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modified:
matchms.xml
matchms_wrapper.py

added:
test-data/matches_rcx_fill_greedy.csv
test-data/matches_rcx_fill_hungarian.csv
test-data/matches_symmetric_fill_greedy.csv
test-data/rcx_fill_cosine_greedy.csv
test-data/rcx_fill_cosine_hungarian.csv
test-data/recetox_gc-ei_ms_20201028.msp
test-data/symmetric_fill_cosine_greedy.csv

removed:
test-data/output.csv

diff -r 6a736abe431f -r 4aecfd6b319b matchms.xml
--- a/matchms.xml Mon Dec 07 20:12:13 2020 +0000
+++ b/matchms.xml Wed Mar 17 11:40:17 2021 +0000

[

@@ -1,6 +1,6 @@
-<tool id="matchms" name="matchMS" version="0.6.0+galaxy1">
+<tool id="matchms" name="matchMS" version="0.8.2+galaxy2">
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.6.1">matchms</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.8.2">matchms</requirement>
         <requirement type="package" version="1.1.4">pandas</requirement>
     </requirements>

@@ -9,7 +9,7 @@
     </environment_variables>

     <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
-        python3 ${__tool_directory__}/matchms_wrapper.py "$references" "$queries" "$similarity_scores" "$similarity_metric"
+        python3 ${__tool_directory__}/matchms_wrapper.py "$references" "$queries" "$similarity_metric" "$similarity_scores" "$similarity_matches"
     ]]>    </command>

     <inputs>
@@ -23,7 +23,8 @@
     </inputs>

     <outputs>
-        <data label="$similarity_metric similarity of ${on_string}" name="similarity_scores" format="csv" />
+        <data label="$similarity_metric scores of ${on_string}" name="similarity_scores" format="csv" />
+        <data label="$similarity_metric matches of ${on_string}" name="similarity_matches" format="csv" />
     </outputs>

     <tests>
@@ -31,7 +32,22 @@
             <param name="references" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
             <param name="similarity_metric" value="CosineGreedy"/>
-            <output name="similarity_scores" file="output.csv" ftype="csv" checksum="md5$0fd5cb719f8aa66ec5d9aeddca4b5fe7"/>
+            <output name="similarity_scores" file="symmetric_fill_cosine_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$1be210e4a219f6a9315d6ca840d89247"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_symmetric_fill_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$93a43a55e02c099581e5765d6ead9f13"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="references" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
+            <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
+            <param name="similarity_metric" value="CosineGreedy"/>
+            <output name="similarity_scores" file="rcx_fill_cosine_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$f9f9e3f9483de9486658fcdbba92451e"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_rcx_fill_greedy.csv" ftype="csv" checksum="md5$4aadb19c261fa41907d80f2d326055b6"/>
+        </test>
+        <test>
+            <param name="references" value="recetox_gc-ei_ms_20201028.msp" ftype="msp"/>
+            <param name="queries" value="fill.msp" ftype="msp"/>
+            <param name="similarity_metric" value="CosineHungarian"/>
+            <output name="similarity_scores" file="rcx_fill_cosine_hungarian.csv" ftype="csv" checksum="md5$e4063294e0f70e0e966a252ec43a1537"/>
+            <output name="similarity_matches" file="matches_rcx_fill_hungarian.csv" ftype="csv" checksum="md5$4aadb19c261fa41907d80f2d326055b6"/>
         </test>
     </tests>

@@ -51,11 +67,12 @@
         RAMClustR outputs a collection of **msp** files which can be matched to a library (.msp) using a similarity score computed in matchMS.

     Downstream Tools
-        The **output** is a csv which contains the similarity score and the number of matched peaks as a tuple.
+        The **output** is a csv which contains the similarity score and second csv containing the number of matched peaks.
     ]]></help>

     <citations>
+        <citation type="doi">10.5281/zenodo.4589154</citation>
         <citation type="doi">10.21105/joss.02411</citation>
     </citations>
</tool>

diff -r 6a736abe431f -r 4aecfd6b319b matchms_wrapper.py
--- a/matchms_wrapper.py Mon Dec 07 20:12:13 2020 +0000
+++ b/matchms_wrapper.py Wed Mar 17 11:40:17 2021 +0000

[

@@ -1,7 +1,6 @@
import argparse
import sys

-import pandas
from matchms import calculate_scores
from matchms.importing import load_from_msp
from matchms.similarity import (
@@ -12,6 +11,7 @@
     ModifiedCosine,
     ParentMassMatch
)
+from pandas import DataFrame

def main(argv):
@@ -20,8 +20,9 @@
         "references_filename", type=str, help="Path to reference MSP library."
     )
     parser.add_argument("queries_filename", type=str, help="Path to query spectra.")
-    parser.add_argument("output_filename", type=str, help="Path where to store the output .csv.")
     parser.add_argument("similarity_metric", type=str, help='Metric to use for matching.')
+    parser.add_argument("output_filename_scores", type=str, help="Path where to store the output .csv scores.")
+    parser.add_argument("output_filename_matches", type=str, help="Path where to store the output .csv matches.")

     args = parser.parse_args()

@@ -51,8 +52,14 @@

     query_names = [spectra.metadata['name'] for spectra in scores.queries]
     reference_names = [spectra.metadata['name'] for spectra in scores.references]
-    dataframe = pandas.DataFrame(data=scores.scores, index=reference_names, columns=query_names)
-    dataframe.to_csv(args.output_filename, sep=';')
+
+    # Write scores to dataframe
+    dataframe_scores = DataFrame(data=[entry["score"] for entry in scores.scores], index=reference_names, columns=query_names)
+    dataframe_scores.to_csv(args.output_filename_scores, sep=';')
+
+    # Write number of matches to dataframe
+    dataframe_matches = DataFrame(data=[entry["matches"] for entry in scores.scores], index=reference_names, columns=query_names)
+    dataframe_matches.to_csv(args.output_filename_matches, sep=';')
     return 0

diff -r 6a736abe431f -r 4aecfd6b319b test-data/matches_rcx_fill_greedy.csv
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/matches_rcx_fill_greedy.csv Wed Mar 17 11:40:17 2021 +0000

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True"\r\n+232.17703\t61957\r\n+237.16373\t184777\t"Theoretical m/z 237.164326, Mass diff 0 (0 ppm), Formula C18H21"\r\n+238.16693\t38109\r\n+241.15854\t66162\t"Theoretical m/z 241.158691, Mass diff 0 (0.62 ppm), SMILES O=C3C=C2CCC1C(CC)CCCC1C2(C)CC3, Annotation [C17H26O-5H]+, Rule of HR True"\r\n+242.16649\t51489\r\n+245.19052\t102650\t"Theoretical m/z 245.189996, Mass diff 0.001 (2.14 ppm), SMILES OC1CCC2C3CCC(=C)C(C)(C)C3(CCC12(C)), Annotation [C17H28O-3H]+, Rule of HR True"\r\n+246.19786\t1126362\r\n+247.2011\t212107\r\n+252.18724\t143505\r\n+255.17436\t288345\t"Theoretical m/z 255.174341, Mass diff 0 (0.08 ppm), SMILES O=C3C=C2CCC1C4CCCC4(CCC1C2(C)CC3), Annotation [C18H26O-3H]+, Rule of HR True"\r\n+256.17764\t54890\r\n+259.16943\t50245\t"Theoretical m/z 259.169244, Mass diff 0 (0.72 ppm), SMILES O=C3C=C2CCC1C(C)C(CO)CCC1C2(C)CC3, Annotation [C17H26O2-3H]+, Rule of HR True"\r\n+260.17758\t70396\r\n+270.19791\t397018\r\n+271.20062\t89701\r\n+273.18549\t199263\t"Theoretical m/z 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