# HG changeset patch
# User mvdbeek
# Date 1480434790 18000
# Node ID 301f0997a1da3866dabbdd865a415c6db8b90a3d
# Parent  46dc0dbd9f04a8a242b3914c9cfbbc9f7eb5a8fd
planemo upload for repository https://github.com/mvdbeek/gx_symlinks commit 71625ec1a2b288417d5e47d1e7252620e39c8611

diff -r 46dc0dbd9f04 -r 301f0997a1da symlink_files.xml
--- a/symlink_files.xml	Tue Nov 29 10:14:01 2016 -0500
+++ b/symlink_files.xml	Tue Nov 29 10:53:10 2016 -0500
@@ -15,9 +15,9 @@
                 #if input.ext == 'bam':
                     ln -fs '$input.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'.bai &&
                 #end if
-               ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'
+               ln -fs \$(readlink '$input') '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'
             #else:
-               ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'
+               ln -fs \$(readlink '$input') '$output_path'/'$input.element_identifier'
             #end if
         #end if
         #if $input_collection:
@@ -26,21 +26,21 @@
                 #if $element.ext == 'bam':
                     ln -fs '$element.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'.bai &&
                 #end if
-                    ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext';
+                    ln -fs \$(readlink '$element') '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext';
             #end for
         #end if
         #if $input_collection_paired:
             mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_paired.name' &&
             #for $element in $input_collection_paired:
-                ln -fs '$element.forward' '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-forward.'$element.ext';
-                ln -fs '$element.reverse' '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-reverse.'$element.ext';
+                ln -fs \$(readlink '$element.forward') '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-forward.'$element.ext';
+                ln -fs \$(readlink '$element.reverse') '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-reverse.'$element.ext';
             #end for
         #end if
         #if $input_collection_list_paired:
             #for $sample in $input_collection_list_paired:
             mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name' &&
                 #for $element in $sample:
-                    ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name'/'$sample.name'-$element.element_identifier.'$element.ext';
+                    ln -fs \$(readlink '$element') '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name'/'$sample.name'-$element.element_identifier.'$element.ext';
                 #end for
             #end for
         #end if