Mercurial > repos > pimarin > abromicsextractor

comparison test-data/plasmidfinder/plasmid_hit.fasta @ 0:a157d29ef11d draft default tip

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload commit 4b30072ce6fff8554976af6fb4fce92069d39a6e
author pimarin
date Mon, 15 May 2023 14:20:18 +0000
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:a157d29ef11d
1 >contig00051 len=2083 cov=17.5 corr=0 origname=NODE_51_length_2083_cov_17.526074_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:127..897:repUS12_2_repB(SAP014A)_GQ900379:88.013699
2 ATGTGTCCTAATAGTAGCATTTATTCAGATGAAAAATCAAGGGTTTTAGTGGACAAGACA
3 AAAAGTGGAAAAGTGAGACCATGGAGAGAAAAGAAAATCGCTAATGTTGATTACTTTGAA
4 CTTCTGCATATTCTTGAATTTAAAAAGGCTGAAAGAGTAAAAGATTGTGCTGAAATATTA
5 GAGTATAAACAAAATCGTGAAACAGGCGAAAGAAAGTTGTATCGAGTGTGGTTTTGTAAA
6 TCCAGGCTTTGTCCAATGTGCAACTGGAGGAGAGCAATGAAACATGGCATTCAGTCACAA
7 AAGGTTGTTGCTGAAGTTATTAAACAAAAGCCAACAGTTCGTTGGTTGTTTCTCACATTA
8 ACAGTTAAAAATGTTTATGATGGCGAAGAATTAAATAAGAGTTTGTCAGATATGGCTCAA
9 GGATTTCGCCGAATGATGCAATATAAAAAAATTAATAAAAATCTTGTTGGTTTTATGCGT
10 GCAACGGAAGTGACAATAAATAATAAAGATAATTCTTATAATCAGCACATGCATGTATTG
11 GTATGTGTGGAACCAACTTATTTTAAGAATACAGAAAACTACGTGAATCAAAAACAATGG
12 ATTCAATTTTGGAAAAAGGCAATGAAATTAGACTATGATCCAAATGTAAAAGTTCAAATG
13 ATTCGACCGAAAAATAAATATAAATCGGATATACAATCGGCAATTGACGAAACTGCAAAA
14 TATCCTGTAAAGGATACGGATTTTATGACCGATGATGAAGAAAAGAATTTGAAACGTTTG
15 TCTGATTTGGAGGAAGGTTTACACCGTAAAAGGTTAATCTCCTATGGTGGTTTGTTAAAA
16 GAAATACATAAAAAATTAGGTTCTGTTGCAAAGTAA
17 >contig00026 len=35051 cov=66.2 corr=0 origname=NODE_26_length_35051_cov_66.162954_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:21156..22313:repUS40_1_repB(pE394)_KP399637:100.000000
18 ATGCTCAATTCTAGTATATCACGAAAGGTACTTATGATGAATGACATTCAAAACAAAAAA
19 ATAGTTCAAGACAATGATTTAATTGTAAGTGTCGCAAAAATGGATAAGACACCCATGAAA
20 TTTTTTGAATTAGCAGTCGCCAGTTTAGATATTAAGAATATTCCTGCTGATCGAACTGTT
21 CATGTTTCTAAAGAATTATTGTATTCCTTCTTTGACGCAAAAAGTGAAAATAAACATACA
22 CGCTTTAAAGACGCTGTTCTAACTGTTCATGAGCAAGCAGTGTTTCTAATGCGAGAATTA
23 AATGAGCGCAAAGGAAAATATGAATATCAAGTGATTAGTCCATTGGAAAGAACTTCTTGG
24 AATGATTATGAAGATATTGTTTCTTTTAAGTTTACTGAATCTATTTTTCCGTATCTGATA
25 GATTTAAAAGGAACATACACGCAATATTTATTGTCAGACATTGCACAACTAAATAGCAAG
26 TATTCCATCATTATTTATAAATGGTTAAGCATGAATTATAACCAGTATGACTATTATAAT
27 GCAAAAGGTGGGCGCAGAGAAAAACAGTTAAATGAATATAAAAATCCAATTATTCCGATT
28 GAAGAATTACGAAGAATAACTGATACAGAAAAAGAGTATTTAAAATTTTCCAATTTTGAA
29 GCAAGAGTTTTAAAAAAAGCTGTTGAAGAAATCAACCAATTTACAGTTTTAAATGCGACG
30 TATGAAAAAATAAAAAAAGGAAACCGAATTGGTTCGATTCAGTTCCATATTACGAAAAAA
31 CAAATTGCTCCTAATCCTTCTTACAAAATTGGCGATTCTGTGTATGAAGCGCAACAAGCA
32 GAAAAAGAACAAAATCAAATTACTTTATTTGCGCAGGCAATGCAAAGTCAATACACTACC
33 ATTTTGATGGAAAATATGTTGATTGGGTACAAAGATATGCAAGATATTGAATTAATGGCA
34 AGCTTGCAAGAAATGGTTTATCCCTTGTATGACGAGTTGAAAACTCTTAGAGGATTAGAC
35 GGTGTGAGAAATCACTTAGAATACGTTTCAAGAAAACAAATAGGCTATTCTAAAACTAAT
36 ATTGTCAAGTATTTAAAAACAGCTATCACACAATATTTGCCAACGGTAAAAATGATGGAT
37 ATGGATAATAGAGTGTAA
38 >contig00023 len=45935 cov=46.6 corr=0 origname=NODE_23_length_45935_cov_46.624847_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:3630..4643:rep9b_2_prgW(EF62pC)_CP002494:100.000000
39 ATGAACGATTTTCAATTTATTTCAGCTAATGAAACCTATAGAAATTTGTATTACCAATTA
40 CCTAAAGTACTTTTTACATCAGAATTTTATAAGACTATGTCTAATGATAGTAAAATAGCT
41 TACGCAATGTTGCAAGACCGATGTGAATATTCAATACAAAATAATTGGATTGATCAAGAT
42 GGGCATATATATTTTATCTTTACACGAAATGAACTGATGGATATTTTAGGGTGTAAAGAA
43 AATAAAATTGCAAAAATAAAAAAAGAATTAAAAGACAAAAATTTACTTTATGAAAAACGT
44 ATTCCTCCGAAAAAACTCTCTACTGGTGAATTCAAAAACTATCCAAACAGATTGTATTTA
45 GGTAAGCTGGAAGTTTCAGCAACAGATGTTTACGCCATCAGTAATGCTAGCTATACAAAT
46 GAGTTTCCCGAAAGTGGGAAAAACCAACCTTCGGATAAACATGATAAAATCGGCATTTCT
47 TTCGAAAGTGGGAAAAACCAACGTCCAGAAGAATCCAATAATACCAGTACTTTGTTCGAA
48 AGTGGGAAAAACCAACCCAATCTATATCTAACTAATTCTTTAGATACAATAGATACAATA
49 GATACTGAAAAAGAACGATTGCAACAACAATTATTGCTCGATCAATTTTCAGAAGTTCAA
50 GAGCATACATTTCTTAGCAAAAATAGCTTAAAATTTATTGCTGCCTTTTCTGATACTATT
51 CAAGAAGCACATGAAATGGTTGGAACAATTATTCGTGCTAAAACTAAAGTAGAAAAAGAA
52 TACAATATCGTTCTAATTGGTGAAGATTATCAAGAAGAAATAGACAAATGTTTGCGTCGT
53 GTGATGCATAAAATCAAGACAGATTCTACTGTAAAAAGTCCAAAAGGCCTATTCTACAAG
54 TCGTTTTACAATTTATTTGTTGAATGTACAATAGAGAAAAAAAGTCATTTAAATAAAAAT
55 AGTACGGACAACACCCCAGAAATAACTACACATAACTGGATTGAGTATCAATAA
56 >contig00048 len=5336 cov=19.5 corr=0 origname=NODE_48_length_5336_cov_19.468228_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:3276..4214:rep7a_8_ORF11(pRE25)_X92945:100.000000
57 ATGAAGAAAATTGATGAAAAATTAGCTGCAGAAATCTCACTAAAAAAACCGGCCGTCTCT
58 AATAGCCGGTTAAGTAATAGCCGGTTAAGTGGTCAAACTTTGGGAAAATCTCAACCCGCA
59 TTAAGTTTTGATGCCATGACAATCGTTGGAAATTTGAACAAAACTAATGCTAAAAAGCTA
60 TCTGACTTTATGAGTGTAGAGCCACAAATACGACTTTGGGATATACTTCAAACAAAGTTT
61 AAAGCTAAGGCACTTCAAGAAAAAGTTTATATCGAATATGACAAAGTAAAAGCAGATACT
62 TGGGATAGACGTAATATGCGTGTTGAATTTAATCCCAATAAACTCACACATGAAGAAATG
63 ATTTGGTTAAAACAAAATATTATCGACTACATGGAAGATGACGGTTTTACAAGATTAGAC
64 TTAGCTTTTGATTTTGAAGATGATTTGAGCGATTACTATGCAATGACTGATAAAGCAGTT
65 AAGAAAACTGTTTTTTATGGTCGTAATGGCAAGCCAGAAACAAAATATTTTGGTGTCCGT
66 GATAGTGATAGATTTATTAGAATTTATAATAAAAAACAAGAACGTAAAGATAACGCAGAT
67 GTTGAAGTTGTGTCTGAACATTTATGGCGTGTAGAAGTTGAATTAAAAAGAGATATGGTT
68 GATTACTGGAATGATTGTTTTAATGATTTACACATCTTGAAACCTGCGTGGGCTACTTTA
69 GAAAAAATTAATGAGCAAGCTATGGTTTATACTTTGTTGCATGAAGAAAGTATGTGGGGA
70 AAGCTAAGTAAGAATACTAAGACTAAATTTAAAAAATTGATTAGAGAAATATCTCCAATT
71 GATTTAACGGAATTAATGAAATCGACTTTAAAAGCGAACGAAAAACAATTGCAAAAGCAG
72 ATTGATTTTTGGCAACGTGAATTTAGGTTTTGGAAGTAA
73 >contig00040 len=12074 cov=69.2 corr=0 origname=NODE_40_length_12074_cov_69.205993_pilon sw=shovill-spades/1.1.0 date=20230213:8225..9430:repUS43_1_CDS12738(DOp1)_CP003584:100.000000
74 TTGGAGGGATTTTTACTGAATGAACAAACTTGGTTACAGCATTTAAAAGAAAAACGCTTG
75 GCTTATGGACTATCTCAAAACCGTTTAGCTGTTGCGACTGGTATTACAAGGCAGTATCTA
76 AGCGATATTGAAACAGGAAAAGTCAAGCCATCAGAGGATTTACAGCAGTCCCTTTGGGAA
77 GCTCTGGAACGCTTCAATCCCGACGCTCCCCTTGAAATGCTGTTTGATTATGTAAGAATT
78 CGCTTTCCGACAACAGACGTACAGCAGGTGGTCGAAAACATCTTACAACTGAAACTGTCC
79 TATTTTCTTCATGAGGACTATGGTTTCTATTCTTATTCAGAGCATTATGCTTTAGGCGAC
80 ATATTCGTCCTTTGCTCCCATGAACTGGACAAAGGAGTTCTGGTGGAATTGAAAGGTCGT
81 GGGTGCAGACAATTTGAAAGCTATCTTCTGGCACAACAAAGAAGCTGGTATGAGTTCTTT
82 ATGGACGTTTTGGTGGCTGGCGGTGTGATGAAACGCCTTGACCTTGCCATTAACGATAAG
83 ACAGGGATTTTAAATATCCCTGTACTCACTGAAAAGTGCCAACAGGAAGAATGTATCTCC
84 GTCTTCCGCAGTTTTAAAAGCTATCGCAGTGGCGAACTGGTACGCAAAGAGGAAAAGGAA
85 TGTATGGGAAACACCCTCTATATCGGTTCATTACAAAGTGAAGTTTATTTCTGTATCTAT
86 GAAAAGGACTACGAGCAGTACAAGAAAAATGATATTCCCATTGAAGACGCAGAAGTAAAA
87 AACCGTTTTGAGATTCGATTGAAAAATGAGCGTGCCTATTATGCAGTCCGTGATTTACTC
88 GTCTATGACAATCCAGAGCATACCGCCTTTAAAATTATCAATCGGTATATCCGTTTTGTA
89 GATAAAGACGATTCCAAACCTCGTTCTGATTGGAAACTGAATGAAGAATGGGCTTGGTTT
90 ATTGGGAACAATCGTGAACGATTAAAACTAACCACAAAACCAGAGCCTTACTCCTTCCAA
91 AGGACGCTGAACTGGCTATCTCATCAAGTTGCCCCGACCTTAAAGGTTGCGATTAAACTT
92 GATGAAATCAACCAGACGCAGGTTGTAAAAGACATTCTCGACCATGCGAAACTGACAGAC
93 CGACACAAGCAGATTTTGAAGCAACAGTCAGTAAAAGAACAGGACGTGATAACAACAAAA
94 AAATAA