Mercurial > repos > mvdbeek > symlink_files

comparison symlink_files.xml @ 1:46dc0dbd9f04 draft

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planemo upload for repository https://github.com/mvdbeek/gx_symlinks commit b0ef7aecb1a8917fc220f376af211df14e8c68ba
author mvdbeek
date Tue, 29 Nov 2016 10:14:01 -0500
parents 909a7e8e9b30
children 301f0997a1da
comparison
equal deleted inserted replaced
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10 #end if 10 #end if
11 11
12 #if $input: 12 #if $input:
13 mkdir -p '$output_path' && 13 mkdir -p '$output_path' &&
14 #if '$input.ext': 14 #if '$input.ext':
15 #if input.ext == 'bam':
16 ln -fs '$input.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'.bai &&
17 #end if
15 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext' 18 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'
16 #else: 19 #else:
17 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier' 20 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'
18 #end if 21 #end if
19 #end if 22 #end if
20 #if $input_collection: 23 #if $input_collection:
21 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection.name' && 24 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection.name' &&
22 #for $element in $input_collection: 25 #for $element in $input_collection:
23 ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'; 26 #if $element.ext == 'bam':
27 ln -fs '$element.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'.bai &&
28 #end if
29 ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext';
24 #end for 30 #end for
25 #end if 31 #end if
26 #if $input_collection_paired: 32 #if $input_collection_paired:
27 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_paired.name' && 33 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_paired.name' &&
28 #for $element in $input_collection_paired: 34 #for $element in $input_collection_paired: