Repository 'report_clonality_igg'
hg clone https://eddie.galaxyproject.org/repos/davidvanzessen/report_clonality_igg

Changeset 22:2555b94dbdb2 (2015-01-15)
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genes.txt
b
diff -r 2424111b9198 -r 2555b94dbdb2 RScript.r
--- a/RScript.r Mon Jan 12 11:06:49 2015 -0500
+++ b/RScript.r Thu Jan 15 09:16:19 2015 -0500
[
b'@@ -168,82 +168,28 @@\n \n # ---------------------- Setting up the gene names for the different T/B, human/mouse and locus ----------------------\n \n-V = c("v.name\\tchr.orderV\\n")\n-D = c("v.name\\tchr.orderD\\n")  \n-J = c("v.name\\tchr.orderJ\\n")\n+genes = read.table("genes.txt", sep="\\t", header=TRUE, fill=T, comment.char="")\n \n-if(species == "human"){\n-  if(locus == "trb"){\t\t\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nTRBV2\\t1\\nTRBV3-1\\t2\\nTRBV4-1\\t3\\nTRBV5-1\\t4\\nTRBV6-1\\t5\\nTRBV4-2\\t6\\nTRBV6-2\\t7\\nTRBV4-3\\t8\\nTRBV6-3\\t9\\nTRBV7-2\\t10\\nTRBV6-4\\t11\\nTRBV7-3\\t12\\nTRBV9\\t13\\nTRBV10-1\\t14\\nTRBV11-1\\t15\\nTRBV10-2\\t16\\nTRBV11-2\\t17\\nTRBV6-5\\t18\\nTRBV7-4\\t19\\nTRBV5-4\\t20\\nTRBV6-6\\t21\\nTRBV5-5\\t22\\nTRBV7-6\\t23\\nTRBV5-6\\t24\\nTRBV6-8\\t25\\nTRBV7-7\\t26\\nTRBV6-9\\t27\\nTRBV7-8\\t28\\nTRBV5-8\\t29\\nTRBV7-9\\t30\\nTRBV13\\t31\\nTRBV10-3\\t32\\nTRBV11-3\\t33\\nTRBV12-3\\t34\\nTRBV12-4\\t35\\nTRBV12-5\\t36\\nTRBV14\\t37\\nTRBV15\\t38\\nTRBV16\\t39\\nTRBV18\\t40\\nTRBV19\\t41\\nTRBV20-1\\t42\\nTRBV24-1\\t43\\nTRBV25-1\\t44\\nTRBV27\\t45\\nTRBV28\\t46\\nTRBV29-1\\t47\\nTRBV30\\t48")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\nTRBD1\\t1\\nTRBD2\\t2\\n")\t\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nTRBJ1-1\\t1\\nTRBJ1-2\\t2\\nTRBJ1-3\\t3\\nTRBJ1-4\\t4\\nTRBJ1-5\\t5\\nTRBJ1-6\\t6\\nTRBJ2-1\\t7\\nTRBJ2-2\\t8\\nTRBJ2-3\\t9\\nTRBJ2-4\\t10\\nTRBJ2-5\\t11\\nTRBJ2-6\\t12\\nTRBJ2-7\\t13")\n-  } else if (locus == "tra"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderVTRAV1-1\\t1\\nTRAV1-2\\t2\\nTRAV2\\t3\\nTRAV3\\t4\\nTRAV4\\t5\\nTRAV5\\t6\\nTRAV6\\t7\\nTRAV7\\t8\\nTRAV8-1\\t9\\nTRAV9-1\\t10\\nTRAV10\\t11\\nTRAV12-1\\t12\\nTRAV8-2\\t13\\nTRAV8-3\\t14\\nTRAV13-1\\t15\\nTRAV12-2\\t16\\nTRAV8-4\\t17\\nTRAV13-2\\t18\\nTRAV14/DV4\\t19\\nTRAV9-2\\t20\\nTRAV12-3\\t21\\nTRAV8-6\\t22\\nTRAV16\\t23\\nTRAV17\\t24\\nTRAV18\\t25\\nTRAV19\\t26\\nTRAV20\\t27\\nTRAV21\\t28\\nTRAV22\\t29\\nTRAV23/DV6\\t30\\nTRAV24\\t31\\nTRAV25\\t32\\nTRAV26-1\\t33\\nTRAV27\\t34\\nTRAV29/DV5\\t35\\nTRAV30\\t36\\nTRAV26-2\\t37\\nTRAV34\\t38\\nTRAV35\\t39\\nTRAV36/DV7\\t40\\nTRAV38-1\\t41\\nTRAV38-2/DV8\\t42\\nTRAV39\\t43\\nTRAV40\\t44\\nTRAV41\\t45\\n")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\n")\t\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nTRAJ57\\t1\\nTRAJ56\\t2\\nTRAJ54\\t3\\nTRAJ53\\t4\\nTRAJ52\\t5\\nTRAJ50\\t6\\nTRAJ49\\t7\\nTRAJ48\\t8\\nTRAJ47\\t9\\nTRAJ46\\t10\\nTRAJ45\\t11\\nTRAJ44\\t12\\nTRAJ43\\t13\\nTRAJ42\\t14\\nTRAJ41\\t15\\nTRAJ40\\t16\\nTRAJ39\\t17\\nTRAJ38\\t18\\nTRAJ37\\t19\\nTRAJ36\\t20\\nTRAJ34\\t21\\nTRAJ33\\t22\\nTRAJ32\\t23\\nTRAJ31\\t24\\nTRAJ30\\t25\\nTRAJ29\\t26\\nTRAJ28\\t27\\nTRAJ27\\t28\\nTRAJ26\\t29\\nTRAJ24\\t30\\nTRAJ23\\t31\\nTRAJ22\\t32\\nTRAJ21\\t33\\nTRAJ20\\t34\\nTRAJ18\\t35\\nTRAJ17\\t36\\nTRAJ16\\t37\\nTRAJ15\\t38\\nTRAJ14\\t39\\nTRAJ13\\t40\\nTRAJ12\\t41\\nTRAJ11\\t42\\nTRAJ10\\t43\\nTRAJ9\\t44\\nTRAJ8\\t45\\nTRAJ7\\t46\\nTRAJ6\\t47\\nTRAJ5\\t48\\nTRAJ4\\t49\\nTRAJ3\\t50")\n-  } else if (locus == "trg"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nTRGV9\\t1\\nTRGV8\\t2\\nTRGV5\\t3\\nTRGV4\\t4\\nTRGV3\\t5\\nTRGV2\\t6")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\n")\t\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nTRGJ2\\t1\\nTRGJP2\\t2\\nTRGJ1\\t3\\nTRGJP1\\t4")\n-  } else if (locus == "trd"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nTRDV1\\t1\\nTRDV2\\t2\\nTRDV3\\t3")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\nTRDD1\\t1\\nTRDD2\\t2\\nTRDD3\\t3")\t\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nTRDJ1\\t1\\nTRDJ4\\t2\\nTRDJ2\\t3\\nTRDJ3\\t4")\n-  } else if(locus == "igh"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nIGHV3-74\\t1\\nIGHV3-73\\t2\\nIGHV3-72\\t3\\nIGHV2-70\\t4\\nIGHV1-69D\\t5\\nIGHV1-69-2\\t6\\nIGHV2-70D\\t7\\nIGHV1-69\\t8\\nIGHV3-66\\t9\\nIGHV3-64\\t10\\nIGHV4-61\\t11\\nIGHV4-59\\t12\\nIGHV1-58\\t13\\nIGHV3-53\\t14\\nIGHV5-51\\t15\\nIGHV3-49\\t16\\nIGHV3-48\\t17\\nIGHV1-46\\t18\\nIGHV1-45\\t19\\nIGHV3-43\\t20\\nIGHV4-39\\t21\\nIGHV3-43D\\t22\\nIGHV4-38-2\\t23\\nIGHV4-34\\t24\\nIGHV3-33\\t25\\nIGHV4-31\\t26\\nIGHV3-30-5\\t27\\nIGHV4-30-4\\t28\\nIGHV3-30-3\\t29\\nIGHV4-30-2\\t30\\nIGHV4-30-1\\t31\\nIGHV3-30\\t32\\nIGHV4-28\\t33\\nIGHV2-26\\t34\\nIGHV1-24\\t35\\nIGHV3-23D\\t36\\nIGHV3-23\\t37\\nIGHV3-21\\t38\\nIGHV3-20\\t39\\nIGHV1-18\\t40\\nIGHV3-15\\t41\\nIGHV3-13\\t42\\nIGHV3-11\\t43\\nIGHV5-10-1\\t44\\nIGHV3-9\\t45\\nIGHV1-8\\t46\\nIGHV3-64D\\t47\\nIGHV3-7\\t48\\nIGHV2-5\\t49\\nIGHV7-4-1\\t50\\nIGHV4-4\\t51\\nIGHV1-3\\t52\\nIGHV1-2\\t53\\nIGHV6-1\\t54")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\nIGHD1-7\\t1\\nIGHD2-8\\t2\\nIGHD3-9\\t3\\nIGHD3-10\\t4\\nIGHD5-12\\t5\\nIGHD6-13\\t6\\nIGHD2-15\\t7\\nIGHD3-16\\t8\\nIGHD4-17\\t9\\nIGH'..b'\\t16\\nIGHD1-26\\t17\\nIGHD7-27\\t18")\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nIGHJ1\\t1\\nIGHJ2\\t2\\nIGHJ3\\t3\\nIGHJ4\\t4\\nIGHJ5\\t5\\nIGHJ6\\t6")\n-  } else if (locus == "igk"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nIGKV3D-7\\t1\\nIGKV1D-8\\t2\\nIGKV1D-43\\t3\\nIGKV3D-11\\t4\\nIGKV1D-12\\t5\\nIGKV1D-13\\t6\\nIGKV3D-15\\t7\\nIGKV1D-16\\t8\\nIGKV1D-17\\t9\\nIGKV3D-20\\t10\\nIGKV2D-26\\t11\\nIGKV2D-28\\t12\\nIGKV2D-29\\t13\\nIGKV2D-30\\t14\\nIGKV1D-33\\t15\\nIGKV1D-39\\t16\\nIGKV2D-40\\t17\\nIGKV2-40\\t18\\nIGKV1-39\\t19\\nIGKV1-33\\t20\\nIGKV2-30\\t21\\nIGKV2-29\\t22\\nIGKV2-28\\t23\\nIGKV1-27\\t24\\nIGKV2-24\\t25\\nIGKV3-20\\t26\\nIGKV1-17\\t27\\nIGKV1-16\\t28\\nIGKV3-15\\t29\\nIGKV1-13\\t30\\nIGKV1-12\\t31\\nIGKV3-11\\t32\\nIGKV1-9\\t33\\nIGKV1-8\\t34\\nIGKV1-6\\t35\\nIGKV1-5\\t36\\nIGKV5-2\\t37\\nIGKV4-1\\t38")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\n")\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nIGKJ1\\t1\\nIGKJ2\\t2\\nIGKJ3\\t3\\nIGKJ4\\t4\\nIGKJ5\\t5")\n-  } else if (locus == "igl"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nIGLV4-69\\t1\\nIGLV8-61\\t2\\nIGLV4-60\\t3\\nIGLV6-57\\t4\\nIGLV5-52\\t5\\nIGLV1-51\\t6\\nIGLV9-49\\t7\\nIGLV1-47\\t8\\nIGLV7-46\\t9\\nIGLV5-45\\t10\\nIGLV1-44\\t11\\nIGLV7-43\\t12\\nIGLV1-41\\t13\\nIGLV1-40\\t14\\nIGLV5-39\\t15\\nIGLV5-37\\t16\\nIGLV1-36\\t17\\nIGLV3-27\\t18\\nIGLV3-25\\t19\\nIGLV2-23\\t20\\nIGLV3-22\\t21\\nIGLV3-21\\t22\\nIGLV3-19\\t23\\nIGLV2-18\\t24\\nIGLV3-16\\t25\\nIGLV2-14\\t26\\nIGLV3-12\\t27\\nIGLV2-11\\t28\\nIGLV3-10\\t29\\nIGLV3-9\\t30\\nIGLV2-8\\t31\\nIGLV4-3\\t32\\nIGLV3-1\\t33")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\n")\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nIGLJ1\\t1\\nIGLJ2\\t2\\nIGLJ3\\t3\\nIGLJ6\\t4\\nIGLJ7\\t5")\n-  }\n-} else if (species == "mouse"){\n-  if(locus == "trb"){\n-    V = c("v.name\\tchr.orderV\\nTRBV1\\t1\\nTRBV2\\t2\\nTRBV3\\t3\\nTRBV4\\t4\\nTRBV5\\t5\\nTRBV12-1\\t6\\nTRBV13-1\\t7\\nTRBV12-2\\t8\\nTRBV13-2\\t9\\nTRBV13-3\\t10\\nTRBV14\\t11\\nTRBV15\\t12\\nTRBV16\\t13\\nTRBV17\\t14\\nTRBV19\\t15\\nTRBV20\\t16\\nTRBV23\\t17\\nTRBV24\\t18\\nTRBV26\\t19\\nTRBV29\\t20\\nTRBV30\\t21\\nTRBV31\\t22")\n-    D = c("v.name\\tchr.orderD\\nTRBD1\\t1\\nTRBD2\\t2")\n-    J = c("v.name\\tchr.orderJ\\nTRBJ1-1\\t1\\nTRBJ1-2\\t2\\nTRBJ1-3\\t3\\nTRBJ1-4\\t4\\nTRBJ1-5\\t5\\nTRBJ2-1\\t6\\nTRBJ2-2\\t7\\nTRBJ2-3\\t8\\nTRBJ2-4\\t9\\nTRBJ2-5\\t10\\nTRBJ2-6\\t11\\nTRBJ2-7\\t12")\n-  } else if (locus == "tra"){\n-    cat("mouse tra not yet implemented")\n-  } else if (locus == "trg"){\n-    cat("mouse trg not yet implemented")\n-  } else if (locus == "trd"){\n-    cat("mouse trd not yet implemented")\n-  } else if(locus == "igh"){\n-    cat("mouse igh not yet implemented")\n-  } else if (locus == "igk"){\n-    cat("mouse igk not yet implemented")\n-  } else if (locus == "igl"){\n-    cat("mouse igl not yet implemented")\n-  }\n-}\n+Vchain = genes[grepl(species, genes$Species) & genes$locus == locus & genes$region == "V",c("IMGT.GENE.DB", "chr.order")]\n+colnames(Vchain) = c("v.name", "chr.orderV")\n+Dchain = genes[grepl(species, genes$Species) & genes$locus == locus & genes$region == "D",c("IMGT.GENE.DB", "chr.order")]\n+colnames(Dchain) = c("v.name", "chr.orderD")\n+Jchain = genes[grepl(species, genes$Species) & genes$locus == locus & genes$region == "J",c("IMGT.GENE.DB", "chr.order")]\n+colnames(Jchain) = c("v.name", "chr.orderJ")\n \n useD = TRUE\n-if(species == "human" && locus == "tra"){\n+if(nrow(Dchain) == 0){\n   useD = FALSE\n   cat("No D Genes in this species/locus")\n }\n \n-# ---------------------- load the gene names into a data.frame and merge with the frequency count ----------------------\n+# ---------------------- merge with the frequency count ----------------------\n \n-tcV = textConnection(V)\n-Vchain = read.table(tcV, sep="\\t", header=TRUE)\n PRODFV = merge(PRODFV, Vchain, by.x=\'Top.V.Gene\', by.y=\'v.name\', all.x=TRUE)\n-close(tcV)\n \n-tcD = textConnection(D)\n-Dchain = read.table(tcD, sep="\\t", header=TRUE)\n PRODFD = merge(PRODFD, Dchain, by.x=\'Top.D.Gene\', by.y=\'v.name\', all.x=TRUE)\n-close(tcD)\n \n-tcJ = textConnection(J)\n-Jchain = read.table(tcJ, sep="\\t", header=TRUE)\n PRODFJ = merge(PRODFJ, Jchain, by.x=\'Top.J.Gene\', by.y=\'v.name\', all.x=TRUE)\n-close(tcJ)\n \n # ---------------------- Create the V, D and J frequency plots and write the data.frame for every plot to a file ----------------------\n \n'
b
diff -r 2424111b9198 -r 2555b94dbdb2 genes.txt
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/genes.txt Thu Jan 15 09:16:19 2015 -0500
b
b'@@ -0,0 +1,3306 @@\n+Species\tIMGT.GENE.DB\tlocus\tregion\tfunctional\tchr.order\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ1\tTRA\tJ\tTRUE\t1\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ10\tTRA\tJ\tTRUE\t2\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ11\tTRA\tJ\tTRUE\t3\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ12\tTRA\tJ\tFALSE\t4\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ13\tTRA\tJ\tTRUE\t5\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ14\tTRA\tJ\tTRUE\t6\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ15\tTRA\tJ\tTRUE\t7\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ16\tTRA\tJ\tTRUE\t8\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ17\tTRA\tJ\tTRUE\t9\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ18\tTRA\tJ\tTRUE\t10\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ19\tTRA\tJ\tTRUE\t11\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ2\tTRA\tJ\tTRUE\t12\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ20\tTRA\tJ\tTRUE\t13\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ21\tTRA\tJ\tTRUE\t14\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ22\tTRA\tJ\tTRUE\t15\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ23\tTRA\tJ\tTRUE\t16\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ24\tTRA\tJ\tTRUE\t17\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ25\tTRA\tJ\tTRUE\t18\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ26\tTRA\tJ\tTRUE\t19\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ27\tTRA\tJ\tFALSE\t20\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ28\tTRA\tJ\tTRUE\t21\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ29\tTRA\tJ\tTRUE\t22\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ3\tTRA\tJ\tTRUE\t23\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ30\tTRA\tJ\tFALSE\t24\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ31\tTRA\tJ\tTRUE\t25\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ32\tTRA\tJ\tTRUE\t26\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ33\tTRA\tJ\tTRUE\t27\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ34\tTRA\tJ\tTRUE\t28\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ35\tTRA\tJ\tTRUE\t29\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ36\tTRA\tJ\tTRUE\t30\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ37\tTRA\tJ\tTRUE\t31\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ38\tTRA\tJ\tTRUE\t32\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ39\tTRA\tJ\tTRUE\t33\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ4\tTRA\tJ\tFALSE\t34\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ40\tTRA\tJ\tTRUE\t35\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ41\tTRA\tJ\tTRUE\t36\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ42\tTRA\tJ\tTRUE\t37\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ43\tTRA\tJ\tTRUE\t38\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ44\tTRA\tJ\tTRUE\t39\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ45\tTRA\tJ\tTRUE\t40\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ46\tTRA\tJ\tTRUE\t41\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ47\tTRA\tJ\tFALSE\t42\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ48\tTRA\tJ\tTRUE\t43\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ49\tTRA\tJ\tTRUE\t44\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ5\tTRA\tJ\tTRUE\t45\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ50\tTRA\tJ\tTRUE\t46\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ51\tTRA\tJ\tTRUE\t47\r\n+Bos taurus non-functional\tTRAJ52\tTRA\tJ\tFALSE\t48\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ6\tTRA\tJ\tTRUE\t49\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ7\tTRA\tJ\tTRUE\t50\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ8\tTRA\tJ\tTRUE\t51\r\n+Bos taurus functional\tTRAJ9\tTRA\tJ\tTRUE\t52\r\n+Bos taurus functional\tTRDD1\tTRD\tD\tTRUE\t53\r\n+Bos taurus functional\tTRDD2\tTRD\tD\tTRUE\t54\r\n+Bos taurus functional\tTRDD3\tTRD\tD\tTRUE\t55\r\n+Bos taurus functional\tTRDD4\tTRD\tD\tTRUE\t56\r\n+Bos taurus functional\tTRDD5\tTRD\tD\tTRUE\t57\r\n+Bos taurus functional\tTRDJ1\tTRD\tJ\tTRUE\t58\r\n+Bos taurus functional\tTRDJ2\tTRD\tJ\tTRUE\t59\r\n+Bos taurus functional\tTRDJ3\tTRD\tJ\tTRUE\t60\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S1\tTRD\tV\tTRUE\t61\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S10\tTRD\tV\tTRUE\t62\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S11\tTRD\tV\tTRUE\t63\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S12\tTRD\tV\tTRUE\t64\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S13-1\tTRD\tV\tTRUE\t65\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S13-2\tTRD\tV\tTRUE\t66\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S14\tTRD\tV\tTRUE\t67\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S15-1\tTRD\tV\tTRUE\t68\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S15-2\tTRD\tV\tTRUE\t69\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S16\tTRD\tV\tTRUE\t70\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S17\tTRD\tV\tTRUE\t71\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S18-1\tTRD\tV\tTRUE\t72\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S18-2\tTRD\tV\tTRUE\t73\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S19\tTRD\tV\tTRUE\t74\r\n+Bos taurus non-functional\tTRDV1S2-1\tTRD\tV\tFALSE\t75\r\n+Bos taurus non-functional\tTRDV1S2-2\tTRD\tV\tFALSE\t76\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S20\tTRD\tV\tTRUE\t77\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S21-1\tTRD\tV\tTRUE\t78\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S21-2\tTRD\tV\tTRUE\t79\r\n+Bos taurus non-functional\tTRDV1S22\tTRD\tV\tFALSE\t80\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S23\tTRD\tV\tTRUE\t81\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S24\tTRD\tV\tTRUE\t82\r\n+Bos taurus non-functional\tTRDV1S25-1\tTRD\tV\tFALSE\t83\r\n+Bos taurus non-functional\tTRDV1S25-2\tTRD\tV\tFALSE\t84\r\n+Bos taurus functional\tTRDV1S26\tTRD\tV\tTRUE\t85'..b'TRUE\t3225\r\n+Rattus norvegicus functional\tIGLV3S1\tIGL\tV\tTRUE\t3226\r\n+Rattus norvegicus functional\tIGLV3S2\tIGL\tV\tTRUE\t3227\r\n+Rattus norvegicus functional\tIGLV3S3\tIGL\tV\tTRUE\t3228\r\n+Rattus norvegicus functional\tIGLV3S4\tIGL\tV\tTRUE\t3229\r\n+Rattus norvegicus functional\tIGLV3S5\tIGL\tV\tTRUE\t3230\r\n+Sus scrofa functional\tIGHD\tIGH\tD\tTRUE\t3231\r\n+Sus scrofa functional\tIGHD1\tIGH\tD\tTRUE\t3232\r\n+Sus scrofa functional\tIGHD2\tIGH\tD\tTRUE\t3233\r\n+Sus scrofa functional\tIGHD3\tIGH\tD\tTRUE\t3234\r\n+Sus scrofa functional\tIGHD4\tIGH\tD\tTRUE\t3235\r\n+Sus scrofa functional\tIGHJ1\tIGH\tJ\tTRUE\t3236\r\n+Sus scrofa functional\tIGHJ2\tIGH\tJ\tTRUE\t3237\r\n+Sus scrofa functional\tIGHJ3\tIGH\tJ\tTRUE\t3238\r\n+Sus scrofa functional\tIGHJ4\tIGH\tJ\tTRUE\t3239\r\n+Sus scrofa functional\tIGHJ5\tIGH\tJ\tTRUE\t3240\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1-1\tIGH\tV\tFALSE\t3241\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-10\tIGH\tV\tTRUE\t3242\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-11\tIGH\tV\tTRUE\t3243\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-12\tIGH\tV\tTRUE\t3244\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1-13\tIGH\tV\tFALSE\t3245\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-14\tIGH\tV\tTRUE\t3246\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-15\tIGH\tV\tTRUE\t3247\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-2\tIGH\tV\tTRUE\t3248\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1-3\tIGH\tV\tFALSE\t3249\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-4\tIGH\tV\tTRUE\t3250\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-5\tIGH\tV\tTRUE\t3251\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-6\tIGH\tV\tTRUE\t3252\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1-7\tIGH\tV\tFALSE\t3253\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1-8\tIGH\tV\tTRUE\t3254\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1-9\tIGH\tV\tFALSE\t3255\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1S2\tIGH\tV\tTRUE\t3256\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1S3\tIGH\tV\tFALSE\t3257\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1S5\tIGH\tV\tTRUE\t3258\r\n+Sus scrofa functional\tIGHV1S6\tIGH\tV\tTRUE\t3259\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1S7\tIGH\tV\tFALSE\t3260\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGHV1S8\tIGH\tV\tFALSE\t3261\r\n+Sus scrofa functional\tIGKJ1\tIGK\tJ\tTRUE\t3262\r\n+Sus scrofa functional\tIGKJ2\tIGK\tJ\tTRUE\t3263\r\n+Sus scrofa functional\tIGKJ3\tIGK\tJ\tTRUE\t3264\r\n+Sus scrofa functional\tIGKJ4\tIGK\tJ\tTRUE\t3265\r\n+Sus scrofa functional\tIGKJ5\tIGK\tJ\tTRUE\t3266\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV1-11\tIGK\tV\tTRUE\t3267\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV1-14\tIGK\tV\tTRUE\t3268\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV1-7\tIGK\tV\tTRUE\t3269\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV1-9\tIGK\tV\tTRUE\t3270\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV1D-11\tIGK\tV\tTRUE\t3271\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2-10\tIGK\tV\tTRUE\t3272\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2-12\tIGK\tV\tTRUE\t3273\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2-13\tIGK\tV\tTRUE\t3274\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGKV2-5\tIGK\tV\tFALSE\t3275\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2-6\tIGK\tV\tTRUE\t3276\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2-8\tIGK\tV\tTRUE\t3277\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGKV2/OR3-1\tIGK\tV\tFALSE\t3278\r\n+Sus scrofa functional\tIGKV2D-12\tIGK\tV\tTRUE\t3279\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGKV3-3\tIGK\tV\tFALSE\t3280\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGKV5-4\tIGK\tV\tFALSE\t3281\r\n+Sus scrofa functional\tIGLJ2\tIGL\tJ\tTRUE\t3282\r\n+Sus scrofa functional\tIGLJ3\tIGL\tJ\tTRUE\t3283\r\n+Sus scrofa functional\tIGLJ4\tIGL\tJ\tTRUE\t3284\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV(III)-8\tIGL\tV\tFALSE\t3285\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV1-15\tIGL\tV\tFALSE\t3286\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV1-20\tIGL\tV\tFALSE\t3287\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV2-6\tIGL\tV\tTRUE\t3288\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV3-1\tIGL\tV\tFALSE\t3289\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV3-2\tIGL\tV\tTRUE\t3290\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV3-3\tIGL\tV\tTRUE\t3291\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV3-4\tIGL\tV\tTRUE\t3292\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV3-5\tIGL\tV\tTRUE\t3293\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV5-11\tIGL\tV\tFALSE\t3294\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV5-14\tIGL\tV\tTRUE\t3295\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV5-17\tIGL\tV\tFALSE\t3296\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV5-22\tIGL\tV\tFALSE\t3297\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV7-7\tIGL\tV\tFALSE\t3298\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV7-9\tIGL\tV\tFALSE\t3299\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV8-10\tIGL\tV\tTRUE\t3300\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV8-13\tIGL\tV\tTRUE\t3301\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV8-16\tIGL\tV\tFALSE\t3302\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV8-18\tIGL\tV\tTRUE\t3303\r\n+Sus scrofa functional\tIGLV8-19\tIGL\tV\tTRUE\t3304\r\n+Sus scrofa non-functional\tIGLV8-21\tIGL\tV\tFALSE\t3305\r\n'
b
diff -r 2424111b9198 -r 2555b94dbdb2 r_wrapper.sh
--- a/r_wrapper.sh Mon Jan 12 11:06:49 2015 -0500
+++ b/r_wrapper.sh Thu Jan 15 09:16:19 2015 -0500
[
@@ -7,13 +7,14 @@
 species=$5
 locus=$6
 filterproductive=$7
+dir="$(cd "$(dirname "$0")" && pwd)"
 useD="false"
-if [[ "$species" == "human" && "$locus" = "igh" ]] ; then
+if grep -q "$species.*${locus}D" "$dir/genes.txt" ; then
  useD="true"
 fi
-dir="$(cd "$(dirname "$0")" && pwd)"
 mkdir $3
-Rscript --verbose $dir/RScript.r $inputFile $outputDir $outputDir $clonalType $species $locus $filterproductive 2>&1
+cp $dir/genes.txt $outputDir
+Rscript --verbose $dir/RScript.r $inputFile $outputDir $outputDir $clonalType "$species" "$locus" $filterproductive 2>&1
 cp $dir/tabber.js $outputDir
 cp $dir/style.css $outputDir
 cp $dir/script.js $outputDir
b
diff -r 2424111b9198 -r 2555b94dbdb2 report_clonality_igg.xml
--- a/report_clonality_igg.xml Mon Jan 12 11:06:49 2015 -0500
+++ b/report_clonality_igg.xml Thu Jan 15 09:16:19 2015 -0500
b
@@ -1,7 +1,7 @@
 <tool id="report_clonality_igg" name="Report Clonality" version="1.0">
  <description> </description>
  <command interpreter="bash">
- r_wrapper.sh $in_file $out_file $out_file.files_path "$clonaltype" $species $locus $filterproductive
+ r_wrapper.sh $in_file $out_file $out_file.files_path "$clonaltype" "$species" "$locus" $filterproductive
  </command>
  <inputs>
  <param name="in_file" format="tabular" type="data" label="Data to Process" />
@@ -15,18 +15,56 @@
  </param>
 
  <param name="species" type="select" label="Species">
- <option value="human">Human</option>
- <option value="mouse">Mouse</option>
+ <option value="Bos taurus">Bos taurus</option>
+ <option value="Bos taurus functional">Bos taurus functional</option>
+ <option value="Bos taurus non-functional">Bos taurus non-functional</option>
+ <option value="Camelus dromedarius">Camelus dromedarius</option>
+ <option value="Camelus dromedarius functional">Camelus dromedarius functional</option>
+ <option value="Camelus dromedarius non-functional">Camelus dromedarius non-functional</option>
+ <option value="Canis lupus familiaris">Canis lupus familiaris</option>
+ <option value="Canis lupus familiaris functional">Canis lupus familiaris functional</option>
+ <option value="Canis lupus familiaris non-functional">Canis lupus familiaris non-functional</option>
+ <option value="Danio rerio">Danio rerio</option>
+ <option value="Danio rerio functional">Danio rerio functional</option>
+ <option value="Danio rerio non-functional">Danio rerio non-functional</option>
+ <option value="Homo sapiens">Homo sapiens</option>
+ <option value="Homo sapiens functional">Homo sapiens functional</option>
+ <option value="Homo sapiens non-functional">Homo sapiens non-functional</option>
+ <option value="Macaca mulatta">Macaca mulatta</option>
+ <option value="Macaca mulatta functional">Macaca mulatta functional</option>
+ <option value="Macaca mulatta non-functional">Macaca mulatta non-functional</option>
+ <option value="Mus musculus">Mus musculus</option>
+ <option value="Mus musculus functional">Mus musculus functional</option>
+ <option value="Mus musculus non-functional">Mus musculus non-functional</option>
+ <option value="Mus spretus">Mus spretus</option>
+ <option value="Mus spretus functional">Mus spretus functional</option>
+ <option value="Mus spretus non-functional">Mus spretus non-functional</option>
+ <option value="Oncorhynchus mykiss">Oncorhynchus mykiss</option>
+ <option value="Oncorhynchus mykiss functional">Oncorhynchus mykiss functional</option>
+ <option value="Oncorhynchus mykiss non-functional">Oncorhynchus mykiss non-functional</option>
+ <option value="Ornithorhynchus anatinus">Ornithorhynchus anatinus</option>
+ <option value="Ornithorhynchus anatinus functional">Ornithorhynchus anatinus functional</option>
+ <option value="Ornithorhynchus anatinus non-functional">Ornithorhynchus anatinus non-functional</option>
+ <option value="Oryctolagus cuniculus">Oryctolagus cuniculus</option>
+ <option value="Oryctolagus cuniculus functional">Oryctolagus cuniculus functional</option>
+ <option value="Oryctolagus cuniculus non-functional">Oryctolagus cuniculus non-functional</option>
+ <option value="Rattus norvegicus">Rattus norvegicus</option>
+ <option value="Rattus norvegicus functional">Rattus norvegicus functional</option>
+ <option value="Rattus norvegicus non-functional">Rattus norvegicus non-functional</option>
+ <option value="Sus scrofa">Sus scrofa</option>
+ <option value="Sus scrofa functional">Sus scrofa functional</option>
+ <option value="Sus scrofa non-functional">Sus scrofa non-functional</option>
  </param>
 
  <param name="locus" type="select" label="Locus">
- <option value="igh">IGH</option>
- <option value="igk">IGK</option>
- <option value="igl">IGL</option>
- <option value="trb">TRB</option>
- <option value="tra">TRA</option>
- <option value="trg">TRG</option>
- <option value="trd">TRD</option>
+ <option value="TRA">TRA</option>
+ <option value="TRD">TRD</option>
+ <option value="TRG">TRG</option>
+ <option value="TRB">TRB</option>
+ <option value="IGH">IGH</option>
+ <option value="IGI">IGI</option>
+ <option value="IGK">IGK</option>
+ <option value="IGL">IGL</option>
  </param>
 
  <param name="filterproductive" type="select" label="Filter out the unproductive sequences">