# HG changeset patch
# User mvdbeek
# Date 1522568296 14400
# Node ID 29734dbad6de1bcaac0b23a001d8563355333d7e
# Parent  bb09f4ee2ff830081c2ec1d2b39b0168f2857237
planemo upload for repository https://github.com/bardin-lab/readtagger/tree/master/galaxy commit 2e991a52c828b0234020e89748eafe1028e44a7d

diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de add_matesequence.xml
--- a/add_matesequence.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/add_matesequence.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="add_matesequence" name="Add matesequence" version="0.4.6">
+<tool id="add_matesequence" name="Add matesequence" version="0.4.10">
     <description>into tag field</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <version_command>add_matesequence --version</version_command>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de allow_dovetailing.xml
--- a/allow_dovetailing.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/allow_dovetailing.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="allow_dovetailing" name="Allow dovetailing" version="0.4.6">
+<tool id="allow_dovetailing" name="Allow dovetailing" version="0.4.10">
     <description>modifies proper_pair flag in bam files</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
         allow_dovetailing -i '$input' -o '$output'
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de bam_readtagger.xml
--- a/bam_readtagger.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/bam_readtagger.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,10 +1,10 @@
-<tool id="bam_readtagger" name="Tag alignment files" version="0.4.6">
+<tool id="bam_readtagger" name="Tag alignment files" version="0.4.10">
     <description>from multiple bam files</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
         readtagger -t '$tag_file' -s
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de deploy.sh
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de filter_insertions.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/filter_insertions.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,59 @@
+<tool id="confirm_insertions" name="Confirm or discard insertions" version="0.4.10">
+    <description>based on softclips in control files</description>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
+    </requirements>
+    <version_command>confirm_insertions --version</version_command>
+    <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
+        ln -fs $putative_insertions putative_insertions.gff &&
+        ln -fs $all_insertions all_insertions.gff &&
+        ln -fs $all_controls all_controls_path.gff &&
+        confirm_insertions
+        --putative_insertions_path putative_insertions.gff
+        --all_treatments_path all_insertions.gff
+        --all_controls_path all_controls_path.gff
+        --output_path '$output'
+        $output_discard
+    ]]></command>
+    <inputs>
+        <param name="putative_insertions" label="Path to filtered putative insertinos" argument="--putative_insertions_path" type="data" format="gff3"/>
+        <param name="all_insertions" label="Path to all unfiltered insertions" argument="--all_treatments_path" type="data" format="gff3"/>
+        <param name="all_controls" label="Path to all unfiltered insertions from control sample" argument="--all_controls_path" type="data" format="gff3"/>
+        <param name="output_discard" label="Output discarded records? Discarded records will be marked as failed." truevalue="--output_discarded_records" falsevalue="--no_output_discarded_records" checked="True" type="boolean"/>
+    </inputs>
+    <outputs>
+        <data name="output" format="gff3"/>
+    </outputs>
+    <tests>
+        <test>
+            <param name="putative_insertions" value="putative_insertions.gff" ftype="gff3"/>
+            <param name="all_insertions" value="all_treatment_insertions.gff" ftype="gff3"/>
+            <param name="all_controls" value="all_control_insertions.gff" ftype="gff3"/>
+            <output name="output" file="confirmed_insertions.gff" ftype="gff3"/>
+        </test>
+    </tests>
+    <help><![CDATA[
+.. code-block::
+
+
+    Usage: confirm_insertions [OPTIONS]
+
+      Confirm insertions by checking that control file does not contain the same
+      clipping pattern.
+
+    Options:
+      -p, --putative_insertions_path PATH
+                                      Path to file containing putative somatic
+                                      insertions  [required]
+      -t, --all_treatments_path PATH  Path to file containing all treatment
+                                      insertions  [required]
+      -c, --all_controls_path PATH    Path to file containing all control
+                                      insertions  [required]
+      -o, --output_path TEXT          Write annotated output to this Path.
+      --output_discarded_records / --no_output_discarded_records
+                                      Discard an alternative flag if the current
+                                      read is in a proper pair.
+      --version                       Show the version and exit.
+      --help                          Show this message and exit.
+    ]]></help>
+</tool>
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de findcluster.xml
--- a/findcluster.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/findcluster.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,10 +1,10 @@
-<tool id="findcluster" name="Find clusters of reads" version="0.4.6">
+<tool id="findcluster" name="Find clusters of reads" version="0.4.10">
     <description>in bam files</description>
     <macros>
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <version_command>findcluster --version</version_command>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
@@ -28,33 +28,57 @@
                 --genome_bwa_index '$genome_source.ref_file.fields.path'
             #end if
         #end if
-        --output_bam '$output_bam'
-        --output_gff '$output_gff'
-        --output_fasta '$output_fasta'
+        #if str($make_bam) == 'True':
+            --output_bam '$output_bam'
+        #end if
+        #if str($make_vcf) == 'True'
+             --output_vcf '$output_vcf'
+        #end if
+        #if str($make_gff) == 'True'
+             --output_gff '$output_gff'
+        #end if
+        #if str($make_fasta) == 'True'
+            --output_fasta '$output_fasta'
+        #end if
         --sample_name '$sample_name'
         --threads "\${GALAXY_SLOTS:-2}"
     ]]></command>
     <inputs>
         <param name="input" argument="--input_path" type="data" format="bam"/>
-
+        <param name="make_bam" type="boolean" truevalue="True" checked="true" label="Produce an alignment file containing evidence for insertions."/>
+        <param name="make_vcf" type="boolean" truevalue="True" checked="true" label="Produce a VCF file describing the insertion that have been found."/>
+        <param name="make_gff" type="boolean" truevalue="True" checked="false" label="produce a GFF file describing the insertions that have been found."/>
+        <param name="make_fasta" type="boolean" checked="True" truevalue="True" label="Produce a fasta file containing assembled contigs."/>
         <expand macro="reference_source_conditional" reference_type="transposon"/>
         <expand macro="reference_source_conditional" reference_type="genome"/>
     </inputs>
     <outputs>
-        <data name="output_bam" format="bam" label="findcluster BAM on $on_string"/>
-        <data name="output_fasta" format="fasta" label="findcluster contigs on $on_string"/>
-        <data name="output_gff" format="gff3" label="findcluster GFF on $on_string"/>
+        <data name="output_bam" format="bam" label="findcluster BAM on $on_string">
+            <filter>make_bam</filter>
+        </data>
+        <data name="output_fasta" format="fasta" label="findcluster contigs on $on_string">
+            <filter>make_fasta</filter>
+        </data>
+        <data name="output_vcf" format="vcf" label="findcluster VCF on $on_string">
+            <filter>make_vcf</filter>
+        </data>
+        <data name="output_gff" format="gff3" label="findcluster GFF on $on_string">
+            <filter>make_gff</filter>
+        </data>
     </outputs>
     <tests>
         <test>
             <param name="input" value="extended_and_annotated_roi.bam" ftype="bam"/>
+            <param name="make_gff" value="true"/>
             <output name="output_bam" file="three_cluster_out.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/>
-            <output name="output_gff" file="three_cluster_out.gff" ftype="gff3" lines_diff="0"/>
+            <output name="output_gff" file="three_cluster_out.gff" ftype="gff3" compare="sim_size"/>
+            <output name="output_vcf" file="three_cluster_out.vcf" ftype="vcf" compare="sim_size"/>
         </test>
         <test>
             <param name="input" value="extended_and_annotated_roi.bam" ftype="bam"/>
             <param name="transposon_source|reference_source_selector" value="history"/>
             <param name="transposon_source|ref_file" value="reference.fasta" ftype="fasta"/>
+            <param name="make_gff" value="true"/>
             <output name="output_bam" file="three_cluster_out.bam" ftype="bam" lines_diff="2"/>
             <output name="output_gff">
                 <assert_contents>
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de plot_coverage.xml
--- a/plot_coverage.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/plot_coverage.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="plot_coverage" name="Plot coverage" version="0.4.6">
+<tool id="plot_coverage" name="Plot coverage" version="0.4.10">
     <description>as area plot between BAM files</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
         #import re
@@ -17,6 +17,7 @@
                 <valid initial="string.letters,string.digits">
                     <add value="-" />
                     <add value="," />
+                    <add value=":" />
                 </valid>
             </sanitizer>
         </param>
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/all_control_insertions.gff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/all_control_insertions.gff	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,3 @@
+TEST	find_softclip	5p_clip	16727068	16727111	6	+	.	ID=softclip_test2;consensus=TTTTTTT
+X	find_softclip	5p_clip	16727068	16727067	3	+	.	ID=softclip_0;consensus=ACTTAATA;max_mapq=25
+X	find_softclip	3p_clip	16727112	16727111	4	+	.	ID=softclip_1;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAG;max_mapq=28
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/all_treatment_insertions.gff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/all_treatment_insertions.gff	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,13 @@
+TEST	find_softclip	5p_clip	16727068	16727111	6	+	.	ID=softclip_test1;consensus=AAAAAA
+X	feature	predicted_insertion	10766937	10766942	.	+	.	Parent=R37_49;contig_support=2;fraction_full_length=0.03132530120481928;sbjct=RR48388_transposable_element_rover_Gypsy;sbjct_end=7308;sbjct_start=7074;type=predicted_insertion
+X	findcluster	transposable_element_rover	10766937	10766942	24	+	.	ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;softclip_clusters=;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True
+X	find_softclip	5p_clip	10766937	10766936	6	+	.	ID=softclip_0;consensus=GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAG;max_mapq=60
+X	find_softclip	3p_clip	10766943	10766942	3	+	.	ID=softclip_1;consensus=GTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA;max_mapq=60
+X	feature	left_insert	16726713	16727261	.	+	.	Parent=R37_26;fraction_full_length=0.003280519299225239;read_support=1;sbjct=FBti0059747_gtwin_Gypsy;sbjct_end=2536;sbjct_start=2489;type=left_insert
+X	findcluster	gtwin	16726713	16727261	1	+	.	ID=R37_26;genotype=reference;genotype_likelihoods=1.0,1.93425522512e-14,6.88207144991e-72;insert_reference_name=gtwin;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=47;right_inserts=;right_mate_count=1;softclip_clusters=;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False
+X	feature	left_insert	16727068	16727111	.	+	.	Parent=R37_27;fraction_full_length=0.6875;read_support=1;sbjct=FBti0062261_jockey2_Jockey;sbjct_end=63;sbjct_start=19;type=left_insert
+X	feature	right_insert	16727068	16727111	.	+	.	Parent=R37_27;fraction_full_length=0.0017704870646047116;read_support=1;sbjct=FBti0062666_HMS-Beagle_Gypsy;sbjct_end=10537;sbjct_start=10488;type=right_insert
+X	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True
+X	find_softclip	3p_clip	16727068	16727111	6	+	.	ID=softclip_2;consensus=TTTAATAAAATTAAAGGAC;max_mapq=34
+X	find_softclip	5p_clip	16727068	16727111	5	+	.	ID=softclip_3;consensus=GAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATA;max_mapq=34
+X	find_softclip	3p_clip	16727110	16727109	1	+	.	ID=softclip_4;consensus=CCTTTAATAAAATTAAAGGACAACTAAACGGAAGGAAAATATCGTGAGCAGAAAATAATATTAAGTCTTTAAAAG;max_mapq=34
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/confirmed_insertions.gff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/confirmed_insertions.gff	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+2R	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1
+TEST	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1
+X	findcluster	transposable_element_rover	10766937	10766942	24	+	.	ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True
+X	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True;FAIL=clip_seq_in_control
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/dm6.bam
Binary file test-data/dm6.bam has changed
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/putative_insertions.gff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/putative_insertions.gff	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,4 @@
+2R	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1
+TEST	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;softclip_clusters=softclip_test1
+X	findcluster	transposable_element_rover	10766937	10766942	24	+	.	ID=R37_49;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=6.86863481923e-26,0.999999994797,5.2033283093e-09;insert_reference_name=transposable_element_rover;left_inserts=0,GGGGTGCATATATAGCGCACATATGTACATATTTGTACATATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCA,1,CAACAATGTATTATCCTACCGACTGCGCCACTTACGTATTTTACTATTCGAGTCGAACAAATGATCCGTCGTTTGACTAAGATCAACGCCTTTAAAGAAGTTTCAGAATCAACACGAGGTATTTTTTTAGTTTGGA;left_mate_count=4;max_mapq=60;nref=12;right_inserts=0,GGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATACATATGCATATGCAGTCCGAATCAAAATCGAAAACAAGAACTGCACTTTTCGCTGCGATTGGGGCACCTTCAGC,1,GTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCCGTTCTTTTTTTGTACACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTAT,2,CACATATACTGATTAGACATTCCCGTTTATCGCGACTCACTTCGAGCCGATCAAAAACTCTGTACAGTCAGTCTTAAGCCGACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTT;right_mate_count=14;total_left_count=6;total_right_count=18;valid_TSD=True
+X	findcluster	jockey2	16727068	16727111	6	+	.	ID=R37_27;genotype=heterozygous;genotype_likelihoods=8.55882087985e-05,0.999914411654,1.37666001367e-10;insert_reference_name=jockey2;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=25;nref=9;right_inserts=0,GATATGGACTTAATTGGAAATTAATTAATGCAATAATCCAATTAAGAATTTAATATTTAAAAAGGTGGACTGAATACTTAATACAAGAAGGATAATAGTACGCTAGTCAATTAAATAAAATAATTTCTTTAATAAAATTAAAGGAC;right_mate_count=2;softclip_clusters=softclip_2,softclip_3;total_left_count=3;total_right_count=4;valid_TSD=True
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/three_cluster_out.bam
Binary file test-data/three_cluster_out.bam has changed
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/three_cluster_out.gff
--- a/test-data/three_cluster_out.gff	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/test-data/three_cluster_out.gff	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,3 +1,8 @@
 ##gff-version 3
-3R	findcluster	TE	13373515	13373524	22	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_0;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=1.8828617809e-31,9.53673406912e-07,0.999999046327;left_insert=0,CTCGGAATGTATCTAACTAACAAACTCATATCAAATATAAGCAAGTGCGCCAATTCGTATGCATATGGACATATGGACATATACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTACATACAATCTTGCACATGCATAAACACATCAAACCAGCTTACATTTTTACTTACACTTAAGCGCATGATTTGTTGTGCATCCATACCGTTATTTTTCC;left_mate_support=8;left_support=11;non_support=0;right_insert=0,GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG;right_mate_support=6;right_support=11;valid_TSD=False
-3R	findcluster	TE	13374595	13374676	3	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_1;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.00038864889331,0.199922270221,0.799689080885;left_insert=0,GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG;left_mate_support=2;left_support=2;non_support=0;right_insert=;right_mate_support=1;right_support=1;valid_TSD=False
+3R	findcluster	TE	13373206	13373206	2	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_0;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;softclip_clusters=;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False
+3R	find_softclip	3p_clip	13373515	13373514	7	+	.	ID=SOFTCLIP_8392192716115976782;consensus=ACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTAC;max_mapq=60
+3R	findcluster	TE	13373515	13373524	20	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_1;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=6.2761999508986e-30,1.9073449948406318e-06,0.9999980926550052;insert_reference_name=None;left_inserts=GGAAAAATAACGGTATGGATGCACAACAAATCATGCGCTTAAGTGTAAGTAAAAATGTAAGCTGGTTTGATGTGTTTATGCATGTGCAAGATTGTATGTACAATTAGTGTAAGTATGTAAACGTAATATGAGAAGCATATTATGTTACTATATGTATATGTCCATATGTCCATATGCATACGAATTGGCGCACTTGCTTATATTTGATATGAGTTTGTTAGTTAGATACATTCCGAG;left_mate_count=6;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG;right_mate_count=6;softclip_clusters=SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485;total_left_count=9;total_right_count=11;valid_TSD=False
+3R	find_softclip	5p_clip	13373525	13373524	6	+	.	ID=SOFTCLIP_3495167510329773485;consensus=CTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGT;max_mapq=60
+3R	findcluster	TE	13374539	13374676	1	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_2;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.21259842519685054,0.3937007874015747;insert_reference_name=None;left_inserts=;left_mate_count=0;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=1;softclip_clusters=;total_left_count=0;total_right_count=1;valid_TSD=False
+3R	findcluster	TE	13374595	13374709	2	+	.	ID=extended_and_annotated_roi.bam_3;genotype=homozygous;genotype_likelihoods=0.010684606252473286,0.32977179791584216,0.6595435958316843;insert_reference_name=None;left_inserts=GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG;left_mate_count=2;max_mapq=60;nref=0;right_inserts=;right_mate_count=0;softclip_clusters=;total_left_count=2;total_right_count=0;valid_TSD=False
+3R	find_softclip	5p_clip	13374677	13374676	1	+	.	ID=SOFTCLIP_2520711244791099460;consensus=TGGCAAAACATATGCAAAGTGCA;max_mapq=60
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de test-data/three_cluster_out.vcf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/three_cluster_out.vcf	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,1916 @@
+##fileformat=VCFv4.1
+##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
+##fileDate=2018-03-30 15:24:43.667621
+##source=readtagger-v1.2.3
+##contig=<ID=2L,length=23513712>
+##contig=<ID=2R,length=25286936>
+##contig=<ID=3L,length=28110227>
+##contig=<ID=3R,length=32079331>
+##contig=<ID=4,length=1348131>
+##contig=<ID=X,length=23542271>
+##contig=<ID=Y,length=3667352>
+##contig=<ID=2Cen_mapped_Scaffold_10_D1684,length=19956>
+##contig=<ID=2Cen_mapped_Scaffold_43_D1668,length=44411>
+##contig=<ID=2R2_mapped_Scaffold_56_D1828,length=13157>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_1_D1896_D1895,length=76224>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_27_D1777,length=11983>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_31_D1643_D1653_D1791,length=87365>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_36_D1605,length=36913>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_41_D1641,length=22604>
+##contig=<ID=3Cen_mapped_Scaffold_50_D1686,length=23238>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_4_D1555_D1692,length=86267>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_8_D1580_D1567,length=88768>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_11_D1754,length=36482>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_13_D1782,length=25537>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_17_D1756_D1775,length=62570>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_22_D1753,length=45120>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_24_D1707,length=22882>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_28_D1723,length=46986>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_29_D1705,length=37106>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_32_D1773,length=16157>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_35_D1599,length=57785>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_37_D1608,length=20763>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_38_D1625,length=28305>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_44_D1670,length=25698>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_45_D1673,length=29583>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_46_D1675,length=25560>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_48_D1678,length=26115>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_51_D1697,length=13455>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_52_D1739,length=43383>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_54_D1776,length=12632>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_58_D1862,length=10091>
+##contig=<ID=Unmapped_Scaffold_60_D1601,length=24503>
+##contig=<ID=211000022278279,length=12714>
+##contig=<ID=X3X4_mapped_Scaffold_6_D1712,length=33320>
+##contig=<ID=X3X4_mapped_Scaffold_14_D1732,length=27447>
+##contig=<ID=XY_mapped_Scaffold_42_D1648,length=47411>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_5_D1748_D1610,length=73091>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_9_D1573,length=66731>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_12_D1771,length=66439>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_15_D1727,length=33316>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_18_D1698,length=34521>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_20_D1762_D1719,length=39041>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_21_D1683_D1693,length=34359>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_23_D1638,length=31460>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_26_D1717,length=21921>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_30_D1720,length=25805>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_34_D1584,length=24380>
+##contig=<ID=Y_mapped_Scaffold_53_D1765,length=44104>
+##contig=<ID=211000022279762,length=11498>
+##contig=<ID=rDNA,length=76973>
+##contig=<ID=211000022278033,length=1143>
+##contig=<ID=211000022278089,length=4222>
+##contig=<ID=211000022278170,length=1160>
+##contig=<ID=211000022278224,length=1650>
+##contig=<ID=211000022278269,length=11430>
+##contig=<ID=211000022278354,length=21074>
+##contig=<ID=211000022278391,length=1152>
+##contig=<ID=211000022278415,length=25840>
+##contig=<ID=211000022278678,length=1966>
+##contig=<ID=211000022278894,length=1303>
+##contig=<ID=211000022278978,length=12424>
+##contig=<ID=211000022279018,length=6860>
+##contig=<ID=211000022279130,length=1990>
+##contig=<ID=211000022279169,length=3120>
+##contig=<ID=211000022279344,length=4573>
+##contig=<ID=211000022279387,length=1044>
+##contig=<ID=211000022279450,length=1719>
+##contig=<ID=211000022279594,length=12148>
+##contig=<ID=211000022279735,length=7722>
+##contig=<ID=211000022280087,length=4986>
+##contig=<ID=211000022280171,length=2784>
+##contig=<ID=211000022280577,length=3013>
+##contig=<ID=211000022280583,length=5026>
+##contig=<ID=211000022280626,length=2419>
+##contig=<ID=211000022280652,length=4581>
+##contig=<ID=211000022278095,length=1008>
+##contig=<ID=211000022278096,length=1148>
+##contig=<ID=211000022278164,length=3073>
+##contig=<ID=211000022278171,length=1193>
+##contig=<ID=211000022278205,length=2176>
+##contig=<ID=211000022278493,length=2442>
+##contig=<ID=211000022278521,length=1549>
+##contig=<ID=211000022278535,length=1045>
+##contig=<ID=211000022278581,length=3010>
+##contig=<ID=211000022278611,length=3648>
+##contig=<ID=211000022278672,length=2221>
+##contig=<ID=211000022278673,length=1165>
+##contig=<ID=211000022278676,length=1378>
+##contig=<ID=211000022278711,length=2084>
+##contig=<ID=211000022278712,length=5060>
+##contig=<ID=211000022278765,length=4400>
+##contig=<ID=211000022278858,length=2435>
+##contig=<ID=211000022278859,length=1081>
+##contig=<ID=211000022278860,length=2253>
+##contig=<ID=211000022278888,length=2200>
+##contig=<ID=211000022278889,length=1262>
+##contig=<ID=211000022278926,length=4465>
+##contig=<ID=211000022279011,length=2291>
+##contig=<ID=211000022279095,length=1189>
+##contig=<ID=211000022279096,length=2060>
+##contig=<ID=211000022279097,length=1832>
+##contig=<ID=211000022279116,length=2529>
+##contig=<ID=211000022279117,length=1029>
+##contig=<ID=211000022279118,length=2198>
+##contig=<ID=211000022279139,length=1849>
+##contig=<ID=211000022279147,length=5891>
+##contig=<ID=211000022279148,length=1146>
+##contig=<ID=211000022279155,length=1076>
+##contig=<ID=211000022279156,length=1227>
+##contig=<ID=211000022279157,length=2670>
+##contig=<ID=211000022279158,length=1900>
+##contig=<ID=211000022279159,length=1747>
+##contig=<ID=211000022279191,length=2549>
+##contig=<ID=211000022279265,length=3197>
+##contig=<ID=211000022279308,length=1019>
+##contig=<ID=211000022279309,length=1156>
+##contig=<ID=211000022279310,length=2103>
+##contig=<ID=211000022279370,length=3622>
+##contig=<ID=211000022279371,length=1375>
+##contig=<ID=211000022279372,length=3913>
+##contig=<ID=211000022279373,length=2536>
+##contig=<ID=211000022279376,length=2046>
+##contig=<ID=211000022279389,length=4436>
+##contig=<ID=211000022279463,length=4381>
+##contig=<ID=211000022279480,length=1208>
+##contig=<ID=211000022279517,length=2060>
+##contig=<ID=211000022279521,length=2795>
+##contig=<ID=211000022279522,length=1445>
+##contig=<ID=211000022279538,length=1863>
+##contig=<ID=211000022279539,length=6237>
+##contig=<ID=211000022279540,length=1487>
+##contig=<ID=211000022279575,length=1696>
+##contig=<ID=211000022279576,length=1117>
+##contig=<ID=211000022279578,length=1083>
+##contig=<ID=211000022279613,length=3503>
+##contig=<ID=211000022279634,length=5281>
+##contig=<ID=211000022279645,length=1227>
+##contig=<ID=211000022279647,length=1219>
+##contig=<ID=211000022279691,length=1577>
+##contig=<ID=211000022279692,length=1286>
+##contig=<ID=211000022279693,length=1014>
+##contig=<ID=211000022279694,length=1391>
+##contig=<ID=211000022279695,length=8007>
+##contig=<ID=211000022279699,length=1294>
+##contig=<ID=211000022279700,length=3157>
+##contig=<ID=211000022279711,length=2438>
+##contig=<ID=211000022279743,length=3806>
+##contig=<ID=211000022279744,length=1133>
+##contig=<ID=211000022279745,length=1806>
+##contig=<ID=211000022279746,length=2793>
+##contig=<ID=211000022279849,length=2510>
+##contig=<ID=211000022279850,length=2431>
+##contig=<ID=211000022279858,length=1776>
+##contig=<ID=211000022279866,length=2470>
+##contig=<ID=211000022279868,length=3156>
+##contig=<ID=211000022279869,length=9341>
+##contig=<ID=211000022279872,length=1218>
+##contig=<ID=211000022279898,length=2516>
+##contig=<ID=211000022279948,length=2796>
+##contig=<ID=211000022279953,length=3227>
+##contig=<ID=211000022279964,length=2822>
+##contig=<ID=211000022280008,length=3209>
+##contig=<ID=211000022280015,length=4820>
+##contig=<ID=211000022280037,length=2928>
+##contig=<ID=211000022280046,length=6062>
+##contig=<ID=211000022280051,length=1086>
+##contig=<ID=211000022280058,length=2325>
+##contig=<ID=211000022280070,length=2108>
+##contig=<ID=211000022280080,length=3044>
+##contig=<ID=211000022280081,length=1219>
+##contig=<ID=211000022280093,length=3009>
+##contig=<ID=211000022280098,length=4081>
+##contig=<ID=211000022280105,length=3277>
+##contig=<ID=211000022280126,length=1225>
+##contig=<ID=211000022280127,length=3553>
+##contig=<ID=211000022280128,length=4378>
+##contig=<ID=211000022280131,length=1586>
+##contig=<ID=211000022280137,length=2611>
+##contig=<ID=211000022280149,length=1048>
+##contig=<ID=211000022280202,length=4273>
+##contig=<ID=211000022280214,length=2794>
+##contig=<ID=211000022280227,length=2860>
+##contig=<ID=211000022280251,length=2914>
+##contig=<ID=211000022280284,length=2644>
+##contig=<ID=211000022280314,length=1209>
+##contig=<ID=211000022280446,length=3970>
+##contig=<ID=211000022280462,length=5772>
+##contig=<ID=211000022280473,length=4289>
+##contig=<ID=211000022280490,length=7314>
+##contig=<ID=211000022280498,length=3818>
+##contig=<ID=211000022280503,length=4701>
+##contig=<ID=211000022280508,length=4182>
+##contig=<ID=211000022280520,length=2577>
+##contig=<ID=211000022280524,length=3268>
+##contig=<ID=211000022280533,length=3402>
+##contig=<ID=211000022280551,length=3737>
+##contig=<ID=211000022280560,length=4135>
+##contig=<ID=211000022280564,length=3302>
+##contig=<ID=211000022280589,length=4933>
+##contig=<ID=211000022280621,length=2216>
+##contig=<ID=211000022280643,length=2425>
+##contig=<ID=211000022280653,length=4150>
+##contig=<ID=211000022280654,length=3574>
+##contig=<ID=211000022280655,length=5952>
+##contig=<ID=211000022280688,length=1153>
+##contig=<ID=211000022280772,length=15417>
+##contig=<ID=211000022280659,length=14503>
+##contig=<ID=211000022279579,length=13416>
+##contig=<ID=211000022280596,length=13501>
+##contig=<ID=211000022279719,length=13455>
+##contig=<ID=211000022279098,length=12368>
+##contig=<ID=211000022280761,length=18299>
+##contig=<ID=211000022280328,length=14098>
+##contig=<ID=211000022278031,length=1021>
+##contig=<ID=211000022278032,length=6936>
+##contig=<ID=211000022278038,length=1395>
+##contig=<ID=211000022278047,length=2020>
+##contig=<ID=211000022278049,length=27456>
+##contig=<ID=211000022278072,length=1127>
+##contig=<ID=211000022278074,length=1003>
+##contig=<ID=211000022278090,length=1097>
+##contig=<ID=211000022278091,length=1185>
+##contig=<ID=211000022278098,length=2820>
+##contig=<ID=211000022278100,length=3924>
+##contig=<ID=211000022278106,length=1058>
+##contig=<ID=211000022278114,length=2665>
+##contig=<ID=211000022278119,length=1163>
+##contig=<ID=211000022278120,length=2008>
+##contig=<ID=211000022278123,length=1126>
+##contig=<ID=211000022278127,length=1343>
+##contig=<ID=211000022278132,length=1714>
+##contig=<ID=211000022278134,length=1152>
+##contig=<ID=211000022278136,length=1232>
+##contig=<ID=211000022278137,length=1004>
+##contig=<ID=211000022278138,length=2088>
+##contig=<ID=211000022278139,length=1432>
+##contig=<ID=211000022278140,length=1132>
+##contig=<ID=211000022278143,length=1140>
+##contig=<ID=211000022278144,length=1330>
+##contig=<ID=211000022278145,length=1123>
+##contig=<ID=211000022278151,length=1334>
+##contig=<ID=211000022278152,length=1006>
+##contig=<ID=211000022278157,length=1346>
+##contig=<ID=211000022278158,length=1036>
+##contig=<ID=211000022278166,length=1178>
+##contig=<ID=211000022278167,length=1404>
+##contig=<ID=211000022278174,length=1153>
+##contig=<ID=211000022278176,length=1571>
+##contig=<ID=211000022278178,length=2266>
+##contig=<ID=211000022278179,length=1001>
+##contig=<ID=211000022278182,length=1504>
+##contig=<ID=211000022278184,length=1160>
+##contig=<ID=211000022278185,length=12681>
+##contig=<ID=211000022278191,length=1148>
+##contig=<ID=211000022278194,length=1315>
+##contig=<ID=211000022278195,length=3806>
+##contig=<ID=211000022278196,length=1214>
+##contig=<ID=211000022278197,length=1099>
+##contig=<ID=211000022278199,length=1052>
+##contig=<ID=211000022278200,length=1112>
+##contig=<ID=211000022278202,length=1184>
+##contig=<ID=211000022278203,length=3463>
+##contig=<ID=211000022278204,length=1310>
+##contig=<ID=211000022278206,length=2090>
+##contig=<ID=211000022278207,length=1025>
+##contig=<ID=211000022278210,length=1508>
+##contig=<ID=211000022278211,length=1956>
+##contig=<ID=211000022278212,length=1337>
+##contig=<ID=211000022278215,length=8346>
+##contig=<ID=211000022278216,length=2076>
+##contig=<ID=211000022278217,length=14687>
+##contig=<ID=211000022278219,length=3162>
+##contig=<ID=211000022278220,length=2330>
+##contig=<ID=211000022278221,length=1135>
+##contig=<ID=211000022278223,length=1086>
+##contig=<ID=211000022278240,length=1045>
+##contig=<ID=211000022278244,length=1540>
+##contig=<ID=211000022278247,length=1013>
+##contig=<ID=211000022278248,length=1114>
+##contig=<ID=211000022278253,length=1063>
+##contig=<ID=211000022278254,length=2006>
+##contig=<ID=211000022278256,length=1380>
+##contig=<ID=211000022278257,length=1115>
+##contig=<ID=211000022278258,length=1013>
+##contig=<ID=211000022278260,length=1061>
+##contig=<ID=211000022278262,length=1436>
+##contig=<ID=211000022278263,length=1144>
+##contig=<ID=211000022278265,length=1178>
+##contig=<ID=211000022278267,length=1163>
+##contig=<ID=211000022278271,length=1974>
+##contig=<ID=211000022278272,length=1010>
+##contig=<ID=211000022278273,length=12027>
+##contig=<ID=211000022278274,length=1893>
+##contig=<ID=211000022278276,length=1063>
+##contig=<ID=211000022278280,length=3089>
+##contig=<ID=211000022278281,length=1259>
+##contig=<ID=211000022278282,length=2511>
+##contig=<ID=211000022278283,length=1155>
+##contig=<ID=211000022278284,length=2017>
+##contig=<ID=211000022278285,length=1107>
+##contig=<ID=211000022278286,length=1446>
+##contig=<ID=211000022278287,length=1020>
+##contig=<ID=211000022278290,length=1195>
+##contig=<ID=211000022278291,length=1038>
+##contig=<ID=211000022278294,length=1138>
+##contig=<ID=211000022278295,length=1154>
+##contig=<ID=211000022278296,length=1163>
+##contig=<ID=211000022278301,length=1078>
+##contig=<ID=211000022278302,length=1262>
+##contig=<ID=211000022278304,length=1928>
+##contig=<ID=211000022278305,length=1040>
+##contig=<ID=211000022278306,length=1710>
+##contig=<ID=211000022278311,length=1071>
+##contig=<ID=211000022278312,length=3458>
+##contig=<ID=211000022278313,length=1162>
+##contig=<ID=211000022278327,length=2576>
+##contig=<ID=211000022278328,length=1123>
+##contig=<ID=211000022278333,length=1136>
+##contig=<ID=211000022278334,length=1552>
+##contig=<ID=211000022278335,length=2390>
+##contig=<ID=211000022278345,length=1105>
+##contig=<ID=211000022278348,length=1277>
+##contig=<ID=211000022278349,length=1088>
+##contig=<ID=211000022278351,length=4183>
+##contig=<ID=211000022278356,length=1272>
+##contig=<ID=211000022278357,length=1051>
+##contig=<ID=211000022278362,length=1998>
+##contig=<ID=211000022278366,length=1416>
+##contig=<ID=211000022278369,length=1234>
+##contig=<ID=211000022278370,length=1189>
+##contig=<ID=211000022278371,length=1078>
+##contig=<ID=211000022278372,length=4163>
+##contig=<ID=211000022278376,length=1594>
+##contig=<ID=211000022278377,length=1025>
+##contig=<ID=211000022278378,length=2905>
+##contig=<ID=211000022278384,length=1001>
+##contig=<ID=211000022278385,length=1062>
+##contig=<ID=211000022278386,length=1029>
+##contig=<ID=211000022278387,length=2354>
+##contig=<ID=211000022278388,length=1732>
+##contig=<ID=211000022278390,length=11985>
+##contig=<ID=211000022278392,length=3650>
+##contig=<ID=211000022278395,length=2999>
+##contig=<ID=211000022278396,length=3553>
+##contig=<ID=211000022278398,length=3100>
+##contig=<ID=211000022278399,length=11951>
+##contig=<ID=211000022278401,length=1147>
+##contig=<ID=211000022278403,length=1159>
+##contig=<ID=211000022278404,length=2849>
+##contig=<ID=211000022278406,length=1926>
+##contig=<ID=211000022278407,length=1190>
+##contig=<ID=211000022278409,length=1206>
+##contig=<ID=211000022278410,length=1050>
+##contig=<ID=211000022278412,length=1126>
+##contig=<ID=211000022278413,length=1366>
+##contig=<ID=211000022278416,length=1157>
+##contig=<ID=211000022278419,length=1051>
+##contig=<ID=211000022278420,length=1416>
+##contig=<ID=211000022278421,length=2697>
+##contig=<ID=211000022278423,length=1165>
+##contig=<ID=211000022278424,length=1014>
+##contig=<ID=211000022278426,length=2636>
+##contig=<ID=211000022278427,length=1044>
+##contig=<ID=211000022278429,length=1181>
+##contig=<ID=211000022278430,length=1200>
+##contig=<ID=211000022278432,length=1171>
+##contig=<ID=211000022278435,length=1900>
+##contig=<ID=211000022278438,length=3159>
+##contig=<ID=211000022278439,length=2043>
+##contig=<ID=211000022278440,length=2744>
+##contig=<ID=211000022278441,length=1070>
+##contig=<ID=211000022278445,length=1130>
+##contig=<ID=211000022278446,length=1945>
+##contig=<ID=211000022278451,length=1533>
+##contig=<ID=211000022278452,length=2575>
+##contig=<ID=211000022278456,length=1475>
+##contig=<ID=211000022278497,length=1175>
+##contig=<ID=211000022278503,length=1199>
+##contig=<ID=211000022278506,length=2059>
+##contig=<ID=211000022278507,length=2390>
+##contig=<ID=211000022278511,length=1123>
+##contig=<ID=211000022278514,length=1118>
+##contig=<ID=211000022278515,length=1986>
+##contig=<ID=211000022278517,length=1038>
+##contig=<ID=211000022278520,length=1162>
+##contig=<ID=211000022278525,length=1586>
+##contig=<ID=211000022278526,length=1067>
+##contig=<ID=211000022278528,length=1962>
+##contig=<ID=211000022278530,length=1052>
+##contig=<ID=211000022278533,length=1114>
+##contig=<ID=211000022278536,length=2304>
+##contig=<ID=211000022278537,length=1090>
+##contig=<ID=211000022278539,length=1005>
+##contig=<ID=211000022278540,length=1062>
+##contig=<ID=211000022278541,length=1033>
+##contig=<ID=211000022278546,length=2668>
+##contig=<ID=211000022278547,length=1195>
+##contig=<ID=211000022278548,length=1415>
+##contig=<ID=211000022278549,length=11743>
+##contig=<ID=211000022278550,length=1466>
+##contig=<ID=211000022278556,length=5323>
+##contig=<ID=211000022278558,length=1416>
+##contig=<ID=211000022278559,length=1719>
+##contig=<ID=211000022278562,length=1035>
+##contig=<ID=211000022278568,length=1432>
+##contig=<ID=211000022278569,length=1198>
+##contig=<ID=211000022278571,length=1054>
+##contig=<ID=211000022278573,length=1082>
+##contig=<ID=211000022278574,length=1297>
+##contig=<ID=211000022278575,length=1374>
+##contig=<ID=211000022278576,length=1001>
+##contig=<ID=211000022278580,length=1270>
+##contig=<ID=211000022278582,length=1229>
+##contig=<ID=211000022278585,length=1020>
+##contig=<ID=211000022278588,length=1030>
+##contig=<ID=211000022278589,length=2005>
+##contig=<ID=211000022278592,length=1081>
+##contig=<ID=211000022278593,length=1391>
+##contig=<ID=211000022278594,length=1502>
+##contig=<ID=211000022278597,length=1567>
+##contig=<ID=211000022278599,length=1042>
+##contig=<ID=211000022278600,length=1072>
+##contig=<ID=211000022278602,length=3681>
+##contig=<ID=211000022278604,length=1280>
+##contig=<ID=211000022278641,length=1047>
+##contig=<ID=211000022278650,length=1007>
+##contig=<ID=211000022278651,length=1222>
+##contig=<ID=211000022278652,length=2185>
+##contig=<ID=211000022278653,length=14006>
+##contig=<ID=211000022278668,length=1190>
+##contig=<ID=211000022278675,length=3950>
+##contig=<ID=211000022278680,length=1030>
+##contig=<ID=211000022278686,length=11126>
+##contig=<ID=211000022278688,length=1173>
+##contig=<ID=211000022278689,length=1373>
+##contig=<ID=211000022278697,length=3708>
+##contig=<ID=211000022278699,length=1063>
+##contig=<ID=211000022278702,length=1179>
+##contig=<ID=211000022278707,length=2027>
+##contig=<ID=211000022278708,length=1161>
+##contig=<ID=211000022278714,length=1308>
+##contig=<ID=211000022278716,length=2383>
+##contig=<ID=211000022278717,length=1247>
+##contig=<ID=211000022278718,length=1006>
+##contig=<ID=211000022278720,length=1059>
+##contig=<ID=211000022278721,length=1490>
+##contig=<ID=211000022278723,length=4295>
+##contig=<ID=211000022278727,length=1231>
+##contig=<ID=211000022278729,length=1205>
+##contig=<ID=211000022278730,length=1074>
+##contig=<ID=211000022278732,length=2617>
+##contig=<ID=211000022278733,length=1518>
+##contig=<ID=211000022278735,length=1294>
+##contig=<ID=211000022278738,length=2570>
+##contig=<ID=211000022278740,length=2491>
+##contig=<ID=211000022278744,length=2991>
+##contig=<ID=211000022278745,length=1140>
+##contig=<ID=211000022278747,length=1120>
+##contig=<ID=211000022278748,length=1208>
+##contig=<ID=211000022278750,length=1134>
+##contig=<ID=211000022278751,length=1124>
+##contig=<ID=211000022278754,length=1610>
+##contig=<ID=211000022278755,length=1225>
+##contig=<ID=211000022278757,length=1347>
+##contig=<ID=211000022278758,length=1223>
+##contig=<ID=211000022278759,length=1018>
+##contig=<ID=211000022278761,length=1084>
+##contig=<ID=211000022278768,length=3477>
+##contig=<ID=211000022278769,length=1194>
+##contig=<ID=211000022278773,length=1263>
+##contig=<ID=211000022278776,length=1076>
+##contig=<ID=211000022278777,length=12354>
+##contig=<ID=211000022278780,length=2033>
+##contig=<ID=211000022278781,length=1167>
+##contig=<ID=211000022278785,length=3080>
+##contig=<ID=211000022278786,length=1504>
+##contig=<ID=211000022278788,length=1130>
+##contig=<ID=211000022278790,length=2733>
+##contig=<ID=211000022278793,length=1344>
+##contig=<ID=211000022278794,length=2783>
+##contig=<ID=211000022278804,length=1047>
+##contig=<ID=211000022278807,length=1139>
+##contig=<ID=211000022278808,length=1240>
+##contig=<ID=211000022278848,length=1251>
+##contig=<ID=211000022278849,length=11569>
+##contig=<ID=211000022278862,length=1103>
+##contig=<ID=211000022278865,length=1328>
+##contig=<ID=211000022278870,length=1150>
+##contig=<ID=211000022278875,length=13906>
+##contig=<ID=211000022278883,length=2984>
+##contig=<ID=211000022278884,length=1027>
+##contig=<ID=211000022278887,length=1258>
+##contig=<ID=211000022278890,length=1926>
+##contig=<ID=211000022278891,length=1550>
+##contig=<ID=211000022278898,length=1025>
+##contig=<ID=211000022278899,length=1304>
+##contig=<ID=211000022278901,length=1160>
+##contig=<ID=211000022278903,length=1075>
+##contig=<ID=211000022278915,length=1302>
+##contig=<ID=211000022278916,length=12399>
+##contig=<ID=211000022278917,length=1075>
+##contig=<ID=211000022278919,length=2081>
+##contig=<ID=211000022278922,length=2033>
+##contig=<ID=211000022278923,length=2791>
+##contig=<ID=211000022278927,length=2521>
+##contig=<ID=211000022278928,length=1139>
+##contig=<ID=211000022278929,length=1905>
+##contig=<ID=211000022278932,length=1262>
+##contig=<ID=211000022278934,length=2344>
+##contig=<ID=211000022278937,length=2626>
+##contig=<ID=211000022278940,length=1168>
+##contig=<ID=211000022278943,length=1241>
+##contig=<ID=211000022278944,length=1117>
+##contig=<ID=211000022278945,length=3864>
+##contig=<ID=211000022278946,length=1158>
+##contig=<ID=211000022278947,length=1521>
+##contig=<ID=211000022278948,length=1029>
+##contig=<ID=211000022278949,length=1412>
+##contig=<ID=211000022278952,length=2903>
+##contig=<ID=211000022278953,length=2227>
+##contig=<ID=211000022278958,length=1133>
+##contig=<ID=211000022278960,length=5182>
+##contig=<ID=211000022278962,length=1293>
+##contig=<ID=211000022278963,length=2541>
+##contig=<ID=211000022278966,length=4225>
+##contig=<ID=211000022278968,length=2105>
+##contig=<ID=211000022278969,length=1608>
+##contig=<ID=211000022278970,length=1035>
+##contig=<ID=211000022278972,length=1025>
+##contig=<ID=211000022278973,length=1264>
+##contig=<ID=211000022278974,length=14199>
+##contig=<ID=211000022278977,length=1131>
+##contig=<ID=211000022278979,length=1611>
+##contig=<ID=211000022278980,length=1278>
+##contig=<ID=211000022278982,length=1976>
+##contig=<ID=211000022278983,length=1041>
+##contig=<ID=211000022278988,length=1872>
+##contig=<ID=211000022278989,length=1056>
+##contig=<ID=211000022278992,length=1728>
+##contig=<ID=211000022278993,length=1263>
+##contig=<ID=211000022278996,length=1043>
+##contig=<ID=211000022279000,length=2394>
+##contig=<ID=211000022279001,length=12002>
+##contig=<ID=211000022279002,length=1826>
+##contig=<ID=211000022279003,length=2588>
+##contig=<ID=211000022279013,length=1076>
+##contig=<ID=211000022279014,length=1109>
+##contig=<ID=211000022279015,length=1263>
+##contig=<ID=211000022279016,length=1001>
+##contig=<ID=211000022279017,length=1219>
+##contig=<ID=211000022279021,length=2881>
+##contig=<ID=211000022279022,length=12632>
+##contig=<ID=211000022279023,length=1374>
+##contig=<ID=211000022279029,length=1882>
+##contig=<ID=211000022279039,length=2190>
+##contig=<ID=211000022279040,length=1581>
+##contig=<ID=211000022279042,length=1117>
+##contig=<ID=211000022279044,length=2092>
+##contig=<ID=211000022279048,length=1299>
+##contig=<ID=211000022279049,length=1754>
+##contig=<ID=211000022279050,length=1035>
+##contig=<ID=211000022279051,length=1097>
+##contig=<ID=211000022279052,length=4188>
+##contig=<ID=211000022279053,length=1035>
+##contig=<ID=211000022279056,length=2547>
+##contig=<ID=211000022279057,length=1098>
+##contig=<ID=211000022279058,length=2352>
+##contig=<ID=211000022279061,length=2884>
+##contig=<ID=211000022279069,length=1157>
+##contig=<ID=211000022279070,length=2447>
+##contig=<ID=211000022279087,length=1289>
+##contig=<ID=211000022279088,length=1132>
+##contig=<ID=211000022279089,length=544>
+##contig=<ID=211000022279091,length=4377>
+##contig=<ID=211000022279094,length=13317>
+##contig=<ID=211000022279100,length=1352>
+##contig=<ID=211000022279102,length=1110>
+##contig=<ID=211000022279114,length=14983>
+##contig=<ID=211000022279115,length=1135>
+##contig=<ID=211000022279120,length=1026>
+##contig=<ID=211000022279121,length=1785>
+##contig=<ID=211000022279124,length=1236>
+##contig=<ID=211000022279125,length=1132>
+##contig=<ID=211000022279126,length=2487>
+##contig=<ID=211000022279127,length=1200>
+##contig=<ID=211000022279128,length=1225>
+##contig=<ID=211000022279132,length=1005>
+##contig=<ID=211000022279135,length=1159>
+##contig=<ID=211000022279141,length=1076>
+##contig=<ID=211000022279143,length=1304>
+##contig=<ID=211000022279144,length=1231>
+##contig=<ID=211000022279146,length=12856>
+##contig=<ID=211000022279149,length=1064>
+##contig=<ID=211000022279151,length=1090>
+##contig=<ID=211000022279152,length=1468>
+##contig=<ID=211000022279154,length=1079>
+##contig=<ID=211000022279160,length=1103>
+##contig=<ID=211000022279162,length=1998>
+##contig=<ID=211000022279168,length=1045>
+##contig=<ID=211000022279172,length=1253>
+##contig=<ID=211000022279175,length=1144>
+##contig=<ID=211000022279177,length=6076>
+##contig=<ID=211000022279178,length=2438>
+##contig=<ID=211000022279179,length=3073>
+##contig=<ID=211000022279180,length=1011>
+##contig=<ID=211000022279182,length=1277>
+##contig=<ID=211000022279183,length=1231>
+##contig=<ID=211000022279185,length=1210>
+##contig=<ID=211000022279189,length=11958>
+##contig=<ID=211000022279192,length=1843>
+##contig=<ID=211000022279193,length=2462>
+##contig=<ID=211000022279195,length=1022>
+##contig=<ID=211000022279197,length=2369>
+##contig=<ID=211000022279198,length=2030>
+##contig=<ID=211000022279199,length=1872>
+##contig=<ID=211000022279200,length=1008>
+##contig=<ID=211000022279203,length=1116>
+##contig=<ID=211000022279207,length=1484>
+##contig=<ID=211000022279208,length=1761>
+##contig=<ID=211000022279212,length=1126>
+##contig=<ID=211000022279214,length=2555>
+##contig=<ID=211000022279215,length=1012>
+##contig=<ID=211000022279217,length=1966>
+##contig=<ID=211000022279218,length=1246>
+##contig=<ID=211000022279221,length=1119>
+##contig=<ID=211000022279228,length=1933>
+##contig=<ID=211000022279229,length=3490>
+##contig=<ID=211000022279230,length=1775>
+##contig=<ID=211000022279232,length=1148>
+##contig=<ID=211000022279233,length=2647>
+##contig=<ID=211000022279237,length=2010>
+##contig=<ID=211000022279239,length=2937>
+##contig=<ID=211000022279240,length=1119>
+##contig=<ID=211000022279242,length=1062>
+##contig=<ID=211000022279243,length=3807>
+##contig=<ID=211000022279246,length=1538>
+##contig=<ID=211000022279247,length=2382>
+##contig=<ID=211000022279252,length=1077>
+##contig=<ID=211000022279257,length=5360>
+##contig=<ID=211000022279258,length=1048>
+##contig=<ID=211000022279259,length=2379>
+##contig=<ID=211000022279262,length=1022>
+##contig=<ID=211000022279267,length=1234>
+##contig=<ID=211000022279274,length=1333>
+##contig=<ID=211000022279276,length=15522>
+##contig=<ID=211000022279282,length=1975>
+##contig=<ID=211000022279284,length=3196>
+##contig=<ID=211000022279285,length=1903>
+##contig=<ID=211000022279288,length=2858>
+##contig=<ID=211000022279289,length=1022>
+##contig=<ID=211000022279311,length=2790>
+##contig=<ID=211000022279317,length=1178>
+##contig=<ID=211000022279318,length=1287>
+##contig=<ID=211000022279324,length=1369>
+##contig=<ID=211000022279325,length=1114>
+##contig=<ID=211000022279329,length=1041>
+##contig=<ID=211000022279336,length=1094>
+##contig=<ID=211000022279337,length=1734>
+##contig=<ID=211000022279343,length=1315>
+##contig=<ID=211000022279345,length=12459>
+##contig=<ID=211000022279351,length=1026>
+##contig=<ID=211000022279353,length=1006>
+##contig=<ID=211000022279354,length=1304>
+##contig=<ID=211000022279355,length=1105>
+##contig=<ID=211000022279356,length=1031>
+##contig=<ID=211000022279358,length=1185>
+##contig=<ID=211000022279359,length=1105>
+##contig=<ID=211000022279360,length=1173>
+##contig=<ID=211000022279361,length=1142>
+##contig=<ID=211000022279362,length=1311>
+##contig=<ID=211000022279365,length=1356>
+##contig=<ID=211000022279366,length=1924>
+##contig=<ID=211000022279369,length=1080>
+##contig=<ID=211000022279374,length=1088>
+##contig=<ID=211000022279375,length=1179>
+##contig=<ID=211000022279378,length=1271>
+##contig=<ID=211000022279380,length=5465>
+##contig=<ID=211000022279384,length=1005>
+##contig=<ID=211000022279393,length=1377>
+##contig=<ID=211000022279394,length=3201>
+##contig=<ID=211000022279396,length=4370>
+##contig=<ID=211000022279400,length=1118>
+##contig=<ID=211000022279405,length=1066>
+##contig=<ID=211000022279406,length=1186>
+##contig=<ID=211000022279407,length=1125>
+##contig=<ID=211000022279409,length=1004>
+##contig=<ID=211000022279411,length=1278>
+##contig=<ID=211000022279412,length=1235>
+##contig=<ID=211000022279413,length=1202>
+##contig=<ID=211000022279414,length=1108>
+##contig=<ID=211000022279415,length=1347>
+##contig=<ID=211000022279416,length=2795>
+##contig=<ID=211000022279417,length=1233>
+##contig=<ID=211000022279418,length=1139>
+##contig=<ID=211000022279420,length=12654>
+##contig=<ID=211000022279421,length=1339>
+##contig=<ID=211000022279422,length=1139>
+##contig=<ID=211000022279423,length=11220>
+##contig=<ID=211000022279424,length=1049>
+##contig=<ID=211000022279425,length=1203>
+##contig=<ID=211000022279430,length=1070>
+##contig=<ID=211000022279431,length=3434>
+##contig=<ID=211000022279432,length=1249>
+##contig=<ID=211000022279433,length=1377>
+##contig=<ID=211000022279436,length=2421>
+##contig=<ID=211000022279441,length=1266>
+##contig=<ID=211000022279442,length=2922>
+##contig=<ID=211000022279443,length=1039>
+##contig=<ID=211000022279444,length=1193>
+##contig=<ID=211000022279445,length=1203>
+##contig=<ID=211000022279448,length=1156>
+##contig=<ID=211000022279449,length=4815>
+##contig=<ID=211000022279453,length=4888>
+##contig=<ID=211000022279454,length=1408>
+##contig=<ID=211000022279456,length=12095>
+##contig=<ID=211000022279462,length=1197>
+##contig=<ID=211000022279464,length=1411>
+##contig=<ID=211000022279465,length=1045>
+##contig=<ID=211000022279469,length=1154>
+##contig=<ID=211000022279470,length=2105>
+##contig=<ID=211000022279473,length=1901>
+##contig=<ID=211000022279474,length=1154>
+##contig=<ID=211000022279476,length=2187>
+##contig=<ID=211000022279477,length=3716>
+##contig=<ID=211000022279479,length=2248>
+##contig=<ID=211000022279481,length=1770>
+##contig=<ID=211000022279483,length=2574>
+##contig=<ID=211000022279487,length=1151>
+##contig=<ID=211000022279488,length=2911>
+##contig=<ID=211000022279490,length=1685>
+##contig=<ID=211000022279493,length=1118>
+##contig=<ID=211000022279498,length=1192>
+##contig=<ID=211000022279503,length=12536>
+##contig=<ID=211000022279506,length=1053>
+##contig=<ID=211000022279507,length=1422>
+##contig=<ID=211000022279508,length=1188>
+##contig=<ID=211000022279509,length=1461>
+##contig=<ID=211000022279510,length=1107>
+##contig=<ID=211000022279513,length=2556>
+##contig=<ID=211000022279516,length=1323>
+##contig=<ID=211000022279523,length=11807>
+##contig=<ID=211000022279526,length=1023>
+##contig=<ID=211000022279527,length=2787>
+##contig=<ID=211000022279533,length=1088>
+##contig=<ID=211000022279549,length=1166>
+##contig=<ID=211000022279551,length=1087>
+##contig=<ID=211000022279554,length=1212>
+##contig=<ID=211000022279556,length=13256>
+##contig=<ID=211000022279559,length=5189>
+##contig=<ID=211000022279562,length=2736>
+##contig=<ID=211000022279564,length=1126>
+##contig=<ID=211000022279569,length=1083>
+##contig=<ID=211000022279572,length=1053>
+##contig=<ID=211000022279573,length=2520>
+##contig=<ID=211000022279574,length=1854>
+##contig=<ID=211000022279580,length=1285>
+##contig=<ID=211000022279584,length=1063>
+##contig=<ID=211000022279590,length=1224>
+##contig=<ID=211000022279591,length=1205>
+##contig=<ID=211000022279592,length=1069>
+##contig=<ID=211000022279593,length=1379>
+##contig=<ID=211000022279599,length=1032>
+##contig=<ID=211000022279603,length=1140>
+##contig=<ID=211000022279606,length=3284>
+##contig=<ID=211000022279609,length=1015>
+##contig=<ID=211000022279612,length=2328>
+##contig=<ID=211000022279615,length=1260>
+##contig=<ID=211000022279618,length=1116>
+##contig=<ID=211000022279619,length=1492>
+##contig=<ID=211000022279622,length=1179>
+##contig=<ID=211000022279623,length=2788>
+##contig=<ID=211000022279624,length=1070>
+##contig=<ID=211000022279626,length=1016>
+##contig=<ID=211000022279627,length=1929>
+##contig=<ID=211000022279628,length=1961>
+##contig=<ID=211000022279631,length=1185>
+##contig=<ID=211000022279632,length=1117>
+##contig=<ID=211000022279633,length=1800>
+##contig=<ID=211000022279635,length=2385>
+##contig=<ID=211000022279637,length=12142>
+##contig=<ID=211000022279641,length=2064>
+##contig=<ID=211000022279644,length=1018>
+##contig=<ID=211000022279648,length=1209>
+##contig=<ID=211000022279651,length=2434>
+##contig=<ID=211000022279652,length=1124>
+##contig=<ID=211000022279653,length=2688>
+##contig=<ID=211000022279654,length=1995>
+##contig=<ID=211000022279655,length=1163>
+##contig=<ID=211000022279656,length=1274>
+##contig=<ID=211000022279657,length=1917>
+##contig=<ID=211000022279659,length=1103>
+##contig=<ID=211000022279660,length=1186>
+##contig=<ID=211000022279663,length=2124>
+##contig=<ID=211000022279664,length=1462>
+##contig=<ID=211000022279666,length=1115>
+##contig=<ID=211000022279668,length=1169>
+##contig=<ID=211000022279671,length=1532>
+##contig=<ID=211000022279672,length=1089>
+##contig=<ID=211000022279675,length=3858>
+##contig=<ID=211000022279682,length=1224>
+##contig=<ID=211000022279684,length=1129>
+##contig=<ID=211000022279685,length=1332>
+##contig=<ID=211000022279696,length=1464>
+##contig=<ID=211000022279710,length=2517>
+##contig=<ID=211000022279712,length=1988>
+##contig=<ID=211000022279722,length=1148>
+##contig=<ID=211000022279723,length=1290>
+##contig=<ID=211000022279724,length=1270>
+##contig=<ID=211000022279726,length=1154>
+##contig=<ID=211000022279727,length=1064>
+##contig=<ID=211000022279728,length=1234>
+##contig=<ID=211000022279729,length=1208>
+##contig=<ID=211000022279733,length=2050>
+##contig=<ID=211000022279736,length=1016>
+##contig=<ID=211000022279737,length=1384>
+##contig=<ID=211000022279738,length=1189>
+##contig=<ID=211000022279740,length=1042>
+##contig=<ID=211000022279741,length=1016>
+##contig=<ID=211000022279742,length=1069>
+##contig=<ID=211000022279747,length=1134>
+##contig=<ID=211000022279748,length=1430>
+##contig=<ID=211000022279749,length=1424>
+##contig=<ID=211000022279750,length=3871>
+##contig=<ID=211000022279754,length=12827>
+##contig=<ID=211000022279756,length=2117>
+##contig=<ID=211000022279758,length=1193>
+##contig=<ID=211000022279761,length=2957>
+##contig=<ID=211000022279769,length=1117>
+##contig=<ID=211000022279770,length=1280>
+##contig=<ID=211000022279771,length=1043>
+##contig=<ID=211000022279777,length=3123>
+##contig=<ID=211000022279778,length=1226>
+##contig=<ID=211000022279780,length=2428>
+##contig=<ID=211000022279781,length=1083>
+##contig=<ID=211000022279782,length=1058>
+##contig=<ID=211000022279784,length=3058>
+##contig=<ID=211000022279785,length=1019>
+##contig=<ID=211000022279787,length=2308>
+##contig=<ID=211000022279788,length=1667>
+##contig=<ID=211000022279789,length=1191>
+##contig=<ID=211000022279792,length=1014>
+##contig=<ID=211000022279793,length=1451>
+##contig=<ID=211000022279804,length=2087>
+##contig=<ID=211000022279805,length=1275>
+##contig=<ID=211000022279807,length=2102>
+##contig=<ID=211000022279809,length=1021>
+##contig=<ID=211000022279811,length=1174>
+##contig=<ID=211000022279812,length=3466>
+##contig=<ID=211000022279814,length=1055>
+##contig=<ID=211000022279819,length=1207>
+##contig=<ID=211000022279820,length=1990>
+##contig=<ID=211000022279824,length=1080>
+##contig=<ID=211000022279829,length=12424>
+##contig=<ID=211000022279837,length=2971>
+##contig=<ID=211000022279839,length=1610>
+##contig=<ID=211000022279842,length=1543>
+##contig=<ID=211000022279844,length=3649>
+##contig=<ID=211000022279845,length=1116>
+##contig=<ID=211000022279851,length=1976>
+##contig=<ID=211000022279853,length=1205>
+##contig=<ID=211000022279855,length=4272>
+##contig=<ID=211000022279856,length=1261>
+##contig=<ID=211000022279867,length=2860>
+##contig=<ID=211000022279871,length=1337>
+##contig=<ID=211000022279874,length=1114>
+##contig=<ID=211000022279875,length=1446>
+##contig=<ID=211000022279877,length=3373>
+##contig=<ID=211000022279879,length=6396>
+##contig=<ID=211000022279880,length=1091>
+##contig=<ID=211000022279884,length=5915>
+##contig=<ID=211000022279885,length=1053>
+##contig=<ID=211000022279887,length=4310>
+##contig=<ID=211000022279889,length=1966>
+##contig=<ID=211000022279890,length=1381>
+##contig=<ID=211000022279892,length=13553>
+##contig=<ID=211000022279893,length=12034>
+##contig=<ID=211000022279896,length=1703>
+##contig=<ID=211000022279899,length=1129>
+##contig=<ID=211000022279900,length=1947>
+##contig=<ID=211000022279904,length=1467>
+##contig=<ID=211000022279906,length=1033>
+##contig=<ID=211000022279909,length=2429>
+##contig=<ID=211000022279911,length=2703>
+##contig=<ID=211000022279913,length=4939>
+##contig=<ID=211000022279921,length=1869>
+##contig=<ID=211000022279923,length=1106>
+##contig=<ID=211000022279926,length=1279>
+##contig=<ID=211000022279927,length=1060>
+##contig=<ID=211000022279928,length=4967>
+##contig=<ID=211000022279929,length=2207>
+##contig=<ID=211000022279931,length=1724>
+##contig=<ID=211000022279933,length=1108>
+##contig=<ID=211000022279934,length=1643>
+##contig=<ID=211000022279940,length=4361>
+##contig=<ID=211000022279942,length=2079>
+##contig=<ID=211000022279943,length=1089>
+##contig=<ID=211000022279946,length=1011>
+##contig=<ID=211000022279949,length=2232>
+##contig=<ID=211000022279952,length=1059>
+##contig=<ID=211000022279954,length=1021>
+##contig=<ID=211000022279956,length=1171>
+##contig=<ID=211000022279959,length=1074>
+##contig=<ID=211000022279960,length=2400>
+##contig=<ID=211000022279961,length=3557>
+##contig=<ID=211000022279966,length=2326>
+##contig=<ID=211000022279969,length=1907>
+##contig=<ID=211000022279970,length=1675>
+##contig=<ID=211000022279971,length=1819>
+##contig=<ID=211000022279973,length=2669>
+##contig=<ID=211000022279979,length=1226>
+##contig=<ID=211000022279980,length=2476>
+##contig=<ID=211000022279982,length=3218>
+##contig=<ID=211000022279985,length=1117>
+##contig=<ID=211000022279987,length=1141>
+##contig=<ID=211000022279990,length=1248>
+##contig=<ID=211000022280000,length=1109>
+##contig=<ID=211000022280002,length=4231>
+##contig=<ID=211000022280009,length=1424>
+##contig=<ID=211000022280010,length=2889>
+##contig=<ID=211000022280011,length=1029>
+##contig=<ID=211000022280012,length=2882>
+##contig=<ID=211000022280014,length=1031>
+##contig=<ID=211000022280018,length=1142>
+##contig=<ID=211000022280020,length=1251>
+##contig=<ID=211000022280025,length=1039>
+##contig=<ID=211000022280026,length=3622>
+##contig=<ID=211000022280028,length=1943>
+##contig=<ID=211000022280030,length=1368>
+##contig=<ID=211000022280031,length=1473>
+##contig=<ID=211000022280032,length=3932>
+##contig=<ID=211000022280033,length=2479>
+##contig=<ID=211000022280035,length=2943>
+##contig=<ID=211000022280043,length=1050>
+##contig=<ID=211000022280045,length=1251>
+##contig=<ID=211000022280050,length=4608>
+##contig=<ID=211000022280053,length=1240>
+##contig=<ID=211000022280054,length=1074>
+##contig=<ID=211000022280056,length=1152>
+##contig=<ID=211000022280064,length=11148>
+##contig=<ID=211000022280065,length=1087>
+##contig=<ID=211000022280068,length=4256>
+##contig=<ID=211000022280069,length=1048>
+##contig=<ID=211000022280071,length=1377>
+##contig=<ID=211000022280074,length=1641>
+##contig=<ID=211000022280075,length=1090>
+##contig=<ID=211000022280076,length=1193>
+##contig=<ID=211000022280079,length=1101>
+##contig=<ID=211000022280083,length=1191>
+##contig=<ID=211000022280084,length=1079>
+##contig=<ID=211000022280085,length=1225>
+##contig=<ID=211000022280086,length=2982>
+##contig=<ID=211000022280089,length=2628>
+##contig=<ID=211000022280097,length=1105>
+##contig=<ID=211000022280102,length=1494>
+##contig=<ID=211000022280106,length=1150>
+##contig=<ID=211000022280108,length=2664>
+##contig=<ID=211000022280110,length=4030>
+##contig=<ID=211000022280112,length=2603>
+##contig=<ID=211000022280114,length=3080>
+##contig=<ID=211000022280115,length=3234>
+##contig=<ID=211000022280117,length=1040>
+##contig=<ID=211000022280120,length=1201>
+##contig=<ID=211000022280121,length=1199>
+##contig=<ID=211000022280123,length=1105>
+##contig=<ID=211000022280124,length=1148>
+##contig=<ID=211000022280130,length=1147>
+##contig=<ID=211000022280133,length=2161>
+##contig=<ID=211000022280135,length=2124>
+##contig=<ID=211000022280139,length=1225>
+##contig=<ID=211000022280140,length=1333>
+##contig=<ID=211000022280141,length=2584>
+##contig=<ID=211000022280143,length=2062>
+##contig=<ID=211000022280144,length=2385>
+##contig=<ID=211000022280150,length=1102>
+##contig=<ID=211000022280151,length=2014>
+##contig=<ID=211000022280152,length=1276>
+##contig=<ID=211000022280153,length=2198>
+##contig=<ID=211000022280154,length=1203>
+##contig=<ID=211000022280156,length=3519>
+##contig=<ID=211000022280159,length=1533>
+##contig=<ID=211000022280160,length=1716>
+##contig=<ID=211000022280161,length=1797>
+##contig=<ID=211000022280162,length=1340>
+##contig=<ID=211000022280164,length=1166>
+##contig=<ID=211000022280165,length=1005>
+##contig=<ID=211000022280168,length=1042>
+##contig=<ID=211000022280174,length=1271>
+##contig=<ID=211000022280176,length=2129>
+##contig=<ID=211000022280177,length=1246>
+##contig=<ID=211000022280178,length=1032>
+##contig=<ID=211000022280179,length=1229>
+##contig=<ID=211000022280180,length=1144>
+##contig=<ID=211000022280181,length=1377>
+##contig=<ID=211000022280183,length=1177>
+##contig=<ID=211000022280191,length=1291>
+##contig=<ID=211000022280192,length=2006>
+##contig=<ID=211000022280193,length=1102>
+##contig=<ID=211000022280194,length=1182>
+##contig=<ID=211000022280195,length=1961>
+##contig=<ID=211000022280196,length=1555>
+##contig=<ID=211000022280198,length=2612>
+##contig=<ID=211000022280205,length=2882>
+##contig=<ID=211000022280206,length=1339>
+##contig=<ID=211000022280208,length=2368>
+##contig=<ID=211000022280210,length=1231>
+##contig=<ID=211000022280211,length=3144>
+##contig=<ID=211000022280212,length=3025>
+##contig=<ID=211000022280218,length=2541>
+##contig=<ID=211000022280220,length=1832>
+##contig=<ID=211000022280221,length=1520>
+##contig=<ID=211000022280223,length=2173>
+##contig=<ID=211000022280224,length=1261>
+##contig=<ID=211000022280225,length=1178>
+##contig=<ID=211000022280226,length=1625>
+##contig=<ID=211000022280228,length=2342>
+##contig=<ID=211000022280230,length=1220>
+##contig=<ID=211000022280232,length=1137>
+##contig=<ID=211000022280233,length=4865>
+##contig=<ID=211000022280235,length=1471>
+##contig=<ID=211000022280236,length=6294>
+##contig=<ID=211000022280237,length=15068>
+##contig=<ID=211000022280240,length=1084>
+##contig=<ID=211000022280247,length=1715>
+##contig=<ID=211000022280255,length=3299>
+##contig=<ID=211000022280256,length=1096>
+##contig=<ID=211000022280257,length=1167>
+##contig=<ID=211000022280259,length=13935>
+##contig=<ID=211000022280260,length=2982>
+##contig=<ID=211000022280261,length=3043>
+##contig=<ID=211000022280262,length=1274>
+##contig=<ID=211000022280266,length=1028>
+##contig=<ID=211000022280268,length=1123>
+##contig=<ID=211000022280269,length=1962>
+##contig=<ID=211000022280272,length=2893>
+##contig=<ID=211000022280283,length=4305>
+##contig=<ID=211000022280289,length=2375>
+##contig=<ID=211000022280290,length=1014>
+##contig=<ID=211000022280291,length=1090>
+##contig=<ID=211000022280292,length=1560>
+##contig=<ID=211000022280293,length=1890>
+##contig=<ID=211000022280294,length=2063>
+##contig=<ID=211000022280295,length=3348>
+##contig=<ID=211000022280296,length=3252>
+##contig=<ID=211000022280297,length=1597>
+##contig=<ID=211000022280298,length=1738>
+##contig=<ID=211000022280301,length=1931>
+##contig=<ID=211000022280302,length=2385>
+##contig=<ID=211000022280303,length=1225>
+##contig=<ID=211000022280304,length=1239>
+##contig=<ID=211000022280305,length=3964>
+##contig=<ID=211000022280308,length=1223>
+##contig=<ID=211000022280311,length=2882>
+##contig=<ID=211000022280312,length=1116>
+##contig=<ID=211000022280315,length=1629>
+##contig=<ID=211000022280316,length=2926>
+##contig=<ID=211000022280318,length=1227>
+##contig=<ID=211000022280319,length=1190>
+##contig=<ID=211000022280320,length=1802>
+##contig=<ID=211000022280322,length=1394>
+##contig=<ID=211000022280325,length=1527>
+##contig=<ID=211000022280326,length=1801>
+##contig=<ID=211000022280327,length=1351>
+##contig=<ID=211000022280331,length=1110>
+##contig=<ID=211000022280333,length=2855>
+##contig=<ID=211000022280335,length=3396>
+##contig=<ID=211000022280336,length=1406>
+##contig=<ID=211000022280338,length=1487>
+##contig=<ID=211000022280340,length=2804>
+##contig=<ID=211000022280341,length=1371>
+##contig=<ID=211000022280343,length=1340>
+##contig=<ID=211000022280344,length=1851>
+##contig=<ID=211000022280345,length=1197>
+##contig=<ID=211000022280346,length=1386>
+##contig=<ID=211000022280347,length=1870>
+##contig=<ID=211000022280350,length=1067>
+##contig=<ID=211000022280427,length=564>
+##contig=<ID=211000022280437,length=5968>
+##contig=<ID=211000022280440,length=3262>
+##contig=<ID=211000022280443,length=2575>
+##contig=<ID=211000022280445,length=4903>
+##contig=<ID=211000022280447,length=6698>
+##contig=<ID=211000022280448,length=4006>
+##contig=<ID=211000022280455,length=3717>
+##contig=<ID=211000022280456,length=3171>
+##contig=<ID=211000022280457,length=4471>
+##contig=<ID=211000022280459,length=5098>
+##contig=<ID=211000022280461,length=4996>
+##contig=<ID=211000022280463,length=3638>
+##contig=<ID=211000022280465,length=7123>
+##contig=<ID=211000022280469,length=2811>
+##contig=<ID=211000022280471,length=3755>
+##contig=<ID=211000022280472,length=5698>
+##contig=<ID=211000022280474,length=2927>
+##contig=<ID=211000022280476,length=6900>
+##contig=<ID=211000022280480,length=3259>
+##contig=<ID=211000022280485,length=2529>
+##contig=<ID=211000022280497,length=2745>
+##contig=<ID=211000022280501,length=2828>
+##contig=<ID=211000022280511,length=3085>
+##contig=<ID=211000022280516,length=4336>
+##contig=<ID=211000022280518,length=6041>
+##contig=<ID=211000022280519,length=6193>
+##contig=<ID=211000022280522,length=3603>
+##contig=<ID=211000022280525,length=3554>
+##contig=<ID=211000022280535,length=2583>
+##contig=<ID=211000022280536,length=2924>
+##contig=<ID=211000022280541,length=14028>
+##contig=<ID=211000022280544,length=2919>
+##contig=<ID=211000022280545,length=6000>
+##contig=<ID=211000022280548,length=2618>
+##contig=<ID=211000022280553,length=2561>
+##contig=<ID=211000022280554,length=3365>
+##contig=<ID=211000022280555,length=3174>
+##contig=<ID=211000022280556,length=3386>
+##contig=<ID=211000022280557,length=3190>
+##contig=<ID=211000022280558,length=4994>
+##contig=<ID=211000022280561,length=2417>
+##contig=<ID=211000022280562,length=3593>
+##contig=<ID=211000022280565,length=3646>
+##contig=<ID=211000022280566,length=3389>
+##contig=<ID=211000022280568,length=2234>
+##contig=<ID=211000022280570,length=3313>
+##contig=<ID=211000022280588,length=3223>
+##contig=<ID=211000022280595,length=3308>
+##contig=<ID=211000022280598,length=2511>
+##contig=<ID=211000022280599,length=2205>
+##contig=<ID=211000022280605,length=1936>
+##contig=<ID=211000022280606,length=3660>
+##contig=<ID=211000022280607,length=4785>
+##contig=<ID=211000022280610,length=2876>
+##contig=<ID=211000022280615,length=5000>
+##contig=<ID=211000022280617,length=2112>
+##contig=<ID=211000022280618,length=4705>
+##contig=<ID=211000022280623,length=3991>
+##contig=<ID=211000022280631,length=2119>
+##contig=<ID=211000022280637,length=5316>
+##contig=<ID=211000022280640,length=6546>
+##contig=<ID=211000022280644,length=1391>
+##contig=<ID=211000022280656,length=5324>
+##contig=<ID=211000022280671,length=4310>
+##contig=<ID=211000022280676,length=1385>
+##contig=<ID=211000022280678,length=1242>
+##contig=<ID=211000022280679,length=2421>
+##contig=<ID=211000022280681,length=1019>
+##contig=<ID=211000022280684,length=3960>
+##contig=<ID=211000022280685,length=1099>
+##contig=<ID=211000022280687,length=3259>
+##contig=<ID=211000022280689,length=1189>
+##contig=<ID=211000022280691,length=1213>
+##contig=<ID=211000022280692,length=3527>
+##contig=<ID=211000022280694,length=1553>
+##contig=<ID=211000022280696,length=2577>
+##contig=<ID=211000022280698,length=2270>
+##contig=<ID=211000022280699,length=6825>
+##contig=<ID=211000022280700,length=1733>
+##contig=<ID=211000022280702,length=1112>
+##contig=<ID=211000022280703,length=3906>
+##contig=<ID=211000022280704,length=1143>
+##contig=<ID=211000022280706,length=1410>
+##contig=<ID=211000022280707,length=2708>
+##contig=<ID=211000022280720,length=5061>
+##contig=<ID=211000022280727,length=5383>
+##contig=<ID=211000022280734,length=7003>
+##contig=<ID=211000022280735,length=6860>
+##contig=<ID=211000022280743,length=4452>
+##contig=<ID=211000022280747,length=2378>
+##contig=<ID=211000022280750,length=9865>
+##contig=<ID=211000022280762,length=4202>
+##contig=<ID=XY_mapped_Scaffold_7_D1574,length=50625>
+##contig=<ID=211000022278161,length=1250>
+##contig=<ID=211000022278241,length=1077>
+##contig=<ID=211000022278242,length=1226>
+##contig=<ID=211000022278298,length=1614>
+##contig=<ID=211000022278307,length=1525>
+##contig=<ID=211000022278309,length=1110>
+##contig=<ID=211000022278338,length=1278>
+##contig=<ID=211000022278339,length=1047>
+##contig=<ID=211000022278408,length=1301>
+##contig=<ID=211000022278453,length=1033>
+##contig=<ID=211000022278501,length=1049>
+##contig=<ID=211000022278522,length=2086>
+##contig=<ID=211000022278554,length=2916>
+##contig=<ID=211000022278603,length=1105>
+##contig=<ID=211000022278660,length=1084>
+##contig=<ID=211000022278663,length=1146>
+##contig=<ID=211000022278664,length=2451>
+##contig=<ID=211000022278866,length=1566>
+##contig=<ID=211000022278869,length=2381>
+##contig=<ID=211000022278874,length=2094>
+##contig=<ID=211000022278877,length=1125>
+##contig=<ID=211000022278878,length=1080>
+##contig=<ID=211000022278881,length=1060>
+##contig=<ID=211000022278886,length=1114>
+##contig=<ID=211000022278897,length=1167>
+##contig=<ID=211000022278920,length=1127>
+##contig=<ID=211000022278942,length=2384>
+##contig=<ID=211000022278951,length=1192>
+##contig=<ID=211000022278975,length=2793>
+##contig=<ID=211000022278985,length=1044>
+##contig=<ID=211000022279055,length=1123>
+##contig=<ID=211000022279101,length=2217>
+##contig=<ID=211000022279103,length=1004>
+##contig=<ID=211000022279106,length=1316>
+##contig=<ID=211000022279122,length=2383>
+##contig=<ID=211000022279134,length=1012>
+##contig=<ID=211000022279190,length=2575>
+##contig=<ID=211000022279204,length=1458>
+##contig=<ID=211000022279222,length=1136>
+##contig=<ID=211000022279271,length=1040>
+##contig=<ID=211000022279286,length=1048>
+##contig=<ID=211000022279342,length=1011>
+##contig=<ID=211000022279399,length=1114>
+##contig=<ID=211000022279529,length=1407>
+##contig=<ID=211000022279555,length=1198>
+##contig=<ID=211000022279571,length=1962>
+##contig=<ID=211000022279600,length=1429>
+##contig=<ID=211000022279602,length=2629>
+##contig=<ID=211000022279667,length=4222>
+##contig=<ID=211000022279701,length=4553>
+##contig=<ID=211000022279708,length=1275>
+##contig=<ID=211000022279810,length=2381>
+##contig=<ID=211000022279945,length=3527>
+##contig=<ID=211000022279965,length=1101>
+##contig=<ID=211000022279975,length=1096>
+##contig=<ID=211000022279991,length=1211>
+##contig=<ID=211000022280091,length=1260>
+##contig=<ID=211000022280142,length=1062>
+##contig=<ID=211000022280436,length=2848>
+##contig=<ID=211000022280467,length=3129>
+##contig=<ID=211000022280492,length=2438>
+##contig=<ID=211000022280500,length=2157>
+##contig=<ID=211000022280517,length=5463>
+##contig=<ID=211000022280580,length=2295>
+##contig=<ID=211000022278099,length=1625>
+##contig=<ID=211000022278122,length=1311>
+##contig=<ID=211000022278125,length=1709>
+##contig=<ID=211000022278165,length=1713>
+##contig=<ID=211000022278172,length=2464>
+##contig=<ID=211000022278187,length=1258>
+##contig=<ID=211000022278208,length=2956>
+##contig=<ID=211000022278209,length=2781>
+##contig=<ID=211000022278225,length=2432>
+##contig=<ID=211000022278226,length=2078>
+##contig=<ID=211000022278227,length=1516>
+##contig=<ID=211000022278228,length=1793>
+##contig=<ID=211000022278229,length=1956>
+##contig=<ID=211000022278230,length=1004>
+##contig=<ID=211000022278231,length=1195>
+##contig=<ID=211000022278232,length=1541>
+##contig=<ID=211000022278233,length=1978>
+##contig=<ID=211000022278235,length=2999>
+##contig=<ID=211000022278236,length=1092>
+##contig=<ID=211000022278237,length=1049>
+##contig=<ID=211000022278249,length=2259>
+##contig=<ID=211000022278252,length=1453>
+##contig=<ID=211000022278268,length=1312>
+##contig=<ID=211000022278277,length=1869>
+##contig=<ID=211000022278297,length=1220>
+##contig=<ID=211000022278299,length=2591>
+##contig=<ID=211000022278314,length=1737>
+##contig=<ID=211000022278315,length=1560>
+##contig=<ID=211000022278316,length=2639>
+##contig=<ID=211000022278317,length=1970>
+##contig=<ID=211000022278318,length=1870>
+##contig=<ID=211000022278319,length=1947>
+##contig=<ID=211000022278320,length=2113>
+##contig=<ID=211000022278321,length=1964>
+##contig=<ID=211000022278322,length=1424>
+##contig=<ID=211000022278323,length=1575>
+##contig=<ID=211000022278324,length=1283>
+##contig=<ID=211000022278325,length=1843>
+##contig=<ID=211000022278326,length=1097>
+##contig=<ID=211000022278340,length=1441>
+##contig=<ID=211000022278341,length=2286>
+##contig=<ID=211000022278342,length=1412>
+##contig=<ID=211000022278343,length=2113>
+##contig=<ID=211000022278346,length=1899>
+##contig=<ID=211000022278350,length=1018>
+##contig=<ID=211000022278352,length=1869>
+##contig=<ID=211000022278353,length=2114>
+##contig=<ID=211000022278355,length=1186>
+##contig=<ID=211000022278359,length=2192>
+##contig=<ID=211000022278360,length=1121>
+##contig=<ID=211000022278361,length=3254>
+##contig=<ID=211000022278365,length=1920>
+##contig=<ID=211000022278382,length=1258>
+##contig=<ID=211000022278411,length=1888>
+##contig=<ID=211000022278414,length=1461>
+##contig=<ID=211000022278417,length=1056>
+##contig=<ID=211000022278431,length=2089>
+##contig=<ID=211000022278458,length=1012>
+##contig=<ID=211000022278459,length=1055>
+##contig=<ID=211000022278460,length=1944>
+##contig=<ID=211000022278461,length=2209>
+##contig=<ID=211000022278462,length=1902>
+##contig=<ID=211000022278463,length=2841>
+##contig=<ID=211000022278464,length=2087>
+##contig=<ID=211000022278465,length=1813>
+##contig=<ID=211000022278466,length=1195>
+##contig=<ID=211000022278467,length=2189>
+##contig=<ID=211000022278468,length=1906>
+##contig=<ID=211000022278469,length=1678>
+##contig=<ID=211000022278470,length=1327>
+##contig=<ID=211000022278471,length=1683>
+##contig=<ID=211000022278472,length=1643>
+##contig=<ID=211000022278473,length=1743>
+##contig=<ID=211000022278474,length=1022>
+##contig=<ID=211000022278475,length=1818>
+##contig=<ID=211000022278476,length=1355>
+##contig=<ID=211000022278477,length=1159>
+##contig=<ID=211000022278478,length=1244>
+##contig=<ID=211000022278479,length=1189>
+##contig=<ID=211000022278480,length=1927>
+##contig=<ID=211000022278481,length=1843>
+##contig=<ID=211000022278482,length=1998>
+##contig=<ID=211000022278483,length=1011>
+##contig=<ID=211000022278484,length=1657>
+##contig=<ID=211000022278485,length=1130>
+##contig=<ID=211000022278486,length=1084>
+##contig=<ID=211000022278487,length=1295>
+##contig=<ID=211000022278488,length=1007>
+##contig=<ID=211000022278489,length=2557>
+##contig=<ID=211000022278490,length=2113>
+##contig=<ID=211000022278491,length=1703>
+##contig=<ID=211000022278492,length=1315>
+##contig=<ID=211000022278498,length=13940>
+##contig=<ID=211000022278502,length=1841>
+##contig=<ID=211000022278504,length=1047>
+##contig=<ID=211000022278505,length=1240>
+##contig=<ID=211000022278512,length=1478>
+##contig=<ID=211000022278513,length=2228>
+##contig=<ID=211000022278516,length=1133>
+##contig=<ID=211000022278524,length=1078>
+##contig=<ID=211000022278534,length=1063>
+##contig=<ID=211000022278544,length=3206>
+##contig=<ID=211000022278555,length=2189>
+##contig=<ID=211000022278557,length=2293>
+##contig=<ID=211000022278578,length=2412>
+##contig=<ID=211000022278584,length=1577>
+##contig=<ID=211000022278596,length=1036>
+##contig=<ID=211000022278607,length=1296>
+##contig=<ID=211000022278608,length=2201>
+##contig=<ID=211000022278609,length=1355>
+##contig=<ID=211000022278610,length=1174>
+##contig=<ID=211000022278612,length=2273>
+##contig=<ID=211000022278613,length=1785>
+##contig=<ID=211000022278614,length=1829>
+##contig=<ID=211000022278615,length=2637>
+##contig=<ID=211000022278616,length=2161>
+##contig=<ID=211000022278617,length=1037>
+##contig=<ID=211000022278618,length=1452>
+##contig=<ID=211000022278619,length=1986>
+##contig=<ID=211000022278620,length=1637>
+##contig=<ID=211000022278621,length=1704>
+##contig=<ID=211000022278622,length=2500>
+##contig=<ID=211000022278623,length=1082>
+##contig=<ID=211000022278624,length=1223>
+##contig=<ID=211000022278625,length=1818>
+##contig=<ID=211000022278626,length=1018>
+##contig=<ID=211000022278627,length=1928>
+##contig=<ID=211000022278628,length=2196>
+##contig=<ID=211000022278629,length=2259>
+##contig=<ID=211000022278630,length=2641>
+##contig=<ID=211000022278631,length=1241>
+##contig=<ID=211000022278632,length=1228>
+##contig=<ID=211000022278633,length=1787>
+##contig=<ID=211000022278634,length=1786>
+##contig=<ID=211000022278635,length=1067>
+##contig=<ID=211000022278636,length=1865>
+##contig=<ID=211000022278637,length=1221>
+##contig=<ID=211000022278638,length=1019>
+##contig=<ID=211000022278639,length=2269>
+##contig=<ID=211000022278640,length=1238>
+##contig=<ID=211000022278643,length=1935>
+##contig=<ID=211000022278644,length=1381>
+##contig=<ID=211000022278645,length=2689>
+##contig=<ID=211000022278646,length=1408>
+##contig=<ID=211000022278647,length=1051>
+##contig=<ID=211000022278648,length=2605>
+##contig=<ID=211000022278649,length=2335>
+##contig=<ID=211000022278654,length=1233>
+##contig=<ID=211000022278655,length=1550>
+##contig=<ID=211000022278669,length=1023>
+##contig=<ID=211000022278670,length=1622>
+##contig=<ID=211000022278671,length=1546>
+##contig=<ID=211000022278677,length=1716>
+##contig=<ID=211000022278690,length=1452>
+##contig=<ID=211000022278691,length=1252>
+##contig=<ID=211000022278692,length=1525>
+##contig=<ID=211000022278693,length=1519>
+##contig=<ID=211000022278694,length=1891>
+##contig=<ID=211000022278695,length=2035>
+##contig=<ID=211000022278704,length=1074>
+##contig=<ID=211000022278705,length=1048>
+##contig=<ID=211000022278715,length=1040>
+##contig=<ID=211000022278724,length=2904>
+##contig=<ID=211000022278725,length=1107>
+##contig=<ID=211000022278726,length=1645>
+##contig=<ID=211000022278774,length=1842>
+##contig=<ID=211000022278775,length=2177>
+##contig=<ID=211000022278810,length=2307>
+##contig=<ID=211000022278811,length=1005>
+##contig=<ID=211000022278812,length=1916>
+##contig=<ID=211000022278813,length=1075>
+##contig=<ID=211000022278814,length=1238>
+##contig=<ID=211000022278815,length=1895>
+##contig=<ID=211000022278816,length=1741>
+##contig=<ID=211000022278817,length=2021>
+##contig=<ID=211000022278818,length=1037>
+##contig=<ID=211000022278819,length=1775>
+##contig=<ID=211000022278820,length=1993>
+##contig=<ID=211000022278821,length=2823>
+##contig=<ID=211000022278822,length=1386>
+##contig=<ID=211000022278823,length=2283>
+##contig=<ID=211000022278824,length=1038>
+##contig=<ID=211000022278825,length=2147>
+##contig=<ID=211000022278826,length=1895>
+##contig=<ID=211000022278827,length=1482>
+##contig=<ID=211000022278828,length=2425>
+##contig=<ID=211000022278829,length=1488>
+##contig=<ID=211000022278830,length=1323>
+##contig=<ID=211000022278831,length=2520>
+##contig=<ID=211000022278832,length=1336>
+##contig=<ID=211000022278833,length=1091>
+##contig=<ID=211000022278834,length=1028>
+##contig=<ID=211000022278835,length=1052>
+##contig=<ID=211000022278836,length=1380>
+##contig=<ID=211000022278837,length=1419>
+##contig=<ID=211000022278838,length=1423>
+##contig=<ID=211000022278839,length=1630>
+##contig=<ID=211000022278840,length=2096>
+##contig=<ID=211000022278841,length=1055>
+##contig=<ID=211000022278842,length=1747>
+##contig=<ID=211000022278843,length=1251>
+##contig=<ID=211000022278844,length=2363>
+##contig=<ID=211000022278845,length=2079>
+##contig=<ID=211000022278846,length=2877>
+##contig=<ID=211000022278850,length=1544>
+##contig=<ID=211000022278851,length=1476>
+##contig=<ID=211000022278852,length=1062>
+##contig=<ID=211000022278853,length=2166>
+##contig=<ID=211000022278854,length=1856>
+##contig=<ID=211000022278855,length=1376>
+##contig=<ID=211000022278856,length=1271>
+##contig=<ID=211000022278857,length=1558>
+##contig=<ID=211000022278861,length=1509>
+##contig=<ID=211000022278868,length=2871>
+##contig=<ID=211000022278876,length=1813>
+##contig=<ID=211000022278879,length=1963>
+##contig=<ID=211000022278880,length=1100>
+##contig=<ID=211000022278882,length=1238>
+##contig=<ID=211000022278892,length=1155>
+##contig=<ID=211000022278896,length=3523>
+##contig=<ID=211000022278905,length=1829>
+##contig=<ID=211000022278906,length=1131>
+##contig=<ID=211000022278907,length=1724>
+##contig=<ID=211000022278908,length=2389>
+##contig=<ID=211000022278909,length=1088>
+##contig=<ID=211000022278910,length=1184>
+##contig=<ID=211000022278911,length=1843>
+##contig=<ID=211000022278921,length=2698>
+##contig=<ID=211000022278925,length=1189>
+##contig=<ID=211000022278933,length=1129>
+##contig=<ID=211000022278938,length=1679>
+##contig=<ID=211000022278950,length=1164>
+##contig=<ID=211000022278971,length=1238>
+##contig=<ID=211000022278976,length=1980>
+##contig=<ID=211000022279006,length=1163>
+##contig=<ID=211000022279008,length=12848>
+##contig=<ID=211000022279009,length=13549>
+##contig=<ID=211000022279010,length=1013>
+##contig=<ID=211000022279012,length=1178>
+##contig=<ID=211000022279045,length=1268>
+##contig=<ID=211000022279062,length=2505>
+##contig=<ID=211000022279063,length=2094>
+##contig=<ID=211000022279064,length=1637>
+##contig=<ID=211000022279065,length=1687>
+##contig=<ID=211000022279066,length=1489>
+##contig=<ID=211000022279067,length=1093>
+##contig=<ID=211000022279068,length=1421>
+##contig=<ID=211000022279071,length=1253>
+##contig=<ID=211000022279072,length=1904>
+##contig=<ID=211000022279073,length=1340>
+##contig=<ID=211000022279074,length=1492>
+##contig=<ID=211000022279075,length=1939>
+##contig=<ID=211000022279076,length=1573>
+##contig=<ID=211000022279077,length=1680>
+##contig=<ID=211000022279078,length=1800>
+##contig=<ID=211000022279079,length=1326>
+##contig=<ID=211000022279080,length=1841>
+##contig=<ID=211000022279081,length=3002>
+##contig=<ID=211000022279082,length=2822>
+##contig=<ID=211000022279083,length=1042>
+##contig=<ID=211000022279084,length=2132>
+##contig=<ID=211000022279085,length=2287>
+##contig=<ID=211000022279086,length=1049>
+##contig=<ID=211000022279092,length=2322>
+##contig=<ID=211000022279093,length=1792>
+##contig=<ID=211000022279108,length=1115>
+##contig=<ID=211000022279109,length=3076>
+##contig=<ID=211000022279111,length=1027>
+##contig=<ID=211000022279112,length=1425>
+##contig=<ID=211000022279113,length=1015>
+##contig=<ID=211000022279188,length=3347>
+##contig=<ID=211000022279227,length=1098>
+##contig=<ID=211000022279244,length=1556>
+##contig=<ID=211000022279245,length=1933>
+##contig=<ID=211000022279277,length=2945>
+##contig=<ID=211000022279287,length=2751>
+##contig=<ID=211000022279290,length=1185>
+##contig=<ID=211000022279291,length=1051>
+##contig=<ID=211000022279295,length=1529>
+##contig=<ID=211000022279296,length=1747>
+##contig=<ID=211000022279297,length=1708>
+##contig=<ID=211000022279298,length=2765>
+##contig=<ID=211000022279299,length=2237>
+##contig=<ID=211000022279300,length=1211>
+##contig=<ID=211000022279301,length=1830>
+##contig=<ID=211000022279302,length=1209>
+##contig=<ID=211000022279303,length=1871>
+##contig=<ID=211000022279304,length=1161>
+##contig=<ID=211000022279305,length=2109>
+##contig=<ID=211000022279306,length=1063>
+##contig=<ID=211000022279307,length=2126>
+##contig=<ID=211000022279315,length=1031>
+##contig=<ID=211000022279316,length=1623>
+##contig=<ID=211000022279322,length=1769>
+##contig=<ID=211000022279327,length=1057>
+##contig=<ID=211000022279328,length=1284>
+##contig=<ID=211000022279332,length=2044>
+##contig=<ID=211000022279339,length=1184>
+##contig=<ID=211000022279340,length=2366>
+##contig=<ID=211000022279388,length=1309>
+##contig=<ID=211000022279408,length=2825>
+##contig=<ID=211000022279437,length=1432>
+##contig=<ID=211000022279438,length=1046>
+##contig=<ID=211000022279446,length=13234>
+##contig=<ID=211000022279460,length=3024>
+##contig=<ID=211000022279467,length=1078>
+##contig=<ID=211000022279497,length=3275>
+##contig=<ID=211000022279499,length=3478>
+##contig=<ID=211000022279501,length=1175>
+##contig=<ID=211000022279502,length=2814>
+##contig=<ID=211000022279504,length=2317>
+##contig=<ID=211000022279505,length=1178>
+##contig=<ID=211000022279514,length=2220>
+##contig=<ID=211000022279515,length=1510>
+##contig=<ID=211000022279518,length=1037>
+##contig=<ID=211000022279528,length=1260>
+##contig=<ID=211000022279530,length=2372>
+##contig=<ID=211000022279531,length=1200>
+##contig=<ID=211000022279536,length=1186>
+##contig=<ID=211000022279537,length=2420>
+##contig=<ID=211000022279542,length=1595>
+##contig=<ID=211000022279543,length=1135>
+##contig=<ID=211000022279552,length=2834>
+##contig=<ID=211000022279553,length=2284>
+##contig=<ID=211000022279563,length=5832>
+##contig=<ID=211000022279570,length=1235>
+##contig=<ID=211000022279601,length=2068>
+##contig=<ID=211000022279604,length=1102>
+##contig=<ID=211000022279605,length=1086>
+##contig=<ID=211000022279608,length=2937>
+##contig=<ID=211000022279610,length=1257>
+##contig=<ID=211000022279673,length=3926>
+##contig=<ID=211000022279674,length=1315>
+##contig=<ID=211000022279676,length=12187>
+##contig=<ID=211000022279686,length=1534>
+##contig=<ID=211000022279689,length=2289>
+##contig=<ID=211000022279690,length=1145>
+##contig=<ID=211000022279698,length=2844>
+##contig=<ID=211000022279703,length=2833>
+##contig=<ID=211000022279704,length=2355>
+##contig=<ID=211000022279705,length=4515>
+##contig=<ID=211000022279715,length=2060>
+##contig=<ID=211000022279720,length=1008>
+##contig=<ID=211000022279721,length=1265>
+##contig=<ID=211000022279730,length=3553>
+##contig=<ID=211000022279731,length=3984>
+##contig=<ID=211000022279732,length=2282>
+##contig=<ID=211000022279764,length=1269>
+##contig=<ID=211000022279767,length=1306>
+##contig=<ID=211000022279772,length=3290>
+##contig=<ID=211000022279773,length=1158>
+##contig=<ID=211000022279774,length=2318>
+##contig=<ID=211000022279803,length=1173>
+##contig=<ID=211000022279830,length=1184>
+##contig=<ID=211000022279832,length=1100>
+##contig=<ID=211000022279833,length=1161>
+##contig=<ID=211000022279834,length=2139>
+##contig=<ID=211000022279836,length=11522>
+##contig=<ID=211000022279846,length=1798>
+##contig=<ID=211000022279857,length=1159>
+##contig=<ID=211000022279859,length=1109>
+##contig=<ID=211000022279860,length=1212>
+##contig=<ID=211000022279861,length=1053>
+##contig=<ID=211000022279862,length=1208>
+##contig=<ID=211000022279881,length=1153>
+##contig=<ID=211000022279882,length=1071>
+##contig=<ID=211000022279883,length=5057>
+##contig=<ID=211000022279888,length=1402>
+##contig=<ID=211000022279902,length=2475>
+##contig=<ID=211000022279917,length=2635>
+##contig=<ID=211000022279944,length=1310>
+##contig=<ID=211000022279955,length=5555>
+##contig=<ID=211000022279957,length=1586>
+##contig=<ID=211000022279967,length=2413>
+##contig=<ID=211000022279968,length=2846>
+##contig=<ID=211000022279978,length=1271>
+##contig=<ID=211000022279984,length=1301>
+##contig=<ID=211000022279994,length=2463>
+##contig=<ID=211000022279998,length=1281>
+##contig=<ID=211000022280007,length=1294>
+##contig=<ID=211000022280016,length=4072>
+##contig=<ID=211000022280017,length=1134>
+##contig=<ID=211000022280019,length=1084>
+##contig=<ID=211000022280022,length=1361>
+##contig=<ID=211000022280023,length=1112>
+##contig=<ID=211000022280029,length=1556>
+##contig=<ID=211000022280034,length=1326>
+##contig=<ID=211000022280042,length=13394>
+##contig=<ID=211000022280060,length=1803>
+##contig=<ID=211000022280061,length=1636>
+##contig=<ID=211000022280062,length=2603>
+##contig=<ID=211000022280077,length=1181>
+##contig=<ID=211000022280088,length=2223>
+##contig=<ID=211000022280095,length=2671>
+##contig=<ID=211000022280125,length=1058>
+##contig=<ID=211000022280148,length=2686>
+##contig=<ID=211000022280173,length=1112>
+##contig=<ID=211000022280241,length=5387>
+##contig=<ID=211000022280243,length=1710>
+##contig=<ID=211000022280270,length=13108>
+##contig=<ID=211000022280330,length=2247>
+##contig=<ID=211000022280439,length=3921>
+##contig=<ID=211000022280442,length=2210>
+##contig=<ID=211000022280453,length=2379>
+##contig=<ID=211000022280466,length=5232>
+##contig=<ID=211000022280470,length=3582>
+##contig=<ID=211000022280479,length=4085>
+##contig=<ID=211000022280495,length=3730>
+##contig=<ID=211000022280507,length=2357>
+##contig=<ID=211000022280526,length=9368>
+##contig=<ID=211000022280529,length=4013>
+##contig=<ID=211000022280532,length=3059>
+##contig=<ID=211000022280534,length=2353>
+##contig=<ID=211000022280537,length=2819>
+##contig=<ID=211000022280538,length=3100>
+##contig=<ID=211000022280539,length=4012>
+##contig=<ID=211000022280542,length=2996>
+##contig=<ID=211000022280578,length=3602>
+##contig=<ID=211000022280584,length=2964>
+##contig=<ID=211000022280585,length=1868>
+##contig=<ID=211000022280586,length=2439>
+##contig=<ID=211000022280587,length=3123>
+##contig=<ID=211000022280592,length=2829>
+##contig=<ID=211000022280593,length=3913>
+##contig=<ID=211000022280594,length=2009>
+##contig=<ID=211000022280597,length=3473>
+##contig=<ID=211000022280603,length=3941>
+##contig=<ID=211000022280612,length=1936>
+##contig=<ID=211000022280620,length=3603>
+##contig=<ID=211000022280622,length=1916>
+##contig=<ID=211000022280624,length=4395>
+##contig=<ID=211000022280625,length=3745>
+##contig=<ID=211000022280628,length=1903>
+##contig=<ID=211000022280629,length=3775>
+##contig=<ID=211000022280632,length=2750>
+##contig=<ID=211000022280633,length=2328>
+##contig=<ID=211000022280639,length=2910>
+##contig=<ID=211000022280641,length=3065>
+##contig=<ID=211000022280642,length=2830>
+##contig=<ID=211000022280645,length=4879>
+##contig=<ID=211000022280649,length=4917>
+##contig=<ID=211000022280657,length=1903>
+##contig=<ID=211000022280668,length=3498>
+##contig=<ID=211000022280669,length=3201>
+##contig=<ID=211000022278135,length=1237>
+##contig=<ID=211000022278142,length=1186>
+##contig=<ID=211000022278153,length=1297>
+##contig=<ID=211000022278201,length=1101>
+##contig=<ID=211000022278214,length=1459>
+##contig=<ID=211000022278218,length=3213>
+##contig=<ID=211000022278278,length=2688>
+##contig=<ID=211000022278405,length=1284>
+##contig=<ID=211000022278418,length=1282>
+##contig=<ID=211000022278436,length=2815>
+##contig=<ID=211000022278449,length=1947>
+##contig=<ID=211000022278450,length=1134>
+##contig=<ID=211000022278495,length=1001>
+##contig=<ID=211000022278499,length=1155>
+##contig=<ID=211000022278509,length=2565>
+##contig=<ID=211000022278510,length=2473>
+##contig=<ID=211000022278538,length=1035>
+##contig=<ID=211000022278565,length=1751>
+##contig=<ID=211000022278577,length=2303>
+##contig=<ID=211000022278586,length=2799>
+##contig=<ID=211000022278601,length=3537>
+##contig=<ID=211000022278682,length=1049>
+##contig=<ID=211000022278683,length=2508>
+##contig=<ID=211000022278684,length=5984>
+##contig=<ID=211000022278709,length=1683>
+##contig=<ID=211000022278710,length=1020>
+##contig=<ID=211000022278722,length=1303>
+##contig=<ID=211000022278734,length=2762>
+##contig=<ID=211000022278736,length=1116>
+##contig=<ID=211000022278743,length=2521>
+##contig=<ID=211000022278756,length=1260>
+##contig=<ID=211000022278760,length=1144>
+##contig=<ID=211000022278772,length=1033>
+##contig=<ID=211000022278787,length=1063>
+##contig=<ID=211000022278791,length=1268>
+##contig=<ID=211000022278795,length=3375>
+##contig=<ID=211000022278798,length=1224>
+##contig=<ID=211000022278802,length=2477>
+##contig=<ID=211000022278803,length=1086>
+##contig=<ID=211000022278872,length=1485>
+##contig=<ID=211000022278873,length=1109>
+##contig=<ID=211000022278895,length=3077>
+##contig=<ID=211000022278935,length=1222>
+##contig=<ID=211000022278936,length=1142>
+##contig=<ID=211000022278939,length=1029>
+##contig=<ID=211000022278941,length=1775>
+##contig=<ID=211000022278956,length=1041>
+##contig=<ID=211000022278959,length=1126>
+##contig=<ID=211000022278965,length=1032>
+##contig=<ID=211000022278984,length=2005>
+##contig=<ID=211000022278987,length=1129>
+##contig=<ID=211000022278990,length=1192>
+##contig=<ID=211000022278995,length=1152>
+##contig=<ID=211000022278997,length=1443>
+##contig=<ID=211000022279005,length=1106>
+##contig=<ID=211000022279007,length=1073>
+##contig=<ID=211000022279025,length=1690>
+##contig=<ID=211000022279026,length=1712>
+##contig=<ID=211000022279030,length=3502>
+##contig=<ID=211000022279031,length=1060>
+##contig=<ID=211000022279034,length=1059>
+##contig=<ID=211000022279046,length=2642>
+##contig=<ID=211000022279047,length=1224>
+##contig=<ID=211000022279090,length=1619>
+##contig=<ID=211000022279104,length=1890>
+##contig=<ID=211000022279123,length=1766>
+##contig=<ID=211000022279137,length=1064>
+##contig=<ID=211000022279153,length=1155>
+##contig=<ID=211000022279164,length=1159>
+##contig=<ID=211000022279165,length=1118>
+##contig=<ID=211000022279174,length=1195>
+##contig=<ID=211000022279181,length=1148>
+##contig=<ID=211000022279186,length=3102>
+##contig=<ID=211000022279211,length=1056>
+##contig=<ID=211000022279224,length=3173>
+##contig=<ID=211000022279235,length=1010>
+##contig=<ID=211000022279236,length=1110>
+##contig=<ID=211000022279261,length=2522>
+##contig=<ID=211000022279264,length=1019>
+##contig=<ID=211000022279266,length=1166>
+##contig=<ID=211000022279268,length=1961>
+##contig=<ID=211000022279269,length=1271>
+##contig=<ID=211000022279272,length=1027>
+##contig=<ID=211000022279279,length=1393>
+##contig=<ID=211000022279280,length=1162>
+##contig=<ID=211000022279314,length=1054>
+##contig=<ID=211000022279319,length=1297>
+##contig=<ID=211000022279333,length=1166>
+##contig=<ID=211000022279334,length=2342>
+##contig=<ID=211000022279335,length=1218>
+##contig=<ID=211000022279352,length=1147>
+##contig=<ID=211000022279377,length=1056>
+##contig=<ID=211000022279382,length=2836>
+##contig=<ID=211000022279385,length=1063>
+##contig=<ID=211000022279391,length=1136>
+##contig=<ID=211000022279392,length=1356>
+##contig=<ID=211000022279403,length=1087>
+##contig=<ID=211000022279404,length=1322>
+##contig=<ID=211000022279410,length=1169>
+##contig=<ID=211000022279452,length=1176>
+##contig=<ID=211000022279458,length=1139>
+##contig=<ID=211000022279459,length=1075>
+##contig=<ID=211000022279468,length=3499>
+##contig=<ID=211000022279484,length=1360>
+##contig=<ID=211000022279485,length=1330>
+##contig=<ID=211000022279486,length=1068>
+##contig=<ID=211000022279491,length=1241>
+##contig=<ID=211000022279492,length=1042>
+##contig=<ID=211000022279494,length=1863>
+##contig=<ID=211000022279496,length=1270>
+##contig=<ID=211000022279511,length=1158>
+##contig=<ID=211000022279532,length=2899>
+##contig=<ID=211000022279546,length=1116>
+##contig=<ID=211000022279550,length=1333>
+##contig=<ID=211000022279560,length=1304>
+##contig=<ID=211000022279582,length=1683>
+##contig=<ID=211000022279583,length=2096>
+##contig=<ID=211000022279586,length=1098>
+##contig=<ID=211000022279589,length=1012>
+##contig=<ID=211000022279639,length=1010>
+##contig=<ID=211000022279642,length=3046>
+##contig=<ID=211000022279646,length=1010>
+##contig=<ID=211000022279649,length=3154>
+##contig=<ID=211000022279661,length=1090>
+##contig=<ID=211000022279669,length=1170>
+##contig=<ID=211000022279670,length=1012>
+##contig=<ID=211000022279677,length=1053>
+##contig=<ID=211000022279678,length=1230>
+##contig=<ID=211000022279679,length=1171>
+##contig=<ID=211000022279680,length=1637>
+##contig=<ID=211000022279681,length=11763>
+##contig=<ID=211000022279688,length=5520>
+##contig=<ID=211000022279709,length=2728>
+##contig=<ID=211000022279725,length=1243>
+##contig=<ID=211000022279755,length=2694>
+##contig=<ID=211000022279791,length=1029>
+##contig=<ID=211000022279795,length=1946>
+##contig=<ID=211000022279799,length=1132>
+##contig=<ID=211000022279800,length=1131>
+##contig=<ID=211000022279801,length=1058>
+##contig=<ID=211000022279802,length=1029>
+##contig=<ID=211000022279813,length=1111>
+##contig=<ID=211000022279831,length=1181>
+##contig=<ID=211000022279835,length=1283>
+##contig=<ID=211000022279870,length=1525>
+##contig=<ID=211000022279876,length=1440>
+##contig=<ID=211000022279901,length=1144>
+##contig=<ID=211000022279907,length=1382>
+##contig=<ID=211000022279908,length=1037>
+##contig=<ID=211000022279910,length=1122>
+##contig=<ID=211000022279918,length=1227>
+##contig=<ID=211000022279932,length=2206>
+##contig=<ID=211000022279935,length=1146>
+##contig=<ID=211000022279936,length=1690>
+##contig=<ID=211000022279937,length=2063>
+##contig=<ID=211000022279938,length=1140>
+##contig=<ID=211000022279941,length=1136>
+##contig=<ID=211000022279950,length=1429>
+##contig=<ID=211000022279951,length=3374>
+##contig=<ID=211000022279963,length=1456>
+##contig=<ID=211000022279972,length=1014>
+##contig=<ID=211000022279974,length=1182>
+##contig=<ID=211000022279986,length=1163>
+##contig=<ID=211000022279988,length=1072>
+##contig=<ID=211000022279989,length=1756>
+##contig=<ID=211000022279995,length=1141>
+##contig=<ID=211000022279999,length=1171>
+##contig=<ID=211000022280024,length=2232>
+##contig=<ID=211000022280040,length=1051>
+##contig=<ID=211000022280044,length=1341>
+##contig=<ID=211000022280057,length=1030>
+##contig=<ID=211000022280072,length=1039>
+##contig=<ID=211000022280090,length=1202>
+##contig=<ID=211000022280116,length=1383>
+##contig=<ID=211000022280138,length=2709>
+##contig=<ID=211000022280157,length=1277>
+##contig=<ID=211000022280187,length=13079>
+##contig=<ID=211000022280481,length=3713>
+##contig=<ID=211000022280483,length=3341>
+##contig=<ID=211000022280494,length=4197>
+##contig=<ID=211000022280504,length=4059>
+##contig=<ID=211000022280619,length=3195>
+##contig=<ID=211000022280686,length=2922>
+##contig=<ID=211000022280742,length=12513>
+##contig=<ID=211000022280748,length=5564>
+##contig=<ID=211000022280763,length=12001>
+##contig=<ID=mitochondrion_genome,length=19524>
+##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant">
+##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="Difference in length between REF and ALT alleles">
+##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End position of the variant described in this record">
+##INFO=<ID=EVENT,Number=1,Type=String,Description="ID of event associated to breakend">
+##INFO=<ID=MATEID,Number=.,Type=String,Description="ID of mate breakends">
+##INFO=<ID=MQ,Number=1,Type=Integer,Description="Maximum MAPQ of evidence supporting the variant">
+##ALT=<ID=DEL,Description="Deletion">
+##ALT=<ID=DEL:ME,Description="Deletion of mobile element present in reference">
+##ALT=<ID=INS,Description="Insertion of novel sequence">
+##ALT=<ID=INS:ME,Description="Insertion of mobile element">
+##ALT=<ID=SOFTCLIP,Description="Softclipped alignments">
+##ALT=<ID=SOFTCLIP:5P,Description="Softclipped alignments where softclipping removes the 5p side">
+##ALT=<ID=SOFTCLIP:3P,Description="Softclipped alignments where softclipping removes the 3p side">
+##FORMAT=<ID=MENAME,Number=1,Type=String,Description="Mobile element name">
+##FORMAT=<ID=MESTART,Number=1,Type=Integer,Description="Mobile element reference start">
+##FORMAT=<ID=MEEND,Number=1,Type=Integer,Description="Mobile element reference end">
+##FORMAT=<ID=MEASSEMBLY5,Number=.,Type=String,Description="Sequences assembled at 5p breakpoint of mobile element insertion">
+##FORMAT=<ID=MEASSEMBLY3,Number=.,Type=String,Description="Sequences assembled at 3p breakpoint of mobile element insertion">
+##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
+##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood, log10-scaled likelihoods of the data given the called genotype for each possible genotype generated from the reference and alternate alleles given the sample ploidy">
+##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
+##FORMAT=<ID=AD,Number=.,Type=Integer,Description="Allelic depths for the ref and alt alleles in the order listed">
+##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Approximate read depth (reads with MQ=255 or with bad mates are filtered)">
+##FORMAT=<ID=SU,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant">
+##FORMAT=<ID=SU5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant from the 5p side">
+##FORMAT=<ID=SU3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of pieces of evidence supporting the variant form the 3p side">
+##FORMAT=<ID=PE,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant">
+##FORMAT=<ID=PE5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant from the 5p side">
+##FORMAT=<ID=PE3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of paired-end reads supporting the variant from the 3p side">
+##FORMAT=<ID=SR,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant">
+##FORMAT=<ID=SR5,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant from the 5p side">
+##FORMAT=<ID=SR3,Number=1,Type=Integer,Description="Number of split reads supporting the variant from the 3p side">
+##FORMAT=<ID=MSP,Number=1,Type=Integer,Description="Number of fragments supporting insertion with both mates. Indicates short insertions.">
+##FORMAT=<ID=CLIP_CONSENSUS,Number=1,Type=String,Description="Consensus sequence for SOFTCLIP event. The consensus is listed in the 5p to 3p direction relative to the alignment.">
+#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	extended_and_annotated_roi.bam
+3R	13373206	INS_2444456283915041025	N	<INS:ME>	.	.	END=13373207;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_2444456283915041025;MATEID	GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3	1/1:0.0106846,0.329772,0.659544:0,2:2:2:2:0:0:0:0:0::.:.::
+3R	13373515	INS_630831370416389201	N	<INS:ME>	.	.	END=13373525;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485,SOFTCLIP_8392192716115976782,SOFTCLIP_3495167510329773485	GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3	1/1:6.2762e-30,1.90734e-06,0.999998:0,20:20:20:9:11:8:3:5:0::.:.:GGAAAAATAACGGTATGGATGCACAACAAATCATGCGCTTAAGTGTAAGTAAAAATGTAAGCTGGTTTGATGTGTTTATGCATGTGCAAGATTGTATGTACAATTAGTGTAAGTATGTAAACGTAATATGAGAAGCATATTATGTTACTATATGTATATGTCCATATGTCCATATGCATACGAATTGGCGCACTTGCTTATATTTGATATGAGTTTGTTAGTTAGATACATTCCGAG:GACAACGAAGAAATAAAGATCCAAACTAAAAAAATACCTCGTGTTGATTCTGAAACTTCTTTAAAGGCGTTGATCTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGTATATAGATAGTCTATATTAATTTTAAAAGCTCAAAGGGGCGCAAGTCTCTCTCATCAGTTGTGTCTTTAGTTTTTTTGATTTGGTTTGGTG
+3R	13373515	SOFTCLIP_8392192716115976782	N	<SOFTCLIP:3P>	.	.	END=13373514;SVTYPE=<SOFTCLIP:3P>;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=INS_630831370416389201	CLIP_CONSENSUS:AD:SU	ACATATAGTAACATAATATGCTTCTCATATTACGTTTACATACTTACACTAATTGTAC:0,7:7
+3R	13373525	SOFTCLIP_3495167510329773485	N	<SOFTCLIP:5P>	.	.	END=13373524;SVTYPE=<SOFTCLIP:5P>;MQ=60;EVENT=INS_630831370416389201;MATEID=INS_630831370416389201	CLIP_CONSENSUS:AD:SU	CTTAGTCAAACGACGGATCATTTGTTCGACTCGAATAGTAAAATACGTAAGT:0,6:6
+3R	13374539	INS_2520711244791099460	N	<INS:ME>	.	.	END=13374677;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_2520711244791099460;MATEID	GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3	1/1:0.212598,0.393701,0.393701:0,1:1:1:0:1:0:0:0:0::.:.::
+3R	13374595	INS_7083183827793206730	N	<INS:ME>	.	.	END=13374710;SVTYPE=INS:ME;SVLEN=.;MQ=60;EVENT=INS_7083183827793206730;MATEID	GT:GL:AD:DP:SU:SU5:SU3:SR:SR5:SR3:MSP:MENAME:MESTART:MEEND:MEASSEMBLY5:MEASSEMBLY3	1/1:0.0106846,0.329772,0.659544:0,2:2:2:2:0:0:0:0:0::.:.:GTTCACCCGCGTCCGAGTTCCTGCTCCACTACTCCCTGGCTGCTGACTCACTGTTGTTATAGGGGTGGCTTCCCCTCTGTTCTTCCTGGGGGAATGCTGCATCTTCCCCAGCTCCAAAATGGCGG:
+3R	13374677	SOFTCLIP_2520711244791099460	N	<SOFTCLIP:5P>	.	.	END=13374676;SVTYPE=<SOFTCLIP:5P>;MQ=60;EVENT;MATEID	CLIP_CONSENSUS:AD:SU	TGGCAAAACATATGCAAAGTGCA:0,1:1
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de update_mapq.xml
--- a/update_mapq.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/update_mapq.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="update_mapq" name="Update MAPQ score" version="0.4.6">
+<tool id="update_mapq" name="Update MAPQ score" version="0.4.10">
     <description>of supplementary alignments</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <version_command>update_mapq --version</version_command>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
diff -r bb09f4ee2ff8 -r 29734dbad6de write_supplementary_fastq.xml
--- a/write_supplementary_fastq.xml	Sat Jan 06 07:21:07 2018 -0500
+++ b/write_supplementary_fastq.xml	Sun Apr 01 03:38:16 2018 -0400
@@ -1,7 +1,7 @@
-<tool id="write_supplementary_fastq" name="Extract supplementary alignments" version="0.4.6">
+<tool id="write_supplementary_fastq" name="Extract supplementary alignments" version="0.4.10">
     <description>from SAM/BAM alignment files as FASTQ</description>
     <requirements>
-        <requirement type="package" version="0.4.6">readtagger</requirement>
+        <requirement type="package" version="0.4.10">readtagger</requirement>
     </requirements>
     <version_command>write_supplementary_fastq --version</version_command>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[