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planemo upload for repository https://github.com/mvdbeek/gx_symlinks commit 71625ec1a2b288417d5e47d1e7252620e39c8611
author mvdbeek
date Tue, 29 Nov 2016 10:53:10 -0500
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children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:46dc0dbd9f04 2:301f0997a1da
13 mkdir -p '$output_path' && 13 mkdir -p '$output_path' &&
14 #if '$input.ext': 14 #if '$input.ext':
15 #if input.ext == 'bam': 15 #if input.ext == 'bam':
16 ln -fs '$input.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'.bai && 16 ln -fs '$input.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'.bai &&
17 #end if 17 #end if
18 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext' 18 ln -fs \$(readlink '$input') '$output_path'/'$input.element_identifier'.'$input.ext'
19 #else: 19 #else:
20 ln -fs '$input' '$output_path'/'$input.element_identifier' 20 ln -fs \$(readlink '$input') '$output_path'/'$input.element_identifier'
21 #end if 21 #end if
22 #end if 22 #end if
23 #if $input_collection: 23 #if $input_collection:
24 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection.name' && 24 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection.name' &&
25 #for $element in $input_collection: 25 #for $element in $input_collection:
26 #if $element.ext == 'bam': 26 #if $element.ext == 'bam':
27 ln -fs '$element.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'.bai && 27 ln -fs '$element.metadata.bam_index' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'.bai &&
28 #end if 28 #end if
29 ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext'; 29 ln -fs \$(readlink '$element') '$output_path'/'$input_collection.name'/'$element.element_identifier'.'$element.ext';
30 #end for 30 #end for
31 #end if 31 #end if
32 #if $input_collection_paired: 32 #if $input_collection_paired:
33 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_paired.name' && 33 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_paired.name' &&
34 #for $element in $input_collection_paired: 34 #for $element in $input_collection_paired:
35 ln -fs '$element.forward' '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-forward.'$element.ext'; 35 ln -fs \$(readlink '$element.forward') '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-forward.'$element.ext';
36 ln -fs '$element.reverse' '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-reverse.'$element.ext'; 36 ln -fs \$(readlink '$element.reverse') '$output_path'/'$input_collection_paired.name'/'$element.element_identifier'-reverse.'$element.ext';
37 #end for 37 #end for
38 #end if 38 #end if
39 #if $input_collection_list_paired: 39 #if $input_collection_list_paired:
40 #for $sample in $input_collection_list_paired: 40 #for $sample in $input_collection_list_paired:
41 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name' && 41 mkdir -p '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name' &&
42 #for $element in $sample: 42 #for $element in $sample:
43 ln -fs '$element' '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name'/'$sample.name'-$element.element_identifier.'$element.ext'; 43 ln -fs \$(readlink '$element') '$output_path'/'$input_collection_list_paired.name'/'$sample.name'-$element.element_identifier.'$element.ext';
44 #end for 44 #end for
45 #end for 45 #end for
46 #end if 46 #end if
47 ]]></command> 47 ]]></command>
48 <inputs> 48 <inputs>