# HG changeset patch
# User jdv
# Date 1508034202 14400
# Node ID 80408ff0c1f52dd52af0fd06a82e072eab22e2ea
# Parent  f84a33bc5c3e38de59ced7d630471328b7ebef12
planemo upload for repository https://github.com/jvolkening/galaxy-tools/tree/master/tools/porechop commit 2a0c81f39a2d50819a327cb889f336b136612d60

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+        > $result_table
+
     ]]>
     </command>
 
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     <outputs>
 
-        <collection type="list" name="output">
-            <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.*)" directory="out" format="fastqsanger" />
-        </collection>
-
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         <collection type="list" name="output_collection_fastq" label="${tool.name} on ${on_string}">
             <filter>out_format == 'fastq'</filter>
             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.*)" directory="out" format="fastqsanger" />
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             <discover_datasets pattern="(?P&lt;name&gt;.*)" directory="out" format="fasta" />
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diff -r f84a33bc5c3e -r 80408ff0c1f5 porechop_summarize.pl
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/porechop_summarize.pl	Sat Oct 14 22:23:22 2017 -0400
@@ -0,0 +1,27 @@
+#!/usr/bin/env perl
+
+use strict;
+use warnings;
+use 5.012;
+
+my $flag = 0;
+my $table;
+
+while (my $line = <STDIN>) {
+
+    print STDERR $line;
+
+    if ($line =~ /Barcode\s+Reads\s+Bases\s+File/) {
+        $flag = 1;
+    }
+    next if (! $flag);
+
+    $table .= $line;
+
+}
+
+$table =~ s/(^\s+|\e\[\d+m)//gms;
+say $table;
+
+exit;
+