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data_manager/plasmidfinder_fetch_database.py data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml test-data/plasmidfinder.loc.test |
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| @@ -55,7 +55,7 @@ data_info = dict(value=plasmidfinder_value, name=plasmidfinder_name, date=self._plasmidfinder_date_version, - path="plasmidfinder_database") + path=self._db_name) self.plasmidfinder_table_list["data_tables"][self.data_table_name] = [data_info] return self.plasmidfinder_table_list @@ -209,3 +209,7 @@ if __name__ == '__main__': main() + +plasmidfinder_download = DownloadPlasmidfinderDatabase() +plasmidfinder_download.download_database() +plasmidfinder_download.write_json_infos() \ No newline at end of file |
| b |
| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml --- a/data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml Fri Feb 17 08:04:44 2023 +0000 +++ b/data_manager/plasmidfinder_fetch_database.xml Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 |
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| @@ -26,7 +26,7 @@ <param name="database_select" value="latest"/> <output name="output_file" value="plasmidfinder_test_data_manager_latest.json"> <assert_contents> - <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date":\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name":\ "c18e08c17a59_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path":\ "plasmidfinder_database",\ "value":\ "plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-15"\}\]\}\}"/> + <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database"\:\ \[\{"date"\:\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name"\:\ "\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path"\:\ "plasmidfinder_database",\ "value"\:\ "plasmidfinder_\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w\w_\d\d\d\d-\d\d-\d\d"\}\]\}\}"/> </assert_contents> </output> </test> @@ -35,7 +35,7 @@ <param name="database_select" value="2.1"/> <output name="output_file" value="plasmidfinder_test_data_manager_2.1.json"> <assert_contents> - <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date":\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name":\ "2.1_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path":\ "plasmidfinder_database",\ "value":\ "plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-15"\}\]\}\}"/> + <has_text_matching expression="\{"data_tables"\:\ {"plasmidfinder_database":\ \[\{"date"\:\ "\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "name"\:\ "2.1_\d\d\d\d-\d\d-\d\d",\ "path"\:\ "plasmidfinder_database",\ "value"\:\ "plasmidfinder_1307168b1ce7_\d\d\d\d-\d\d-\d\d"\}\]\}\}"/> </assert_contents> </output> </test> |
| b |
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| b |
| @@ -0,0 +1,2 @@ +*.b +*.name |
| b |
| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 plasmidfinder-db/INSTALL.py --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/plasmidfinder-db/INSTALL.py Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 |
| [ |
| @@ -0,0 +1,54 @@ +#!/usr/bin/python3 +import shutil, os, sys + +# This scripts installs the PlasmidFinder database for using KMA +# KMA should be installed before running this script +# The scripts is assumed to be located together with plasmidfinder's '.fsa' files +# +# First clone the repository: git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/plasmidfinder_db.git + +# Check if executable kma_index program is installed, if not promt the user for path + +interactive = True +if len(sys.argv) >= 2: + kma_index = sys.argv[1] + if "non_interactive" in sys.argv: + interactive = False +else: + kma_index = "kma_index" + +while shutil.which(kma_index) is None: + if not interactive: + sys.exit("KMA index program, {}, does not exist or is not executable".format(kma_index)) + ans = input("Please input path to executable kma_index program or enter 'q'/'quit' to exit:") + if ans == "q" or ans == "quit": + print("Exiting!\n\n \ + Please install executable KMA programs in order to install this database.\n\n \ + KMA can be obtained from bitbucked:\n\n\ + git clone https://bitbucket.org/genomicepidemiology/kma.git\n\n\ + KMA programs must afterwards be compiled:\n\n\ + gcc -O3 -o kma KMA.c -lm -lpthread\n\ + gcc -O3 -o kma_index KMA_index.c -lm") + sys.exit() + + kma_index = ans + + if shutil.which(kma_index) is None: + print("Path, {}, is not an executable path. Please provide absolute path\n".format(ans)) + + +# Index databases + +# Use config_file to go through database dirs +config_file = open("config", "r") +for line in config_file: + if line.startswith("#"): + continue + else: + line = line.rstrip().split("\t") + species = line[0] + # for each dir index the fasta files + os.system("{0} -i {1}.fsa -o {1}".format(kma_index, species)) +config_file.close() + +print("Done") |
| b |
| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 plasmidfinder-db/Inc18.fsa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/plasmidfinder-db/Inc18.fsa Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,84 @@\n+>repUS7_2_rep(pMG1)_AB206333\r\n+ATGTTGAATAGTTGCGAGTATGCGGACGTTTTAGCTAAAATTCTTAAAAATGGAATTAAACAGTTTAATAGCAAAAATCTAGTTGCTTTTAAAAAGAATAGCAATAAGATTGGTGCTATTGCCGGATTTACTTCTAAAACAAACATGATAAAGACTAAAGGTCTTATATATCGTTCTATTGATCGTGTCTTGGAAGATTCAGATGTATTAACACACTGGACTCCTAACGTGTATTCATGGCTTGGTGGCGGTGAAAACAAAACAATTTTTGGTCACAAAGAAGCTAACTTAATTCAGATTAATACTTTTGTAGCAGATATTGACTATCCAGTAGGAGAAAAGAAAACGGATTTGAATTTACTAGTTCTTTATCTATTGGAAGAAGGGTTATTGCCTACACTGATTGTAGATACGCCAAAAGGTTATCATTGCTATTTTCTGATTCAAAACTATAACCAAGAAACTGATTCATTTGATAAGGCAAGCTATATTTCTAATTCAAATGATTTTAAATCTTTGAGAGTTGCTAAAAGAATATCAGAAAATATCAGAAAATCTATCCAAAATCGTTTACCACAAGTCGATATGGGCTGTAATCATTTTGGTATTTTTAGATTTCCAACTAAAAAAAATATTGTACATTATGAACCTAATTTCGTAGATACGTTTGAAGGGTATTTGAAATGGTCAAAAGACTTTGAAGAAAAAGAATATGCTTTAAAGAGGTCTAACTTGTCATTATTAGCTCCTAATTCTACTGGCAAGAAAGGGTCTAAACGACAAATTGATACTAAATGGTACGACTTTTTAATTCATACGGATATTGCTGAAGGAGATAGAAATAAAACTATTTTTACCTTAGCCCTGGCATGTAAATCAAGTGGCTTATCTATTGGCGAGTGTATGGATCAATTGGATCAACTTCAATTCAATAATGATTTGTCCTATTCTGAAGTTGAGAGAACAATAAGAAGTGCTTATCGTGGCGATTACAAAGGTGCTAAAAGTTCATATGTCAATGAAATTATCGAAAATTATGCTACACCTACCGAGTTTGAAAAATACTCAATAAATGTAAATAGACAAGCTGTTAAACGTAAAGGGAATCGTGTCGATCCGTCTAATTGGGTGAAATTTGCTAAACCTAGAGAAGAACGAAAATATAGTCATTTTGAAGAAAGTAAAGCTGATTTATTAGCTTACTTAGAAAGAAAACAAAGATCATTGAAAAAAAATGAGTTGTTTTTAAGTGTCTCTATGGGAACTATATCTGAAGAAACACAAATTCCTGTATCTACGTTAAAGGTGATTTTAAAAGAGCTTAGAACGGCGAATACAGTGATATTACGAACGTCTCGTGGTCGGTATGGATCGACTAAAATAGCAACAAGCAAATTTGTGGAAGCTAAAATATTAAATACAGTTATTCAGAATAAAAAAGATAAACAAGTATTTGTCTTAGAATTATTAGGAACAGCAAATAGCCACGTAGAAACGATTTTAAGACGTTATGAAGACAAAACAGTACCGTTCCATGCGAACATACTGAAAGAAAGAGAAAAGAGCAAACATGCGCCAATTAGAGGAGCTAATACAGGTTAG\r\n+>repUS7_1_rep(pHTbeta)_AB183714\r\n+atgttgaatagttgcgagtatgcggacgttttagctaaaattcttaaaaatggaattaaacagtttaatagcaaaaatctagttgcttttaaaaagaatagcaataagattggtgctattgccggatttacttctaaaacaaacatgataaagactaaaggtcttatatatcgttctattgatcgtgtcttggaagattcagatgtattaacacactggactcctaacgtgtattcatggcttggtggcggtgaaaacaaaacaatttttggtcacaaagaagctaacttaattcagattaatacttttgtagcagatattgactatccagtaggagaaaagaaaacggatttgaatttactagttctttatctattggaagaagggttattgcctacactgattgtagatacgccaaaaggttatcattgctattttctgattcaaaactataaccaagaaactgattcatttgataaggcaagctatatttctaattcaaatgattttaaatctttgagagttgctaaaagaatatcagaaaatatcagaaaatctatccaaaatcgtttaccacaagtcgatatgggctgtaatcattttggtatttttagatttccaactaaaaaaaatattgtacattatgaacctaatttcgtagatacgtttgaagggtatttgaaatggtcaaaagactttgaagaaaaagaatatgctttaaagaggtctaacttgtcattattagctcctaattctactggcaagaaagggtctaaacgacaaattgatactaaatggtacgactttttaattcatacggatattgctgaaggagatagaaataaaactatttttaccttagccctggcatgtaaatcaagtggcttatctattggcgagtgtatggatcaattggatcaacttcaattcaataatgatttgtcctattctgaagttgagagaacaataagaagtgcttatcgtggcgattacaaaggtgctaaaagttcatatgtcaatgaaattatcgaaaattatgctacacctaccgagtttgaaaaatactcaataaatgtaaatagacaagctgttaaacgtaaagggaatcgtgtcgatccgtctaattgggtgaaatttgctaaacctagagaagaacgaaaatatagtcattttgaagaaagtaaagctgatttattagcttacttagaaagaaaacaaagatcattgaaaaaaaatgagttgtttttaagtgtctctatgggaactatatctgaagaaacacaaattcctgtatctacgttaaaggtgattttaaaagagcttagaacggcgaatacagtgatattacaaacgtctcgtggtcggtatggatcgactaaaatagcaacaagcaaatttgtggaagctaaaatattaagtacagttattcagaataaaaaagataaacaagtatttgtcttagaattgttaggaacagcaaatagtcacgtagaaacgattttaagacgttatgaagacaaaacagtaccgttccatgcgaacatactgaaagaaagagaaaagagcaaacatgcgccaattagaggagctaatacaggttag\r\n+>repUS24_1_rep(pZB18)_AB611033\r\n+ATGTTGGATCGACAAGCATACATGGATGTCTTAGAAGGCATTTTAAAAGATGGATTGCAAAAATTTAATAGCAAAAATGTTATGCCTTTAAATAAGTCTGTTAACAAAAAAGGAGCTATTGTAGGCTTTGAATCAAAAGGTCGTTTGATTCAAAGCCAAGGTATAATCTATCGATCTCTTGAAAAACTTTACGCTGATAGCGAATTATTGACACATTGGACTCCTAATGTTTTCTCATGGATTGGTGGGGGAAAAGGGCAATCAGTTTGGGGGCATAGAGAGGATAATTTAATTCAAATAAATACATTTGTTGCTGATATTGATTTCCTTGACAAGAAAGACAAAATCAGTTTGAACAGCCTTGTTCTTTATCTACTGGAAGAAGGTCTTTTACCATATCTTATTTTAGATACACCAAAAGGGTATCATGCTTATTTTCTAATTAAAAACTATAACGAAGAGTCAAGAGAGTACGACAAGGCAAGTTATATTTCAAATGCGAATGGTTATAAATCGCTCCATGTTGCTAAAAGAATATCTGAAAATATAAGAAAAGCAATTAAAAATAGACTTCCAGAAGTTGATATGGGGTGCAATCATTTTGGCGTATTTCGGTTTCCTACACCTCGTAATATTGTGCATTTTGAACCTAATTTCACAAATACCTTTGAGG'..b'AGGTCGTATAAATCGCTTAGAGTATTCTCAACAGATGAATGCTTTGGTGTTTGACCTTGATGCAGTAGGTAAAAATGAGTTAATTAATTTCTTTTCAAGAATAGGAAAAAAGCCAGGGCTAAGAACGCTTCCTCAGCCGACTTTTATTGTAATGAGTGGTACAGGTCTCCATATTTACTATGTATTTAAAGAACCTATTGTTTTATATCCAAATATTAGGCTTCAAATGAAGCAGTTAAAGTATGATTTAACCTTTAAAATGTGGGAGTATAAGGCAACTTCTCAAGAAAAACAGATACAGTATCAGTCAATCAATCAAGGTTTTAGAATGGTTGGTTCTAGAAATGATAAATATGACTTACCAGTAAAGGCTTTTAAAACTGGAGAGAGAGTTACTTTAGATTATATTAATTCTTATGCAGATGAAGAAAAAAATAGAGTAGATATAAATAAGCGATTTAGACCAACTCAATATAGTTTAGAAGAAGCAGAAGAGAAGTTTCCTGAGTGGTATGAGAGAGTAATTGTTCAAGGAGATAAGAGAGCTAAAAGATGGGATATAAAGAGAGATCTTTATGATTGGTGGTTAAGACAGTCTTATAAAGTTAAAGGTGGACATCGTTATTTTTATTTGATGTGTATGGCAATTTATGCTGTAAAGTGTAATATTCCAAAAAATGAAGTTCGAGAAGATATGTATAAAATTTTTGATGAATTAAAGGAAATAGAACATTCTAATCCTTTAGAAGAAGATGATATTAAATCAGCTTTAGAAACCTATGACAGACAATATTATAATTTTACCATTGATGACATTGTAAAATTAACAGATATCCCTATTGAAAAAAACAAAAGAAATTATAGAAAACAAGATCAACATTTAAAACTTGCAAGAGGACAATTAGAATTACTTAAAGAGATGGGAGAAGTAGAAGTAGGTAGACCTTCAAAAGAGAGTCTTGTTAGGGAATATTTAGAAGATAATCCTGAGCATTCTCCAACAAAAATAGCTAGAAATTTAGGAATCAGTCGTACAACAGTTTATAAATATATTTAG\r\n+>repUS18_1_rep(pKKS825)_FN377602\r\n+ATGAGTAATAATATAAAGAATAAGAAGAAGAATTATAGGGAAGTAGAAGAGCTATTAGCTTTTCATTACCAAGAAATAGAAGGGGAAGAATTTTATAAATATATATTTCCTAATAATCAAGATGAAGGAGAAATGTCGGGAGATTATTCTAAACCTAATGCTATTTATTTATATAAGGATCCTAAAGATGAAGGCACAGAAAGGAAGTTAAGAAGAAGAATAATGCTTAATGATACCTGGGAAGAAGACTATAGAGAGTTTGTAGAGGATAATCCTATGACTTTATGTTCAGGTTTAGCTTATAGAGGTCGTATAAATCGCTTAGAGTATTCTCAACAGATGAATGCTTTGGTGTTTGACCTTGATGCAGTAGGTAAAAATGAGTTAATTAATTTCTTTTCAAGAATAGGAAAAAAGCCAGGGCTAAGAACGCTTCCTCAGCCGACTTTTATTGTAATGAGTGGTACAGGTCTCCATATTTACTATGTATTTAAAGAACCTATTGCTTTATATCCAAATATTAAGCTTCAAATGAAGCAGTTAAAGTATGATTTAACCTTTAAAATGTGGGAGTATAAGGCAACTTCTCAAGAAAAACAGATACAGTATCAGTCAATCAATCAAGGTTTTAGAATGGTTGGTTCTAGAAATGATAAATATGACTTACCAGTAAAGGCTTTTAAAACTGGAGAGAGAGTTACTTTAGATTATATTAATTCTTATGCAGATGAAGAAAAAAATAGAGTAGATATAAATAAGCGATTTAGACCAACTCAATATAGTTTAGAAGAAGCAGAAGAGAAGTTTCCTGAGTGGTATGAGAGAGTAATTGTTCAAGGAGATAAGAGAGCTAAAAGATGGGATATAAAGAGAGATCTTTATGATTGGTGGTTAAGACAGTCTTATAAAGTTAAAGGTGGACATCGTTATTTTTATTTGATGTGTATGGCAATTTATGCTGTAAAGTGTAATATTCCAAAAAATGAAGTTCGAGAAGATATGTATAAAATTTTTGATGAATTAAAGGAAATAGAACATTCTAATCCTTTAGAAGAAGATGATATTAAATCAGCTTTAGAAACCTATGACAGACAATATTATAATTTTACCATTGATGACATTGTAAAATTAACAGATATCCCTATTGAAAAAAACAAAAGAAATTATAGAAAACAAGATCAACATTTAAAACTTGCAAGAGGACAATTAGAATTACTTAAAGAGATGGGAGAAGTAGAAGTAGGTAGACCTTCAAAAGAGAGTCTTGTTAGGGAATATTTAGAAGATAATCCTGAGCATTCTCCAACAGAAATAGCTAGAAATTTAGGAATCAGTCGTACAACAGTTTATAAATATATTTAG\r\n+>repUS11_rep(pTEF3)_AE016832\r\n+ATGAAAGTTTCTGACGTTATTTCAGTTATTTTAAAAAGTGGCATTCGTGAATACAAGTATTTAAACAGCAAAATTAAACCAATCGGCTATAAAGCTGAAGGGAAAAAAGGTGCTATTTTTGGGTTTAGATCAAAGGAGTTAATGACGGAATCTCGTGGAATCGTTCTTACTTCTCAAGAAGCCTTAGCTGAAAATGAAGATAAATTTACTCATTGGACCCCTAATGTTTATAGTTATGGTGCATATGCTGATGATAATAGAACTATTGTTAAAGGCCACAACGAAAGAAACTTGCAACAAATCAATACTTTTGTAATCGATTTTGATCGCTCACTAGGTGAAATATTAGATTCTCAAATGATTCTCGATGCTGCAATTGATCTGGAACTGATGCCAACGCTAATTTTAGAAACTCCAGGGGGATTTCAAGCGTATTTCATTCTTGAAAATGCCTGGTACATTTCTTCAAAAAATAATTATCAATCAATCGAAGTGGCCAAGAGAGTATCTGAAAATTTAAGAAAAGCATTTGCTGAAGTATTGCCTTCGGTCGATTTGGGGTGCAACCATTTTGGTATTGCACGTATTCCTAGAACAGACAATGTAGTCTATTACTACCCAGCACTGACACATGATATGCAACAACTAATCCAGTGGTCCATGAAATTTGAGCCAAAAAGAACACATAAAAAACCGAATCTTAATGTTGTTGCTGTAAAGATGAATCAGATTAAAGAGCAGTGGGTTAAAGTTTTAATTGATAATCCGCAAGTCGTCGGTACTAAAGGAAAACTAGGACGAAACAATGTAATTTTTACTTTATCTTTGGCTTACTATGCGTCAAAAATTGAACAAGACCGCTGTTTTGATGATATGGATGTATTCAACAGTTCTTTGAATTATCCTCTATCAGTTTCAGAAATAAAGAGAATTGTTAAGAGTGCTTACTCAGGTAAATATAAAGGCGCAAGCAAAACCTATGTGCAAGAACTAGTGTCAAATTGGGGATTAGAATCGTTATCTGAGGAAAAAATGTTTACACAGCAAAGAAATACTTGGTACAAATTTAAGAAGGAACGTCATAAAAGAAAAAAATCTCACCTTTCCGAATGGAAAAAAGATATTTTAGATTACCTTGAAACCCAGTGTTATAGATATCGACCTGAAGTTAGTATGAAGAAAACAGATTTGCAAGCGGCTGTTACTTTCAATGGGCAATCGATTCCTAAAAGATCACTTGACCGTGCACTACAAGAATTAGTGGCCGAAGGTAAATTATTTGTACAAACAAAAGCCGGTAGGGGTGGAGGACTAGTAGTTGCTACTCGGAAAGCATTAATTCGTACAGTTATTCAAGTAAAACAGCAAGTCAAATATGCTTATAAACAGGGTATTAAGACATTCTTTAAAGAAGCTGATATGTTAGTAAGACTGTTTGAACAAACTGATAAAAACAGTCAAAGAGCCAGAGAATACAAGCAATTAAAACTATGGAACACTGGATAA\r\n' |
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| b |
| b'@@ -0,0 +1,16 @@\n+>rep3_1_rep63A(pAW63)_BTH011655 \r\n+atgaatacagtacaaaaagctattgaattaatactacataaagggttacgaaaatataaatctaaaaattcgaaagctggactagtatctattgcacatcaagagaaatttgaaagcaaagtgttaaatgggaagaagaataaaaagggttcaatttttattactcgtaagaaagaagatttaagcgctaagtttgggactcgtggcgtagtattatcttctgaagaagctgtactggatcatgtaggacaggcttctcactggacacctaatgtatataattttggtacatatggtcaaaatggtcttcgtacaattgtagggcatacggaaaagaacctacaacaaattaactgttttgttattgatattgattcaaagtcattccctatgactgcgattaatgatgtggcattaaatgcaggttttggtgtaccgactatgattcttgaaacaacgaagggttatcaagtgtattatgtgttggataaagctgtgtacgtatcaaataacaagaactttatagctattaaatcagcgaaacgtatctctcaaaacttaagagaaatgtttgctgagagtttgccaaacgtggatttaacatgcaatcactttgggttcttcagaatgccttcagttcaaaatgttgtgatgttctttgaggaaaatgtgtatacattcaaggagttacaggagtggagcaagcgtcaagacgacaataagggaaatgaacagtttcataatgtgatagagagtccttttgctaaaaacactcctgtagagcaaccaaagcaaatggatgaactatggttcaaacaagtaattagttgtacaaatgtatctccaaaacaaacaaaggcagggcgaaacaatgcgatttttaccctttctttagcgtgtttccaaagtcaatatgctattaaagacacaatggacttaatggatcagtttaatagtaacctagagcaaccgctagatcacacagaggttagaggaattgttatgtctgcatactctggaaagtaccaggcagcacataaagattacatagagcgtttattacaaacatacggtgtgggtggacaagcttcagcttttcgtgcaccttcagtattgtggaagaaacataagaaacaacgtaaggatcgtgtgcgtagtcattggcatgaatgggaagctgacattattactttcttatccatgaattcaaaaaacaaacctgtgctatactttacacaatcagaactgtgcgaagcgcttaacattccccgcagcacattaaacacggttctaaagaagagtacaaaaatccataaaacggttgagggaaaagggaaaacagcaaaaacaggattttctacaatcggcatgctaattgcatttgcattaaaagaaaatggcaaaagaagagagagctatttaaactacttacaagggctatttcctcaaatgggtaatattcttggacaagcaaaaacaagtaacgccatagaagaacaagagacactttacagcatattagaagggctaccagctggttaa\r\n+>rep3_2_rep165(pBMB165)_DQ242517 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\r\n+gtgaatgagtgggaaaaacttaaccgcatttctaacaggcggttaaagtatcaaagtttgacccttcccttaaaaatgcagtggtcaattgaccgaattaccatagtcggaaaactgaaagaaaatatttattatcacactccaaatgatgtgttgattttaaattttgaacagcttatgcgtttgaacgaaggcaatggttatttaaaagctgttgggaataatgggtggcaattattagaccaacacgaggaaaatatagcttatattgagattcttaaatttcatgaaggaaaagggcggattgactttaatcctaataaaatcaatcaatttttatcaggttccatgaaaaatttcattcatgatttatttctagaacctcatttttcacgtgcggatattgcttgcgatattgtagatattcccgatgactttgttagtcagtatcgtgtagttgatcctgtgtcttttaaaccaatttatgggcgttctggtaagttagaaacggcatattggggtagtcgtgccagtgaacgacaaattcgaatgtacaataaaaaattggaacaagaaagaaaacgtaaaattgttccgccggaaataacgacatggtggcgactagaattgcagttacgaaggggaaaagcaactgattggcatgagatggttcatgaaagtttggatagctttgctagtccacattattttccgccaaatactaaagttactgaacggattatggtgaaaggtttgctttatgatcattctgagtggggaaatctagctaagaatacaaagaaaaaatacagggatttgttgaagcaagaaagtcaaaatgatgaattgacgaatcatttgcgagagtcatttgcggaatcggcagacgatttgaaacgagaattagatacatggctccaaggacttgatgtaacggaagtaggtgctgaa\r\n+>rep14b_1_repA(pJS42)_EU370688\r\n+GTGAATGAGTGGGAAAAACTTAACCGCATTTCTAACAGGCGGTTAAAGTATCAAAGTTTGACCCTTCCCTTAAAAATGCAGTGGTCAATTGACCGAATTACCATAGTCGGAAAACTGAAAGAAAATATTTATTATCACACTCCAAATGATGTGTTGATTTTAAATTTTGAACAGCTTATGCGTTTGAACGAAGGCAATGGTTATTTAAAAGCTGTTGGGAATAATGGGTGGCAATTATTAGACCAACACGAGGAAAATATAGCTTATGTTGAGATTCTTAAATTTCATGAAGGAAAAGGGCGGATTGACTTTAATCCTAATAAAATCAATCAATTTTTATCAGGTTCCATGAAAAATTTCATTCACGATTTATTTCTAGAACCTCATTTTTCACGTGCGGATATTGCTTGCGATATTGTAGATATTCCCGATGACTTTGTTAGTCAGTATCGTGTAGTTGATCCTGTGTCCTTTAAACCAATTTATGGGCGTTCTGGTAAGTTAGAAACGGCATATTGGGGTAGTCGTGCCAGTGAACGACAAATTCGAATGTACAATAAAAAATTGGAACAAGAAAGAAAACGTAAAATTGTTCCGCCGGAAATAACGACATGGTGGCGACTAGAATTGCAGTTACGAAGGGGAAAAGCAACTGATTGGCATGAGATGGTTCATGAAAGTTTGGATAGCTTTGCTAGTCCACATTATTTTCCGCCAAATACTAAAGTTACTGAACGGATTATGGTGAAAGGTTTGCTTTATGATCATTCTGAGTGGGGAAATCTAGCTAAGAATACAAAGAAAAAATACAGGGATTTGTTGAAGCAAGAAAGTCAAAATGATGAATTGACGAATCATTTGCGAGAGTCATTTGCGGAATCGGCAGACGATTTGAAACGAGAATTAGATACATGGCTCCAAGGACTTGATGTAACGGAAGTAGGTGCTGAA\r\n+>rep14b_2_EFAU085p6001(AUS0085p6)_CP006626\r\n+TTGAGTAAACGTGGCACGATCATAAATGAGTGGGAAAATTTAACAGCCCTATCTAACAGGCGGTTAAGTGTGCAAACTTTGACCACCCCCCTTAAAATACAGTGGTCAATTGACCGAATTACCATTGTTGGAAAACTCAAAGAGAATATTTATTATCACACGCAAAATGATGTATTGATTTTAGACTTTGAACAGTTAATGCGACTGAATGAAAATAATGGTTATGTTAAATCTGTTGGTCTAAATGGTTGGCAAATTGTGGATAAGCATGATGAGAATATTGCTTACATTGAAATTTTGAAATATCAAGAAGGGCAAGGGCGAATTGACTTTAACCCAAATAAAATTAGCCAATTTTTGGCGGGTTCGATGAAGAACTTTATCCATGATTTATTTTTAGAACCACATTTCTCACGTGCTGATATTGCTTGCGACATTATCGATGTGCCTGATGATTTTATTACGCAATATCGTGTGGTTGACCCTGTTTCATTCAAACCAATCTATGGGCGGTCTGGGAAGCTGGAAACGGCATATTGGGGTAGTCGTGCCAGTGAGCGACAAATAAGGATGTACAACAAAAAATTGGAACAAGAAACCAAACGGAAAATTGTACCACCGGAAATAAAAACTTGGTGGCGACTGGAATTGCAGTTACGGCGTGGAAAAGCTACTGATTGGTATGCGATGGTTCATGAAAGTTTAGACAGTTTCGCA'..b'TTATTGGAACGATTGTTTTAATGATTTACATATTTTGAAACCAGATTGGTCTAGTTTAGAAAAAGTAAAAGACCAAGCAATGATTTATATGCTAATTCAT\r\n+>rep7a_19_rep(pACK4)_EU930825\r\n+ATGTCTGAAAATATTCGAGAAAATCATTCAAAACAAGGCACATCAGAGAAAGTTACAAATTACACCAGAACCGGCTACTCTAATAGCCGGTTAAACCGACATACTATGTACACCCCCTCTCCAAAATTAAGTTTTGATGCTATGACTATTGTTGGAAATCTTAATAAAAATAATGCTCAAAAACTCTCTAAATTTATGAGCATTGAGCCACAAATTAGACTTTGGGATATCTTACAAACCAAATTTAAAGCTAAAGCACTGCAAGAAAAAGTTTATATTGAGTATGACAAAGTAAAAGCAGATACATGGGATAGACGTAATATGCGTGTTGAATTTAATCCGAATAAACTTACGCATGAAGAAATGCTTTGGTTAAAACAAAATATTATCGACTACATGGAAGATGACGGTTTTACAAGATTAGATTTAGCCTTTGATTTTGAAGATGATTTAGGCGATTATTACGCAATAACTGATAAAGCAGTTAAGAAAACTGTATTTTATGGTCGTAATGGTAAGCCAGAAACAAAATATTTTGGCGTTCGTGATAGTGACAGATTTATTAGAATTTATAATAAAAAACAGGAACGTAAAGATAATGCAGATATTGAAGTCATATCCGAACACTTATGGCGTGTAGAAATTGAGTTAAAAAGAAATATGGTTGATTTTTGGAACGATTGCTTTAATGATTTGCATATATTACAACCAGATTGGAAAACTATTGAACGTACTTCTGACAGAGCAATGGTTTTTATGTTGTTGAATGATGAAGAAGAATGGGGAAAATTAGAAAGACGTACTAAGAATAAATATAAAAAAATAATCAAAGAAATATCTCCAATTGATTTAACTGAAATAATGAAATTGACTTTACGAGAAAACGAAAAACAATTGCAAAAGCAGATTGATTTTTGGCTTTCTGATTTTCGGTTTTGA\r\n+>rep7a_20_SEp203(pSE12228p02)_AE015931\r\n+ATGAGTAAGAAAAATCATTCAAATCACTTACGAAATAAGGATTTAGATAATTTTTCTAAAACCGGCTACTCTAATAGCCGGTTAAACCGACATACTATGTACACACCCGAACCAAAATTAAGCTTTGACGCTATGACTATTGTTGGAAATCTTAATAAAAATAATGCTCACAAACTATCTGAATTTATGAGTATTGAGCCACAAATACGACTTTGGGATATACTTCAAACTAAATTTAAAGCTAAGGCGCTACAAGAAAAAGTTTATATTGAATATGACAAAGTAAAAGCAGATACGTGGGATAGACGTAATATGCGTGTTGAATTTAATCCAAATAAACTTACGCATGAAGAAATGCTTTGGTTAAAACAAAACGTTATCGACTACATGGAAGATGACGGTTTTACAAGATTAGATTTAGCTTTTGATTTTGAAGATGATTTAAGTGATTATTATGCAATGACTGATAAATCAGTTAAGAAAACTATTTTCTATGGTCGTAATGGTAAACCAGAAACAAAATATTTTGGTGTTCGTGACAGTGATAGGTTTATTAGAATTTATAATAAAAAACAGGAACGTAGGGATAATGCAAATATTGAAGTTGTTTCAGAACATCTATGGCGTGTAGAAATTGAATTAAAAAGAGGTATGGTTGATTATTGGAACGATTGTTTTGGTGATTTACATATATTACAACCAGATTGGAAAACTATCGAACGTACTTCTGATAGATCAATGGTTTTTATGTTGTTGAATGACGAAGAAGAATGGGGAAAATTAGAAAGACGTACTAAGAATAAATATAAGCAATTAATTAAAGAAATATCTCCAGTTGATTTAACGGAATTAATGAAATTGACTTTAAAAGCGAATGAAAAACAATTGCAAAAGCAGATTGATTTTTGGTTAATTAAATAA\r\n+>rep7a_21_CDS1(pCW7)_J03323\r\n+atgagtaaaaataatcacgcaaatcattcaaatcatttagaaaatcacgatttagacaatttttctaaaaccggctactctaatagccggttaaaccgacatactatgtacaccccggaaccaaaattaagttttgacgctatgactattgttggaaatcttaataaaaataatgctcacaaactatctgaatttatgagtgtcgagccacaaattcgactttgggatatactacaaactaaatttaaagctaaagctctacaagaaaaggtttatatcgaatatgacaaagtaaaagcagatacgtgggatagacgtaatatgcgtgttgaatttaatccaaataaacttacgcatgaagaaatgctttggttaaaacaaaacattatcgactacatggaagacgatggttttacaagattagatttagcttttgattttgaatatgatttaagtgattattatgcaatgactgataaatcagttaagaaaactattttttatggtcgtaacggtaaaccagaaacgaaatattttggtgttcgtgacagtgatagatttattagaatttataataaaaaacaggaacgcaaagataatgcagatattaaaattatgtctgaacacttatggcgtgtagaaattgaattaaaaagagatatggttgattattggaacgattgttttaatgatttacatatattacaaccagattggaaaactatcgaacgtacttctgatagagcaatggtttttatgttgttgaatgatgaagaagaatggggaaaattagaaagacgtactaagaataaatataaaaaattaattaaagaaatatctctaattgatttaactgatttaatgaaatcgactttaaaagcgaacgaaaaacaattgcaaaagcagattgatttttggcaacgtgaatttagattttggaagtaa\r\n+>rep7a_22_rep(pSBK203)_U35036\r\n+ATGATTAAAAAAGCAGAAGAAATTCAGGCAAAACAAAGCTTAGAAAACGAAAACTTAAATTTTTCTAAAACCGGATACTCTAATAGCCGGTTAAACCGACATACTATGTACACCCCGGAACCAAAATTAAGTTTTGACGCTATGACTATTGTTGGAAATCTTAATAAAAATAATGCTCACAAACTATCTGAATTTATGAGTGTCGAGCCACAAATTCGACTTTGGGATATACTACAAACTAAATTTAAAGCTAAAGCTCTACAAGAAAAAGTTTATATCGAATATGACAAAGTAAAAGCAGATACGTGGGATAGACGTAATATGCGTGTTGAATTTAATCCAAATAAACTTACGCATGAAGAAATGCTTTGGTTAAAACAAAACATTATCGACTACATGGAAGACGATGGTTTTACAAGATTAGATTTAGCTTTTGATTTTGAATATGATTTAAGTGATTATTATGCAATGACTGATAAATCAGTTAAGAAAACTATTTTTTATGGTCGTAACGGTAAACCAGAAACGAAATATTTTGGTGTTCGTGACAGTGATAGATTTATTAGAATTTATAATAAAAAACAGGAACGCAAAGATAATGCAGATATTAAAATTATGTCTGAACACTTATGGCGTGTAGAAATTGAATTAAAAAGAGATATGGTTGATTATTGGAACGATTGTTTTAATGATTTACATATATTACAACCAGATTGGAAAACTATCGAACGTACTTCTGATAGAGCAATGGTTTTTATGTTGTTGAATGATGAAGAAGAATGGGGAAAATTAGAAAGACGTACTAAGAATAAATATAAAAAATTAATTAAAGAAATATCTCTAATTGATTTAACTGATTTAATGAAATCGACTTTAAAAGCGAACGAAAAACAATTGCAAAAGCAGATTGATTTTTGGCAACGTGAATTTAGATTTTGGAAGTAA\r\n' |
| b |
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| b |
| @@ -0,0 +1,13 @@ +# Database configuration file - Describes the content of the database +# Each db consist of 1 file(s) with the following extensions: fsa +# Other important files are: notes.txt +#db_prefix name description +enterobacteriales Enterobacteriales Enterobacteriales +Inc18 Gram Positive Inc18 +NT_Rep Gram Positive NT_Rep +Rep1 Gram Positive Rep1 +Rep2 Gram Positive Rep2 +Rep3 Gram Positive Rep3 +RepA_N Gram Positive RepA_N +RepL Gram Positive RepL +Rep_trans Gram Positive Rep_trans |
| b |
| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 plasmidfinder-db/enterobacteriales.fsa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/plasmidfinder-db/enterobacteriales.fsa Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 |
| b |
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No newline at end of file\n' |
| b |
| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 test-data/plasmidfinder.loc.test --- a/test-data/plasmidfinder.loc.test Fri Feb 17 08:04:44 2023 +0000 +++ b/test-data/plasmidfinder.loc.test Fri Feb 17 14:03:19 2023 +0000 |
| b |
| @@ -2,3 +2,9 @@ plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-15 2.1_2023-02-15 2023-02-15 plasmidfinder_database plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-15 c18e08c17a59_2023-02-15 2023-02-15 /tmp/tmp19jlq5v4/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/c18e08c17a59_2023-02-15 plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-15 2.1_2023-02-15 2023-02-15 /tmp/tmp19jlq5v4/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/2.1_2023-02-15 +plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-17 c18e08c17a59_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpkf9b8oam/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/c18e08c17a59_2023-02-17 +plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-17 2.1_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpkf9b8oam/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/2.1_2023-02-17 +plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-17 c18e08c17a59_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpxhdyhsl6/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/c18e08c17a59_2023-02-17 +plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-17 2.1_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpxhdyhsl6/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/2.1_2023-02-17 +plasmidfinder_c18e08c17a59_2023-02-17 c18e08c17a59_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpt_c58x8j/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/c18e08c17a59_2023-02-17 +plasmidfinder_1307168b1ce7_2023-02-17 2.1_2023-02-17 2023-02-17 /tmp/tmpt_c58x8j/galaxy-dev/tool-data/plasmidfinder-db/2.1_2023-02-17 |
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| diff -r bd56ac4cca16 -r 5ffc68b4ec04 tmp_database/plasmidfinder-db.gz |
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| Binary file tmp_database/plasmidfinder-db.gz has changed |