--- a/multigps.xml	Mon Apr 03 14:07:14 2017 -0400
+++ b/multigps.xml	Tue Apr 04 10:02:01 2017 -0400
@@ -8,7 +8,9 @@
     </requirements>
     <command detect_errors="aggressive">
         <![CDATA[
-            python $__tool_directory__/multigps.py
+            #set output_dir = $output_html.files_path
+            mkdir -p $output_dir &&
+            multigps
             ## General options
             #set single_or_multi_expt = $single_or_multi_expt_cond.single_or_multi_expt
             #if str($single_or_multi_expt) == 'multi':
@@ -44,11 +46,11 @@
             ## Append .txt extensions to events hrefs
             ## in output dataset so files will render
             ## in the browser.
-            --eventsaretxt 'true'
+            --eventsaretxt
             ## Do not run the parallel version of meme.
-            --meme1proc 'true'
+            --meme1proc
             --threads \${GALAXY_SLOTS:-4}
-            --chrom_len_file '$chromInfo'
+            --geninfo '$chromInfo'
             ## Advanced options
             #set aoc = $advanced_options_cond
             #if str($aoc.advanced_options) == 'display':
@@ -72,11 +74,11 @@
                     --fixedpb $rloc.fixedpb
                     --poissongausspb $rloc.poissongausspb
                     #if str($rloc.nonunique) == 'yes':
-                        --nonunique 'true'
+                        --nonunique
                     #end if
                     --mappability $rloc.mappability
                     #if str($rloc.nocache) == 'yes':
-                        --nocache 'true'
+                        --nocache
                     #end if
                 #end if
                 ## Scaling data
@@ -107,23 +109,23 @@
                 #end if
                 --maxtrainingrounds $aoc.maxtrainingrounds
                 #if str($aoc.nomodelupdate) == 'no':
-                    --nomodelupdate 'true'
+                    --nomodelupdate
                 #end if
                 --minmodelupdateevents $aoc.minmodelupdateevents
                 #if str($bmsc.nomodelsmoothing) == 'no':
-                    --nomodelsmoothing 'true'
+                    --nomodelsmoothing
                 #else:
                     --splinesmoothparam $bmsc.splinesmoothparam
                 #end if
                 #if str($gmsc.gaussmodelsmoothing) == 'yes':
-                    --gaussmodelsmoothing 'true'
+                    --gaussmodelsmoothing
                     --gausssmoothparam $gmsc.gausssmoothparam
                 #end if
                 #if str($aoc.jointinmodel) == 'yes':
-                    --jointinmodel 'true'
+                    --jointinmodel
                 #end if
                 #if str($aoc.fixedmodelrange) == 'yes':
-                    --fixedmodelrange 'true'
+                    --fixedmodelrange
                 #end if
                 --prlogconf $aoc.prlogconf
                 #if $aoc.fixedalpha > 0:
@@ -131,7 +133,7 @@
                 #end if
                 --alphascale $aoc.alphascale
                 #if str($aoc.mlconfignotshared) == 'no':
-                    --mlconfignotshared 'true'
+                    --mlconfignotshared
                 #end if
                 #if str($aoc.exclude) != 'None':
                     --exclude '$aoc.exclude'
@@ -142,7 +144,7 @@
                     #if str($mpc.multigps_priors) == 'yes':
                         #set bmc = $mpc.both_motifs_cond
                         #if str($mpc.noposprior) == 'no':
-                            --noposprior 'true'
+                            --noposprior
                         #end if
                         --probshared $mpc.probshared
                         #if str($bmc.nomotifs) == 'yes':
@@ -151,9 +153,9 @@
                             --mememaxw $bmc.mememaxw
                         #else:
                             #set nmpc = $bmc.nomotifprior_cond
-                            --nomotifs 'true'
+                            --nomotifs
                             #if str($nmpc.nomotifprior) == 'yes':
-                                --nomotifprior 'true'
+                                --nomotifprior
                                 --memenmotifs $nmpc.memenmotifs
                                 --mememinw $nmpc.mememinw
                                 --mememaxw $nmpc.mememaxw
@@ -166,17 +168,18 @@
                     --minqvalue $rbec.minqvalue
                     --minfold $rbec.minfold
                     #if str($rbec.nodifftests) == 'no':
-                        --nodifftests 'true'
+                        --nodifftests
                     #end if
                     --edgerod $rbec.edgerod
                     --diffp $rbec.diffp
                 #end if
             #end if
-            --output_html_files_path '$output_html.files_path'
-            --replicates_counts '$replicates_counts'
-            --output_bed '$output_bed'
-            --output_html '$output_html'
-            --all_events_table '$all_events_table'
+            2>&1
+            --out '$output_html.files_path'
+            && mv $output_dir/*.counts '$replicates_counts'
+            && mv $output_dir/*.bed '$output_bed'
+            && mv $output_dir/*.html '$output_html'
+            && mv $output_dir/*.table.txt '$all_events_table'
         ]]>
     </command>
     <inputs>