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changeset 0:5743b5c0209b draft

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author mvdbeek
date Fri, 16 Dec 2016 04:45:26 -0500
parents
children 4f68e55100c3
files samblaster.xml test-data/output.bam test-data/splitters.bam test-data/sr.input.bam test-data/unmapped.fastq
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+<tool id="samblaster" name="samblaster" version="0.1.24">
+    <description>marks duplicates, outputs split reads, discordant read pairs and unmapped reads</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="0.1.24">samblaster</requirement>
+        <requirement type="package" version="1.3.1">samtools</requirement>
+    </requirements>
+    <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[
+        samtools sort -O sam -n '$input' |
+        samblaster
+        $output
+        $discordantFile
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+        $removeDups
+        $addMateTags
+        $compatibility_mode
+        --maxSplitCount '$maxSplitCount'
+        --maxUnmappedBases '$maxUnmappedBases'
+        --minIndelSize '$minIndelSize'
+        --minNonOverlap '$minNonOverlap'
+        --minClipSize '$minClipSize' && sleep 1
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="input" argument="--input" type="data" format="bam,sam"/>
+        <param name="output" argument="--ouput" label="Output bam file for all input alignments" type="boolean" truevalue="-o >(samtools sort -O bam -o output.bam)" falsevalue="-o /dev/null"/>
+        <param name="discordantFile" argument="--discordantFile" label="Output discordant read pairs?" type="boolean" truevalue="-d >(samtools sort -O bam -o discordant.bam)" falsevalue=""/>
+        <param name="splitterFile" argument="--splitterFile" label="Output split reads?" type="boolean" truevalue="-s >(samtools sort -O bam -o splitter.bam)" falsevalue=""/>
+        <param name="unmappedFile" argument="--unmappedFile" label="Output unmapped/clipped reads as FASTQ?" type="boolean" truevalue="-u unmapped.fastq" falsevalue=""/>
+        <param name="acceptDupMarks" argument="--acceptDupMarks" label="Accept duplicate marks already in input file instead of looking for duplicates in the input?" type="boolean" truevalue="-a" falsevalue=""/>
+        <param name="excludeDups" argument="--excludeDups" label="Exclude reads marked as duplicates from discordant, splitter, and/or unmapped file?" type="boolean" truevalue="-a" falsevalue=""/>
+        <param name="removeDups" argument="--removeDups" label="Remove duplicates reads from all output files?" help="(Implies --excludeDups)" type="boolean" truevalue="-e" falsevalue=""/>
+        <param name="addMateTags" argument="--addMateTags" label="Add MC and MQ tags?" type="boolean" truevalue="--addMateTags" falsevalue=""/>
+        <param name="compatibility_mode" argument="-M" label="Run in compatibility mode?" help="Both 0x100 and 0x800 are considered chimeric. Similar to BWA MEM -M option." type="boolean" truevalue="-M" falsevalue="" />
+        <param name="maxSplitCount" argument="--maxSplitCount" label="Maximum number of split alignments for a read to be included in splitter file." type="integer" value="2"/>
+        <param name="maxUnmappedBases" argument="--maxUnmappedBases" label="Maximum number of un-aligned bases between two alignments to be included in splitter file." type="integer" value="50" min="1"/>
+        <param name="minIndelSize" argument="--minIndelSize" label="Minimum structural variant feature size for split alignments to be included in splitter file." type="integer" value="50" min="1"/>
+        <param name="minNonOverlap" argument="--minNonOverlap" label="Minimum non-overlaping base pairs between two alignments for a read to be included in splitter file." type="integer" value="20" min="1"/>
+        <param name="minClipSize" argument="--minClipSize" label="Minumum number of bases a mapped read must be clipped to be included in unmapped file." type="integer" value="20" min="1"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output_bam" format="bam" label="samblaster alignments on ${on_string}" from_work_dir="output.bam">
+            <filter>output</filter>
+        </data>
+        <data name="discordant_bam" format="bam" label="samblaster discordant alignments on ${on_string}" from_work_dir="discordant.bam">
+            <filter>discordantFile</filter>
+        </data>
+        <data name="splitter_bam" format="bam" label="samblaster split alignments on ${on_string}" from_work_dir="splitter.bam">
+            <filter>splitterFile</filter>
+        </data>
+        <data name="unmapped_fastq" format="fastqsanger" label="samblaster unmapped fastq on ${on_string}" from_work_dir="unmapped.fastq">
+            <filter>unmappedFile</filter>
+        </data>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="input" value="sr.input.bam"/>
+            <param name="output" value="true"/>
+            <param name="discordandFile" value="false"/>
+            <param name="splitterFile" value="true"/>
+            <param name="unmappedFile" value="true"/>
+            <output name="output_bam" file="output.bam"/>
+            <output name="splitter_bam" file="splitters.bam"/>
+            <output name="unmapped_fastq" file="unmapped.fastq"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+
+    ]]></help>
+    <citations>
+        <citation type="doi">10.1093/bioinformatics/btu314</citation>
+    </citations>
+</tool>
Binary file test-data/output.bam has changed
Binary file test-data/splitters.bam has changed
Binary file test-data/sr.input.bam has changed
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/unmapped.fastq	Fri Dec 16 04:45:26 2016 -0500
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++
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++
+CCDDCFFFFFFFGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHGHHGHGHHHHHGGGGGGGHHHGHHHHHHGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHGEGGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGHHHHHHHHHHGHHHHHHGHHHHHHHH
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++
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++
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++
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++
+HHCHEHHHFHFF?FGHHGGHHHHHGFDCGGHHGHHHHHHHHHHHHHGHFHFFHHGGGHGHHFGHEHHHHHHGDBHEE?GGG@DHECEHHGGGGGGHHHHGHHHHHHHFEFFGGGGHHHHGGHGE?GGGGGGGGGGGGGFFCBBBBB>>>3>
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++
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++
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++
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++
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++
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+@M00860:26:000000000-A6UGV:1:1101:6868:5042
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++
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+@M00860:26:000000000-A6UGV:1:1101:6936:6599
+GGCCGGGCGCACTGGCTCACGCTTGTAATCCCGGCACTCTGGGAGGCCAAAGCAGGCAGATCACGAGGTCAGGGGTTTGAGACCAGCCTGACCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAATATACAAAAATTGGCTGGGTGTGGTAGCAC
++
+>3>>>32ADDBBGGGCGFGFGGGFFHFBGGGHGAE0EHHCGH21FEGGEHGGFHBHEHGCGHGF?A@EEG@GFHGE?DEGGEFFFCFGFGHBCHFDF0CC?GHFGGFDGG0GHFHFHHHGHHHHBFGHGHHHHBFEHFDD0A@ADGFFEHF
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++
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+GGTGGGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCGTCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAAATTAGGCGGGCGTGGTGGCGAGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCCT
++
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+@M00860:26:000000000-A6UGV:1:1101:7083:6211
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++
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+CCCACGCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCTATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCGCGCGCCCCAAC
++
+---9;-;;A;;//9.FGGGGF00AGFFFBB00BC;999E.90FB000..:C/GCCC/<0;/0/:/<0<D</<<///C<.D-.<<0@</C</GGGFGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHHGGFHHGGFGFEGGGGBBD@BBDBBBBB
+@M00860:26:000000000-A6UGV:1:1101:7113:5742
+ACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCATCTCTCCTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGTGCACGCCTGTATTCCCAGCTATTGAGGAGGCTGAGGTAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGTGGTGAGCCGAGA
++
+CBCBCCCFFFFFGGGGGGGGFGHHHHGGEHHHHHHHHHHHFHHHHHHGHHHHGHHHGHHGGGGGEGEFHHFGGGFEFHHHHHHHHHGHFHHHHHHGGGGHFHGFGHGHHFHHHHHHGHHHHHHHHGHGGGGGDDGDHHDFGGFHHHHGGGC
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+GGCCGAGGCGGGTGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGCGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATCAGCCATGTGTGGTGGCACACGCCTGTAATCCCAGCTACCCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGA
++
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++
+HHHHHHGHHHGHHHHHHHGGGGHHHGGGGGGGGGGGGHGHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHHHGGHGGGGGGGHHHHHHHHGHGGGHHHGGGGGHGHHHGHHHHHHHGGHHHHHHHHGGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFCCAAB
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++
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++
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++
+--.....-..>.<-/>0110>///B?/?///>/>/?/?//HHHHHHHHHGHHHHHGHHGGHHHHHHHGGHGGGGHGHGGGGGHHHIHHIIHHIHGHHHHHHHGHHHHHHHHFHHHHHHHHHGHHHHHHHGGGGGGGGGGFFFFFFFCCBAC
+@M00860:26:000000000-A6UGV:1:1101:7506:4067
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