2021 +0000

[

@@ -1,4 +1,5 @@
-<tool id="matchms" name="matchMS" version="0.9.0+galaxy1">
+<tool id="matchms" name="matchMS" version="0.9.0+galaxy2">
+    <description>calculate the similarity score and matched peaks</description>
     <requirements>
         <requirement type="package" version="0.9.0">matchms</requirement>
         <requirement type="package" version="1.1.4">pandas</requirement>
@@ -38,8 +39,8 @@
     </inputs>

     <outputs>
-        <data label="$similarity_metric scores of ${on_string}" name="similarity_scores" format="csv" />
-        <data label="$similarity_metric matches of ${on_string}" name="similarity_matches" format="csv" />
+        <data label="$similarity_metric scores of ${on_string}" name="similarity_scores" format="tsv" />
+        <data label="$similarity_metric matches of ${on_string}" name="similarity_matches" format="tsv" />
     </outputs>

     <tests>
@@ -47,42 +48,42 @@
             <param name="references" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="CosineGreedy"/>
-            <output name="similarity_scores" file="symmetric_fill_cosine_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$1be210e4a219f6a9315d6ca840d89247"/>
-            <output name="similarity_matches" file="matches_symmetric_fill_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$93a43a55e02c099581e5765d6ead9f13"/>
+            <output name="similarity_scores" file="scores_test1_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$1aff8d0777e2f4e565be2b1b393547ef"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_test1_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$aab26ef4a0e80a53699832db72c06340"/>
         </test>
         <test>
             <param name="references" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
             <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="CosineGreedy"/>
-            <output name="similarity_scores" file="rcx_fill_cosine_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$f9f9e3f9483de9486658fcdbba92451e"/>
-            <output name="similarity_matches" file="matches_rcx_fill_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$4aadb19c261fa41907d80f2d326055b6"/>
+            <output name="similarity_scores" file="scores_test2_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$d2a5a01d9980636ce6a246d68834b84e"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_test2_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$28dc16ce45105234437e53d59e240046"/>
         </test>
         <test>
             <param name="references" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
             <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="CosineHungarian"/>
-            <output name="similarity_scores" file="rcx_fill_cosine_hungarian.csv" ftype="csv" checksum="md5$e4063294e0f70e0e966a252ec43a1537"/>
-            <output name="similarity_matches" file="matches_rcx_fill_hungarian.csv" ftype="csv" checksum="md5$4aadb19c261fa41907d80f2d326055b6"/>
+            <output name="similarity_scores" file="scores_test3_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$1341369778036e0a267ff723f8cfca9c"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_test3_out.tsv" ftype="tsv" checksum="md5$28dc16ce45105234437e53d59e240046"/>
         </test>
         <test>
             <param name="references" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
             <param name="queries" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="ModifiedCosine"/>
-            <output name="similarity_scores" file="scores_rcx_rcx_modified.csv" ftype="csv"/>
-            <output name="similarity_matches" file="matches_rcx_rcx_modified.csv" ftype="csv"/>
+            <output name="similarity_scores" file="scores_test4_out.tsv" ftype="tsv"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_test4_out.tsv" ftype="tsv"/>
         </test>
         <test>
             <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="CosineHungarian"/>
             <param name="is_symmetric" value="TRUE"/>
-            <output name="similarity_scores" file="scores_fill_symmetric_hungarian.csv" ftype="csv" />
-            <output name="similarity_matches" file="matches_fill_symmetric_hungarian.csv" ftype="csv" />
+            <output name="similarity_scores" file="scores_test5_out.tsv" ftype="tsv"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_test5_out.tsv" ftype="tsv"/>
         </test>
     </tests>

     <help><![CDATA[
     Documentation
-        For documentation on the tool see https://github.com/matchms/matchms/blob/master/README.rst or for more details https://matchms.readthedocs.io/en/latest/.
+        For documentation on the tool see https://github.com/matchms/matchms/blob/master/README.rst and https://matchms.readthedocs.io/en/latest/.

     Upstream Tools
         +-----------+---------------+--------+-----------+
@@ -94,7 +95,7 @@
         +-----------+---------------+--------+-----------+

     Downstream Tools
-        The **output** is a csv which contains the similarity score and second csv containing the number of matched peaks.
+        The outputs are two tsv datasets. One containing the similarity scores and the other number of matched peaks.
     ]]></help>

diff -r 57959596262d -r 672c22d7f004 matchms_wrapper.py
--- a/matchms_wrapper.py Tue Jun 08 11:28:40 2021 +0000
+++ b/matchms_wrapper.py Wed Jul 21 07:43:45 2021 +0000

[

@@ -58,11 +58,11 @@

     # Write scores to dataframe
     dataframe_scores = DataFrame(data=[entry["score"] for entry in scores.scores], index=reference_names, columns=query_names)
-    dataframe_scores.to_csv(args.output_filename_scores, sep=';')
+    dataframe_scores.to_csv(args.output_filename_scores, sep='\t')

     # Write number of matches to dataframe
     dataframe_matches = DataFrame(data=[entry["matches"] for entry in scores.scores], index=reference_names, columns=query_names)
-    dataframe_matches.to_csv(args.output_filename_matches, sep=';')
+    dataframe_matches.to_csv(args.output_filename_matches, sep='\t')
     return 0

diff -r 57959596262d -r 672c22d7f004 test-data/matches_fill_symmetric_hungarian.csv
--- a/test-data/matches_fill_symmetric_hungarian.csv Tue Jun 08 11:28:40 2021 +0000
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000

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b"@@ -1,387 +0,0 @@\n-;Perylene_2H12;Perylene;Phenanthrene_2H10;Phenanthrene;Anthracene;Acenaphthylene;Acenaphthene;Fluoranthene;Pyrene;para-Terphenyl;Retene;Benzo[b]naphtho[2,1-d]thiophene;2,3-Benzofluorene;Benzo[ghi]fluoranthene;Triphenylene;Benzanthracene/Benzophenanthrene;Benzofluoranthene;Benzo(k)fluoranthene;Benzo[e]pyrene;Benzo(a)pyrene;Indeno[1,2,3-cd]pyrene;Benzo(g,h,i)perylene;Anthanthrene;Dibenzanthracene;Coronene;Dicofol;Benzophenone;2-tert-Butyl-4-methoxyphenol;Butylated hydroxytoluene;Bumetrizole;4-Methylbenzophenone;2,4,6-Tribromophenol;2,6-Dichloro-4-nitroaniline;1-Methylphenanthrene;Triclosan;Drometrizole;Enzacamene;2,4-Di-tert-butyl-6-(5-chloro-2H-benzotriazol-2-yl)phenol;Octrizole;1,2,7,9-Tetrachlorodibenzofuran;2,2',3,4,5,5',6-Heptachlorobiphenyl;2,4,6-Trichlorobiphenyl;2,2',3,3',4,5',6,6'-Octachlorobiphenyl;Mirex;beta-Hexachlorocyclohexane;alpha-1,2,3,4,5,6-Hexachlorocyclohexane;Lindane;delta-Hexachlorocyclohexane;epsilon-Hexachlorocyclohexane;Pentachlorobenzene;Hexachlorobenzene;2,4'-Dichlorodiphenyldichloroethylene;2,4'-Dichlorodiphenyldichloroethane;2,4'-Dichlorodiphenyltrichloroethane;1,2,7,9-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin;2,4,4'-Trichlorobiphenyl;2,2',4,5,5'-Pentachlorobiphenyl;2,3',4,4',5-Pentachlorobiphenyl;2,2',3,4,4',5'-Hexachlorobiphenyl;2,2',4,4',5,5'-Hexachlorobiphenyl;2,2',3,4,4',5,5'-Heptachlorobiphenyl;2,2',5,5'-Tetrachlorobiphenyl;2,3',4,6-Tetrachlorobiphenyl;2,3',5',6-Tetrachlorobiphenyl;2,2',3,4',5-Pentachlorobiphenyl;2,3,3',4,5-Pentachlorobiphenyl;3,3',4,5,5'-Pentachlorobiphenyl;2,3',4,4',5',6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4,5,6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5',6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5,6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5,5',6-Heptachlorobiphenyl;cis-Prallethrin;trans-Prallethrin;cis-Resmethrin;trans-Resmethrin;cis-Tetramethrin;trans-Tetramethrin;Bifenthrin;Fenpropathrin;cis-Phenothrin;trans-Phenothrin;cis-Cyphenothrin;trans-Cyphenothrin;Flucythrinate_isomer1;Flucythrinate_isomer2;cis-Fenvalerate;trans-Fenvalerate;Deltamethrin;Chlorpyrifos oxon;lambda-Cyhalothrin;Tefluthrin;Transfluthrin;cis-Permethrin;trans-Permethrin;cis-Allethrin;trans-Allethrin;cis-Cypermethrin_isomer1;trans-Cypermethrin_isomer1;cis-Cypermethrin_isomer2;trans-Cypermethrin_isomer2;cis-Cyfluthrin_isomer1;trans-Cyfluthrin_isomer1;cis-Cyfluthrin_isomer2;trans-Cyfluthrin_Isomer2;1,2,3,4,7,8-Hexachlorodibenzo-p-dioxin;1,2,3,4,6,7,8-Heptachlorodibenzo-p-dioxin;Octachlorodibenzo-p-dioxin;Octachlorodibenzofuran;1,2,3,7,8-Pentachlorodibenzofuran;1,2,3,4,7,8-Hexachlorodibenzofuran;1,2,3,4,6,7,8-Heptachlorodibenzofuran;2,3,7,8-Tetrachlorodibenzofuran;2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin;1,2,3,7,8-Pentachlorodibenzo-p-dioxin;2,3,4,5-Tetrabromo-6-chlorotoluene;2,3,4,5,6-Pentabromotoluene;2,3,4,5,6-Pentabromoethylbenzene;2,3,5,6-Tetrabromo-p-xylene;Allyl 2,4,6-tribromophenyl ether;2-Bromoallyl(2,4,6-tribromophenyl) ether;Pentabromobenzene;Hexabromobenzene;2,3,4,5,6-Pentabromobenzyl alcohol;2-Ethylhexyl 2,3,4,5-Tetrabromobenzoate;syn-Dechlorane plus;anti-Dechlorane plus;alpha-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane;beta-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane;1,2,5,6-Tetrabromocyclooctane;1,1-Dibromo-2,3,3,4,4,5-hexachloro-2-cyclopenta-2,4-dien-1-ylcyclooctane;alpha-Amylcinnamaldehyde;trans-Cinnamaldehyde;Citral (Geranial);1-Fluronaphthalene;alpha-Hexylcinnamaldehyde;Lilial;alpha-Amylcinnamyl alcohol;Eugenol;Isoeugenol;4-Methoxybenzyl alcohol;Methyleugenol;Cinnamyl alcohol;Benzyl alcohol;Estragole;Benzyl benzoate;Benzyl cinnamate;Benzyl salicylate;Camphor;Eucalyptol;Coumarin;Limonene;Isomethyl-alpha-ionone;delta-Iraldeine;Safrole;Cashmeran;Celestolide;Phantolide;Tonalide;Traseolide;Galaxolide;Aldrin;Endosulfan;Heptachlor;cis-Heptachlor epoxide;Endosulfan sulphate;Endrin ketone;trans-Chlordane;cis-Chlordane;Endrin aldehyde;Endrin;4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethylene;Methoxychlor;4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethane;4,4'-Dichlorodiphenyltrichloroethane;Tris(4-tert-butylphenyl) phosphate;Tri-n-butyl-phosphate;Tris(1,3-dichloro-2-propy"..b'39;11;10;27;32;19;34;20;25;21;47;11;36;46;25;47;36;44;37;31;33;34;39;61;9;23;30;44;15;19;21;18;18;22;14;18;22;21;24;17;16;24;29;34;31;22;45;37;26;34;36;12;12;17;49;22;30;29;13;22;57;14;33;16;17;18;22;12;6;8;17;10;55;34;40;15;9;13;49;34;22;35;7;10;19;18;26;45;23;47;38;22;19;20;7;13;37;23;7;30;22;7;12;55;52;41;39;26;37;8;12;18;16;36;32;19;31;17;2;6;35;40;19;35;29;20;16;35;47;16;31;35;18;20;19;38;24;42;27;28;17;25;60;19;20;20;34;28;36;11;16;19;14;27;21;20;13;17;30;46;75;36;3;29;10;23;45;31;21;35;18;34;10;28;51;61;56;48;62;16;8;11;44;68;80;78;26;13;88;56;85;72\n-17-beta-Estradiol;11;11;7;12;13;9;7;13;12;16;17;15;12;12;13;14;11;12;12;12;9;9;24;12;15;16;14;28;34;34;16;18;24;13;26;21;53;22;13;13;18;13;38;1;19;19;18;20;21;4;6;11;13;10;22;12;15;12;18;18;17;13;13;12;17;13;11;15;14;15;11;17;18;22;30;27;16;7;12;30;27;25;21;19;37;28;26;27;34;18;19;12;18;19;20;13;11;31;24;26;40;23;31;28;33;9;8;8;9;13;11;12;11;13;11;6;6;10;7;31;14;9;6;21;12;16;13;7;10;5;27;38;10;23;10;25;30;31;24;27;13;29;19;10;19;17;22;6;13;21;7;13;24;19;20;42;32;29;35;13;42;21;22;16;12;9;26;7;10;48;37;11;18;12;11;20;9;6;26;27;24;12;29;20;16;18;14;1;18;14;37;17;35;14;30;8;7;21;25;15;26;17;19;25;28;11;26;30;19;39;24;35;30;23;22;28;23;50;6;14;27;37;9;20;16;14;14;15;9;14;18;16;15;11;13;18;21;25;24;16;34;31;22;23;28;11;8;13;38;14;26;26;11;18;44;9;22;10;14;13;14;10;4;4;17;7;39;31;34;15;8;11;34;27;18;30;5;9;14;16;20;35;15;37;34;17;15;13;6;14;24;13;5;28;16;6;9;46;27;31;31;18;34;6;8;15;11;27;22;12;27;15;2;6;27;28;11;34;20;11;11;20;34;13;19;26;11;14;10;31;19;35;21;20;10;16;42;17;15;16;33;17;33;12;13;14;7;17;21;13;8;13;17;30;58;28;1;17;11;23;33;28;20;24;17;28;6;26;38;47;46;41;47;12;7;11;32;50;63;63;24;9;56;67;62;60\n-Progesterone;18;10;17;16;18;13;10;14;12;23;35;19;16;13;18;17;12;13;14;13;11;10;31;14;24;28;21;46;42;64;23;38;56;21;50;27;103;32;16;21;19;28;71;2;45;42;44;42;43;12;10;24;26;24;35;20;25;19;19;22;20;25;24;21;26;18;20;21;20;20;13;18;40;51;55;48;34;21;15;59;47;45;54;47;59;48;43;55;63;38;28;21;31;24;30;47;39;52;47;51;74;42;53;52;67;20;18;14;15;16;17;20;20;17;16;13;9;18;11;61;23;13;8;51;31;22;22;15;21;15;40;48;14;43;13;40;38;39;38;39;24;43;28;16;27;19;33;8;21;33;9;24;31;31;28;65;42;40;45;16;57;50;68;27;29;21;55;17;22;112;78;29;29;23;24;30;10;15;50;41;41;17;57;44;32;32;21;5;26;37;84;30;44;22;44;11;9;29;38;20;34;23;26;42;56;15;45;68;29;62;46;58;61;34;42;41;57;81;10;30;39;56;27;24;26;28;26;28;24;21;21;22;26;20;20;21;39;45;40;22;55;39;29;43;51;12;15;25;68;25;43;42;18;20;77;14;47;24;20;18;26;14;7;9;22;14;80;44;49;19;13;10;54;34;20;43;10;14;28;20;35;59;27;58;49;31;10;24;6;15;43;34;11;40;29;9;14;83;52;50;44;35;44;9;13;21;23;44;37;27;35;19;7;16;42;52;15;46;49;34;21;52;69;18;47;44;16;37;29;51;33;52;40;38;21;30;91;23;22;29;46;36;44;14;22;31;27;32;32;28;20;28;44;59;103;43;9;33;24;44;63;43;34;55;36;52;15;43;80;101;84;86;100;16;9;14;80;81;125;95;29;13;85;62;168;125\n-Testosterone;14;8;13;13;15;12;10;14;12;24;36;18;16;10;17;16;9;9;10;9;10;9;28;12;22;25;19;44;39;48;22;35;46;19;38;25;101;27;15;18;17;26;51;2;38;36;39;37;37;8;6;20;22;21;25;18;21;16;17;15;18;23;24;19;21;15;15;16;16;16;9;15;39;46;43;44;29;20;10;46;37;36;40;34;43;36;30;41;51;33;19;20;24;17;22;41;35;38;33;36;65;34;39;36;52;13;12;10;11;11;11;13;14;14;11;7;3;10;5;51;19;7;3;41;25;19;16;11;17;14;35;48;14;41;15;35;37;37;38;37;22;44;26;15;29;16;29;8;21;32;10;24;32;30;28;63;38;34;42;16;49;41;46;19;20;15;44;13;16;91;63;24;21;19;20;27;10;13;32;27;27;15;51;30;21;27;19;3;23;35;72;29;44;18;37;8;8;26;33;17;31;21;23;32;47;13;44;56;28;60;39;52;60;37;39;38;48;78;10;26;40;49;24;22;22;24;21;24;18;15;17;18;21;15;17;17;33;39;35;18;48;38;29;39;42;12;14;18;60;23;36;36;16;16;61;13;42;21;19;16;26;14;7;8;19;14;64;41;42;19;12;11;46;34;19;40;7;15;27;20;29;49;27;55;41;30;10;21;6;15;38;28;12;37;28;7;14;75;37;43;43;33;43;9;12;20;14;39;33;21;33;18;5;13;41;45;10;44;44;28;20;43;57;15;41;38;15;30;27;46;30;49;39;36;20;27;70;22;20;25;44;27;45;13;18;26;18;26;30;21;18;25;34;45;86;38;7;24;22;32;50;37;25;48;34;47;14;37;66;81;71;74;84;15;8;12;68;60;96;82;27;13;72;60;125;130\n'

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b"@@ -0,0 +1,387 @@\n+\tPerylene_2H12\tPerylene\tPhenanthrene_2H10\tPhenanthrene\tAnthracene\tAcenaphthylene\tAcenaphthene\tFluoranthene\tPyrene\tpara-Terphenyl\tRetene\tBenzo[b]naphtho[2,1-d]thiophene\t2,3-Benzofluorene\tBenzo[ghi]fluoranthene\tTriphenylene\tBenzanthracene/Benzophenanthrene\tBenzofluoranthene\tBenzo(k)fluoranthene\tBenzo[e]pyrene\tBenzo(a)pyrene\tIndeno[1,2,3-cd]pyrene\tBenzo(g,h,i)perylene\tAnthanthrene\tDibenzanthracene\tCoronene\tDicofol\tBenzophenone\t2-tert-Butyl-4-methoxyphenol\tButylated 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2,3,4,5-Tetrabromobenzoate\tsyn-Dechlorane plus\tanti-Dechlorane plus\talpha-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane\tbeta-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane\t1,2,5,6-Tetrabromocyclooctane\t1,1-Dibromo-2,3,3,4,4,5-hexachloro-2-cyclopenta-2,4-dien-1-ylcyclooctane\talpha-Amylcinnamaldehyde\ttrans-Cinnamaldehyde\tCitral (Geranial)\t1-Fluronaphthalene\talpha-Hexylcinnamaldehyde\tLilial\talpha-Amylcinnamyl alcohol\tEugenol\tIsoeugenol\t4-Methoxybenzyl alcohol\tMethyleugenol\tCinnamyl alcohol\tBenzyl alcohol\tEstragole\tBenzyl benzoate\tBenzyl cinnamate\tBenzyl salicylate\tCamphor\tEucalyptol\tCoumarin\tLimonene\tIsomethyl-alpha-ionone\tdelta-Iraldeine\tSafrole\tCashmeran\tCelestolide\tPhantolide\tTonalide\tTraseolide\tGalaxolide\tAldrin\tEndosulfan\tHeptachlor\tcis-Heptachlor epoxide\tEndosulfan sulphate\tEndrin ketone\ttrans-Chlordane\tcis-Chlordane\tEndrin 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b"@@ -1,387 +0,0 @@\n-;Perylene_2H12;Perylene;Phenanthrene_2H10;Phenanthrene;Anthracene;Acenaphthylene;Acenaphthene;Fluoranthene;Pyrene;para-Terphenyl;Retene;Benzo[b]naphtho[2,1-d]thiophene;2,3-Benzofluorene;Benzo[ghi]fluoranthene;Triphenylene;Benzanthracene/Benzophenanthrene;Benzofluoranthene;Benzo(k)fluoranthene;Benzo[e]pyrene;Benzo(a)pyrene;Indeno[1,2,3-cd]pyrene;Benzo(g,h,i)perylene;Anthanthrene;Dibenzanthracene;Coronene;Dicofol;Benzophenone;2-tert-Butyl-4-methoxyphenol;Butylated hydroxytoluene;Bumetrizole;4-Methylbenzophenone;2,4,6-Tribromophenol;2,6-Dichloro-4-nitroaniline;1-Methylphenanthrene;Triclosan;Drometrizole;Enzacamene;2,4-Di-tert-butyl-6-(5-chloro-2H-benzotriazol-2-yl)phenol;Octrizole;1,2,7,9-Tetrachlorodibenzofuran;2,2',3,4,5,5',6-Heptachlorobiphenyl;2,4,6-Trichlorobiphenyl;2,2',3,3',4,5',6,6'-Octachlorobiphenyl;Mirex;beta-Hexachlorocyclohexane;alpha-1,2,3,4,5,6-Hexachlorocyclohexane;Lindane;delta-Hexachlorocyclohexane;epsilon-Hexachlorocyclohexane;Pentachlorobenzene;Hexachlorobenzene;2,4'-Dichlorodiphenyldichloroethylene;2,4'-Dichlorodiphenyldichloroethane;2,4'-Dichlorodiphenyltrichloroethane;1,2,7,9-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin;2,4,4'-Trichlorobiphenyl;2,2',4,5,5'-Pentachlorobiphenyl;2,3',4,4',5-Pentachlorobiphenyl;2,2',3,4,4',5'-Hexachlorobiphenyl;2,2',4,4',5,5'-Hexachlorobiphenyl;2,2',3,4,4',5,5'-Heptachlorobiphenyl;2,2',5,5'-Tetrachlorobiphenyl;2,3',4,6-Tetrachlorobiphenyl;2,3',5',6-Tetrachlorobiphenyl;2,2',3,4',5-Pentachlorobiphenyl;2,3,3',4,5-Pentachlorobiphenyl;3,3',4,5,5'-Pentachlorobiphenyl;2,3',4,4',5',6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4,5,6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5',6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5,6-Hexachlorobiphenyl;2,3,3',4',5,5',6-Heptachlorobiphenyl;cis-Prallethrin;trans-Prallethrin;cis-Resmethrin;trans-Resmethrin;cis-Tetramethrin;trans-Tetramethrin;Bifenthrin;Fenpropathrin;cis-Phenothrin;trans-Phenothrin;cis-Cyphenothrin;trans-Cyphenothrin;Flucythrinate_isomer1;Flucythrinate_isomer2;cis-Fenvalerate;trans-Fenvalerate;Deltamethrin;Chlorpyrifos oxon;lambda-Cyhalothrin;Tefluthrin;Transfluthrin;cis-Permethrin;trans-Permethrin;cis-Allethrin;trans-Allethrin;cis-Cypermethrin_isomer1;trans-Cypermethrin_isomer1;cis-Cypermethrin_isomer2;trans-Cypermethrin_isomer2;cis-Cyfluthrin_isomer1;trans-Cyfluthrin_isomer1;cis-Cyfluthrin_isomer2;trans-Cyfluthrin_Isomer2;1,2,3,4,7,8-Hexachlorodibenzo-p-dioxin;1,2,3,4,6,7,8-Heptachlorodibenzo-p-dioxin;Octachlorodibenzo-p-dioxin;Octachlorodibenzofuran;1,2,3,7,8-Pentachlorodibenzofuran;1,2,3,4,7,8-Hexachlorodibenzofuran;1,2,3,4,6,7,8-Heptachlorodibenzofuran;2,3,7,8-Tetrachlorodibenzofuran;2,3,7,8-Tetrachlorodibenzo-p-dioxin;1,2,3,7,8-Pentachlorodibenzo-p-dioxin;2,3,4,5-Tetrabromo-6-chlorotoluene;2,3,4,5,6-Pentabromotoluene;2,3,4,5,6-Pentabromoethylbenzene;2,3,5,6-Tetrabromo-p-xylene;Allyl 2,4,6-tribromophenyl ether;2-Bromoallyl(2,4,6-tribromophenyl) ether;Pentabromobenzene;Hexabromobenzene;2,3,4,5,6-Pentabromobenzyl alcohol;2-Ethylhexyl 2,3,4,5-Tetrabromobenzoate;syn-Dechlorane plus;anti-Dechlorane plus;alpha-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane;beta-1,2-Dibromo-4-(1,2-dibromoethyl)cyclohexane;1,2,5,6-Tetrabromocyclooctane;1,1-Dibromo-2,3,3,4,4,5-hexachloro-2-cyclopenta-2,4-dien-1-ylcyclooctane;alpha-Amylcinnamaldehyde;trans-Cinnamaldehyde;Citral (Geranial);1-Fluronaphthalene;alpha-Hexylcinnamaldehyde;Lilial;alpha-Amylcinnamyl alcohol;Eugenol;Isoeugenol;4-Methoxybenzyl alcohol;Methyleugenol;Cinnamyl alcohol;Benzyl alcohol;Estragole;Benzyl benzoate;Benzyl cinnamate;Benzyl salicylate;Camphor;Eucalyptol;Coumarin;Limonene;Isomethyl-alpha-ionone;delta-Iraldeine;Safrole;Cashmeran;Celestolide;Phantolide;Tonalide;Traseolide;Galaxolide;Aldrin;Endosulfan;Heptachlor;cis-Heptachlor epoxide;Endosulfan sulphate;Endrin ketone;trans-Chlordane;cis-Chlordane;Endrin aldehyde;Endrin;4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethylene;Methoxychlor;4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethane;4,4'-Dichlorodiphenyltrichloroethane;Tris(4-tert-butylphenyl) phosphate;Tri-n-butyl-phosphate;Tris(1,3-dichloro-2-propy"..b'99004;0.25699522150266857;0.10086896866641386;0.19470204063894617;0.11098877289750769;0.006075991834095414;0.12927366381808264;0.2082286991025265;0.27240094810916426;0.1654349689057302;0.19840999142874;0.16569982850423232;0.2161122709425279;0.14188794086609754;0.13892041895889107;0.163316162934255;0.19714612348281121;0.11328276368401106;0.1797393737639574;0.11912510425789868;0.1513410655357927;0.17376963876857818;0.11727276196549535;0.18242398225791773;0.42587475586474854;0.26019712746688456;0.14368704499704515;0.2071878076412335;0.09453837918890001;0.17883495196186588;0.230407695094039;0.2003708220640954;0.28221288790938787;0.1632240149541304;0.33569524175870596;0.3064105089065634;0.06757663229398125;0.1875387758604876;0.14809372567415943;0.0852574772349589;0.038518437729193764;0.1694183013806351;0.15289185256222845;0.1323269305931256;0.14183815846488648;0.11892832652180535;0.12040055943475189;0.055133306975097635;0.059734777165814525;0.0566711436003959;0.10411276944449463;0.09983202384693853;0.038921466584489514;0.0866119306764878;0.06992238111265867;0.09431159408139042;0.0938643626333852;0.08034523157647287;0.30621301093750836;0.1961893280957181;0.1611360617918086;0.23758939346985095;0.12271395237074852;0.1430157698712594;0.0833933983294341;0.035843502317569234;0.1633740133739675;0.1483671806190231;0.13613729576468475;0.13641339521522466;0.10219746530932572;0.24528101783913517;0.22010021314888892;0.17232404535039347;0.17930641471345765;0.15547769438760414;0.1764623247344844;0.08065948881320073;0.19144552461877729;0.3183099871734532;0.06306342224555873;0.05987974210984678;0.05740354384209485;0.20721138046115542;0.328456758896439;0.32098885468030136;0.23821868337793292;0.07145396369303544;0.19081119513093286;0.057616601871621285;0.2340183931599587;0.23822558856834722;0.06797270073648182;0.43003853617809873;0.02792424887822149;0.18822156250959438;0.16114686619257262;0.22810608062777601;0.0838224184080167;0.08443319924123477;0.1894850392430079;0.265083072227541;0.10874839217026484;0.21783385621466414;0.006793839193263404;0.08475249990448121;0.12988582068761828;0.2837084520725496;0.07764215735572715;0.08398679648212394;0.09380315448372266;0.21450922103222061;0.27742281155579906;0.04435157844941482;0.35472454340204307;0.3010423011492258;0.06572111033523048;0.35449933960739016;0.184212014644299;0.16510341696367972;0.22650136131747978;0.08545503348016772;0.054746540083621745;0.07158142375321293;0.05222918108605921;0.29873505869435935;0.1592048730563699;0.12242150172343544;0.06834825436267856;0.11787482883203612;0.06533075716795377;0.29220597270428633;0.3204987910247821;0.23075740046511872;0.16013387140172308;0.1031810078648983;0.11609557607181138;0.06536501695877456;0.07528353746322132;0.14631099884719126;0.31686299036015636;0.15686508283056178;0.2502894060505306;0.15632555985381263;0.06157073783891902;0.17850524434839174;0.15082352190116588;0.10496525194001774;0.0328681907045638;0.24179240409750177;0.20560588522808376;0.2271655674450096;0.218989372412798;0.09854462852017379;0.1117782001836314;0.32586231433297036;0.16492586594387235;0.1863221551020623;0.23621550072877454;0.12483921692480258;0.16889581762525904;0.03249926663036536;0.015295084861858975;0.20368054392043403;0.18965962379608556;0.1016530064450796;0.12816683398762763;0.06555661306024704;0.022930759762077174;0.019231613914197573;0.15747279820504434;0.088105124422038;0.34732800952940357;0.12915213761674713;0.026497694389320044;0.07320003712462311;0.15992895420273134;0.04418658553634053;0.22031587132600947;0.10334439566995825;0.054857312240601364;0.14588090116315752;0.0720775597079632;0.2322377084263006;0.009182131128330325;0.08725499132616112;0.23335439715459685;0.26456927574996886;0.20593724958472245;0.16953436023943352;0.2915911520785385;0.1972305838560561;0.061557676013784396;0.08503438513801481;0.16053915107475406;0.14738299237590127;0.3485715331892874;0.331614755581215;0.149139047638064;0.14441111333967438;0.3881349843527812;0.3574090148392564;0.8662836910447197;1.0\n'

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+++ b/test-data/scores_test1_out.tsv Wed Jul 21 07:43:45 2021 +0000

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+++ b/test-data/scores_test3_out.tsv Wed Jul 21 07:43:45 2021 +0000

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aldehyde\tEndrin\t4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethylene\tMethoxychlor\t4,4'-Dichlorodiphenyldichloroethane\t4,4'-Dichlorodiphenyltrichloroethane\tTris(4-tert-butylphenyl) 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+++ b/test-data/scores_test5_out.tsv Wed Jul 21 07:43:45 2021 +0000

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