Mercurial > repos > iuc > lineagespot
view test-data/variants_table.txt @ 0:5e8505f27681 draft default tip
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/lineagespot commit 0bc6ed15054577af1089d55ef9aa1071d122eb6b
| author | iuc |
|---|---|
| date | Tue, 08 Aug 2023 15:11:47 +0000 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
CHROM POS ID REF ALT DP AD_ref AD_alt Gene_Name Nt_alt AA_alt AF codon_num sample NC_045512.2 328 NC_045512.2;328;ACA;ACCA ACA ACCA 36 34 1 ORF1a 64dupC Q22fs 0.0277777777777778 21 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 355 NC_045512.2;355;C;T C T 42 41 1 ORF1a 90C>T G30G 0.0238095238095238 30 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 366 NC_045512.2;366;C;T C T 42 28 14 ORF1a 101C>T S34F 0.333333333333333 34 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 401 NC_045512.2;401;CTTAA;CTAA CTTAA CTAA 37 35 2 ORF1a 138delT D48fs 0.0540540540540541 46 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 406 NC_045512.2;406;AGA;AA AGA AA 35 34 1 ORF1a 142delG D48fs 0.0285714285714286 47 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 421 NC_045512.2;421;C;A C A 35 34 1 ORF1a 156C>A G52G 0.0285714285714286 52 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 442 NC_045512.2;442;C;G C G 64 63 1 ORF1a 177C>G G59G 0.015625 59 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 445 NC_045512.2;445;T;C T C 64 33 31 ORF1a 180T>C V60V 0.484375 60 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 460 NC_045512.2;460;A;C A C 64 63 1 ORF1a 195A>C E65D 0.015625 65 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 505 NC_045512.2;505;T;A T A 64 63 1 ORF1a 240T>A P80P 0.015625 80 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 541 NC_045512.2;541;CGA;CA CGA CA 64 62 2 ORF1a 277delG E93fs 0.03125 92 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 560 NC_045512.2;560;C;T C T 64 62 2 ORF1a 295C>T R99C 0.03125 99 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 577 NC_045512.2;577;T;G T G 64 63 1 ORF1a 312T>G L104L 0.015625 104 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 578 NC_045512.2;578;G;A G A 64 63 1 ORF1a 313G>A G105S 0.015625 105 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 583 NC_045512.2;583;CC;TT CC TT 64 30 6 ORF1a 318_319delCCinsTT L107F 0.09375 106 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 583 NC_045512.2;583;CC;TC CC TC 64 30 28 ORF1a 318_319delCCinsTT L107F 0.4375 106 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 593 NC_045512.2;593;C;T C T 64 36 28 ORF1a 328C>T H110Y 0.4375 110 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 643 NC_045512.2;643;C;T C T 39 25 14 ORF1a 378C>T N126N 0.358974358974359 126 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 657 NC_045512.2;657;C;T C T 50 36 14 ORF1a 392C>T A131V 0.28 131 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 663 NC_045512.2;663;G;C G C 52 51 1 ORF1a 398G>C G133A 0.0192307692307692 133 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 666 NC_045512.2;666;A;T A T 52 51 1 ORF1a 401A>T H134L 0.0192307692307692 134 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 682 NC_045512.2;682;T;C T C 52 34 18 ORF1a 417T>C D139D 0.346153846153846 139 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 721 NC_045512.2;721;T;G T G 48 46 2 ORF1a 456T>G D152E 0.0416666666666667 152 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 724 NC_045512.2;724;T;G T G 42 41 1 ORF1a 459T>G P153P 0.0238095238095238 153 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 725 NC_045512.2;725;T;G T G 38 37 1 ORF1a 460T>G Y154D 0.0263157894736842 154 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 729 NC_045512.2;729;A;G A G 37 36 1 ORF1a 464A>G E155G 0.027027027027027 155 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 737 NC_045512.2;737;C;A C A 38 37 1 ORF1a 472C>A Q158K 0.0263157894736842 158 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 913 NC_045512.2;913;C;T C T 38 12 26 ORF1a 648C>T S216S 0.68421052631579 216 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 924 NC_045512.2;924;A;T A T 38 37 1 ORF1a 659A>T D220V 0.0263157894736842 220 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 929 NC_045512.2;929;A;T A T 38 37 1 ORF1a 664A>T I222F 0.0263157894736842 222 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 932 NC_045512.2;932;G;T G T 38 37 1 ORF1a 667G>T D223Y 0.0263157894736842 223 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 946 NC_045512.2;946;T;G T G 48 47 1 ORF1a 681T>G G227G 0.0208333333333333 227 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 949 NC_045512.2;949;A;G A G 53 52 1 ORF1a 684A>G V228V 0.0188679245283019 228 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 954 NC_045512.2;954;G;T G T 53 52 1 ORF1a 689G>T C230F 0.0188679245283019 230 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 968 NC_045512.2;968;G;T G T 51 50 1 ORF1a 703G>T E235* 0.0196078431372549 235 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 973 NC_045512.2;973;T;A T A 51 50 1 ORF1a 708T>A H236Q 0.0196078431372549 236 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 998 NC_045512.2;998;T;C T C 51 50 1 ORF1a 733T>C S245P 0.0196078431372549 245 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1019 NC_045512.2;1019;C;T C T 51 50 1 ORF1a 754C>T Q252* 0.0196078431372549 252 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1026 NC_045512.2;1026;C;T C T 49 48 1 ORF1a 761C>T P254L 0.0204081632653061 254 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1044 NC_045512.2;1044;C;T C T 65 56 9 ORF1a 779C>T A260V 0.138461538461538 260 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1069 NC_045512.2;1069;G;A G A 65 57 8 ORF1a 804G>A G268G 0.123076923076923 268 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1076 NC_045512.2;1076;C;T C T 65 56 9 ORF1a 811C>T P271S 0.138461538461538 271 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1126 NC_045512.2;1126;G;T G T 65 64 1 ORF1a 861G>T R287S 0.0153846153846154 287 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1142 NC_045512.2;1142;C;G C G 65 64 1 ORF1a 877C>G L293V 0.0153846153846154 293 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1153 NC_045512.2;1153;T;C T C 65 63 2 ORF1a 888T>C F296F 0.0307692307692308 296 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1193 NC_045512.2;1193;A;T A T 65 64 1 ORF1a 928A>T N310Y 0.0153846153846154 310 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1205 NC_045512.2;1205;C;T C T 65 56 9 ORF1a 940C>T Q314* 0.138461538461538 314 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1213 NC_045512.2;1213;C;T C T 65 56 9 ORF1a 948C>T C316C 0.138461538461538 316 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1222 NC_045512.2;1222;T;C T C 65 64 1 ORF1a 957T>C T319T 0.0153846153846154 319 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1224 NC_045512.2;1224;T;C T C 65 64 1 ORF1a 959T>C L320P 0.0153846153846154 320 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1254 NC_045512.2;1254;C;T C T 41 36 5 ORF1a 989C>T S330L 0.121951219512195 330 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1288 NC_045512.2;1288;C;T C T 41 36 5 ORF1a 1023C>T C341C 0.121951219512195 341 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1292 NC_045512.2;1292;T;C T C 41 34 7 ORF1a 1027T>C F343L 0.170731707317073 343 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1314 NC_045512.2;1314;C;T C T 42 37 5 ORF1a 1049C>T T350I 0.119047619047619 350 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1336 NC_045512.2;1336;T;G T G 27 26 1 ORF1a 1071T>G C357W 0.037037037037037 357 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1406 NC_045512.2;1406;G;T G T 18 16 2 ORF1a 1141G>T E381* 0.111111111111111 381 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1441 NC_045512.2;1441;C;T C T 18 3 15 ORF1a 1176C>T G392G 0.833333333333333 392 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1456 NC_045512.2;1456;T;C T C 18 17 1 ORF1a 1191T>C L397L 0.0555555555555556 397 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1534 NC_045512.2;1534;G;T G T 18 16 2 ORF1a 1269G>T W423C 0.111111111111111 423 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1580 NC_045512.2;1580;GTTGG;GTTTGG GTTGG GTTTGG 14 13 1 ORF1a 1317dupT G440fs 0.0714285714285714 439 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1601 NC_045512.2;1601;C;T C T 14 13 1 ORF1a 1336C>T L446F 0.0714285714285714 446 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1609 NC_045512.2;1609;C;T C T 14 13 1 ORF1a 1344C>T D448D 0.0714285714285714 448 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1684 NC_045512.2;1684;C;T C T 10 8 2 ORF1a 1419C>T I473I 0.2 473 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1759 NC_045512.2;1759;A;T A T 10 8 2 ORF1a 1494A>T A498A 0.2 498 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1841 NC_045512.2;1841;C;T C T 10 8 2 ORF1a 1576C>T Q526* 0.2 526 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1883 NC_045512.2;1883;G;A G A 13 12 1 ORF1a 1618G>A A540T 0.0769230769230769 540 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1902 NC_045512.2;1902;C;T C T 13 12 1 ORF1a 1637C>T S546L 0.0769230769230769 546 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 1943 NC_045512.2;1943;C;T C T 13 12 1 ORF1a 1678C>T R560C 0.0769230769230769 560 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2134 NC_045512.2;2134;A;C A C 15 14 1 ORF1a 1869A>C K623N 0.0666666666666667 623 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2166 NC_045512.2;2166;A;C A C 15 14 1 ORF1a 1901A>C K634T 0.0666666666666667 634 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2659 NC_045512.2;2659;G;T G T 15 9 6 ORF1a 2394G>T K798N 0.4 798 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2714 NC_045512.2;2714;G;C G C 15 13 2 ORF1a 2449G>C G817R 0.133333333333333 817 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2719 NC_045512.2;2719;TGC;TC TGC TC 15 6 9 ORF1a 2455delG A819fs 0.6 818 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2811 NC_045512.2;2811;T;C T C 7 6 1 ORF1a 2546T>C I849T 0.142857142857143 849 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2828 NC_045512.2;2828;G;T G T 15 14 1 ORF1a 2563G>T E855* 0.0666666666666667 855 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2873 NC_045512.2;2873;G;T G T 19 18 1 ORF1a 2608G>T E870* 0.0526315789473684 870 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2891 NC_045512.2;2891;GCA;GCCA GCA GCCA 19 18 1 ORF1a 2627dupC D877fs 0.0526315789473684 876 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 2942 NC_045512.2;2942;C;T C T 22 20 2 ORF1a 2677C>T L893L 0.0909090909090909 893 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3037 NC_045512.2;3037;C;T C T 22 0 22 ORF1a 2772C>T F924F 1 924 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3061 NC_045512.2;3061;A;G A G 22 21 1 ORF1a 2796A>G E932E 0.0454545454545455 932 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3073 NC_045512.2;3073;TGAAGAAGAAGAGT;TGAAGAAGAGT TGAAGAAGAAGAGT TGAAGAAGAGT 22 20 2 ORF1a 2817_2819delAGA E940del 0.0909090909090909 936 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3105 NC_045512.2;3105;A;G A G 22 20 2 ORF1a 2840A>G Y947C 0.0909090909090909 947 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3110 NC_045512.2;3110;T;C T C 22 21 1 ORF1a 2845T>C Y949H 0.0454545454545455 949 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3113 NC_045512.2;3113;G;T G T 22 20 2 ORF1a 2848G>T G950C 0.0909090909090909 950 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3118 NC_045512.2;3118;T;A T A 22 20 2 ORF1a 2853T>A T951T 0.0909090909090909 951 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3244 NC_045512.2;3244;C;A C A 35 33 2 ORF1a 2979C>A G993G 0.0571428571428571 993 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3267 NC_045512.2;3267;C;T C T 35 0 35 ORF1a 3002C>T T1001I 1 1001 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3462 NC_045512.2;3462;A;C A C 26 25 1 ORF1a 3197A>C K1066T 0.0384615384615385 1066 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3464 NC_045512.2;3464;C;A C A 28 27 1 ORF1a 3199C>A H1067N 0.0357142857142857 1067 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3465 NC_045512.2;3465;A;C A C 28 26 2 ORF1a 3200A>C H1067P 0.0714285714285714 1067 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3528 NC_045512.2;3528;A;T A T 32 31 1 ORF1a 3263A>T D1088V 0.03125 1088 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3529 NC_045512.2;3529;T;G T G 31 29 2 ORF1a 3264T>G D1088E 0.0645161290322581 1088 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3562 NC_045512.2;3562;G;T G T 32 30 2 ORF1a 3297G>T V1099V 0.0625 1099 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3647 NC_045512.2;3647;ATTCA;ATCA ATTCA ATCA 32 30 2 ORF1a 3384delT Q1129fs 0.0625 1128 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 3728 NC_045512.2;3728;G;T G T 32 31 1 ORF1a 3463G>T G1155C 0.03125 1155 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4060 NC_045512.2;4060;A;C A C 30 29 1 ORF1a 3795A>C P1265P 0.0333333333333333 1265 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4126 NC_045512.2;4126;G;T G T 55 53 2 ORF1a 3861G>T V1287V 0.0363636363636364 1287 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4142 NC_045512.2;4142;G;A G A 59 58 1 ORF1a 3877G>A E1293K 0.0169491525423729 1293 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4163 NC_045512.2;4163;G;T G T 58 57 1 ORF1a 3898G>T V1300F 0.0172413793103448 1300 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4304 NC_045512.2;4304;A;T A T 60 59 1 ORF1a 4039A>T K1347* 0.0166666666666667 1347 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4391 NC_045512.2;4391;C;T C T 37 36 1 ORF1a 4126C>T R1376* 0.027027027027027 1376 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4397 NC_045512.2;4397;A;G A G 37 36 1 ORF1a 4132A>G M1378V 0.027027027027027 1378 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4404 NC_045512.2;4404;C;A C A 37 36 1 ORF1a 4139C>A A1380E 0.027027027027027 1380 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4751 NC_045512.2;4751;A;C A C 30 28 2 ORF1a 4486A>C T1496P 0.0666666666666667 1496 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4850 NC_045512.2;4850;A;C A C 30 28 2 ORF1a 4585A>C K1529Q 0.0666666666666667 1529 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 4890 NC_045512.2;4890;C;A C A 30 28 2 ORF1a 4625C>A T1542N 0.0666666666666667 1542 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5014 NC_045512.2;5014;T;G T G 19 18 1 ORF1a 4749T>G V1583V 0.0526315789473684 1583 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5016 NC_045512.2;5016;T;G T G 17 16 1 ORF1a 4751T>G V1584G 0.0588235294117647 1584 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5037 NC_045512.2;5037;G;A G A 14 10 4 ORF1a 4772G>A G1591E 0.285714285714286 1591 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5172 NC_045512.2;5172;A;G A G 14 13 1 ORF1a 4907A>G H1636R 0.0714285714285714 1636 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5267 NC_045512.2;5267;A;T A T 25 24 1 ORF1a 5002A>T K1668* 0.04 1668 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5289 NC_045512.2;5289;A;T A T 29 28 1 ORF1a 5024A>T Y1675F 0.0344827586206897 1675 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5360 NC_045512.2;5360;T;C T C 44 42 2 ORF1a 5095T>C Y1699H 0.0454545454545455 1699 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5367 NC_045512.2;5367;G;T G T 44 42 2 ORF1a 5102G>T R1701I 0.0454545454545455 1701 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5368 NC_045512.2;5368;A;G A G 44 43 1 ORF1a 5103A>G R1701R 0.0227272727272727 1701 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5376 NC_045512.2;5376;C;A C A 44 42 2 ORF1a 5111C>A A1704D 0.0454545454545455 1704 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5388 NC_045512.2;5388;C;A C A 44 12 32 ORF1a 5123C>A A1708D 0.727272727272727 1708 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5489 NC_045512.2;5489;G;T G T 44 42 2 ORF1a 5224G>T D1742Y 0.0454545454545455 1742 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5523 NC_045512.2;5523;A;C A C 44 43 1 ORF1a 5258A>C K1753T 0.0227272727272727 1753 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5544 NC_045512.2;5544;C;A C A 44 43 1 ORF1a 5279C>A T1760K 0.0227272727272727 1760 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5546 NC_045512.2;5546;A;C A C 44 43 1 ORF1a 5281A>C T1761P 0.0227272727272727 1761 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5553 NC_045512.2;5553;A;C A C 44 43 1 ORF1a 5288A>C K1763T 0.0227272727272727 1763 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5641 NC_045512.2;5641;A;G A G 31 30 1 ORF1a 5376A>G Q1792Q 0.032258064516129 1792 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5824 NC_045512.2;5824;T;G T G 23 22 1 ORF1a 5559T>G L1853L 0.0434782608695652 1853 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5852 NC_045512.2;5852;ATTAC;ATAC ATTAC ATAC 23 20 2 ORF1a 5589delT T1864fs 0.0869565217391304 1863 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5852 NC_045512.2;5852;ATTAC;ACTAC ATTAC ACTAC 23 20 1 ORF1a 5589delT T1864fs 0.0434782608695652 1863 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5869 NC_045512.2;5869;C;A C A 18 17 1 ORF1a 5604C>A Y1868* 0.0555555555555556 1868 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5952 NC_045512.2;5952;T;G T G 21 20 1 ORF1a 5687T>G L1896W 0.0476190476190476 1896 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 5986 NC_045512.2;5986;C;T C T 19 0 19 ORF1a 5721C>T F1907F 1 1907 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6193 NC_045512.2;6193;A;G A G 30 29 1 ORF1a 5928A>G T1976T 0.0333333333333333 1976 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6241 NC_045512.2;6241;G;T G T 30 29 1 ORF1a 5976G>T W1992C 0.0333333333333333 1992 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6250 NC_045512.2;6250;C;A C A 48 47 1 ORF1a 5985C>A N1995K 0.0208333333333333 1995 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6279 NC_045512.2;6279;C;T C T 42 40 2 ORF1a 6014C>T P2005L 0.0476190476190476 2005 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6280 NC_045512.2;6280;A;G A G 42 40 2 ORF1a 6015A>G P2005P 0.0476190476190476 2005 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6359 NC_045512.2;6359;G;T G T 42 41 1 ORF1a 6094G>T D2032Y 0.0238095238095238 2032 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6433 NC_045512.2;6433;C;T C T 42 40 2 ORF1a 6168C>T T2056T 0.0476190476190476 2056 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6439 NC_045512.2;6439;G;T G T 42 41 1 ORF1a 6174G>T Q2058H 0.0238095238095238 2058 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6447 NC_045512.2;6447;T;G T G 42 41 1 ORF1a 6182T>G V2061G 0.0238095238095238 2061 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6455 NC_045512.2;6455;T;G T G 42 41 1 ORF1a 6190T>G C2064G 0.0238095238095238 2064 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6593 NC_045512.2;6593;C;A C A 42 41 1 ORF1a 6328C>A P2110T 0.0238095238095238 2110 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6643 NC_045512.2;6643;T;C T C 42 41 1 ORF1a 6378T>C G2126G 0.0238095238095238 2126 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6722 NC_045512.2;6722;A;C A C 42 40 1 ORF1a 6457A>C T2153P 0.0238095238095238 2153 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6722 NC_045512.2;6722;A;T A T 42 40 1 ORF1a 6457A>C T2153P 0.0238095238095238 2153 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6742 NC_045512.2;6742;G;A G A 42 41 1 ORF1a 6477G>A R2159R 0.0238095238095238 2159 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6744 NC_045512.2;6744;GTTTA;ATTTT GTTTA ATTTT 42 41 1 ORF1a 6479_6483delGTTTAinsATTTT CL2160YF 0.0238095238095238 2160 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6762 NC_045512.2;6762;C;A C A 42 41 1 ORF1a 6497C>A T2166N 0.0238095238095238 2166 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6828 NC_045512.2;6828;C;T C T 22 21 1 ORF1a 6563C>T S2188F 0.0454545454545455 2188 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 6839 NC_045512.2;6839;G;T G T 22 21 1 ORF1a 6574G>T A2192S 0.0454545454545455 2192 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 7975 NC_045512.2;7975;G;A G A 14 13 1 ORF1a 7710G>A L2570L 0.0714285714285714 2570 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8252 NC_045512.2;8252;A;C A C 16 15 1 ORF1a 7987A>C I2663L 0.0625 2663 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8254 NC_045512.2;8254;AGA;AA AGA AA 16 15 1 ORF1a 7990delG E2664fs 0.0625 2663 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8335 NC_045512.2;8335;T;G T G 16 15 1 ORF1a 8070T>G A2690A 0.0625 2690 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8339 NC_045512.2;8339;A;T A T 13 12 1 ORF1a 8074A>T I2692F 0.0769230769230769 2692 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8340 NC_045512.2;8340;T;G T G 12 11 1 ORF1a 8075T>G I2692S 0.0833333333333333 2692 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8375 NC_045512.2;8375;G;T G T 11 9 2 ORF1a 8110G>T A2704S 0.181818181818182 2704 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8480 NC_045512.2;8480;C;T C T 11 9 2 ORF1a 8215C>T P2739S 0.181818181818182 2739 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8656 NC_045512.2;8656;T;C T C 6 5 1 ORF1a 8391T>C S2797S 0.166666666666667 2797 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8891 NC_045512.2;8891;A;C A C 12 11 1 ORF1a 8626A>C T2876P 0.0833333333333333 2876 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8897 NC_045512.2;8897;A;T A T 18 17 1 ORF1a 8632A>T N2878Y 0.0555555555555556 2878 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8966 NC_045512.2;8966;A;G A G 22 21 1 ORF1a 8701A>G K2901E 0.0454545454545455 2901 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8975 NC_045512.2;8975;G;T G T 36 34 2 ORF1a 8710G>T E2904* 0.0555555555555556 2904 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 8991 NC_045512.2;8991;C;A C A 36 35 1 ORF1a 8726C>A A2909E 0.0277777777777778 2909 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 9041 NC_045512.2;9041;T;C T C 36 35 1 ORF1a 8776T>C S2926P 0.0277777777777778 2926 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 9049 NC_045512.2;9049;G;T G T 36 35 1 ORF1a 8784G>T K2928N 0.0277777777777778 2928 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 9123 NC_045512.2;9123;G;C G C 36 34 2 ORF1a 8858G>C R2953P 0.0555555555555556 2953 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 9269 NC_045512.2;9269;G;T G T 12 11 1 ORF1a 9004G>T G3002C 0.0833333333333333 3002 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10040 NC_045512.2;10040;T;C T C 10 9 1 ORF1a 9775T>C S3259P 0.1 3259 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10168 NC_045512.2;10168;T;G T G 60 59 1 ORF1a 9903T>G C3301W 0.0166666666666667 3301 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10169 NC_045512.2;10169;CCAAG;CG CCAAG CG 55 50 2 ORF1a 9905C>T P3302L 0.0363636363636364 3302 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10169 NC_045512.2;10169;CCAAG;CTAAG CCAAG CTAAG 55 50 1 ORF1a 9905C>T P3302L 0.0181818181818182 3302 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10169 NC_045512.2;10169;CCAAG;CCGAG CCAAG CCGAG 55 50 2 ORF1a 9905C>T P3302L 0.0363636363636364 3302 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10282 NC_045512.2;10282;G;T G T 55 54 1 ORF1a 10017G>T R3339S 0.0181818181818182 3339 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10300 NC_045512.2;10300;GCAA;TCAC GCAA TCAC 55 54 1 ORF1a 10035_10038delGCAAinsTCAC MQ3345IH 0.0181818181818182 3345 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10314 NC_045512.2;10314;T;A T A 55 53 2 ORF1a 10049T>A L3350H 0.0363636363636364 3350 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10323 NC_045512.2;10323;A;C A C 55 54 1 ORF1a 10058A>C K3353T 0.0181818181818182 3353 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10335 NC_045512.2;10335;C;A C A 55 54 1 ORF1a 10070C>A A3357D 0.0181818181818182 3357 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10344 NC_045512.2;10344;A;C A C 55 54 1 ORF1a 10079A>C K3360T 0.0181818181818182 3360 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10352 NC_045512.2;10352;A;C A C 55 54 1 ORF1a 10087A>C K3363Q 0.0181818181818182 3363 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10355 NC_045512.2;10355;T;C T C 55 54 1 ORF1a 10090T>C Y3364H 0.0181818181818182 3364 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10358 NC_045512.2;10358;AA;TC AA TC 55 54 1 ORF1a 10093_10094delAAinsTC K3365S 0.0181818181818182 3365 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10364 NC_045512.2;10364;G;T G T 65 64 1 ORF1a 10099G>T V3367F 0.0153846153846154 3367 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10377 NC_045512.2;10377;C;A C A 59 58 1 ORF1a 10112C>A P3371Q 0.0169491525423729 3371 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10454 NC_045512.2;10454;T;G T G 38 37 1 ORF1a 10189T>G F3397V 0.0263157894736842 3397 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10548 NC_045512.2;10548;T;G T G 28 27 1 ORF1a 10283T>G M3428R 0.0357142857142857 3428 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10602 NC_045512.2;10602;G;T G T 28 27 1 ORF1a 10337G>T G3446V 0.0357142857142857 3446 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10649 NC_045512.2;10649;A;C A C 27 26 1 ORF1a 10384A>C T3462P 0.037037037037037 3462 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10672 NC_045512.2;10672;T;G T G 17 16 1 ORF1a 10407T>G A3469A 0.0588235294117647 3469 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10725 NC_045512.2;10725;C;A C A 20 19 1 ORF1a 10460C>A T3487N 0.05 3487 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 10735 NC_045512.2;10735;T;C T C 20 19 1 ORF1a 10470T>C L3490L 0.05 3490 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11001 NC_045512.2;11001;C;A C A 23 22 1 ORF1a 10736C>A T3579K 0.0434782608695652 3579 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11002 NC_045512.2;11002;A;C A C 25 23 2 ORF1a 10737A>C T3579T 0.08 3579 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11030 NC_045512.2;11030;A;T A T 31 30 1 ORF1a 10765A>T T3589S 0.032258064516129 3589 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11035 NC_045512.2;11035;A;T A T 31 30 1 ORF1a 10770A>T S3590S 0.032258064516129 3590 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11038 NC_045512.2;11038;T;A T A 31 30 1 ORF1a 10773T>A L3591L 0.032258064516129 3591 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11047 NC_045512.2;11047;A;C A C 31 30 1 ORF1a 10782A>C L3594F 0.032258064516129 3594 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11074 NC_045512.2;11074;CTTTTTTTTGTATGA;CTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTGTATGA 29 22 1 ORF1a 10817delT L3606fs 0.0344827586206897 3603 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11074 NC_045512.2;11074;CTTTTTTTTGTATGA;CTTTTTTTTTTATGA CTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTTTATGA 29 22 6 ORF1a 10817delT L3606fs 0.206896551724138 3603 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11094 NC_045512.2;11094;C;G C G 50 49 1 ORF1a 10829C>G A3610G 0.02 3610 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11127 NC_045512.2;11127;T;G T G 53 52 1 ORF1a 10862T>G M3621R 0.0188679245283019 3621 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11148 NC_045512.2;11148;T;C T C 53 52 1 ORF1a 10883T>C F3628S 0.0188679245283019 3628 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11152 NC_045512.2;11152;CAAACAT;CAACAT CAAACAT CAACAT 53 51 2 ORF1a 10890delA K3630fs 0.0377358490566038 3629 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11208 NC_045512.2;11208;C;A C A 53 52 1 ORF1a 10943C>A A3648D 0.0188679245283019 3648 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11234 NC_045512.2;11234;G;A G A 53 52 1 ORF1a 10969G>A A3657T 0.0188679245283019 3657 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11242 NC_045512.2;11242;G;T G T 53 52 1 ORF1a 10977G>T W3659C 0.0188679245283019 3659 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11261 NC_045512.2;11261;T;G T G 53 52 1 ORF1a 10996T>G W3666G 0.0188679245283019 3666 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11262 NC_045512.2;11262;G;A G A 53 52 1 ORF1a 10997G>A W3666* 0.0188679245283019 3666 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11269 NC_045512.2;11269;TA;GT TA GT 53 52 1 ORF1a 11004_11005delTAinsGT DM3668EL 0.0188679245283019 3668 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11271 NC_045512.2;11271;TGGT;CGGG TGGT CGGG 53 52 1 ORF1a 11006_11009delTGGTinsCGGG MV3669TG 0.0188679245283019 3669 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11276 NC_045512.2;11276;G;T G T 53 52 1 ORF1a 11011G>T D3671Y 0.0188679245283019 3671 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11277 NC_045512.2;11277;ATAC;TTCT ATAC TTCT 53 52 1 ORF1a 11012_11015delATACinsTTCT DT3671VL 0.0188679245283019 3671 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11287 NC_045512.2;11287;GTCTGGTTTTAAG;GAAG GTCTGGTTTTAAG GAAG 44 6 30 ORF1a 11031dupT K3678fs 0.681818181818182 3674 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11287 NC_045512.2;11287;GTCTGGTTTTAAG;GTCTGGTTTTTAAG GTCTGGTTTTAAG GTCTGGTTTTTAAG 44 6 8 ORF1a 11031dupT K3678fs 0.181818181818182 3674 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11308 NC_045512.2;11308;C;A C A 57 56 1 ORF1a 11043C>A D3681E 0.0175438596491228 3681 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11324 NC_045512.2;11324;T;C T C 48 47 1 ORF1a 11059T>C S3687P 0.0208333333333333 3687 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11369 NC_045512.2;11369;G;T G T 47 46 1 ORF1a 11104G>T D3702Y 0.0212765957446809 3702 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11377 NC_045512.2;11377;T;G T G 45 44 1 ORF1a 11112T>G G3704G 0.0222222222222222 3704 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11437 NC_045512.2;11437;T;G T G 41 40 1 ORF1a 11172T>G G3724G 0.024390243902439 3724 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11515 NC_045512.2;11515;T;G T G 41 40 1 ORF1a 11250T>G T3750T 0.024390243902439 3750 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11516 NC_045512.2;11516;G;A G A 41 39 2 ORF1a 11251G>A V3751I 0.0487804878048781 3751 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11586 NC_045512.2;11586;A;T A T 62 61 1 ORF1a 11321A>T N3774I 0.0161290322580645 3774 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11589 NC_045512.2;11589;C;T C T 62 61 1 ORF1a 11324C>T T3775I 0.0161290322580645 3775 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11803 NC_045512.2;11803;T;C T C 42 40 2 ORF1a 11538T>C G3846G 0.0476190476190476 3846 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11808 NC_045512.2;11808;GTGGC;TTGGT GTGGC TTGGT 42 41 1 ORF1a 11543_11547delGTGGCinsTTGGT G3848V 0.0238095238095238 3848 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11824 NC_045512.2;11824;C;A C A 42 41 1 ORF1a 11559C>A I3853I 0.0238095238095238 3853 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11828 NC_045512.2;11828;G;T G T 42 41 1 ORF1a 11563G>T V3855L 0.0238095238095238 3855 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11833 NC_045512.2;11833;C;T C T 42 41 1 ORF1a 11568C>T A3856A 0.0238095238095238 3856 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11840 NC_045512.2;11840;C;T C T 42 41 1 ORF1a 11575C>T Q3859* 0.0238095238095238 3859 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11854 NC_045512.2;11854;A;G A G 26 24 2 ORF1a 11589A>G S3863S 0.0769230769230769 3863 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11880 NC_045512.2;11880;TAC;TC TAC TC 41 40 1 ORF1a 11616delA L3872fs 0.024390243902439 3872 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11886 NC_045512.2;11886;C;T C T 41 32 9 ORF1a 11621C>T S3874L 0.219512195121951 3874 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11896 NC_045512.2;11896;A;G A G 41 40 1 ORF1a 11631A>G Q3877Q 0.024390243902439 3877 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11919 NC_045512.2;11919;C;T C T 41 32 9 ORF1a 11654C>T S3885F 0.219512195121951 3885 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11928 NC_045512.2;11928;G;A G A 41 40 1 ORF1a 11663G>A W3888* 0.024390243902439 3888 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11948 NC_045512.2;11948;C;A C A 32 31 1 ORF1a 11683C>A H3895N 0.03125 3895 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 11984 NC_045512.2;11984;G;T G T 38 36 2 ORF1a 11719G>T A3907S 0.0526315789473684 3907 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12244 NC_045512.2;12244;TGA;TA TGA TA 40 38 2 ORF1a 11980delG D3994fs 0.05 3993 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12259 NC_045512.2;12259;A;T A T 24 23 1 ORF1a 11994A>T Q3998H 0.0416666666666667 3998 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12410 NC_045512.2;12410;A;T A T 21 19 2 ORF1a 12145A>T I4049F 0.0952380952380952 4049 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12419 NC_045512.2;12419;G;T G T 28 27 1 ORF1a 12154G>T A4052S 0.0357142857142857 4052 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12491 NC_045512.2;12491;G;T G T 21 20 1 ORF1a 12226G>T D4076Y 0.0476190476190476 4076 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12674 NC_045512.2;12674;G;C G C 41 39 2 ORF1a 12409G>C V4137L 0.0487804878048781 4137 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12748 NC_045512.2;12748;T;C T C 30 29 1 ORF1a 12483T>C T4161T 0.0333333333333333 4161 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12795 NC_045512.2;12795;G;T G T 31 30 1 ORF1a 12530G>T G4177V 0.032258064516129 4177 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12862 NC_045512.2;12862;T;C T C 21 20 1 ORF1a 12597T>C S4199S 0.0476190476190476 4199 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 12864 NC_045512.2;12864;A;T A T 21 19 2 ORF1a 12599A>T D4200V 0.0952380952380952 4200 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13010 NC_045512.2;13010;A;C A C 44 43 1 ORF1a 12745A>C T4249P 0.0227272727272727 4249 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13012 NC_045512.2;13012;A;C A C 45 44 1 ORF1a 12747A>C T4249T 0.0222222222222222 4249 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13015 NC_045512.2;13015;A;C A C 48 47 1 ORF1a 12750A>C V4250V 0.0208333333333333 4250 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13022 NC_045512.2;13022;CAAGC;CAAAGC CAAGC CAAAGC 47 46 1 ORF1a 12759dupA A4254fs 0.0212765957446809 4253 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13050 NC_045512.2;13050;C;T C T 47 46 1 ORF1a 12785C>T A4262V 0.0212765957446809 4262 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13088 NC_045512.2;13088;G;T G T 79 78 1 ORF1a 12823G>T D4275Y 0.0126582278481013 4275 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13090 NC_045512.2;13090;T;A T A 79 77 2 ORF1a 12825T>A D4275E 0.0253164556962025 4275 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13118 NC_045512.2;13118;G;T G T 71 69 2 ORF1a 12853G>T A4285S 0.028169014084507 4285 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13168 NC_045512.2;13168;C;A C A 72 71 1 ORF1a 12903C>A H4301Q 0.0138888888888889 4301 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13174 NC_045512.2;13174;T;G T G 72 71 1 ORF1a 12909T>G G4303G 0.0138888888888889 4303 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13190 NC_045512.2;13190;A;T A T 72 71 1 ORF1a 12925A>T T4309S 0.0138888888888889 4309 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13232 NC_045512.2;13232;G;A G A 72 71 1 ORF1a 12967G>A G4323S 0.0138888888888889 4323 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13235 NC_045512.2;13235;G;A G A 72 71 1 ORF1a 12970G>A A4324T 0.0138888888888889 4324 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13238 NC_045512.2;13238;T;A T A 72 71 1 ORF1a 12973T>A S4325T 0.0138888888888889 4325 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13326 NC_045512.2;13326;CAACT;CAAACT CAACT CAAACT 40 38 1 ORF1a 13063dupA T4355fs 0.025 4354 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13384 NC_045512.2;13384;C;G C G 25 24 1 ORF1a 13119C>G C4373W 0.04 4373 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13385 NC_045512.2;13385;G;C G C 20 19 1 ORF1a 13120G>C G4374R 0.05 4374 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13605 NC_045512.2;13605;C;A C A 41 40 1 ORF1b 13341C>A R4447R 0.024390243902439 55 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13690 NC_045512.2;13690;G;T G T 62 61 1 ORF1b 13426G>T E4476* 0.0161290322580645 83 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13724 NC_045512.2;13724;C;T C T 62 61 1 ORF1b 13460C>T A4487V 0.0161290322580645 95 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13748 NC_045512.2;13748;A;T A T 62 61 1 ORF1b 13484A>T K4495M 0.0161290322580645 103 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13796 NC_045512.2;13796;T;C T C 62 61 1 ORF1b 13532T>C L4511P 0.0161290322580645 119 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13835 NC_045512.2;13835;G;A G A 62 61 1 ORF1b 13571G>A R4524K 0.0161290322580645 132 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13932 NC_045512.2;13932;T;G T G 38 37 1 ORF1b 13668T>G D4556E 0.0263157894736842 164 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13971 NC_045512.2;13971;CTTAG;CTAG CTTAG CTAG 38 35 2 ORF1b 13709delT L4570fs 0.0526315789473684 177 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13971 NC_045512.2;13971;CTTAG;CTTG CTTAG CTTG 38 35 1 ORF1b 13709delT L4570fs 0.0263157894736842 177 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 13983 NC_045512.2;13983;T;G T G 18 17 1 ORF1b 13719T>G R4573R 0.0555555555555556 181 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14038 NC_045512.2;14038;G;A G A 21 20 1 ORF1b 13774G>A G4592S 0.0476190476190476 199 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14176 NC_045512.2;14176;A;G A G 21 19 2 ORF1b 13912A>G T4638A 0.0952380952380952 245 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14269 NC_045512.2;14269;G;A G A 37 36 1 ORF1b 14005G>A E4669K 0.027027027027027 276 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14290 NC_045512.2;14290;G;T G T 38 37 1 ORF1b 14026G>T D4676Y 0.0263157894736842 283 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14327 NC_045512.2;14327;C;T C T 50 48 2 ORF1b 14063C>T P4688L 0.04 296 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14407 NC_045512.2;14407;CCTACAAGT;CT CCTACAAGT CT 50 0 14 ORF1b 14144_14150delCTACAAG P4715fs 0.28 322 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14407 NC_045512.2;14407;CCTACAAGT;CTTACAAGT CCTACAAGT CTTACAAGT 50 0 36 ORF1b 14144_14150delCTACAAG P4715fs 0.72 322 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14435 NC_045512.2;14435;A;T A T 50 48 2 ORF1b 14171A>T K4724I 0.04 332 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14442 NC_045512.2;14442;T;C T C 50 48 2 ORF1b 14178T>C F4726F 0.04 334 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14450 NC_045512.2;14450;G;T G T 50 49 1 ORF1b 14186G>T G4729V 0.02 337 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14531 NC_045512.2;14531;C;A C A 24 23 1 ORF1b 14267C>A S4756Y 0.0416666666666667 364 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14549 NC_045512.2;14549;A;C A C 38 37 1 ORF1b 14285A>C E4762A 0.0263157894736842 370 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14550 NC_045512.2;14550;A;C A C 39 38 1 ORF1b 14286A>C E4762D 0.0256410256410256 370 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14553 NC_045512.2;14553;A;C A C 45 44 1 ORF1b 14289A>C L4763F 0.0222222222222222 371 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14594 NC_045512.2;14594;GTA;GA GTA GA 40 39 1 ORF1b 14331delT N4778fs 0.025 385 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14598 NC_045512.2;14598;T;G T G 36 35 1 ORF1b 14334T>G N4778K 0.0277777777777778 386 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14667 NC_045512.2;14667;T;G T G 45 43 2 ORF1b 14403T>G T4801T 0.0444444444444444 409 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14672 NC_045512.2;14672;AACCC;GACCT AACCC GACCT 45 23 2 ORF1b 14408_14412delAACCCinsGACCT K4803R 0.0444444444444444 411 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14672 NC_045512.2;14672;AACCC;AACCT AACCC AACCT 45 23 20 ORF1b 14408_14412delAACCCinsGACCT K4803R 0.444444444444444 411 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14694 NC_045512.2;14694;C;T C T 45 44 1 ORF1b 14430C>T D4810D 0.0222222222222222 418 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14708 NC_045512.2;14708;C;A C A 45 43 2 ORF1b 14444C>A A4815D 0.0444444444444444 423 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14794 NC_045512.2;14794;G;A G A 45 43 2 ORF1b 14530G>A D4844N 0.0444444444444444 451 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14902 NC_045512.2;14902;ATTAA;ATAA ATTAA ATAA 40 39 1 ORF1b 14640delT N4881fs 0.025 487 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14924 NC_045512.2;14924;T;G T G 32 31 1 ORF1b 14660T>G V4887G 0.03125 495 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14978 NC_045512.2;14978;G;T G T 31 29 2 ORF1b 14714G>T R4905I 0.0645161290322581 513 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 14990 NC_045512.2;14990;A;T A T 31 29 2 ORF1b 14726A>T D4909V 0.0645161290322581 517 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15096 NC_045512.2;15096;T;A T A 31 30 1 ORF1b 14832T>A N4944K 0.032258064516129 552 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15173 NC_045512.2;15173;C;T C T 33 32 1 ORF1b 14909C>T S4970L 0.0303030303030303 578 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15174 NC_045512.2;15174;A;C A C 34 32 2 ORF1b 14910A>C S4970S 0.0588235294117647 578 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15175 NC_045512.2;15175;A;C A C 35 34 1 ORF1b 14911A>C I4971L 0.0285714285714286 578 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15245 NC_045512.2;15245;T;G T G 34 33 1 ORF1b 14981T>G L4994* 0.0294117647058824 602 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15269 NC_045512.2;15269;A;C A C 45 44 1 ORF1b 15005A>C E5002A 0.0222222222222222 610 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15279 NC_045512.2;15279;C;T C T 46 26 20 ORF1b 15015C>T H5005H 0.434782608695652 613 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15334 NC_045512.2;15334;A;G A G 46 44 2 ORF1b 15070A>G I5024V 0.0434782608695652 631 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15355 NC_045512.2;15355;G;T G T 46 45 1 ORF1b 15091G>T A5031S 0.0217391304347826 638 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15374 NC_045512.2;15374;G;T G T 46 45 1 ORF1b 15110G>T C5037F 0.0217391304347826 645 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15401 NC_045512.2;15401;G;T G T 46 45 1 ORF1b 15137G>T R5046I 0.0217391304347826 654 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15406 NC_045512.2;15406;G;T G T 46 42 4 ORF1b 15142G>T A5048S 0.0869565217391304 655 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15412 NC_045512.2;15412;G;A G A 46 45 1 ORF1b 15148G>A E5050K 0.0217391304347826 657 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15414 NC_045512.2;15414;G;T G T 46 45 1 ORF1b 15150G>T E5050D 0.0217391304347826 658 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15432 NC_045512.2;15432;T;G T G 46 45 1 ORF1b 15168T>G S5056R 0.0217391304347826 664 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15461 NC_045512.2;15461;A;T A T 46 45 1 ORF1b 15197A>T Y5066F 0.0217391304347826 674 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15463 NC_045512.2;15463;G;T G T 46 45 1 ORF1b 15199G>T V5067F 0.0217391304347826 674 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15539 NC_045512.2;15539;TCAC;TC TCAC TC 56 54 1 ORF1b 15277_15278delAC T5093fs 0.0178571428571429 700 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15539 NC_045512.2;15539;TCAC;TCCC TCAC TCCC 56 54 1 ORF1b 15277_15278delAC T5093fs 0.0178571428571429 700 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15552 NC_045512.2;15552;TAATG;TATG TAATG TATG 53 51 1 ORF1b 15290delA N5097fs 0.0188679245283019 704 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15552 NC_045512.2;15552;TAATG;TAATC TAATG TAATC 53 51 1 ORF1b 15290delA N5097fs 0.0188679245283019 704 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15593 NC_045512.2;15593;A;T A T 75 74 1 ORF1b 15329A>T K5110M 0.0133333333333333 718 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15597 NC_045512.2;15597;T;G T G 77 76 1 ORF1b 15333T>G Y5111* 0.012987012987013 719 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15600 NC_045512.2;15600;C;A C A 77 74 3 ORF1b 15336C>A V5112V 0.038961038961039 720 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15645 NC_045512.2;15645;A;G A G 78 77 1 ORF1b 15381A>G R5127R 0.0128205128205128 735 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15736 NC_045512.2;15736;T;G T G 78 77 1 ORF1b 15472T>G F5158V 0.0128205128205128 765 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15737 NC_045512.2;15737;T;G T G 78 77 1 ORF1b 15473T>G F5158C 0.0128205128205128 766 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15741 NC_045512.2;15741;T;A T A 78 76 2 ORF1b 15477T>A N5159K 0.0256410256410256 767 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15768 NC_045512.2;15768;G;T G T 77 76 1 ORF1b 15504G>T V5168V 0.012987012987013 776 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15770 NC_045512.2;15770;C;T C T 77 76 1 ORF1b 15506C>T A5169V 0.012987012987013 777 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15873 NC_045512.2;15873;ATTTTGC;ATTTGC ATTTTGC ATTTGC 57 56 1 ORF1b 15613delT C5205fs 0.0175438596491228 811 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15885 NC_045512.2;15885;A;C A C 41 40 1 ORF1b 15621A>C Q5207H 0.024390243902439 815 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15976 NC_045512.2;15976;G;T G T 28 27 1 ORF1b 15712G>T D5238Y 0.0357142857142857 845 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 15995 NC_045512.2;15995;G;T G T 28 27 1 ORF1b 15731G>T G5244V 0.0357142857142857 852 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16061 NC_045512.2;16061;A;G A G 28 27 1 ORF1b 15797A>G N5266S 0.0357142857142857 874 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16078 NC_045512.2;16078;GTCTTTCA;TTTTTTAC GTCTTTCA TTTTTTAC 28 27 1 ORF1b 15814_15821delGTCTTTCAinsTTTTTTAC VFH5272FFT 0.0357142857142857 879 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16158 NC_045512.2;16158;G;T G T 25 24 1 ORF1b 15894G>T M5298I 0.04 906 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16176 NC_045512.2;16176;T;C T C 25 13 12 ORF1b 15912T>C T5304T 0.48 912 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16217 NC_045512.2;16217;C;A C A 24 23 1 ORF1b 15953C>A T5318K 0.0416666666666667 926 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16421 NC_045512.2;16421;A;C A C 24 23 1 ORF1b 16157A>C Q5386P 0.0416666666666667 994 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16479 NC_045512.2;16479;T;C T C 31 30 1 ORF1b 16215T>C F5405F 0.032258064516129 1013 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16493 NC_045512.2;16493;A;T A T 31 30 1 ORF1b 16229A>T N5410I 0.032258064516129 1018 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16508 NC_045512.2;16508;G;T G T 27 26 1 ORF1b 16244G>T G5415V 0.037037037037037 1023 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16536 NC_045512.2;16536;C;A C A 38 37 1 ORF1b 16272C>A S5424R 0.0263157894736842 1032 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16596 NC_045512.2;16596;C;A C A 39 38 1 ORF1b 16332C>A Y5444* 0.0256410256410256 1052 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16603 NC_045512.2;16603;G;T G T 39 38 1 ORF1b 16339G>T A5447S 0.0256410256410256 1054 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16630 NC_045512.2;16630;C;A C A 39 37 2 ORF1b 16366C>A L5456I 0.0512820512820513 1063 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16663 NC_045512.2;16663;G;T G T 39 37 2 ORF1b 16399G>T E5467* 0.0512820512820513 1074 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16700 NC_045512.2;16700;G;T G T 39 38 1 ORF1b 16436G>T R5479L 0.0256410256410256 1087 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16710 NC_045512.2;16710;G;T G T 39 38 1 ORF1b 16446G>T L5482L 0.0256410256410256 1090 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16718 NC_045512.2;16718;G;T G T 27 26 1 ORF1b 16454G>T R5485I 0.037037037037037 1093 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16751 NC_045512.2;16751;C;A C A 31 30 1 ORF1b 16487C>A P5496H 0.032258064516129 1104 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 16985 NC_045512.2;16985;C;A C A 30 28 2 ORF1b 16721C>A T5574N 0.0666666666666667 1182 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17078 NC_045512.2;17078;AGGGAC;AGGGGAC AGGGAC AGGGGAC 42 41 1 ORF1b 16817dupG P5607fs 0.0238095238095238 1213 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17103 NC_045512.2;17103;T;A T A 42 41 1 ORF1b 16839T>A S5613R 0.0238095238095238 1221 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17146 NC_045512.2;17146;A;T A T 48 47 1 ORF1b 16882A>T I5628L 0.0208333333333333 1235 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17150 NC_045512.2;17150;T;G T G 47 46 1 ORF1b 16886T>G V5629G 0.0212765957446809 1237 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17183 NC_045512.2;17183;C;A C A 55 54 1 ORF1b 16919C>A A5640E 0.0181818181818182 1248 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17298 NC_045512.2;17298;G;A G A 55 53 2 ORF1b 17034G>A Q5678Q 0.0363636363636364 1286 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17437 NC_045512.2;17437;G;T G T 50 49 1 ORF1b 17173G>T D5725Y 0.02 1332 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17442 NC_045512.2;17442;T;G T G 50 49 1 ORF1b 17178T>G P5726P 0.02 1334 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17445 NC_045512.2;17445;T;C T C 49 48 1 ORF1b 17181T>C A5727A 0.0204081632653061 1335 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17463 NC_045512.2;17463;C;A C A 46 45 1 ORF1b 17199C>A R5733R 0.0217391304347826 1341 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17504 NC_045512.2;17504;A;T A T 48 47 1 ORF1b 17240A>T N5747I 0.0208333333333333 1355 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17506 NC_045512.2;17506;T;C T C 48 47 1 ORF1b 17242T>C S5748P 0.0208333333333333 1355 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17531 NC_045512.2;17531;T;G T G 48 47 1 ORF1b 17267T>G I5756R 0.0208333333333333 1364 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17659 NC_045512.2;17659;T;A T A 48 46 2 ORF1b 17395T>A F5799I 0.0416666666666667 1406 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17669 NC_045512.2;17669;G;T G T 48 47 1 ORF1b 17405G>T G5802V 0.0208333333333333 1410 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17676 NC_045512.2;17676;C;T C T 55 54 1 ORF1b 17412C>T I5804I 0.0181818181818182 1412 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17696 NC_045512.2;17696;C;T C T 36 35 1 ORF1b 17432C>T A5811V 0.0277777777777778 1419 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17697 NC_045512.2;17697;A;G A G 36 35 1 ORF1b 17433A>G A5811A 0.0277777777777778 1419 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17707 NC_045512.2;17707;CCAC;CC CCAC CC 36 35 1 ORF1b 17446_17447delCA Q5816fs 0.0277777777777778 1422 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17723 NC_045512.2;17723;T;C T C 36 35 1 ORF1b 17459T>C V5820A 0.0277777777777778 1428 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17727 NC_045512.2;17727;A;C A C 36 34 2 ORF1b 17463A>C R5821S 0.0555555555555556 1429 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17760 NC_045512.2;17760;A;G A G 31 30 1 ORF1b 17496A>G K5832K 0.032258064516129 1440 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17815 NC_045512.2;17815;G;T G T 23 21 2 ORF1b 17551G>T G5851* 0.0869565217391304 1458 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17859 NC_045512.2;17859;T;C T C 23 21 2 ORF1b 17595T>C Y5865Y 0.0869565217391304 1473 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17931 NC_045512.2;17931;T;A T A 23 22 1 ORF1b 17667T>A I5889I 0.0434782608695652 1497 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 17985 NC_045512.2;17985;C;T C T 31 30 1 ORF1b 17721C>T D5907D 0.032258064516129 1515 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18061 NC_045512.2;18061;T;G T G 44 43 1 ORF1b 17797T>G F5933V 0.0227272727272727 1540 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18086 NC_045512.2;18086;C;A C A 35 33 2 ORF1b 17822C>A T5941N 0.0571428571428571 1549 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18088 NC_045512.2;18088;G;A G A 35 34 1 ORF1b 17824G>A G5942R 0.0285714285714286 1549 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18092 NC_045512.2;18092;T;C T C 35 33 2 ORF1b 17828T>C L5943S 0.0571428571428571 1551 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18105 NC_045512.2;18105;G;T G T 35 33 2 ORF1b 17841G>T Q5947H 0.0571428571428571 1555 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18221 NC_045512.2;18221;A;C A C 35 34 1 ORF1b 17957A>C K5986T 0.0285714285714286 1594 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18342 NC_045512.2;18342;T;G T G 42 41 1 ORF1b 18078T>G V6026V 0.0238095238095238 1634 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18346 NC_045512.2;18346;A;C A C 38 37 1 ORF1b 18082A>C T6028P 0.0263157894736842 1635 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18395 NC_045512.2;18395;CTGT;CT CTGT CT 50 48 2 ORF1b 18133_18134delGT V6045fs 0.04 1652 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18411 NC_045512.2;18411;T;A T A 50 48 2 ORF1b 18147T>A Y6049* 0.04 1657 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18468 NC_045512.2;18468;A;G A G 51 49 2 ORF1b 18204A>G G6068G 0.0392156862745098 1676 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18483 NC_045512.2;18483;C;T C T 51 49 2 ORF1b 18219C>T H6073H 0.0392156862745098 1681 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18506 NC_045512.2;18506;G;T G T 51 50 1 ORF1b 18242G>T G6081V 0.0196078431372549 1689 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18556 NC_045512.2;18556;A;C A C 33 32 1 ORF1b 18292A>C T6098P 0.0303030303030303 1705 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18619 NC_045512.2;18619;T;G T G 57 56 1 ORF1b 18355T>G S6119A 0.0175438596491228 1726 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18659 NC_045512.2;18659;GTTGTC;GTGTC GTTGTC GTGTC 57 56 1 ORF1b 18397delT C6133fs 0.0175438596491228 1740 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18668 NC_045512.2;18668;G;A G A 57 56 1 ORF1b 18404G>A C6135Y 0.0175438596491228 1743 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18714 NC_045512.2;18714;C;A C A 67 66 1 ORF1b 18450C>A A6150A 0.0149253731343284 1758 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18754 NC_045512.2;18754;C;T C T 67 66 1 ORF1b 18490C>T P6164S 0.0149253731343284 1771 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18758 NC_045512.2;18758;TTAT;TT TTAT TT 67 65 2 ORF1b 18496_18497delAT M6166fs 0.0298507462686567 1773 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18786 NC_045512.2;18786;TAC;TC TAC TC 67 65 2 ORF1b 18523delA T6175fs 0.0298507462686567 1782 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18795 NC_045512.2;18795;C;A C A 67 66 1 ORF1b 18531C>A N6177K 0.0149253731343284 1785 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18807 NC_045512.2;18807;C;A C A 67 66 1 ORF1b 18543C>A N6181K 0.0149253731343284 1789 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18936 NC_045512.2;18936;T;C T C 55 50 5 ORF1b 18672T>C I6224I 0.0909090909090909 1832 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18964 NC_045512.2;18964;T;G T G 49 48 1 ORF1b 18700T>G C6234G 0.0204081632653061 1841 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 18978 NC_045512.2;18978;A;C A C 39 38 1 ORF1b 18714A>C Q6238H 0.0256410256410256 1846 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19036 NC_045512.2;19036;G;T G T 39 38 1 ORF1b 18772G>T G6258C 0.0256410256410256 1865 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19103 NC_045512.2;19103;C;T C T 39 37 2 ORF1b 18839C>T P6280L 0.0512820512820513 1888 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19208 NC_045512.2;19208;A;C A C 28 27 1 ORF1b 18944A>C D6315A 0.0357142857142857 1923 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19220 NC_045512.2;19220;C;G C G 29 28 1 ORF1b 18956C>G A6319G 0.0344827586206897 1927 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19227 NC_045512.2;19227;C;T C T 28 27 1 ORF1b 18963C>T S6321S 0.0357142857142857 1929 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19284 NC_045512.2;19284;TGGTGGC;TGTGGC TGGTGGC TGTGGC 28 27 1 ORF1b 19022delG G6341fs 0.0357142857142857 1948 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19295 NC_045512.2;19295;T;G T G 22 21 1 ORF1b 19031T>G L6344W 0.0454545454545455 1952 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19437 NC_045512.2;19437;A;T A T 16 14 2 ORF1b 19173A>T V6391V 0.125 1999 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19478 NC_045512.2;19478;G;T G T 16 12 4 ORF1b 19214G>T G6405V 0.25 2013 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19550 NC_045512.2;19550;C;G C G 11 10 1 ORF1b 19286C>G A6429G 0.0909090909090909 2037 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19621 NC_045512.2;19621;A;T A T 6 5 1 ORF1b 19357A>T S6453C 0.166666666666667 2060 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 19630 NC_045512.2;19630;A;G A G 6 5 1 ORF1b 19366A>G N6456D 0.166666666666667 2063 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20219 NC_045512.2;20219;T;A T A 14 13 1 ORF1b 19955T>A L6652* 0.0714285714285714 2260 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20498 NC_045512.2;20498;C;G C G 26 25 1 ORF1b 20234C>G S6745C 0.0384615384615385 2353 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20593 NC_045512.2;20593;A;T A T 40 38 2 ORF1b 20329A>T T6777S 0.05 2384 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20621 NC_045512.2;20621;A;T A T 40 39 1 ORF1b 20357A>T K6786I 0.025 2394 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20696 NC_045512.2;20696;A;C A C 40 39 1 ORF1b 20432A>C N6811T 0.025 2419 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20726 NC_045512.2;20726;A;G A G 40 38 2 ORF1b 20462A>G E6821G 0.05 2429 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20732 NC_045512.2;20732;G;T G T 40 39 1 ORF1b 20468G>T C6823F 0.025 2431 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20745 NC_045512.2;20745;T;G T G 40 39 1 ORF1b 20481T>G N6827K 0.025 2435 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20766 NC_045512.2;20766;A;C A C 40 39 1 ORF1b 20502A>C L6834F 0.025 2442 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20772 NC_045512.2;20772;A;G A G 26 24 2 ORF1b 20508A>G K6836K 0.0769230769230769 2444 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20789 NC_045512.2;20789;T;G T G 36 35 1 ORF1b 20525T>G V6842G 0.0277777777777778 2450 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 20988 NC_045512.2;20988;T;G T G 35 34 1 ORF1b 20724T>G T6908T 0.0285714285714286 2516 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21005 NC_045512.2;21005;C;T C T 35 34 1 ORF1b 20741C>T A6914V 0.0285714285714286 2522 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21056 NC_045512.2;21056;A;T A T 35 33 2 ORF1b 20792A>T D6931V 0.0571428571428571 2539 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21065 NC_045512.2;21065;CTAAAAATG;CGAAAATG CTAAAAATG CGAAAATG 35 14 1 ORF1b 20802_20803delTAinsG K6935fs 0.0285714285714286 2542 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21065 NC_045512.2;21065;CTAAAAATG;CTAAAATG CTAAAAATG CTAAAATG 35 14 20 ORF1b 20802_20803delTAinsG K6935fs 0.571428571428571 2542 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21132 NC_045512.2;21132;A;G A G 24 23 1 ORF1b 20868A>G Q6956Q 0.0416666666666667 2564 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21168 NC_045512.2;21168;G;A G A 22 21 1 ORF1b 20904G>A K6968K 0.0454545454545455 2576 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21304 NC_045512.2;21304;C;T C T 14 12 2 ORF1b 21040C>T R7014C 0.142857142857143 2621 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21395 NC_045512.2;21395;A;G A G 15 14 1 ORF1b 21131A>G D7044G 0.0666666666666667 2652 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21661 NC_045512.2;21661;A;C A C 20 19 1 S 99A>C T33T 0.05 33 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21735 NC_045512.2;21735;T;G T G 36 35 1 S 173T>G F58C 0.0277777777777778 58 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21764 NC_045512.2;21764;ATACATGTCTC;AGCTC ATACATGTCTC AGCTC 31 11 1 S 203_209delTACATGTinsG I68_V70delinsS 0.032258064516129 68 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21764 NC_045512.2;21764;ATACATGTCTC;ATCTA ATACATGTCTC ATCTA 31 11 1 S 203_209delTACATGTinsG I68_V70delinsS 0.032258064516129 68 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21764 NC_045512.2;21764;ATACATGTCTC;ATCTC ATACATGTCTC ATCTC 31 11 18 S 203_209delTACATGTinsG I68_V70delinsS 0.580645161290323 68 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21776 NC_045512.2;21776;G;A G A 31 30 1 S 214G>A G72R 0.032258064516129 72 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21801 NC_045512.2;21801;A;C A C 31 20 11 S 239A>C D80A 0.354838709677419 80 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21904 NC_045512.2;21904;C;A C A 31 30 1 S 342C>A T114T 0.032258064516129 114 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21910 NC_045512.2;21910;C;A C A 31 30 1 S 348C>A S116S 0.032258064516129 116 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 21990 NC_045512.2;21990;TTTATTAC;TTTAC TTTATTAC TTTAC 32 4 28 S 432_434delTTA Y145del 0.875 143 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22084 NC_045512.2;22084;T;C T C 35 33 2 S 522T>C P174P 0.0571428571428571 174 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22088 NC_045512.2;22088;C;A C A 35 33 2 S 526C>A L176I 0.0571428571428571 176 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22096 NC_045512.2;22096;C;A C A 35 34 1 S 534C>A D178E 0.0285714285714286 178 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22133 NC_045512.2;22133;G;A G A 35 33 2 S 571G>A E191K 0.0571428571428571 191 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22194 NC_045512.2;22194;A;G A G 35 33 2 S 632A>G N211S 0.0571428571428571 211 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22248 NC_045512.2;22248;TG;GT TG GT 35 34 1 S 686_687delTGinsGT L229C 0.0285714285714286 229 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22267 NC_045512.2;22267;C;A C A 31 30 1 S 705C>A I235I 0.032258064516129 235 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22304 NC_045512.2;22304;T;C T C 21 20 1 S 742T>C Y248H 0.0476190476190476 248 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22535 NC_045512.2;22535;T;A T A 18 17 1 S 973T>A S325T 0.0555555555555556 325 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22801 NC_045512.2;22801;G;T G T 30 29 1 S 1239G>T G413G 0.0333333333333333 413 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 22893 NC_045512.2;22893;A;G A G 17 16 1 S 1331A>G K444R 0.0588235294117647 444 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23063 NC_045512.2;23063;A;T A T 6 0 6 S 1501A>T N501Y 1 501 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23125 NC_045512.2;23125;A;C A C 22 20 2 S 1563A>C P521P 0.0909090909090909 521 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23137 NC_045512.2;23137;T;C T C 24 23 1 S 1575T>C C525C 0.0416666666666667 525 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23205 NC_045512.2;23205;G;C G C 25 24 1 S 1643G>C G548A 0.04 548 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23212 NC_045512.2;23212;T;C T C 25 23 2 S 1650T>C G550G 0.08 550 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23233 NC_045512.2;23233;A;C A C 42 41 1 S 1671A>C K557N 0.0238095238095238 557 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23236 NC_045512.2;23236;GT;CG GT CG 42 41 1 S 1674_1675delGTinsCG KF558NV 0.0238095238095238 558 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23249 NC_045512.2;23249;CA;AC CA AC 42 41 1 S 1687_1688delCAinsAC Q563T 0.0238095238095238 563 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23252 NC_045512.2;23252;C;A C A 42 41 1 S 1690C>A Q564K 0.0238095238095238 564 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23257 NC_045512.2;23257;T;G T G 42 41 1 S 1695T>G F565L 0.0238095238095238 565 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23258 NC_045512.2;23258;G;T G T 42 41 1 S 1696G>T G566C 0.0238095238095238 566 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23264 NC_045512.2;23264;G;T G T 42 41 1 S 1702G>T D568Y 0.0238095238095238 568 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23270 NC_045512.2;23270;GC;TA GC TA 42 0 1 S 1709C>A A570D 0.0238095238095238 570 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23270 NC_045512.2;23270;GC;GA GC GA 42 0 41 S 1709C>A A570D 0.976190476190476 570 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23295 NC_045512.2;23295;A;C A C 42 41 1 S 1733A>C D578A 0.0238095238095238 578 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23310 NC_045512.2;23310;A;G A G 42 41 1 S 1748A>G E583G 0.0238095238095238 583 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23329 NC_045512.2;23329;A;C A C 42 41 1 S 1767A>C P589P 0.0238095238095238 589 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23356 NC_045512.2;23356;A;C A C 42 41 1 S 1794A>C I598I 0.0238095238095238 598 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23374 NC_045512.2;23374;T;C T C 42 40 2 S 1812T>C T604T 0.0476190476190476 604 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23386 NC_045512.2;23386;T;G T G 42 41 1 S 1824T>G V608V 0.0238095238095238 608 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23403 NC_045512.2;23403;A;G A G 41 0 40 S 1841A>G D614G 0.975609756097561 614 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23403 NC_045512.2;23403;A;T A T 41 0 1 S 1841A>G D614G 0.024390243902439 614 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23431 NC_045512.2;23431;T;A T A 21 20 1 S 1869T>A A623A 0.0476190476190476 623 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23445 NC_045512.2;23445;A;C A C 30 28 2 S 1883A>C Q628P 0.0666666666666667 628 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23446 NC_045512.2;23446;A;C A C 32 31 1 S 1884A>C Q628H 0.03125 628 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23450 NC_045512.2;23450;A;C A C 36 35 1 S 1888A>C T630P 0.0277777777777778 630 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23469 NC_045512.2;23469;A;C A C 37 36 1 S 1907A>C Y636S 0.027027027027027 636 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23521 NC_045512.2;23521;T;G T G 27 26 1 S 1959T>G A653A 0.037037037037037 653 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23571 NC_045512.2;23571;T;C T C 36 35 1 S 2009T>C I670T 0.0277777777777778 670 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23604 NC_045512.2;23604;C;A C A 36 23 13 S 2042C>A P681H 0.361111111111111 681 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23606 NC_045512.2;23606;C;A C A 36 34 2 S 2044C>A R682R 0.0555555555555556 682 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23656 NC_045512.2;23656;A;C A C 36 35 1 S 2094A>C S698S 0.0277777777777778 698 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23664 NC_045512.2;23664;C;T C T 36 13 23 S 2102C>T A701V 0.638888888888889 701 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23709 NC_045512.2;23709;C;T C T 36 23 13 S 2147C>T T716I 0.361111111111111 716 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23766 NC_045512.2;23766;C;T C T 19 7 12 S 2204C>T S735L 0.631578947368421 735 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 23820 NC_045512.2;23820;T;C T C 24 23 1 S 2258T>C L753S 0.0416666666666667 753 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24394 NC_045512.2;24394;A;C A C 17 16 1 S 2832A>C A944A 0.0588235294117647 944 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24506 NC_045512.2;24506;T;G T G 26 0 26 S 2944T>G S982A 1 982 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24511 NC_045512.2;24511;T;A T A 26 24 2 S 2949T>A R983R 0.0769230769230769 983 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24536 NC_045512.2;24536;CAAAT;AAAAG CAAAT AAAAG 26 25 1 S 2974_2978delCAAATinsAAAAG QI992KS 0.0384615384615385 992 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24620 NC_045512.2;24620;G;T G T 26 25 1 S 3058G>T A1020S 0.0384615384615385 1020 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24672 NC_045512.2;24672;C;T C T 26 25 1 S 3110C>T S1037L 0.0384615384615385 1037 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24700 NC_045512.2;24700;C;G C G 30 29 1 S 3138C>G G1046G 0.0333333333333333 1046 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24776 NC_045512.2;24776;G;A G A 45 44 1 S 3214G>A E1072K 0.0222222222222222 1072 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24788 NC_045512.2;24788;A;C A C 48 47 1 S 3226A>C T1076P 0.0208333333333333 1076 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24795 NC_045512.2;24795;C;A C A 40 39 1 S 3233C>A A1078D 0.025 1078 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24849 NC_045512.2;24849;T;C T C 40 39 1 S 3287T>C V1096A 0.025 1096 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24870 NC_045512.2;24870;T;G T G 40 39 1 S 3308T>G F1103C 0.025 1103 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24902 NC_045512.2;24902;A;C A C 40 39 1 S 3340A>C I1114L 0.025 1114 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24914 NC_045512.2;24914;G;C G C 40 0 40 S 3352G>C D1118H 1 1118 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 24949 NC_045512.2;24949;A;C A C 40 39 1 S 3387A>C V1129V 0.025 1129 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25010 NC_045512.2;25010;G;A G A 32 31 1 S 3448G>A E1150K 0.03125 1150 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25231 NC_045512.2;25231;C;A C A 29 27 2 S 3669C>A G1223G 0.0689655172413793 1223 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25238 NC_045512.2;25238;GCCAT;GCAT GCCAT GCAT 29 27 2 S 3678delC I1227fs 0.0689655172413793 1226 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25252 NC_045512.2;25252;G;A G A 29 17 12 S 3690G>A V1230V 0.413793103448276 1230 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25606 NC_045512.2;25606;GCAC;GC GCAC GC 3 2 1 ORF3a 216_217delAC S74fs 0.333333333333333 72 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25784 NC_045512.2;25784;G;T G T 10 8 2 ORF3a 392G>T W131L 0.2 131 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25805 NC_045512.2;25805;C;A C A 10 8 2 ORF3a 413C>A P138Q 0.2 138 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25904 NC_045512.2;25904;C;T C T 11 10 1 ORF3a 512C>T S171L 0.0909090909090909 171 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 25905 NC_045512.2;25905;A;C A C 9 8 1 ORF3a 513A>C S171S 0.111111111111111 171 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26010 NC_045512.2;26010;C;T C T 4 1 3 ORF3a 618C>T Y206Y 0.75 206 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26172 NC_045512.2;26172;G;T G T 8 7 1 ORF3a 780G>T M260I 0.125 260 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26173 NC_045512.2;26173;G;T G T 8 7 1 ORF3a 781G>T E261* 0.125 261 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26203 NC_045512.2;26203;A;C A C 30 29 1 ORF3a 811A>C T271P 0.0333333333333333 271 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26208 NC_045512.2;26208;C;A C A 32 31 1 ORF3a 816C>A S272R 0.03125 272 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26305 NC_045512.2;26305;CTTGC;CTGC CTTGC CTGC 60 59 1 E 63delT A22fs 0.0166666666666667 21 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26346 NC_045512.2;26346;T;C T C 58 57 1 E 102T>C L34L 0.0172413793103448 34 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26349 NC_045512.2;26349;T;C T C 58 57 1 E 105T>C T35T 0.0172413793103448 35 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26416 NC_045512.2;26416;G;T G T 58 36 22 E 172G>T V58F 0.379310344827586 58 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26590 NC_045512.2;26590;T;A T A 33 32 1 M 68T>A V23E 0.0303030303030303 23 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26695 NC_045512.2;26695;G;A G A 38 36 2 M 173G>A W58* 0.0526315789473684 58 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26736 NC_045512.2;26736;AGAA;TGAC AGAA TGAC 38 37 1 M 214_217delAGAAinsTGAC RI72* 0.0263157894736842 72 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26758 NC_045512.2;26758;GAA;TAC GAA TAC 38 37 1 M 236_238delGAAinsTAC GI79VL 0.0263157894736842 79 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26803 NC_045512.2;26803;G;T G T 37 36 1 M 281G>T S94I 0.027027027027027 94 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26830 NC_045512.2;26830;T;C T C 17 16 1 M 308T>C F103S 0.0588235294117647 103 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26859 NC_045512.2;26859;A;G A G 22 21 1 M 337A>G N113D 0.0454545454545455 113 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 26885 NC_045512.2;26885;C;T C T 22 21 1 M 363C>T N121N 0.0454545454545455 121 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27032 NC_045512.2;27032;T;C T C 12 11 1 M 510T>C V170V 0.0833333333333333 170 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27126 NC_045512.2;27126;G;T G T 12 11 1 M 604G>T G202C 0.0833333333333333 202 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27143 NC_045512.2;27143;C;A C A 31 30 1 M 621C>A N207K 0.032258064516129 207 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27144 NC_045512.2;27144;A;C A C 32 30 2 M 622A>C T208P 0.0625 208 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27161 NC_045512.2;27161;C;A C A 49 48 1 M 639C>A S213R 0.0204081632653061 213 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27171 NC_045512.2;27171;A;G A G 49 48 1 M 649A>G I217V 0.0204081632653061 217 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27191 NC_045512.2;27191;A;T A T 49 48 1 M 669A>T Ter223Yext*? 0.0204081632653061 223 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27206 NC_045512.2;27206;T;C T C 51 50 1 ORF6 5T>C F2S 0.0196078431372549 2 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27212 NC_045512.2;27212;T;A T A 50 49 1 ORF6 11T>A L4H 0.02 4 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27217 NC_045512.2;27217;G;T G T 46 45 1 ORF6 16G>T D6Y 0.0217391304347826 6 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27337 NC_045512.2;27337;G;T G T 80 78 2 ORF6 136G>T E46* 0.025 46 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27361 NC_045512.2;27361;G;T G T 80 79 1 ORF6 160G>T E54* 0.0125 54 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27423 NC_045512.2;27423;A;T A T 80 79 1 ORF7a 30A>T I10I 0.0125 10 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27476 NC_045512.2;27476;C;A C A 39 38 1 ORF7a 83C>A T28K 0.0256410256410256 28 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27530 NC_045512.2;27530;T;G T G 29 26 3 ORF7a 137T>G F46C 0.103448275862069 46 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27531 NC_045512.2;27531;T;G T G 22 21 1 ORF7a 138T>G F46L 0.0454545454545455 46 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27758 NC_045512.2;27758;G;T G T 1 0 1 ORF7b 365G>T Ter122Lext*? 1 1 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27841 NC_045512.2;27841;G;T G T 34 33 1 ORF7b 86G>T W29L 0.0294117647058824 29 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27880 NC_045512.2;27880;ACG;AG ACG AG 65 52 13 ORF7b 126delC H42fs 0.2 42 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27920 NC_045512.2;27920;C;A C A 66 64 2 ORF8 27C>A I9I 0.0303030303030303 9 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27944 NC_045512.2;27944;C;T C T 66 53 13 ORF8 51C>T H17H 0.196969696969697 17 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27972 NC_045512.2;27972;C;T C T 66 0 66 ORF8 79C>T Q27* 1 27 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 27998 NC_045512.2;27998;C;A C A 66 64 2 ORF8 105C>A D35E 0.0303030303030303 35 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28014 NC_045512.2;28014;T;A T A 66 64 2 ORF8 121T>A F41I 0.0303030303030303 41 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28016 NC_045512.2;28016;C;A C A 66 65 1 ORF8 123C>A F41L 0.0151515151515152 41 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28043 NC_045512.2;28043;A;T A T 66 64 2 ORF8 150A>T G50G 0.0303030303030303 50 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28048 NC_045512.2;28048;G;T G T 66 0 66 ORF8 155G>T R52I 1 52 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28077 NC_045512.2;28077;GTGG;TTGA GTGG TTGA 66 65 1 ORF8 184_187delGTGGinsTTGA VD62LN 0.0151515151515152 62 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28087 NC_045512.2;28087;C;A C A 58 57 1 ORF8 194C>A A65D 0.0172413793103448 65 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28111 NC_045512.2;28111;A;G A G 59 0 59 ORF8 218A>G Y73C 1 73 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28121 NC_045512.2;28121;C;A C A 59 58 1 ORF8 228C>A I76I 0.0169491525423729 76 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28160 NC_045512.2;28160;T;G T G 52 51 1 ORF8 267T>G N89K 0.0192307692307692 89 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28166 NC_045512.2;28166;G;A G A 72 71 1 ORF8 273G>A Q91Q 0.0138888888888889 91 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28230 NC_045512.2;28230;G;T G T 54 53 1 ORF8 337G>T D113Y 0.0185185185185185 113 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28237 NC_045512.2;28237;G;C G C 54 52 2 ORF8 344G>C R115P 0.037037037037037 115 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28280 NC_045512.2;28280;GAT;CTA GAT CTA 54 0 54 N 7_9delGATinsCTA D3L 1 3 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28349 NC_045512.2;28349;A;C A C 54 53 1 N 76A>C S26R 0.0185185185185185 26 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28372 NC_045512.2;28372;TGGGGCGCGA;TGGGCGCGA TGGGGCGCGA TGGGCGCGA 51 47 1 N 103delG A35fs 0.0196078431372549 33 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28372 NC_045512.2;28372;TGGGGCGCGA;TGGGTCGCGA TGGGGCGCGA TGGGTCGCGA 51 47 2 N 103delG A35fs 0.0392156862745098 33 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28372 NC_045512.2;28372;TGGGGCGCGA;TGGGGCGCTA TGGGGCGCGA TGGGGCGCTA 51 47 1 N 103delG A35fs 0.0196078431372549 33 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28435 NC_045512.2;28435;C;A C A 48 47 1 N 162C>A T54T 0.0208333333333333 54 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28461 NC_045512.2;28461;A;C A C 43 42 1 N 188A>C D63A 0.0232558139534884 63 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28494 NC_045512.2;28494;T;G T G 37 36 1 N 221T>G I74S 0.027027027027027 74 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28501 NC_045512.2;28501;C;A C A 37 36 1 N 228C>A T76T 0.027027027027027 76 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28627 NC_045512.2;28627;A;G A G 37 36 1 N 354A>G E118E 0.027027027027027 118 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28648 NC_045512.2;28648;T;G T G 37 36 1 N 375T>G A125A 0.027027027027027 125 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28719 NC_045512.2;28719;G;A G A 25 24 1 N 446G>A R149H 0.04 149 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28739 NC_045512.2;28739;G;T G T 25 19 6 N 466G>T A156S 0.24 156 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28767 NC_045512.2;28767;C;A C A 31 30 1 N 494C>A T165K 0.032258064516129 165 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28771 NC_045512.2;28771;ATTGC;ATTTGC ATTGC ATTTGC 26 25 1 N 500dupT L167fs 0.0384615384615385 166 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGG;AAC GGG AAC 14 0 14 N 608_610delGGGinsAAC RG203KR 1 203 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28923 NC_045512.2;28923;C;A C A 14 12 2 N 650C>A A217D 0.142857142857143 217 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28942 NC_045512.2;28942;G;T G T 14 13 1 N 669G>T L223L 0.0714285714285714 223 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 28977 NC_045512.2;28977;C;T C T 14 0 14 N 704C>T S235F 1 235 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 29438 NC_045512.2;29438;C;T C T 10 9 1 N 1165C>T Q389* 0.1 389 SampleA_freebayes_ann NC_045512.2 269 NC_045512.2;269;G;C G C 76 75 1 ORF1a 4G>C E2Q 0.0131578947368421 2 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 276 NC_045512.2;276;T;G T G 75 74 1 ORF1a 11T>G L4R 0.0133333333333333 4 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 283 NC_045512.2;283;T;G T G 76 75 1 ORF1a 18T>G P6P 0.0131578947368421 6 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 286 NC_045512.2;286;T;G T G 73 72 1 ORF1a 21T>G G7G 0.0136986301369863 7 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 306 NC_045512.2;306;T;G T G 74 72 2 ORF1a 41T>G V14G 0.027027027027027 14 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 307 NC_045512.2;307;C;A C A 74 73 1 ORF1a 42C>A V14V 0.0135135135135135 14 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 320 NC_045512.2;320;C;T C T 70 69 1 ORF1a 55C>T P19S 0.0142857142857143 19 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 327 NC_045512.2;327;T;G T G 112 110 2 ORF1a 62T>G L21* 0.0178571428571429 21 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 332 NC_045512.2;332;G;T G T 96 95 1 ORF1a 67G>T V23F 0.0104166666666667 23 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 338 NC_045512.2;338;G;T G T 103 100 2 ORF1a 73G>T D25Y 0.0194174757281553 25 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 343 NC_045512.2;343;G;A G A 110 108 2 ORF1a 78G>A V26V 0.0181818181818182 26 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 346 NC_045512.2;346;C;T C T 110 83 27 ORF1a 81C>T L27L 0.245454545454545 27 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 408 NC_045512.2;408;A;T A T 97 96 1 ORF1a 143A>T D48V 0.0103092783505155 48 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 416 NC_045512.2;416;T;G T G 91 90 1 ORF1a 151T>G C51G 0.010989010989011 51 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 419 NC_045512.2;419;G;A G A 97 96 1 ORF1a 154G>A G52S 0.0103092783505155 52 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 421 NC_045512.2;421;C;G C G 98 97 1 ORF1a 156C>G G52G 0.0102040816326531 52 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 422 NC_045512.2;422;T;G T G 98 97 1 ORF1a 157T>G L53V 0.0102040816326531 53 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 450 NC_045512.2;450;C;T C T 161 158 2 ORF1a 185C>T P62L 0.0124223602484472 62 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 452 NC_045512.2;452;C;A C A 162 160 2 ORF1a 187C>A Q63K 0.0123456790123457 63 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 472 NC_045512.2;472;G;T G T 158 155 3 ORF1a 207G>T V69V 0.0189873417721519 69 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 474 NC_045512.2;474;T;A T A 164 162 2 ORF1a 209T>A F70Y 0.0121951219512195 70 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 478 NC_045512.2;478;C;A C A 166 164 2 ORF1a 213C>A I71I 0.0120481927710843 71 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 501 NC_045512.2;501;C;A C A 166 164 2 ORF1a 236C>A A79E 0.0120481927710843 79 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 556 NC_045512.2;556;C;T C T 165 163 2 ORF1a 291C>T Y97Y 0.0121212121212121 97 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 570 NC_045512.2;570;A;G A G 164 161 3 ORF1a 305A>G E102G 0.0182926829268293 102 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 572 NC_045512.2;572;A;T A T 164 162 2 ORF1a 307A>T T103S 0.0121951219512195 103 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 576 NC_045512.2;576;T;G T G 162 160 2 ORF1a 311T>G L104R 0.0123456790123457 104 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 581 NC_045512.2;581;G;T G T 162 160 2 ORF1a 316G>T V106F 0.0123456790123457 106 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 585 NC_045512.2;585;T;C T C 162 160 2 ORF1a 320T>C L107P 0.0123456790123457 107 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 601 NC_045512.2;601;C;T C T 160 158 2 ORF1a 336C>T G112G 0.0125 112 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 604 NC_045512.2;604;A;G A G 160 158 2 ORF1a 339A>G E113E 0.0125 113 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 627 NC_045512.2;627;T;G T G 118 116 2 ORF1a 362T>G V121G 0.0169491525423729 121 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 639 NC_045512.2;639;A;C A C 91 90 1 ORF1a 374A>C K125T 0.010989010989011 125 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 682 NC_045512.2;682;T;C T C 118 59 59 ORF1a 417T>C D139D 0.5 139 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 723 NC_045512.2;723;C;G C G 96 95 1 ORF1a 458C>G P153R 0.0104166666666667 153 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 732 NC_045512.2;732;A;C A C 58 57 1 ORF1a 467A>C D156A 0.0172413793103448 156 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 733 NC_045512.2;733;T;G T G 58 57 1 ORF1a 468T>G D156E 0.0172413793103448 156 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 743 NC_045512.2;743;A;C A C 62 60 2 ORF1a 478A>C N160H 0.032258064516129 160 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 754 NC_045512.2;754;T;A T A 62 60 2 ORF1a 489T>A T163T 0.032258064516129 163 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 757 NC_045512.2;757;A;C A C 62 61 1 ORF1a 492A>C K164N 0.0161290322580645 164 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 775 NC_045512.2;775;C;T C T 60 59 1 ORF1a 510C>T T170T 0.0166666666666667 170 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 783 NC_045512.2;783;TC;GT TC GT 61 60 1 ORF1a 518_519delTCinsGT L173R 0.0163934426229508 173 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 820 NC_045512.2;820;T;G T G 64 63 1 ORF1a 555T>G Y185* 0.015625 185 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 846 NC_045512.2;846;A;C A C 64 63 1 ORF1a 581A>C D194A 0.015625 194 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 875 NC_045512.2;875;C;A C A 64 63 1 ORF1a 610C>A L204I 0.015625 204 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 905 NC_045512.2;905;AC;CA AC CA 64 63 1 ORF1a 640_641delACinsCA T214H 0.015625 214 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 909 NC_045512.2;909;TGTCCGAA;CGTCTGAA TGTCCGAA CGTCTGAA 63 0 1 ORF1a 644_648delTGTCCinsCGTCT L215S 0.0158730158730159 215 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 909 NC_045512.2;909;TGTCCGAA;TGTCTGAA TGTCCGAA TGTCTGAA 63 0 61 ORF1a 644_648delTGTCCinsCGTCT L215S 0.968253968253968 215 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 920 NC_045512.2;920;C;A C A 64 62 1 ORF1a 655C>A L219M 0.015625 219 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 920 NC_045512.2;920;C;G C G 64 62 1 ORF1a 655C>A L219M 0.015625 219 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 924 NC_045512.2;924;A;G A G 64 62 2 ORF1a 659A>G D220G 0.03125 220 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 936 NC_045512.2;936;C;A C A 64 63 1 ORF1a 671C>A T224N 0.015625 224 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 937 NC_045512.2;937;TAAG;AAAA TAAG AAAA 63 62 1 ORF1a 672_675delTAAGinsAAAA 226 0.0158730158730159 224 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 943 NC_045512.2;943;G;C G C 63 62 1 ORF1a 678G>C R226S 0.0158730158730159 226 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 946 NC_045512.2;946;T;G T G 56 55 1 ORF1a 681T>G G227G 0.0178571428571429 227 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 999 NC_045512.2;999;C;T C T 49 45 4 ORF1a 734C>T S245F 0.0816326530612245 245 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1010 NC_045512.2;1010;T;C T C 46 44 2 ORF1a 745T>C Y249H 0.0434782608695652 249 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1019 NC_045512.2;1019;C;A C A 42 41 1 ORF1a 754C>A Q252K 0.0238095238095238 252 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1040 NC_045512.2;1040;T;G T G 24 23 1 ORF1a 775T>G L259V 0.0416666666666667 259 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1060 NC_045512.2;1060;C;T C T 27 25 2 ORF1a 795C>T T265T 0.0740740740740741 265 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1069 NC_045512.2;1069;G;C G C 28 26 2 ORF1a 804G>C G268G 0.0714285714285714 268 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1083 NC_045512.2;1083;T;G T G 23 22 1 ORF1a 818T>G F273C 0.0434782608695652 273 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1085 NC_045512.2;1085;G;T G T 28 27 1 ORF1a 820G>T V274L 0.0357142857142857 274 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1092 NC_045512.2;1092;C;A C A 28 27 1 ORF1a 827C>A P276H 0.0357142857142857 276 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1116 NC_045512.2;1116;T;G T G 28 27 1 ORF1a 851T>G I284S 0.0357142857142857 284 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1209 NC_045512.2;1209;T;A T A 28 27 1 ORF1a 944T>A M315K 0.0357142857142857 315 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1218 NC_045512.2;1218;C;A C A 28 27 1 ORF1a 953C>A S318* 0.0357142857142857 318 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1232 NC_045512.2;1232;T;G T G 28 27 1 ORF1a 967T>G C323G 0.0357142857142857 323 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1310 NC_045512.2;1310;T;G T G 16 15 1 ORF1a 1045T>G L349V 0.0625 349 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1441 NC_045512.2;1441;C;T C T 4 0 4 ORF1a 1176C>T G392G 1 392 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1952 NC_045512.2;1952;C;T C T 18 17 1 ORF1a 1687C>T Q563* 0.0555555555555556 563 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 1970 NC_045512.2;1970;A;T A T 27 26 1 ORF1a 1705A>T I569L 0.037037037037037 569 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2011 NC_045512.2;2011;T;G T G 27 26 1 ORF1a 1746T>G D582E 0.037037037037037 582 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2023 NC_045512.2;2023;C;A C A 28 27 1 ORF1a 1758C>A F586L 0.0357142857142857 586 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2024 NC_045512.2;2024;A;G A G 28 26 2 ORF1a 1759A>G T587A 0.0714285714285714 587 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2047 NC_045512.2;2047;T;C T C 28 27 1 ORF1a 1782T>C N594N 0.0357142857142857 594 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2089 NC_045512.2;2089;G;T G T 28 27 1 ORF1a 1824G>T L608F 0.0357142857142857 608 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2124 NC_045512.2;2124;T;A T A 28 27 1 ORF1a 1859T>A V620D 0.0357142857142857 620 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2130 NC_045512.2;2130;A;C A C 27 26 1 ORF1a 1865A>C E622A 0.037037037037037 622 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2133 NC_045512.2;2133;A;C A C 28 27 1 ORF1a 1868A>C K623T 0.0357142857142857 623 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2134 NC_045512.2;2134;A;T A T 28 27 1 ORF1a 1869A>T K623N 0.0357142857142857 623 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2136 NC_045512.2;2136;T;C T C 28 26 2 ORF1a 1871T>C L624P 0.0714285714285714 624 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2149 NC_045512.2;2149;T;G T G 28 27 1 ORF1a 1884T>G L628L 0.0357142857142857 628 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2161 NC_045512.2;2161;A;C A C 28 27 1 ORF1a 1896A>C E632D 0.0357142857142857 632 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2176 NC_045512.2;2176;A;T A T 20 19 1 ORF1a 1911A>T E637D 0.05 637 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2189 NC_045512.2;2189;C;T C T 16 15 1 ORF1a 1924C>T L642F 0.0625 642 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2800 NC_045512.2;2800;T;G T G 4 3 1 ORF1a 2535T>G L845L 0.25 845 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2895 NC_045512.2;2895;A;C A C 35 34 1 ORF1a 2630A>C D877A 0.0285714285714286 877 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2941 NC_045512.2;2941;A;C A C 51 50 1 ORF1a 2676A>C P892P 0.0196078431372549 892 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2955 NC_045512.2;2955;T;G T G 51 50 1 ORF1a 2690T>G L897* 0.0196078431372549 897 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 2965 NC_045512.2;2965;G;T G T 51 50 1 ORF1a 2700G>T W900C 0.0196078431372549 900 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3037 NC_045512.2;3037;C;T C T 52 0 52 ORF1a 2772C>T F924F 1 924 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3067 NC_045512.2;3067;T;A T A 52 51 1 ORF1a 2802T>A G934G 0.0192307692307692 934 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3076 NC_045512.2;3076;A;C A C 52 51 1 ORF1a 2811A>C E937D 0.0192307692307692 937 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3094 NC_045512.2;3094;A;T A T 51 50 1 ORF1a 2829A>T P943P 0.0196078431372549 943 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3114 NC_045512.2;3114;G;T G T 51 50 1 ORF1a 2849G>T G950V 0.0196078431372549 950 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3216 NC_045512.2;3216;G;T G T 26 20 6 ORF1a 2951G>T S984I 0.230769230769231 984 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3222 NC_045512.2;3222;A;C A C 26 25 1 ORF1a 2957A>C Q986P 0.0384615384615385 986 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3236 NC_045512.2;3236;C;A C A 48 47 1 ORF1a 2971C>A Q991K 0.0208333333333333 991 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3240 NC_045512.2;3240;A;G A G 49 47 2 ORF1a 2975A>G D992G 0.0408163265306122 992 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3243 NC_045512.2;3243;G;A G A 49 48 1 ORF1a 2978G>A G993D 0.0204081632653061 993 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3252 NC_045512.2;3252;A;G A G 51 49 2 ORF1a 2987A>G D996G 0.0392156862745098 996 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3258 NC_045512.2;3258;A;C A C 50 49 1 ORF1a 2993A>C Q998P 0.02 998 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3267 NC_045512.2;3267;C;T C T 51 0 51 ORF1a 3002C>T T1001I 1 1001 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3285 NC_045512.2;3285;A;G A G 51 50 1 ORF1a 3020A>G E1007G 0.0196078431372549 1007 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3291 NC_045512.2;3291;A;C A C 51 50 1 ORF1a 3026A>C Q1009P 0.0196078431372549 1009 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3343 NC_045512.2;3343;T;C T C 51 50 1 ORF1a 3078T>C N1026N 0.0196078431372549 1026 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3416 NC_045512.2;3416;A;C A C 50 49 1 ORF1a 3151A>C K1051Q 0.02 1051 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3425 NC_045512.2;3425;C;A C A 51 50 1 ORF1a 3160C>A P1054T 0.0196078431372549 1054 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3426 NC_045512.2;3426;C;A C A 51 50 1 ORF1a 3161C>A P1054Q 0.0196078431372549 1054 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3435 NC_045512.2;3435;T;G T G 51 50 1 ORF1a 3170T>G V1057G 0.0196078431372549 1057 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3442 NC_045512.2;3442;T;A T A 51 50 1 ORF1a 3177T>A N1059K 0.0196078431372549 1059 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3449 NC_045512.2;3449;A;C A C 41 40 1 ORF1a 3184A>C N1062H 0.024390243902439 1062 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3454 NC_045512.2;3454;T;G T G 37 35 2 ORF1a 3189T>G V1063V 0.0540540540540541 1063 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3459 NC_045512.2;3459;T;G T G 31 30 1 ORF1a 3194T>G L1065R 0.032258064516129 1065 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 3886 NC_045512.2;3886;TAAAGAGGAAGT;TAAGAGGAAGT TAAAGAGGAAGT TAAGAGGAAGT 8 2 6 ORF1a 3624delA E1209fs 0.75 1207 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4064 NC_045512.2;4064;T;C T C 20 19 1 ORF1a 3799T>C S1267P 0.05 1267 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4095 NC_045512.2;4095;CTTTC;TTTTT CTTTC TTTTT 17 13 4 ORF1a 3830_3834delCTTTCinsTTTTT T1277I 0.235294117647059 1277 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4107 NC_045512.2;4107;A;C A C 18 17 1 ORF1a 3842A>C K1281T 0.0555555555555556 1281 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4124 NC_045512.2;4124;G;T G T 24 23 1 ORF1a 3859G>T V1287L 0.0416666666666667 1287 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4128 NC_045512.2;4128;G;A G A 29 28 1 ORF1a 3863G>A G1288D 0.0344827586206897 1288 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4132 NC_045512.2;4132;T;G T G 29 28 1 ORF1a 3867T>G D1289E 0.0344827586206897 1289 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4143 NC_045512.2;4143;A;G A G 32 31 1 ORF1a 3878A>G E1293G 0.03125 1293 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4171 NC_045512.2;4171;T;G T G 28 27 1 ORF1a 3906T>G P1302P 0.0357142857142857 1302 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4180 NC_045512.2;4180;G;T G T 28 27 1 ORF1a 3915G>T K1305N 0.0357142857142857 1305 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4206 NC_045512.2;4206;C;T C T 28 18 10 ORF1a 3941C>T A1314V 0.357142857142857 1314 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4226 NC_045512.2;4226;C;T C T 28 26 2 ORF1a 3961C>T P1321S 0.0714285714285714 1321 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4341 NC_045512.2;4341;T;G T G 52 51 1 ORF1a 4076T>G I1359S 0.0192307692307692 1359 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4393 NC_045512.2;4393;A;C A C 59 58 1 ORF1a 4128A>C R1376R 0.0169491525423729 1376 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4395 NC_045512.2;4395;A;C A C 61 60 1 ORF1a 4130A>C E1377A 0.0163934426229508 1377 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4403 NC_045512.2;4403;G;C G C 62 61 1 ORF1a 4138G>C A1380P 0.0161290322580645 1380 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4404 NC_045512.2;4404;C;A C A 63 62 1 ORF1a 4139C>A A1380E 0.0158730158730159 1380 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4420 NC_045512.2;4420;A;G A G 64 62 2 ORF1a 4155A>G T1385T 0.03125 1385 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4435 NC_045512.2;4435;T;G T G 50 48 2 ORF1a 4170T>G P1390P 0.04 1390 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4442 NC_045512.2;4442;G;A G A 54 52 2 ORF1a 4177G>A V1393M 0.037037037037037 1393 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4585 NC_045512.2;4585;T;C T C 54 53 1 ORF1a 4320T>C D1440D 0.0185185185185185 1440 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4586 NC_045512.2;4586;C;T C T 54 53 1 ORF1a 4321C>T L1441L 0.0185185185185185 1441 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4592 NC_045512.2;4592;G;A G A 53 52 1 ORF1a 4327G>A E1443K 0.0188679245283019 1443 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4593 NC_045512.2;4593;A;T A T 53 52 1 ORF1a 4328A>T E1443V 0.0188679245283019 1443 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4605 NC_045512.2;4605;C;T C T 34 33 1 ORF1a 4340C>T T1447I 0.0294117647058824 1447 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4619 NC_045512.2;4619;T;C T C 31 30 1 ORF1a 4354T>C Y1452H 0.032258064516129 1452 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4639 NC_045512.2;4639;T;A T A 33 32 1 ORF1a 4374T>A N1458K 0.0303030303030303 1458 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4646 NC_045512.2;4646;G;A G A 33 32 1 ORF1a 4381G>A E1461K 0.0303030303030303 1461 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4668 NC_045512.2;4668;C;A C A 36 35 1 ORF1a 4403C>A S1468Y 0.0277777777777778 1468 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4688 NC_045512.2;4688;G;T G T 24 23 1 ORF1a 4423G>T V1475F 0.0416666666666667 1475 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4693 NC_045512.2;4693;T;A T A 6 5 1 ORF1a 4428T>A S1476S 0.166666666666667 1476 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4724 NC_045512.2;4724;A;C A C 12 11 1 ORF1a 4459A>C N1487H 0.0833333333333333 1487 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 4995 NC_045512.2;4995;T;G T G 14 13 1 ORF1a 4730T>G I1577S 0.0714285714285714 1577 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5046 NC_045512.2;5046;T;G T G 16 15 1 ORF1a 4781T>G F1594C 0.0625 1594 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5047 NC_045512.2;5047;T;G T G 16 15 1 ORF1a 4782T>G F1594L 0.0625 1594 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5060 NC_045512.2;5060;TT;GG TT GG 16 15 1 ORF1a 4795_4796delTTinsGG L1599G 0.0625 1599 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5070 NC_045512.2;5070;C;T C T 16 15 1 ORF1a 4805C>T A1602V 0.0625 1602 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5184 NC_045512.2;5184;C;A C A 14 13 1 ORF1a 4919C>A P1640H 0.0714285714285714 1640 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5192 NC_045512.2;5192;C;T C T 15 13 2 ORF1a 4927C>T L1643L 0.133333333333333 1643 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5237 NC_045512.2;5237;T;A T A 13 12 1 ORF1a 4972T>A Y1658N 0.0769230769230769 1658 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5260 NC_045512.2;5260;T;C T C 24 23 1 ORF1a 4995T>C T1665T 0.0416666666666667 1665 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5330 NC_045512.2;5330;A;G A G 41 40 1 ORF1a 5065A>G K1689E 0.024390243902439 1689 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5340 NC_045512.2;5340;C;A C A 44 43 1 ORF1a 5075C>A P1692Q 0.0227272727272727 1692 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5341 NC_045512.2;5341;A;T A T 44 43 1 ORF1a 5076A>T P1692P 0.0227272727272727 1692 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5354 NC_045512.2;5354;G;A G A 69 68 1 ORF1a 5089G>A D1697N 0.0144927536231884 1697 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5368 NC_045512.2;5368;A;G A G 69 68 1 ORF1a 5103A>G R1701R 0.0144927536231884 1701 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5388 NC_045512.2;5388;CT;AG CT AG 69 0 1 ORF1a 5123C>A A1708D 0.0144927536231884 1708 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5388 NC_045512.2;5388;CT;AT CT AT 69 0 68 ORF1a 5123C>A A1708D 0.985507246376812 1708 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5395 NC_045512.2;5395;T;G T G 71 70 1 ORF1a 5130T>G F1710L 0.0140845070422535 1710 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5398 NC_045512.2;5398;T;G T G 71 70 1 ORF1a 5133T>G C1711W 0.0140845070422535 1711 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5434 NC_045512.2;5434;T;A T A 71 69 1 ORF1a 5169T>A G1723G 0.0140845070422535 1723 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5434 NC_045512.2;5434;T;C T C 71 69 1 ORF1a 5169T>A G1723G 0.0140845070422535 1723 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5482 NC_045512.2;5482;C;A C A 71 70 1 ORF1a 5217C>A A1739A 0.0140845070422535 1739 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5512 NC_045512.2;5512;C;T C T 68 67 1 ORF1a 5247C>T N1749N 0.0147058823529412 1749 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5526 NC_045512.2;5526;C;T C T 70 69 1 ORF1a 5261C>T T1754I 0.0142857142857143 1754 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5527 NC_045512.2;5527;T;A T A 70 69 1 ORF1a 5262T>A T1754T 0.0142857142857143 1754 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5531 NC_045512.2;5531;G;C G C 70 69 1 ORF1a 5266G>C G1756R 0.0142857142857143 1756 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5557 NC_045512.2;5557;T;G T G 66 64 2 ORF1a 5292T>G G1764G 0.0303030303030303 1764 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5577 NC_045512.2;5577;T;A T A 48 47 1 ORF1a 5312T>A M1771K 0.0208333333333333 1771 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5683 NC_045512.2;5683;G;A G A 27 26 1 ORF1a 5418G>A M1806I 0.037037037037037 1806 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5696 NC_045512.2;5696;C;A C A 27 26 1 ORF1a 5431C>A P1811T 0.037037037037037 1811 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5727 NC_045512.2;5727;T;G T G 27 26 1 ORF1a 5462T>G F1821C 0.037037037037037 1821 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5776 NC_045512.2;5776;A;T A T 27 26 1 ORF1a 5511A>T K1837N 0.037037037037037 1837 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5789 NC_045512.2;5789;A;C A C 27 26 1 ORF1a 5524A>C K1842Q 0.037037037037037 1842 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5830 NC_045512.2;5830;G;A G A 27 26 1 ORF1a 5565G>A K1855K 0.037037037037037 1855 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5835 NC_045512.2;5835;C;A C A 27 26 1 ORF1a 5570C>A S1857* 0.037037037037037 1857 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5848 NC_045512.2;5848;T;G T G 27 26 1 ORF1a 5583T>G G1861G 0.037037037037037 1861 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5850 NC_045512.2;5850;C;A C A 27 26 1 ORF1a 5585C>A P1862H 0.037037037037037 1862 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5876 NC_045512.2;5876;AAC;CAG AAC CAG 19 18 1 ORF1a 5611_5613delAACinsCAG N1871Q 0.0526315789473684 1871 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5881 NC_045512.2;5881;T;C T C 18 17 1 ORF1a 5616T>C S1872S 0.0555555555555556 1872 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5882 NC_045512.2;5882;T;G T G 17 16 1 ORF1a 5617T>G Y1873D 0.0588235294117647 1873 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5918 NC_045512.2;5918;G;C G C 15 14 1 ORF1a 5653G>C D1885H 0.0666666666666667 1885 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5920 NC_045512.2;5920;T;C T C 15 14 1 ORF1a 5655T>C D1885D 0.0666666666666667 1885 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5929 NC_045512.2;5929;T;C T C 15 14 1 ORF1a 5664T>C V1888V 0.0666666666666667 1888 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5986 NC_045512.2;5986;CACA;TACC CACA TACC 2 0 1 ORF1a 5721C>T F1907F 0.5 1907 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 5986 NC_045512.2;5986;CACA;TACA CACA TACA 2 0 1 ORF1a 5721C>T F1907F 0.5 1907 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6250 NC_045512.2;6250;C;A C A 22 21 1 ORF1a 5985C>A N1995K 0.0454545454545455 1995 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6273 NC_045512.2;6273;ATAAA;CTAAC ATAAA CTAAC 21 20 1 ORF1a 6008_6012delATAAAinsCTAAC YK2003SN 0.0476190476190476 2003 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6423 NC_045512.2;6423;A;C A C 21 20 1 ORF1a 6158A>C E2053A 0.0476190476190476 2053 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6443 NC_045512.2;6443;G;A G A 22 21 1 ORF1a 6178G>A D2060N 0.0454545454545455 2060 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6505 NC_045512.2;6505;A;G A G 15 14 1 ORF1a 6240A>G A2080A 0.0666666666666667 2080 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 6721 NC_045512.2;6721;A;C A C 9 8 1 ORF1a 6456A>C T2152T 0.111111111111111 2152 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7281 NC_045512.2;7281;A;T A T 8 7 1 ORF1a 7016A>T Y2339F 0.125 2339 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7313 NC_045512.2;7313;T;C T C 20 19 1 ORF1a 7048T>C F2350L 0.05 2350 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7381 NC_045512.2;7381;A;C A C 23 22 1 ORF1a 7116A>C V2372V 0.0434782608695652 2372 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7665 NC_045512.2;7665;A;T A T 33 32 1 ORF1a 7400A>T D2467V 0.0303030303030303 2467 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7670 NC_045512.2;7670;G;T G T 33 32 1 ORF1a 7405G>T V2469F 0.0303030303030303 2469 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7675 NC_045512.2;7675;GAGAG;TAGAT GAGAG TAGAT 29 22 1 ORF1a 7413A>T R2471S 0.0344827586206897 2470 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7675 NC_045512.2;7675;GAGAG;GAGTG GAGAG GAGTG 29 22 1 ORF1a 7413A>T R2471S 0.0344827586206897 2470 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7675 NC_045512.2;7675;GAGAG;GAGAT GAGAG GAGAT 29 22 5 ORF1a 7413A>T R2471S 0.172413793103448 2470 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7695 NC_045512.2;7695;T;C T C 20 19 1 ORF1a 7430T>C F2477S 0.05 2477 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7702 NC_045512.2;7702;A;C A C 22 21 1 ORF1a 7437A>C R2479S 0.0454545454545455 2479 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7705 NC_045512.2;7705;AAT;GAG AAT GAG 24 23 1 ORF1a 7440_7442delAATinsGAG I2481R 0.0416666666666667 2480 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7715 NC_045512.2;7715;A;C A C 25 24 1 ORF1a 7450A>C T2484P 0.04 2484 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7718 NC_045512.2;7718;G;A G A 28 27 1 ORF1a 7453G>A D2485N 0.0357142857142857 2485 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7742 NC_045512.2;7742;A;G A G 40 39 1 ORF1a 7477A>G S2493G 0.025 2493 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7745 NC_045512.2;7745;G;T G T 40 39 1 ORF1a 7480G>T V2494F 0.025 2494 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7747 NC_045512.2;7747;T;G T G 40 39 1 ORF1a 7482T>G V2494V 0.025 2494 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7761 NC_045512.2;7761;G;T G T 40 39 1 ORF1a 7496G>T G2499V 0.025 2499 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7775 NC_045512.2;7775;T;G T G 39 38 1 ORF1a 7510T>G Y2504D 0.0256410256410256 2504 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7788 NC_045512.2;7788;C;T C T 40 39 1 ORF1a 7523C>T A2508V 0.025 2508 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7807 NC_045512.2;7807;A;T A T 40 39 1 ORF1a 7542A>T E2514D 0.025 2514 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7816 NC_045512.2;7816;T;G T G 40 39 1 ORF1a 7551T>G S2517S 0.025 2517 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7831 NC_045512.2;7831;T;C T C 40 39 1 ORF1a 7566T>C V2522V 0.025 2522 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7846 NC_045512.2;7846;G;A G A 40 39 1 ORF1a 7581G>A L2527L 0.025 2527 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7847 NC_045512.2;7847;A;G A G 40 39 1 ORF1a 7582A>G R2528G 0.025 2528 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7871 NC_045512.2;7871;T;A T A 39 38 1 ORF1a 7606T>A L2536M 0.0256410256410256 2536 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7880 NC_045512.2;7880;A;T A T 39 38 1 ORF1a 7615A>T N2539Y 0.0256410256410256 2539 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7881 NC_045512.2;7881;A;C A C 37 36 1 ORF1a 7616A>C N2539T 0.027027027027027 2539 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7924 NC_045512.2;7924;T;C T C 36 35 1 ORF1a 7659T>C S2553S 0.0277777777777778 2553 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 7936 NC_045512.2;7936;G;T G T 26 25 1 ORF1a 7671G>T A2557A 0.0384615384615385 2557 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8046 NC_045512.2;8046;A;C A C 37 36 1 ORF1a 7781A>C Y2594S 0.027027027027027 2594 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8087 NC_045512.2;8087;A;T A T 37 36 1 ORF1a 7822A>T K2608* 0.027027027027027 2608 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8089 NC_045512.2;8089;A;C A C 40 39 1 ORF1a 7824A>C K2608N 0.025 2608 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8164 NC_045512.2;8164;T;C T C 40 38 2 ORF1a 7899T>C F2633F 0.05 2633 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8196 NC_045512.2;8196;C;T C T 40 39 1 ORF1a 7931C>T S2644L 0.025 2644 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8201 NC_045512.2;8201;G;T G T 39 38 1 ORF1a 7936G>T V2646L 0.0256410256410256 2646 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8204 NC_045512.2;8204;G;A G A 40 39 1 ORF1a 7939G>A E2647K 0.025 2647 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8214 NC_045512.2;8214;A;T A T 40 39 1 ORF1a 7949A>T D2650V 0.025 2650 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8242 NC_045512.2;8242;T;C T C 36 34 2 ORF1a 7977T>C H2659H 0.0555555555555556 2659 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8253 NC_045512.2;8253;T;A T A 32 31 1 ORF1a 7988T>A I2663K 0.03125 2663 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8255 NC_045512.2;8255;G;C G C 30 29 1 ORF1a 7990G>C E2664Q 0.0333333333333333 2664 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8304 NC_045512.2;8304;T;C T C 26 25 1 ORF1a 8039T>C V2680A 0.0384615384615385 2680 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8325 NC_045512.2;8325;A;G A G 26 25 1 ORF1a 8060A>G D2687G 0.0384615384615385 2687 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8398 NC_045512.2;8398;G;T G T 12 11 1 ORF1a 8133G>T L2711F 0.0833333333333333 2711 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8535 NC_045512.2;8535;AGA;TGT AGA TGT 12 10 1 ORF1a 8270A>T K2757M 0.0833333333333333 2757 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8535 NC_045512.2;8535;AGA;TGA AGA TGA 12 10 1 ORF1a 8270A>T K2757M 0.0833333333333333 2757 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8538 NC_045512.2;8538;T;C T C 12 11 1 ORF1a 8273T>C I2758T 0.0833333333333333 2758 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8543 NC_045512.2;8543;CT;AC CT AC 12 11 1 ORF1a 8278_8279delCTinsAC L2760T 0.0833333333333333 2760 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8551 NC_045512.2;8551;T;G T G 7 6 1 ORF1a 8286T>G G2762G 0.142857142857143 2762 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8920 NC_045512.2;8920;A;G A G 19 18 1 ORF1a 8655A>G L2885L 0.0526315789473684 2885 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 8957 NC_045512.2;8957;A;T A T 29 27 2 ORF1a 8692A>T T2898S 0.0689655172413793 2898 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9004 NC_045512.2;9004;TGTTT;GGTTA TGTTT GGTTA 35 31 1 ORF1a 8739T>A C2913* 0.0285714285714286 2913 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9004 NC_045512.2;9004;TGTTT;TTTTT TGTTT TTTTT 35 31 1 ORF1a 8739T>A C2913* 0.0285714285714286 2913 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9004 NC_045512.2;9004;TGTTT;AGTTT TGTTT AGTTT 35 31 2 ORF1a 8739T>A C2913* 0.0571428571428571 2913 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9014 NC_045512.2;9014;G;T G T 35 34 1 ORF1a 8749G>T A2917S 0.0285714285714286 2917 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9023 NC_045512.2;9023;AC;TA AC TA 35 34 1 ORF1a 8758_8759delACinsTA T2920* 0.0285714285714286 2920 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9051 NC_045512.2;9051;C;A C A 35 34 1 ORF1a 8786C>A P2929Q 0.0285714285714286 2929 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9104 NC_045512.2;9104;A;C A C 35 34 1 ORF1a 8839A>C S2947R 0.0285714285714286 2947 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9113 NC_045512.2;9113;C;G C G 35 34 1 ORF1a 8848C>G P2950A 0.0285714285714286 2950 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9134 NC_045512.2;9134;A;C A C 35 34 1 ORF1a 8869A>C M2957L 0.0285714285714286 2957 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9161 NC_045512.2;9161;A;C A C 35 34 1 ORF1a 8896A>C N2966H 0.0285714285714286 2966 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9163 NC_045512.2;9163;C;A C A 35 33 2 ORF1a 8898C>A N2966K 0.0571428571428571 2966 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9170 NC_045512.2;9170;C;A C A 35 34 1 ORF1a 8905C>A L2969I 0.0285714285714286 2969 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9171 NC_045512.2;9171;T;G T G 35 34 1 ORF1a 8906T>G L2969R 0.0285714285714286 2969 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9214 NC_045512.2;9214;C;G C G 63 62 1 ORF1a 8949C>G Y2983* 0.0158730158730159 2983 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9225 NC_045512.2;9225;G;T G T 75 74 1 ORF1a 8960G>T G2987V 0.0133333333333333 2987 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9236 NC_045512.2;9236;A;G A G 74 73 1 ORF1a 8971A>G R2991G 0.0135135135135135 2991 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9246 NC_045512.2;9246;C;G C G 75 74 1 ORF1a 8981C>G A2994G 0.0133333333333333 2994 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9274 NC_045512.2;9274;A;T A T 70 69 1 ORF1a 9009A>T R3003S 0.0142857142857143 3003 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9279 NC_045512.2;9279;T;G T G 73 72 1 ORF1a 9014T>G V3005G 0.0136986301369863 3005 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9280 NC_045512.2;9280;A;G A G 76 74 1 ORF1a 9015A>G V3005V 0.0131578947368421 3005 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9280 NC_045512.2;9280;A;T A T 76 74 1 ORF1a 9015A>G V3005V 0.0131578947368421 3005 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9285 NC_045512.2;9285;A;T A T 98 97 1 ORF1a 9020A>T N3007I 0.0102040816326531 3007 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9287 NC_045512.2;9287;A;G A G 98 97 1 ORF1a 9022A>G N3008D 0.0102040816326531 3008 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9303 NC_045512.2;9303;CTTTAC;CTTAC CTTTAC CTTAC 102 100 2 ORF1a 9041delT L3014fs 0.0196078431372549 3013 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9331 NC_045512.2;9331;T;G T G 99 98 1 ORF1a 9066T>G D3022E 0.0101010101010101 3022 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9332 NC_045512.2;9332;G;T G T 99 98 1 ORF1a 9067G>T A3023S 0.0101010101010101 3023 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9340 NC_045512.2;9340;T;C T C 104 77 27 ORF1a 9075T>C N3025N 0.259615384615385 3025 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9341 NC_045512.2;9341;T;G T G 99 98 1 ORF1a 9076T>G L3026V 0.0101010101010101 3026 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9355 NC_045512.2;9355;G;A G A 104 102 2 ORF1a 9090G>A M3030I 0.0192307692307692 3030 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9380 NC_045512.2;9380;G;C G C 104 102 2 ORF1a 9115G>C G3039R 0.0192307692307692 3039 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9391 NC_045512.2;9391;C;T C T 104 93 11 ORF1a 9126C>T D3042D 0.105769230769231 3042 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9474 NC_045512.2;9474;CTTTTGGTGA;CTTTGGTGA CTTTTGGTGA CTTTGGTGA 100 97 2 ORF1a 9213delT F3071fs 0.02 3070 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9514 NC_045512.2;9514;A;T A T 99 98 1 ORF1a 9249A>T L3083F 0.0101010101010101 3083 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9519 NC_045512.2;9519;T;G T G 97 96 1 ORF1a 9254T>G F3085C 0.0103092783505155 3085 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9527 NC_045512.2;9527;T;C T C 89 88 1 ORF1a 9262T>C S3088P 0.0112359550561798 3088 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9536 NC_045512.2;9536;G;A G A 89 88 1 ORF1a 9271G>A V3091I 0.0112359550561798 3091 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9539 NC_045512.2;9539;C;T C T 91 89 2 ORF1a 9274C>T L3092F 0.021978021978022 3092 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9543 NC_045512.2;9543;G;T G T 95 94 1 ORF1a 9278G>T C3093F 0.0105263157894737 3093 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9584 NC_045512.2;9584;G;T G T 112 110 2 ORF1a 9319G>T V3107F 0.0178571428571429 3107 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9592 NC_045512.2;9592;C;T C T 89 88 1 ORF1a 9327C>T Y3109Y 0.0112359550561798 3109 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9596 NC_045512.2;9596;T;G T G 90 89 1 ORF1a 9331T>G Y3111D 0.0111111111111111 3111 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9605 NC_045512.2;9605;T;G T G 86 85 1 ORF1a 9340T>G F3114V 0.0116279069767442 3114 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9623 NC_045512.2;9623;GTTTC;TTTTA GTTTC TTTTA 90 89 1 ORF1a 9358_9362delGTTTCinsTTTTA VS3120FY 0.0111111111111111 3120 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9636 NC_045512.2;9636;C;T C T 90 88 2 ORF1a 9371C>T A3124V 0.0222222222222222 3124 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9685 NC_045512.2;9685;A;T A T 90 89 1 ORF1a 9420A>T I3140I 0.0111111111111111 3140 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9695 NC_045512.2;9695;TAT;TT TAT TT 90 88 2 ORF1a 9431delA Y3144fs 0.0222222222222222 3144 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9702 NC_045512.2;9702;T;G T G 90 89 1 ORF1a 9437T>G I3146S 0.0111111111111111 3146 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9705 NC_045512.2;9705;G;A G A 90 88 2 ORF1a 9440G>A C3147Y 0.0222222222222222 3147 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9725 NC_045512.2;9725;T;A T A 89 87 2 ORF1a 9460T>A Y3154N 0.0224719101123596 3154 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9746 NC_045512.2;9746;C;T C T 89 88 1 ORF1a 9481C>T L3161L 0.0112359550561798 3161 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9753 NC_045512.2;9753;G;A G A 88 87 1 ORF1a 9488G>A R3163K 0.0113636363636364 3163 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9760 NC_045512.2;9760;A;G A G 90 88 2 ORF1a 9495A>G V3165V 0.0222222222222222 3165 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9762 NC_045512.2;9762;T;C T C 90 89 1 ORF1a 9497T>C V3166A 0.0111111111111111 3166 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9773 NC_045512.2;9773;G;T G T 87 86 1 ORF1a 9508G>T V3170F 0.0114942528735632 3170 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9779 NC_045512.2;9779;T;G T G 70 69 1 ORF1a 9514T>G F3172V 0.0142857142857143 3172 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9781 NC_045512.2;9781;T;C T C 67 66 1 ORF1a 9516T>C F3172F 0.0149253731343284 3172 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9785 NC_045512.2;9785;A;G A G 70 68 1 ORF1a 9520A>G T3174A 0.0142857142857143 3174 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9785 NC_045512.2;9785;A;T A T 70 68 1 ORF1a 9520A>G T3174A 0.0142857142857143 3174 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9789 NC_045512.2;9789;T;C T C 71 70 1 ORF1a 9524T>C F3175S 0.0140845070422535 3175 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9807 NC_045512.2;9807;G;A G A 76 74 1 ORF1a 9542G>A C3181Y 0.0131578947368421 3181 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9807 NC_045512.2;9807;G;T G T 76 74 1 ORF1a 9542G>A C3181Y 0.0131578947368421 3181 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9820 NC_045512.2;9820;A;G A G 76 75 1 ORF1a 9555A>G L3185L 0.0131578947368421 3185 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9843 NC_045512.2;9843;T;G T G 69 68 1 ORF1a 9578T>G L3193W 0.0144927536231884 3193 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9856 NC_045512.2;9856;G;A G A 60 59 1 ORF1a 9591G>A V3197V 0.0166666666666667 3197 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9872 NC_045512.2;9872;C;A C A 49 48 1 ORF1a 9607C>A Q3203K 0.0204081632653061 3203 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9879 NC_045512.2;9879;A;G A G 55 54 1 ORF1a 9614A>G N3205S 0.0181818181818182 3205 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9960 NC_045512.2;9960;G;A G A 57 55 2 ORF1a 9695G>A C3232Y 0.0350877192982456 3232 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 9981 NC_045512.2;9981;A;C A C 57 56 1 ORF1a 9716A>C N3239T 0.0175438596491228 3239 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10027 NC_045512.2;10027;A;C A C 57 56 1 ORF1a 9762A>C Q3254H 0.0175438596491228 3254 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10040 NC_045512.2;10040;T;C T C 56 54 2 ORF1a 9775T>C S3259P 0.0357142857142857 3259 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10041 NC_045512.2;10041;C;A C A 53 52 1 ORF1a 9776C>A S3259* 0.0188679245283019 3259 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10048 NC_045512.2;10048;T;C T C 54 27 27 ORF1a 9783T>C V3261V 0.5 3261 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10050 NC_045512.2;10050;TG;AA TG AA 54 53 1 ORF1a 9785_9786delTGinsAA L3262* 0.0185185185185185 3262 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10053 NC_045512.2;10053;A;C A C 54 53 1 ORF1a 9788A>C Q3263P 0.0185185185185185 3263 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10067 NC_045512.2;10067;A;G A G 55 53 2 ORF1a 9802A>G K3268E 0.0363636363636364 3268 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10076 NC_045512.2;10076;T;A T A 53 52 1 ORF1a 9811T>A F3271I 0.0188679245283019 3271 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10082 NC_045512.2;10082;T;A T A 77 76 1 ORF1a 9817T>A S3273T 0.012987012987013 3273 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10084 NC_045512.2;10084;T;G T G 77 76 1 ORF1a 9819T>G S3273S 0.012987012987013 3273 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10099 NC_045512.2;10099;T;C T C 62 61 1 ORF1a 9834T>C G3278G 0.0161290322580645 3278 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10144 NC_045512.2;10144;T;C T C 58 57 1 ORF1a 9879T>C L3293L 0.0172413793103448 3293 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10157 NC_045512.2;10157;G;T G T 63 62 1 ORF1a 9892G>T V3298L 0.0158730158730159 3298 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10176 NC_045512.2;10176;A;G A G 51 50 1 ORF1a 9911A>G H3304R 0.0196078431372549 3304 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10208 NC_045512.2;10208;C;A C A 51 50 1 ORF1a 9943C>A P3315T 0.0196078431372549 3315 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10212 NC_045512.2;10212;A;T A T 52 51 1 ORF1a 9947A>T N3316I 0.0192307692307692 3316 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10215 NC_045512.2;10215;A;G A G 51 50 1 ORF1a 9950A>G Y3317C 0.0196078431372549 3317 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10233 NC_045512.2;10233;G;A G A 52 51 1 ORF1a 9968G>A R3323H 0.0192307692307692 3323 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10244 NC_045512.2;10244;C;T C T 52 51 1 ORF1a 9979C>T H3327Y 0.0192307692307692 3327 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10278 NC_045512.2;10278;TCA;ACC TCA ACC 52 51 1 ORF1a 10013_10015delTCAinsACC L3338H 0.0192307692307692 3338 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10291 NC_045512.2;10291;A;C A C 52 51 1 ORF1a 10026A>C G3342G 0.0192307692307692 3342 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10298 NC_045512.2;10298;A;C A C 52 51 1 ORF1a 10033A>C M3345L 0.0192307692307692 3345 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10300 NC_045512.2;10300;G;A G A 52 50 2 ORF1a 10035G>A M3345I 0.0384615384615385 3345 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10331 NC_045512.2;10331;A;C A C 47 46 1 ORF1a 10066A>C T3356P 0.0212765957446809 3356 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10339 NC_045512.2;10339;T;A T A 50 49 1 ORF1a 10074T>A N3358K 0.02 3358 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10364 NC_045512.2;10364;G;T G T 51 50 1 ORF1a 10099G>T V3367F 0.0196078431372549 3367 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10485 NC_045512.2;10485;C;T C T 6 5 1 ORF1a 10220C>T S3407L 0.166666666666667 3407 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10618 NC_045512.2;10618;G;A G A 6 4 2 ORF1a 10353G>A R3451R 0.333333333333333 3451 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10693 NC_045512.2;10693;A;G A G 26 25 1 ORF1a 10428A>G I3476M 0.0384615384615385 3476 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10821 NC_045512.2;10821;A;G A G 46 44 2 ORF1a 10556A>G Q3519R 0.0434782608695652 3519 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10846 NC_045512.2;10846;GT;TG GT TG 48 47 1 ORF1a 10581_10582delGTinsTG MC3527IG 0.0208333333333333 3527 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10942 NC_045512.2;10942;T;G T G 48 47 1 ORF1a 10677T>G V3559V 0.0208333333333333 3559 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10947 NC_045512.2;10947;G;T G T 48 47 1 ORF1a 10682G>T R3561I 0.0208333333333333 3561 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10963 NC_045512.2;10963;T;G T G 46 44 2 ORF1a 10698T>G V3566V 0.0434782608695652 3566 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 10969 NC_045512.2;10969;C;T C T 29 28 1 ORF1a 10704C>T F3568F 0.0344827586206897 3568 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11069 NC_045512.2;11069;T;A T A 49 48 1 ORF1a 10804T>A L3602M 0.0204081632653061 3602 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11074 NC_045512.2;11074;CTTTTTTTTGTATGA;CTTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTTGTATGA 39 37 1 ORF1a 10817dupT L3606fs 0.0256410256410256 3603 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11094 NC_045512.2;11094;C;T C T 63 62 1 ORF1a 10829C>T A3610V 0.0158730158730159 3610 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11111 NC_045512.2;11111;A;T A T 64 62 2 ORF1a 10846A>T M3616L 0.03125 3616 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11113 NC_045512.2;11113;G;T G T 64 63 1 ORF1a 10848G>T M3616I 0.015625 3616 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11120 NC_045512.2;11120;A;T A T 65 64 1 ORF1a 10855A>T I3619F 0.0153846153846154 3619 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11122 NC_045512.2;11122;T;G T G 65 64 1 ORF1a 10857T>G I3619M 0.0153846153846154 3619 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11130 NC_045512.2;11130;C;T C T 64 63 1 ORF1a 10865C>T S3622F 0.015625 3622 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11133 NC_045512.2;11133;C;T C T 65 64 1 ORF1a 10868C>T A3623V 0.0153846153846154 3623 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11144 NC_045512.2;11144;A;C A C 65 64 1 ORF1a 10879A>C M3627L 0.0153846153846154 3627 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11192 NC_045512.2;11192;T;G T G 65 64 1 ORF1a 10927T>G S3643A 0.0153846153846154 3643 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11213 NC_045512.2;11213;T;G T G 65 64 1 ORF1a 10948T>G F3650V 0.0153846153846154 3650 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11240 NC_045512.2;11240;T;C T C 65 63 2 ORF1a 10975T>C W3659R 0.0307692307692308 3659 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11243 NC_045512.2;11243;G;T G T 64 58 6 ORF1a 10978G>T V3660L 0.09375 3660 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11246 NC_045512.2;11246;A;G A G 65 64 1 ORF1a 10981A>G M3661V 0.0153846153846154 3661 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11248 NC_045512.2;11248;G;T G T 65 64 1 ORF1a 10983G>T M3661I 0.0153846153846154 3661 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11255 NC_045512.2;11255;A;T A T 64 63 1 ORF1a 10990A>T M3664L 0.015625 3664 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11270 NC_045512.2;11270;A;C A C 65 64 1 ORF1a 11005A>C M3669L 0.0153846153846154 3669 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11287 NC_045512.2;11287;GTCTGGTTTTA;GA GTCTGGTTTTA GA 57 0 57 ORF1a 11023_11031delTCTGGTTTT S3675_F3677del 1 3674 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11326 NC_045512.2;11326;A;C A C 66 65 1 ORF1a 11061A>C S3687S 0.0151515151515152 3687 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11332 NC_045512.2;11332;A;T A T 72 71 1 ORF1a 11067A>T V3689V 0.0138888888888889 3689 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11382 NC_045512.2;11382;G;A G A 71 70 1 ORF1a 11117G>A R3706K 0.0140845070422535 3706 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11384 NC_045512.2;11384;A;G A G 70 69 1 ORF1a 11119A>G R3707G 0.0142857142857143 3707 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11392 NC_045512.2;11392;G;T G T 71 69 2 ORF1a 11127G>T W3709C 0.028169014084507 3709 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11395 NC_045512.2;11395;A;T A T 72 71 1 ORF1a 11130A>T T3710T 0.0138888888888889 3710 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11409 NC_045512.2;11409;T;C T C 78 77 1 ORF1a 11144T>C L3715S 0.0128205128205128 3715 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11415 NC_045512.2;11415;T;G T G 78 77 1 ORF1a 11150T>G L3717R 0.0128205128205128 3717 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11417 NC_045512.2;11417;G;T G T 78 77 1 ORF1a 11152G>T V3718F 0.0128205128205128 3718 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11421 NC_045512.2;11421;A;T A T 79 78 1 ORF1a 11156A>T Y3719F 0.0126582278481013 3719 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11435 NC_045512.2;11435;G;C G C 78 76 1 ORF1a 11170G>C G3724R 0.0128205128205128 3724 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11435 NC_045512.2;11435;G;T G T 78 76 1 ORF1a 11170G>C G3724R 0.0128205128205128 3724 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11449 NC_045512.2;11449;T;G T G 76 75 1 ORF1a 11184T>G D3728E 0.0131578947368421 3728 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11480 NC_045512.2;11480;T;C T C 79 78 1 ORF1a 11215T>C S3739P 0.0126582278481013 3739 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11508 NC_045512.2;11508;T;A T A 79 78 1 ORF1a 11243T>A V3748D 0.0126582278481013 3748 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11522 NC_045512.2;11522;T;G T G 79 19 60 ORF1a 11257T>G F3753V 0.759493670886076 3753 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11529 NC_045512.2;11529;C;T C T 79 77 2 ORF1a 11264C>T A3755V 0.0253164556962025 3755 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11533 NC_045512.2;11533;A;C A C 79 78 1 ORF1a 11268A>C R3756S 0.0126582278481013 3756 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11536 NC_045512.2;11536;T;G T G 79 78 1 ORF1a 11271T>G G3757G 0.0126582278481013 3757 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11549 NC_045512.2;11549;T;A T A 79 78 1 ORF1a 11284T>A C3762S 0.0126582278481013 3762 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11559 NC_045512.2;11559;A;T A T 97 96 1 ORF1a 11294A>T Y3765F 0.0103092783505155 3765 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11562 NC_045512.2;11562;G;T G T 98 95 3 ORF1a 11297G>T C3766F 0.0306122448979592 3766 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11565 NC_045512.2;11565;C;A C A 98 96 1 ORF1a 11300C>A P3767H 0.0102040816326531 3767 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11565 NC_045512.2;11565;C;T C T 98 96 1 ORF1a 11300C>A P3767H 0.0102040816326531 3767 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11567 NC_045512.2;11567;A;C A C 99 95 1 ORF1a 11302A>C I3768L 0.0101010101010101 3768 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11567 NC_045512.2;11567;A;G A G 99 95 2 ORF1a 11302A>C I3768L 0.0202020202020202 3768 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11567 NC_045512.2;11567;A;T A T 99 95 1 ORF1a 11302A>C I3768L 0.0101010101010101 3768 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11578 NC_045512.2;11578;A;T A T 96 95 1 ORF1a 11313A>T I3771I 0.0104166666666667 3771 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11583 NC_045512.2;11583;G;T G T 98 96 2 ORF1a 11318G>T G3773V 0.0204081632653061 3773 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11584 NC_045512.2;11584;T;C T C 98 96 2 ORF1a 11319T>C G3773G 0.0204081632653061 3773 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11595 NC_045512.2;11595;A;T A T 96 95 1 ORF1a 11330A>T Q3777L 0.0104166666666667 3777 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11598 NC_045512.2;11598;G;T G T 96 95 1 ORF1a 11333G>T C3778F 0.0104166666666667 3778 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11601 NC_045512.2;11601;T;C T C 95 94 1 ORF1a 11336T>C I3779T 0.0105263157894737 3779 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11613 NC_045512.2;11613;A;G A G 77 76 1 ORF1a 11348A>G Y3783C 0.012987012987013 3783 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11618 NC_045512.2;11618;T;C T C 73 72 1 ORF1a 11353T>C F3785L 0.0136986301369863 3785 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11636 NC_045512.2;11636;A;T A T 72 71 1 ORF1a 11371A>T T3791S 0.0138888888888889 3791 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11650 NC_045512.2;11650;C;T C T 83 82 1 ORF1a 11385C>T G3795G 0.0120481927710843 3795 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11651 NC_045512.2;11651;C;T C T 83 82 1 ORF1a 11386C>T L3796F 0.0120481927710843 3796 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11652 NC_045512.2;11652;T;G T G 84 83 1 ORF1a 11387T>G L3796R 0.0119047619047619 3796 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11705 NC_045512.2;11705;T;G T G 48 47 1 ORF1a 11440T>G L3814V 0.0208333333333333 3814 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11743 NC_045512.2;11743;G;T G T 49 47 2 ORF1a 11478G>T Q3826H 0.0408163265306122 3826 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11782 NC_045512.2;11782;A;G A G 49 43 6 ORF1a 11517A>G K3839K 0.122448979591837 3839 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11783 NC_045512.2;11783;C;A C A 49 48 1 ORF1a 11518C>A L3840I 0.0204081632653061 3840 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11791 NC_045512.2;11791;T;C T C 49 48 1 ORF1a 11526T>C I3842I 0.0204081632653061 3842 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11806 NC_045512.2;11806;TGGT;GGGA TGGT GGGA 45 44 1 ORF1a 11541_11544delTGGTinsGGGA 3849 0.0222222222222222 3847 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11812 NC_045512.2;11812;C;G C G 49 47 2 ORF1a 11547C>G G3849G 0.0408163265306122 3849 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11828 NC_045512.2;11828;G;A G A 49 46 3 ORF1a 11563G>A V3855I 0.0612244897959184 3855 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11847 NC_045512.2;11847;A;C A C 46 45 1 ORF1a 11582A>C K3861T 0.0217391304347826 3861 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11874 NC_045512.2;11874;T;G T G 102 100 2 ORF1a 11609T>G V3870G 0.0196078431372549 3870 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11960 NC_045512.2;11960;C;A C A 169 166 2 ORF1a 11695C>A L3899I 0.0118343195266272 3899 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11966 NC_045512.2;11966;G;A G A 177 174 2 ORF1a 11701G>A A3901T 0.0112994350282486 3901 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 11997 NC_045512.2;11997;T;C T C 181 179 2 ORF1a 11732T>C M3911T 0.0110497237569061 3911 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12002 NC_045512.2;12002;T;G T G 174 172 2 ORF1a 11737T>G S3913A 0.0114942528735632 3913 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12003 NC_045512.2;12003;C;T C T 178 176 2 ORF1a 11738C>T S3913L 0.0112359550561798 3913 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12060 NC_045512.2;12060;A;G A G 181 179 2 ORF1a 11795A>G E3932G 0.0110497237569061 3932 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12064 NC_045512.2;12064;A;G A G 181 179 2 ORF1a 11799A>G E3933E 0.0110497237569061 3933 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12086 NC_045512.2;12086;T;A T A 181 179 2 ORF1a 11821T>A L3941I 0.0110497237569061 3941 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12186 NC_045512.2;12186;A;C A C 190 188 2 ORF1a 11921A>C E3974A 0.0105263157894737 3974 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12205 NC_045512.2;12205;G;T G T 241 227 14 ORF1a 11940G>T L3980F 0.0580912863070539 3980 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12332 NC_045512.2;12332;G;A G A 174 172 2 ORF1a 12067G>A A4023T 0.0114942528735632 4023 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12370 NC_045512.2;12370;T;C T C 172 169 2 ORF1a 12105T>C T4035T 0.0116279069767442 4035 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12393 NC_045512.2;12393;A;T A T 174 172 2 ORF1a 12128A>T D4043V 0.0114942528735632 4043 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12408 NC_045512.2;12408;T;A T A 167 164 3 ORF1a 12143T>A I4048N 0.0179640718562874 4048 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12459 NC_045512.2;12459;C;T C T 167 140 27 ORF1a 12194C>T T4065I 0.161676646706587 4065 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12485 NC_045512.2;12485;A;G A G 152 150 2 ORF1a 12220A>G I4074V 0.0131578947368421 4074 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12545 NC_045512.2;12545;G;A G A 142 140 2 ORF1a 12280G>A A4094T 0.0140845070422535 4094 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12548 NC_045512.2;12548;T;G T G 140 138 2 ORF1a 12283T>G L4095V 0.0142857142857143 4095 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12583 NC_045512.2;12583;TAAAATTG;TAAATTG TAAAATTG TAAATTG 143 141 2 ORF1a 12322delA I4108fs 0.013986013986014 4106 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12617 NC_045512.2;12617;A;T A T 143 141 2 ORF1a 12352A>T N4118Y 0.013986013986014 4118 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12757 NC_045512.2;12757;T;C T C 165 163 2 ORF1a 12492T>C T4164T 0.0121212121212121 4164 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12798 NC_045512.2;12798;G;T G T 218 197 21 ORF1a 12533G>T G4178V 0.0963302752293578 4178 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12883 NC_045512.2;12883;T;C T C 186 182 4 ORF1a 12618T>C Y4206Y 0.021505376344086 4206 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12892 NC_045512.2;12892;G;A G A 186 184 2 ORF1a 12627G>A L4209L 0.010752688172043 4209 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12903 NC_045512.2;12903;G;T G T 186 155 31 ORF1a 12638G>T C4213F 0.166666666666667 4213 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 12935 NC_045512.2;12935;A;G A G 186 184 2 ORF1a 12670A>G K4224E 0.010752688172043 4224 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13117 NC_045512.2;13117;A;G A G 210 184 26 ORF1a 12852A>G L4284L 0.123809523809524 4284 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13142 NC_045512.2;13142;A;G A G 210 207 3 ORF1a 12877A>G N4293D 0.0142857142857143 4293 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13156 NC_045512.2;13156;G;T G T 211 165 45 ORF1a 12891G>T M4297I 0.213270142180095 4297 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13378 NC_045512.2;13378;C;A C A 174 172 2 ORF1a 13113C>A T4371T 0.0114942528735632 4371 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13395 NC_045512.2;13395;A;T A T 144 141 2 ORF1a 13130A>T K4377I 0.0138888888888889 4377 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13416 NC_045512.2;13416;A;C A C 141 139 2 ORF1a 13151A>C D4384A 0.0141843971631206 4384 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13453 NC_045512.2;13453;A;T A T 142 140 2 ORF1b 13188A>T A4396A 0.0140845070422535 4 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13474 NC_045512.2;13474;T;C T C 143 141 2 ORF1b 13210T>C C4404R 0.013986013986014 11 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13501 NC_045512.2;13501;C;T C T 143 141 2 ORF1b 13237C>T P4413S 0.013986013986014 20 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13524 NC_045512.2;13524;T;C T C 143 141 2 ORF1b 13260T>C T4420T 0.013986013986014 28 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13535 NC_045512.2;13535;A;G A G 143 141 2 ORF1b 13271A>G Y4424C 0.013986013986014 32 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13547 NC_045512.2;13547;A;G A G 143 141 2 ORF1b 13283A>G D4428G 0.013986013986014 36 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13569 NC_045512.2;13569;T;C T C 143 141 2 ORF1b 13305T>C A4435A 0.013986013986014 43 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13584 NC_045512.2;13584;C;T C T 143 141 2 ORF1b 13320C>T F4440F 0.013986013986014 48 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13595 NC_045512.2;13595;A;C A C 142 140 2 ORF1b 13331A>C N4444T 0.0140845070422535 52 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13687 NC_045512.2;13687;G;A G A 199 197 2 ORF1b 13423G>A E4475K 0.0100502512562814 82 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13844 NC_045512.2;13844;A;C A C 164 162 2 ORF1b 13580A>C D4527A 0.0121951219512195 135 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13847 NC_045512.2;13847;A;C A C 163 161 2 ORF1b 13583A>C E4528A 0.0122699386503067 136 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13893 NC_045512.2;13893;TTGT;TT TTGT TT 153 150 2 ORF1b 13632_13633delTG C4544fs 0.0130718954248366 151 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13899 NC_045512.2;13899;T;G T G 152 150 2 ORF1b 13635T>G D4545E 0.0131578947368421 153 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13900 NC_045512.2;13900;G;A G A 146 144 2 ORF1b 13636G>A D4546N 0.0136986301369863 153 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13909 NC_045512.2;13909;T;C T C 103 101 2 ORF1b 13645T>C F4549L 0.0194174757281553 156 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 13995 NC_045512.2;13995;T;G T G 89 88 1 ORF1b 13731T>G A4577A 0.0112359550561798 185 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14045 NC_045512.2;14045;T;G T G 141 137 4 ORF1b 13781T>G V4594G 0.0283687943262411 202 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14088 NC_045512.2;14088;G;A G A 147 145 2 ORF1b 13824G>A W4608* 0.0136054421768707 216 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14204 NC_045512.2;14204;C;A C A 147 145 2 ORF1b 13940C>A S4647* 0.0136054421768707 255 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14251 NC_045512.2;14251;T;A T A 121 119 2 ORF1b 13987T>A L4663I 0.0165289256198347 270 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14332 NC_045512.2;14332;T;C T C 107 105 2 ORF1b 14068T>C C4690R 0.0186915887850467 297 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14380 NC_045512.2;14380;A;C A C 108 106 2 ORF1b 14116A>C N4706H 0.0185185185185185 313 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14408 NC_045512.2;14408;C;T C T 108 0 108 ORF1b 14144C>T P4715L 1 323 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14442 NC_045512.2;14442;T;C T C 108 102 6 ORF1b 14178T>C F4726F 0.0555555555555556 334 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14505 NC_045512.2;14505;T;A T A 104 102 2 ORF1b 14241T>A H4747Q 0.0192307692307692 355 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14509 NC_045512.2;14509;C;T C T 78 77 1 ORF1b 14245C>T Q4749* 0.0128205128205128 356 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14521 NC_045512.2;14521;T;G T G 69 68 1 ORF1b 14257T>G L4753V 0.0144927536231884 360 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14547 NC_045512.2;14547;G;A G A 89 88 1 ORF1b 14283G>A K4761K 0.0112359550561798 369 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14549 NC_045512.2;14549;A;G A G 96 95 1 ORF1b 14285A>G E4762G 0.0104166666666667 370 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14593 NC_045512.2;14593;G;C G C 99 98 1 ORF1b 14329G>C G4777R 0.0101010101010101 384 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14612 NC_045512.2;14612;A;C A C 81 80 1 ORF1b 14348A>C K4783T 0.0123456790123457 391 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14623 NC_045512.2;14623;T;A T A 92 91 1 ORF1b 14359T>A C4787S 0.0108695652173913 394 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14626 NC_045512.2;14626;T;C T C 94 93 1 ORF1b 14362T>C F4788L 0.0106382978723404 395 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14631 NC_045512.2;14631;A;G A G 134 131 2 ORF1b 14367A>G S4789S 0.0149253731343284 397 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14637 NC_045512.2;14637;T;C T C 135 133 2 ORF1b 14373T>C A4791A 0.0148148148148148 399 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14660 NC_045512.2;14660;T;A T A 136 133 2 ORF1b 14396T>A F4799Y 0.0147058823529412 407 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14676 NC_045512.2;14676;C;T C T 136 0 136 ORF1b 14412C>T P4804P 1 412 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14711 NC_045512.2;14711;T;C T C 136 134 2 ORF1b 14447T>C V4816A 0.0147058823529412 424 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14750 NC_045512.2;14750;TAAAACACT;TAAACACT TAAAACACT TAAACACT 136 132 2 ORF1b 14490delA K4830fs 0.0147058823529412 437 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14750 NC_045512.2;14750;TAAAACACT;TAAAGCACT TAAAACACT TAAAGCACT 136 132 2 ORF1b 14490delA K4830fs 0.0147058823529412 437 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14816 NC_045512.2;14816;A;G A G 136 134 2 ORF1b 14552A>G N4851S 0.0147058823529412 459 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14846 NC_045512.2;14846;T;C T C 120 117 3 ORF1b 14582T>C L4861P 0.025 469 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14849 NC_045512.2;14849;T;G T G 97 96 1 ORF1b 14585T>G L4862R 0.0103092783505155 470 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14885 NC_045512.2;14885;G;T G T 98 85 13 ORF1b 14621G>T C4874F 0.13265306122449 482 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14937 NC_045512.2;14937;C;A C A 61 60 1 ORF1b 14673C>A D4891E 0.0163934426229508 499 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14950 NC_045512.2;14950;T;G T G 89 88 1 ORF1b 14686T>G F4896V 0.0112359550561798 503 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14980 NC_045512.2;14980;C;T C T 93 92 1 ORF1b 14716C>T L4906F 0.010752688172043 513 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14984 NC_045512.2;14984;A;T A T 93 92 1 ORF1b 14720A>T Y4907F 0.010752688172043 515 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14992 NC_045512.2;14992;T;G T G 89 88 1 ORF1b 14728T>G S4910A 0.0112359550561798 517 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 14998 NC_045512.2;14998;A;G A G 93 92 1 ORF1b 14734A>G S4912G 0.010752688172043 519 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15024 NC_045512.2;15024;CGCAT;AGCAG CGCAT AGCAG 93 92 1 ORF1b 14760_14764delCGCATinsAGCAG FAY4920LAD 0.010752688172043 528 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15036 NC_045512.2;15036;A;G A G 93 90 2 ORF1b 14772A>T K4924N 0.021505376344086 532 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15036 NC_045512.2;15036;A;T A T 93 90 1 ORF1b 14772A>T K4924N 0.010752688172043 532 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15063 NC_045512.2;15063;A;G A G 93 91 2 ORF1b 14799A>G Q4933Q 0.021505376344086 541 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15073 NC_045512.2;15073;A;G A G 93 91 2 ORF1b 14809A>G K4937E 0.021505376344086 544 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15104 NC_045512.2;15104;G;T G T 93 92 1 ORF1b 14840G>T R4947L 0.010752688172043 555 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15107 NC_045512.2;15107;C;A C A 93 92 1 ORF1b 14843C>A T4948N 0.010752688172043 556 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15118 NC_045512.2;15118;G;T G T 93 92 1 ORF1b 14854G>T V4952F 0.010752688172043 559 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15130 NC_045512.2;15130;A;C A C 92 91 1 ORF1b 14866A>C S4956R 0.0108695652173913 563 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15138 NC_045512.2;15138;G;T G T 90 89 1 ORF1b 14874G>T M4958I 0.0111111111111111 566 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15163 NC_045512.2;15163;T;A T A 90 89 1 ORF1b 14899T>A L4967I 0.0111111111111111 574 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15164 NC_045512.2;15164;T;G T G 90 89 1 ORF1b 14900T>G L4967* 0.0111111111111111 575 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15246 NC_045512.2;15246;A;T A T 98 97 1 ORF1b 14982A>T L4994F 0.0102040816326531 602 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15247 NC_045512.2;15247;A;C A C 75 74 1 ORF1b 14983A>C K4995Q 0.0133333333333333 602 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15257 NC_045512.2;15257;A;T A T 83 82 1 ORF1b 14993A>T Y4998F 0.0120481927710843 606 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15259 NC_045512.2;15259;A;G A G 93 90 2 ORF1b 14995A>G S4999G 0.021505376344086 606 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15259 NC_045512.2;15259;A;T A T 93 90 1 ORF1b 14995A>G S4999G 0.010752688172043 606 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15270 NC_045512.2;15270;A;C A C 127 124 3 ORF1b 15006A>C E5002D 0.0236220472440945 610 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15279 NC_045512.2;15279;C;T C T 129 0 128 ORF1b 15015C>T H5005H 0.992248062015504 613 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15285 NC_045512.2;15285;G;T G T 130 128 2 ORF1b 15021G>T M5007I 0.0153846153846154 615 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15341 NC_045512.2;15341;C;T C T 131 129 2 ORF1b 15077C>T A5026V 0.0152671755725191 634 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15364 NC_045512.2;15364;C;T C T 131 129 2 ORF1b 15100C>T H5034Y 0.0152671755725191 641 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15422 NC_045512.2;15422;A;C A C 129 127 2 ORF1b 15158A>C Q5053P 0.0155038759689922 661 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15442 NC_045512.2;15442;A;G A G 128 126 2 ORF1b 15178A>G M5060V 0.015625 667 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15488 NC_045512.2;15488;G;T G T 114 102 12 ORF1b 15224G>T G5075V 0.105263157894737 683 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15577 NC_045512.2;15577;A;C A C 71 70 1 ORF1b 15313A>C N5105H 0.0140845070422535 712 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15610 NC_045512.2;15610;C;A C A 96 95 1 ORF1b 15346C>A Q5116K 0.0104166666666667 723 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15613 NC_045512.2;15613;C;T C T 95 94 1 ORF1b 15349C>T H5117Y 0.0105263157894737 724 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15626 NC_045512.2;15626;A;G A G 94 93 1 ORF1b 15362A>G E5121G 0.0106382978723404 729 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15631 NC_045512.2;15631;C;T C T 96 95 1 ORF1b 15367C>T L5123F 0.0104166666666667 730 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15634 NC_045512.2;15634;T;C T C 96 94 2 ORF1b 15370T>C Y5124H 0.0208333333333333 731 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15642 NC_045512.2;15642;T;G T G 94 93 1 ORF1b 15378T>G N5126K 0.0106382978723404 734 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15644 NC_045512.2;15644;G;C G C 96 95 1 ORF1b 15380G>C R5127T 0.0104166666666667 735 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15726 NC_045512.2;15726;T;C T C 93 92 1 ORF1b 15462T>C A5154A 0.010752688172043 762 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15756 NC_045512.2;15756;T;C T C 95 94 1 ORF1b 15492T>C S5164S 0.0105263157894737 772 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15761 NC_045512.2;15761;G;T G T 96 95 1 ORF1b 15497G>T G5166V 0.0104166666666667 774 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15767 NC_045512.2;15767;TG;GT TG GT 96 95 1 ORF1b 15503_15504delTGinsGT V5168G 0.0104166666666667 776 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15771 NC_045512.2;15771;T;C T C 95 94 1 ORF1b 15507T>C A5169A 0.0105263157894737 777 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15780 NC_045512.2;15780;G;A G A 63 62 1 ORF1b 15516G>A K5172K 0.0158730158730159 780 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15790 NC_045512.2;15790;T;C T C 58 57 1 ORF1b 15526T>C S5176P 0.0172413793103448 783 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15797 NC_045512.2;15797;T;C T C 54 53 1 ORF1b 15533T>C L5178P 0.0185185185185185 786 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15823 NC_045512.2;15823;T;C T C 47 46 1 ORF1b 15559T>C S5187P 0.0212765957446809 794 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15891 NC_045512.2;15891;A;C A C 93 92 1 ORF1b 15627A>C T5209T 0.010752688172043 817 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15918 NC_045512.2;15918;T;C T C 156 154 2 ORF1b 15654T>C Y5218Y 0.0128205128205128 826 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15934 NC_045512.2;15934;C;G C G 159 157 2 ORF1b 15670C>G P5224A 0.0125786163522013 831 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15965 NC_045512.2;15965;G;T G T 155 153 2 ORF1b 15701G>T C5234F 0.0129032258064516 842 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 15983 NC_045512.2;15983;T;A T A 161 158 2 ORF1b 15719T>A V5240E 0.0124223602484472 848 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16109 NC_045512.2;16109;A;C A C 157 155 2 ORF1b 15845A>C K5282T 0.0127388535031847 890 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16112 NC_045512.2;16112;T;C T C 157 155 2 ORF1b 15848T>C L5283P 0.0127388535031847 891 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16119 NC_045512.2;16119;T;A T A 172 170 2 ORF1b 15855T>A D5285E 0.0116279069767442 893 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16124 NC_045512.2;16124;T;G T G 170 165 5 ORF1b 15860T>G L5287* 0.0294117647058824 895 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16176 NC_045512.2;16176;T;C T C 115 0 115 ORF1b 15912T>C T5304T 1 912 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16218 NC_045512.2;16218;A;C A C 82 79 1 ORF1b 15954A>C T5318T 0.0121951219512195 926 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16218 NC_045512.2;16218;A;G A G 82 79 2 ORF1b 15954A>C T5318T 0.024390243902439 926 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16233 NC_045512.2;16233;AC;CA AC CA 83 82 1 ORF1b 15969_15970delACinsCA LQ5323FK 0.0120481927710843 931 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16246 NC_045512.2;16246;G;T G T 85 84 1 ORF1b 15982G>T A5328S 0.0117647058823529 935 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16247 NC_045512.2;16247;C;G C G 85 84 1 ORF1b 15983C>G A5328G 0.0117647058823529 936 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16255 NC_045512.2;16255;C;T C T 84 82 2 ORF1b 15991C>T L5331F 0.0238095238095238 938 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16259 NC_045512.2;16259;G;A G A 85 83 2 ORF1b 15995G>A C5332Y 0.0235294117647059 940 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16260 NC_045512.2;16260;C;A C A 85 84 1 ORF1b 15996C>A C5332* 0.0117647058823529 940 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16270 NC_045512.2;16270;A;G A G 86 85 1 ORF1b 16006A>G T5336A 0.0116279069767442 943 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16293 NC_045512.2;16293;C;T C T 86 84 2 ORF1b 16029C>T C5343C 0.0232558139534884 951 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16302 NC_045512.2;16302;A;C A C 86 85 1 ORF1b 16038A>C R5346S 0.0116279069767442 954 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16306 NC_045512.2;16306;T;A T A 86 85 1 ORF1b 16042T>A F5348I 0.0116279069767442 955 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16315 NC_045512.2;16315;T;C T C 86 84 2 ORF1b 16051T>C C5351R 0.0232558139534884 958 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16348 NC_045512.2;16348;T;C T C 86 84 2 ORF1b 16084T>C S5362P 0.0232558139534884 969 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16355 NC_045512.2;16355;A;G A G 86 85 1 ORF1b 16091A>G K5364R 0.0116279069767442 972 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16373 NC_045512.2;16373;A;C A C 83 82 1 ORF1b 16109A>C N5370T 0.0120481927710843 978 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16376 NC_045512.2;16376;C;A C A 85 84 1 ORF1b 16112C>A P5371Q 0.0117647058823529 979 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16384 NC_045512.2;16384;T;G T G 85 84 1 ORF1b 16120T>G C5374G 0.0117647058823529 981 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16409 NC_045512.2;16409;C;A C A 84 82 2 ORF1b 16145C>A T5382K 0.0238095238095238 990 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16415 NC_045512.2;16415;T;G T G 82 79 3 ORF1b 16151T>G V5384G 0.0365853658536585 992 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16420 NC_045512.2;16420;C;T C T 71 70 1 ORF1b 16156C>T Q5386* 0.0140845070422535 993 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16437 NC_045512.2;16437;T;G T G 64 63 1 ORF1b 16173T>G G5391G 0.015625 999 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16485 NC_045512.2;16485;G;A G A 63 62 1 ORF1b 16221G>A L5407L 0.0158730158730159 1015 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16495 NC_045512.2;16495;G;C G C 52 51 1 ORF1b 16231G>C G5411R 0.0192307692307692 1018 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16536 NC_045512.2;16536;C;T C T 30 28 2 ORF1b 16272C>T S5424S 0.0666666666666667 1032 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16553 NC_045512.2;16553;T;G T G 32 31 1 ORF1b 16289T>G F5430C 0.03125 1038 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16565 NC_045512.2;16565;C;T C T 32 30 2 ORF1b 16301C>T A5434V 0.0625 1042 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16610 NC_045512.2;16610;C;A C A 32 31 1 ORF1b 16346C>A T5449N 0.03125 1057 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16693 NC_045512.2;16693;A;C A C 32 31 1 ORF1b 16429A>C T5477P 0.03125 1084 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16706 NC_045512.2;16706;T;G T G 32 31 1 ORF1b 16442T>G V5481G 0.03125 1089 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16708 NC_045512.2;16708;C;A C A 32 31 1 ORF1b 16444C>A L5482M 0.03125 1089 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16735 NC_045512.2;16735;T;A T A 22 21 1 ORF1b 16471T>A W5491R 0.0454545454545455 1098 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 16908 NC_045512.2;16908;T;G T G 15 14 1 ORF1b 16644T>G Y5548* 0.0666666666666667 1156 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17027 NC_045512.2;17027;G;T G T 16 15 1 ORF1b 16763G>T S5588I 0.0625 1196 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17030 NC_045512.2;17030;A;C A C 16 15 1 ORF1b 16766A>C N5589T 0.0625 1197 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17067 NC_045512.2;17067;T;A T A 64 61 3 ORF1b 16803T>A Y5601* 0.046875 1209 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17072 NC_045512.2;17072;CAC;CC CAC CC 71 70 1 ORF1b 16809delA L5604fs 0.0140845070422535 1211 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17080 NC_045512.2;17080;G;T G T 79 78 1 ORF1b 16816G>T G5606* 0.0126582278481013 1213 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17089 NC_045512.2;17089;G;T G T 82 81 1 ORF1b 16825G>T G5609C 0.0121951219512195 1216 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17096 NC_045512.2;17096;G;T G T 85 84 1 ORF1b 16832G>T G5611V 0.0117647058823529 1219 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17113 NC_045512.2;17113;A;G A G 90 89 1 ORF1b 16849A>G I5617V 0.0111111111111111 1224 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17134 NC_045512.2;17134;C;T C T 94 93 1 ORF1b 16870C>T P5624S 0.0106382978723404 1231 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17171 NC_045512.2;17171;C;T C T 161 159 2 ORF1b 16907C>T A5636V 0.0124223602484472 1244 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17180 NC_045512.2;17180;A;T A T 160 158 2 ORF1b 16916A>T D5639V 0.0125 1247 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17185 NC_045512.2;17185;C;T C T 161 158 2 ORF1b 16921C>T L5641L 0.0124223602484472 1248 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17195 NC_045512.2;17195;A;T A T 161 159 2 ORF1b 16931A>T K5644M 0.0124223602484472 1252 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17208 NC_045512.2;17208;T;G T G 157 153 4 ORF1b 16944T>G Y5648* 0.0254777070063694 1256 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17211 NC_045512.2;17211;G;T G T 162 160 2 ORF1b 16947G>T L5649F 0.0123456790123457 1257 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17278 NC_045512.2;17278;G;T G T 162 144 18 ORF1b 17014G>T V5672L 0.111111111111111 1279 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17331 NC_045512.2;17331;G;T G T 160 158 2 ORF1b 17067G>T E5689D 0.0125 1297 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17363 NC_045512.2;17363;T;A T A 156 153 3 ORF1b 17099T>A I5700N 0.0192307692307692 1308 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17365 NC_045512.2;17365;T;C T C 158 156 2 ORF1b 17101T>C S5701P 0.0126582278481013 1308 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17484 NC_045512.2;17484;A;T A T 147 145 2 ORF1b 17220A>T T5740T 0.0136054421768707 1348 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17500 NC_045512.2;17500;T;C T C 147 145 2 ORF1b 17236T>C F5746L 0.0136054421768707 1353 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17523 NC_045512.2;17523;G;T G T 147 145 2 ORF1b 17259G>T M5753I 0.0136054421768707 1361 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17661 NC_045512.2;17661;T;A T A 146 144 2 ORF1b 17397T>A F5799L 0.0136986301369863 1407 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17679 NC_045512.2;17679;G;C G C 182 180 2 ORF1b 17415G>C T5805T 0.010989010989011 1413 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17681 NC_045512.2;17681;A;G A G 171 169 2 ORF1b 17417A>G H5806R 0.0116959064327485 1414 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17807 NC_045512.2;17807;A;G A G 121 119 2 ORF1b 17543A>G K5848R 0.0165289256198347 1456 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17809 NC_045512.2;17809;A;T A T 118 116 2 ORF1b 17545A>T I5849F 0.0169491525423729 1456 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17813 NC_045512.2;17813;T;G T G 122 120 2 ORF1b 17549T>G L5850W 0.0163934426229508 1458 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17842 NC_045512.2;17842;TCAC;TC TCAC TC 122 119 2 ORF1b 17581_17582delCA Q5861fs 0.0163934426229508 1467 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 17964 NC_045512.2;17964;G;T G T 119 109 10 ORF1b 17700G>T M5900I 0.0840336134453782 1508 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18045 NC_045512.2;18045;A;C A C 110 108 2 ORF1b 17781A>C E5927D 0.0181818181818182 1535 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18052 NC_045512.2;18052;A;C A C 134 132 2 ORF1b 17788A>C T5930P 0.0149253731343284 1537 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18054 NC_045512.2;18054;A;T A T 134 132 2 ORF1b 17790A>T T5930T 0.0149253731343284 1538 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18066 NC_045512.2;18066;A;T A T 100 98 2 ORF1b 17802A>T K5934N 0.02 1542 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18094 NC_045512.2;18094;C;T C T 96 95 1 ORF1b 17830C>T H5944Y 0.0104166666666667 1551 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18104 NC_045512.2;18104;A;T A T 98 97 1 ORF1b 17840A>T Q5947L 0.0102040816326531 1555 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18140 NC_045512.2;18140;A;G A G 101 99 2 ORF1b 17876A>G K5959R 0.0198019801980198 1567 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18211 NC_045512.2;18211;A;C A C 97 96 1 ORF1b 17947A>C M5983L 0.0103092783505155 1590 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18221 NC_045512.2;18221;A;C A C 95 94 1 ORF1b 17957A>C K5986T 0.0105263157894737 1594 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18242 NC_045512.2;18242;G;T G T 99 98 1 ORF1b 17978G>T G5993V 0.0101010101010101 1601 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18277 NC_045512.2;18277;A;T A T 103 101 2 ORF1b 18013A>T I6005L 0.0194174757281553 1612 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18288 NC_045512.2;18288;A;T A T 91 90 1 ORF1b 18024A>T V6008V 0.010989010989011 1616 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18335 NC_045512.2;18335;A;C A C 78 77 1 ORF1b 18071A>C E6024A 0.0128205128205128 1632 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18354 NC_045512.2;18354;A;C A C 40 39 1 ORF1b 18090A>C L6030F 0.025 1638 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18388 NC_045512.2;18388;C;T C T 64 63 1 ORF1b 18124C>T L6042L 0.015625 1649 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18471 NC_045512.2;18471;TCA;TA TCA TA 64 59 2 ORF1b 18208delC Q6070fs 0.03125 1677 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18471 NC_045512.2;18471;TCA;TAA TCA TAA 64 59 2 ORF1b 18208delC Q6070fs 0.03125 1677 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18471 NC_045512.2;18471;TCA;ACA TCA ACA 64 59 1 ORF1b 18208delC Q6070fs 0.015625 1677 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18492 NC_045512.2;18492;A;C A C 64 63 1 ORF1b 18228A>C P6076P 0.015625 1684 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18496 NC_045512.2;18496;A;C A C 64 62 1 ORF1b 18232A>C M6078L 0.015625 1685 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18496 NC_045512.2;18496;A;T A T 64 62 1 ORF1b 18232A>C M6078L 0.015625 1685 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18504 NC_045512.2;18504;A;C A C 64 63 1 ORF1b 18240A>C K6080N 0.015625 1688 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18511 NC_045512.2;18511;C;A C A 64 63 1 ORF1b 18247C>A P6083T 0.015625 1690 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18525 NC_045512.2;18525;G;T G T 61 59 2 ORF1b 18261G>T V6087V 0.0327868852459016 1695 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18545 NC_045512.2;18545;T;A T A 60 59 1 ORF1b 18281T>A M6094K 0.0166666666666667 1702 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18566 NC_045512.2;18566;A;G A G 34 24 10 ORF1b 18302A>G N6101S 0.294117647058824 1709 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18604 NC_045512.2;18604;G;T G T 69 68 1 ORF1b 18340G>T G6114C 0.0144927536231884 1721 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18617 NC_045512.2;18617;C;T C T 85 84 1 ORF1b 18353C>T T6118I 0.0117647058823529 1726 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18648 NC_045512.2;18648;T;C T C 84 82 2 ORF1b 18384T>C P6128P 0.0238095238095238 1736 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18675 NC_045512.2;18675;A;C A C 77 76 1 ORF1b 18411A>C R6137S 0.012987012987013 1745 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18701 NC_045512.2;18701;C;T C T 107 69 38 ORF1b 18437C>T S6146L 0.355140186915888 1754 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18717 NC_045512.2;18717;T;C T C 108 104 3 ORF1b 18453T>C C6151C 0.0277777777777778 1759 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18769 NC_045512.2;18769;G;A G A 108 106 2 ORF1b 18505G>A V6169I 0.0185185185185185 1776 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18798 NC_045512.2;18798;A;G A G 108 106 2 ORF1b 18534A>G L6178L 0.0185185185185185 1786 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18842 NC_045512.2;18842;A;G A G 108 106 2 ORF1b 18578A>G H6193R 0.0185185185185185 1801 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18883 NC_045512.2;18883;G;A G A 108 106 2 ORF1b 18619G>A V6207I 0.0185185185185185 1814 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18896 NC_045512.2;18896;T;C T C 106 104 2 ORF1b 18632T>C F6211S 0.0188679245283019 1819 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18902 NC_045512.2;18902;A;T A T 85 84 1 ORF1b 18638A>T K6213M 0.0117647058823529 1821 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18936 NC_045512.2;18936;T;C T C 79 70 9 ORF1b 18672T>C I6224I 0.113924050632911 1832 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18945 NC_045512.2;18945;A;G A G 79 78 1 ORF1b 18681A>G E6227E 0.0126582278481013 1835 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18970 NC_045512.2;18970;A;G A G 64 63 1 ORF1b 18706A>G K6236E 0.015625 1843 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18976 NC_045512.2;18976;C;T C T 59 58 1 ORF1b 18712C>T Q6238* 0.0169491525423729 1845 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18978 NC_045512.2;18978;A;C A C 56 53 1 ORF1b 18714A>C Q6238H 0.0178571428571429 1846 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 18978 NC_045512.2;18978;A;G A G 56 53 2 ORF1b 18714A>C Q6238H 0.0357142857142857 1846 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19150 NC_045512.2;19150;G;T G T 56 54 2 ORF1b 18886G>T A6296S 0.0357142857142857 1903 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19164 NC_045512.2;19164;C;A C A 57 56 1 ORF1b 18900C>A D6300E 0.0175438596491228 1908 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19166 NC_045512.2;19166;A;C A C 57 56 1 ORF1b 18902A>C K6301T 0.0175438596491228 1909 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19193 NC_045512.2;19193;G;T G T 55 54 1 ORF1b 18929G>T W6310L 0.0181818181818182 1918 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19239 NC_045512.2;19239;ATTTGA;ATTGA ATTTGA ATTGA 33 32 1 ORF1b 18978delT F6326fs 0.0303030303030303 1933 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19267 NC_045512.2;19267;A;C A C 30 29 1 ORF1b 19003A>C N6335H 0.0333333333333333 1942 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19342 NC_045512.2;19342;G;T G T 4 3 1 ORF1b 19078G>T A6360S 0.25 1967 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19450 NC_045512.2;19450;G;T G T 4 3 1 ORF1b 19186G>T A6396S 0.25 2003 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19457 NC_045512.2;19457;G;T G T 4 3 1 ORF1b 19193G>T C6398F 0.25 2006 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19493 NC_045512.2;19493;G;A G A 4 3 1 ORF1b 19229G>A R6410K 0.25 2018 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19495 NC_045512.2;19495;C;A C A 4 3 1 ORF1b 19231C>A H6411N 0.25 2018 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19685 NC_045512.2;19685;T;G T G 4 3 1 ORF1b 19421T>G V6474G 0.25 2082 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19854 NC_045512.2;19854;C;G C G 4 3 1 ORF1b 19590C>G D6530E 0.25 2138 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 19984 NC_045512.2;19984;T;G T G 4 3 1 ORF1b 19720T>G F6574V 0.25 2181 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20011 NC_045512.2;20011;G;T G T 4 3 1 ORF1b 19747G>T V6583L 0.25 2190 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20044 NC_045512.2;20044;C;T C T 4 2 2 ORF1b 19780C>T L6594F 0.5 2201 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20178 NC_045512.2;20178;C;T C T 3 2 1 ORF1b 19914C>T V6638V 0.333333333333333 2246 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20284 NC_045512.2;20284;A;T A T 2 1 1 ORF1b 20020A>T I6674F 0.5 2281 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20823 NC_045512.2;20823;C;T C T 17 15 2 ORF1b 20559C>T N6853N 0.117647058823529 2461 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20889 NC_045512.2;20889;A;G A G 33 32 1 ORF1b 20625A>G G6875G 0.0303030303030303 2483 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20908 NC_045512.2;20908;G;T G T 32 31 1 ORF1b 20644G>T V6882F 0.03125 2489 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20921 NC_045512.2;20921;G;T G T 32 31 1 ORF1b 20657G>T W6886L 0.03125 2494 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20923 NC_045512.2;20923;T;C T C 32 30 2 ORF1b 20659T>C L6887L 0.0625 2494 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20934 NC_045512.2;20934;T;C T C 32 31 1 ORF1b 20670T>C G6890G 0.03125 2498 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20960 NC_045512.2;20960;A;C A C 32 31 1 ORF1b 20696A>C N6899T 0.03125 2507 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20982 NC_045512.2;20982;T;A T A 32 31 1 ORF1b 20718T>A D6906E 0.03125 2514 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20996 NC_045512.2;20996;G;A G A 32 30 1 ORF1b 20732G>A G6911D 0.03125 2519 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 20996 NC_045512.2;20996;G;C G C 32 30 1 ORF1b 20732G>A G6911D 0.03125 2519 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21003 NC_045512.2;21003;T;A T A 32 30 2 ORF1b 20739T>A C6913* 0.0625 2521 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21038 NC_045512.2;21038;T;A T A 32 31 1 ORF1b 20774T>A I6925N 0.03125 2533 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21077 NC_045512.2;21077;C;A C A 38 37 1 ORF1b 20813C>A T6938K 0.0263157894736842 2546 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21115 NC_045512.2;21115;A;G A G 33 32 1 ORF1b 20851A>G I6951V 0.0303030303030303 2558 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21125 NC_045512.2;21125;T;C T C 33 32 1 ORF1b 20861T>C F6954S 0.0303030303030303 2562 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21141 NC_045512.2;21141;A;C A C 33 32 1 ORF1b 20877A>C L6959L 0.0303030303030303 2567 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21159 NC_045512.2;21159;G;A G A 39 37 2 ORF1b 20895G>A V6965V 0.0512820512820513 2573 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21183 NC_045512.2;21183;T;G T G 33 32 1 ORF1b 20919T>G S6973S 0.0303030303030303 2581 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21201 NC_045512.2;21201;T;A T A 28 26 1 ORF1b 20937T>A Y6979* 0.0357142857142857 2587 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21201 NC_045512.2;21201;T;G T G 28 26 1 ORF1b 20937T>A Y6979* 0.0357142857142857 2587 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21217 NC_045512.2;21217;T;A T A 33 32 1 ORF1b 20953T>A F6985I 0.0303030303030303 2592 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21253 NC_045512.2;21253;G;T G T 33 32 1 ORF1b 20989G>T A6997S 0.0303030303030303 2604 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21294 NC_045512.2;21294;T;A T A 33 32 1 ORF1b 21030T>A L7010L 0.0303030303030303 2618 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21334 NC_045512.2;21334;G;T G T 33 32 1 ORF1b 21070G>T A7024S 0.0303030303030303 2631 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21359 NC_045512.2;21359;CAAATC;CAATC CAAATC CAATC 33 31 2 ORF1b 21098delA N7033fs 0.0606060606060606 2640 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21380 NC_045512.2;21380;C;T C T 26 25 1 ORF1b 21116C>T S7039F 0.0384615384615385 2647 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21394 NC_045512.2;21394;G;C G C 22 21 1 ORF1b 21130G>C D7044H 0.0454545454545455 2651 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21401 NC_045512.2;21401;G;C G C 18 17 1 ORF1b 21137G>C S7046T 0.0555555555555556 2654 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21441 NC_045512.2;21441;T;G T G 17 16 1 ORF1b 21177T>G S7059S 0.0588235294117647 2667 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21718 NC_045512.2;21718;G;A G A 2 1 1 S 156G>A Q52Q 0.5 52 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21764 NC_045512.2;21764;ATACATGT;AT ATACATGT AT 2 0 2 S 204_209delACATGT H69_V70del 1 68 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21961 NC_045512.2;21961;T;G T G 2 1 1 S 399T>G F133L 0.5 133 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 21990 NC_045512.2;21990;TTTATTAC;TTTAC TTTATTAC TTTAC 4 0 4 S 432_434delTTA Y145del 1 143 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 22050 NC_045512.2;22050;C;G C G 6 5 1 S 488C>G A163G 0.166666666666667 163 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 22520 NC_045512.2;22520;G;T G T 6 5 1 S 958G>T V320F 0.166666666666667 320 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 22754 NC_045512.2;22754;G;T G T 4 3 1 S 1192G>T D398Y 0.25 398 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 22938 NC_045512.2;22938;C;T C T 4 3 1 S 1376C>T S459F 0.25 459 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23063 NC_045512.2;23063;A;T A T 4 0 4 S 1501A>T N501Y 1 501 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23271 NC_045512.2;23271;C;A C A 16 0 16 S 1709C>A A570D 1 570 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23314 NC_045512.2;23314;T;A T A 16 14 2 S 1752T>A I584I 0.125 584 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23396 NC_045512.2;23396;T;G T G 15 14 1 S 1834T>G Y612D 0.0666666666666667 612 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23403 NC_045512.2;23403;A;G A G 15 0 15 S 1841A>G D614G 1 614 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23417 NC_045512.2;23417;G;A G A 13 12 1 S 1855G>A E619K 0.0769230769230769 619 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23420 NC_045512.2;23420;G;A G A 13 12 1 S 1858G>A V620I 0.0769230769230769 620 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23421 NC_045512.2;23421;T;A T A 13 12 1 S 1859T>A V620D 0.0769230769230769 620 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23592 NC_045512.2;23592;A;G A G 8 6 2 S 2030A>G Q677R 0.25 677 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23604 NC_045512.2;23604;C;A C A 8 0 8 S 2042C>A P681H 1 681 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23709 NC_045512.2;23709;C;T C T 8 0 8 S 2147C>T T716I 1 716 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 23791 NC_045512.2;23791;T;G T G 7 6 1 S 2229T>G C743W 0.142857142857143 743 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24004 NC_045512.2;24004;G;T G T 10 9 1 S 2442G>T K814N 0.1 814 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24035 NC_045512.2;24035;A;C A C 10 9 1 S 2473A>C K825Q 0.1 825 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24076 NC_045512.2;24076;T;C T C 9 8 1 S 2514T>C G838G 0.111111111111111 838 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24077 NC_045512.2;24077;G;T G T 9 8 1 S 2515G>T D839Y 0.111111111111111 839 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24134 NC_045512.2;24134;C;A C A 8 7 1 S 2572C>A L858I 0.125 858 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24369 NC_045512.2;24369;A;C A C 8 7 1 S 2807A>C D936A 0.125 936 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24417 NC_045512.2;24417;T;A T A 36 35 1 S 2855T>A V952D 0.0277777777777778 952 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24494 NC_045512.2;24494;AATGA;CATGT AATGA CATGT 60 59 1 S 2932_2936delAATGAinsCATGT ND978HV 0.0166666666666667 978 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24506 NC_045512.2;24506;T;G T G 62 0 62 S 2944T>G S982A 1 982 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24513 NC_045512.2;24513;T;A T A 62 61 1 S 2951T>A L984H 0.0161290322580645 984 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24517 NC_045512.2;24517;C;A C A 63 62 1 S 2955C>A D985E 0.0158730158730159 985 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24535 NC_045512.2;24535;G;T G T 61 60 1 S 2973G>T V991V 0.0163934426229508 991 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24543 NC_045512.2;24543;A;C A C 63 62 1 S 2981A>C D994A 0.0158730158730159 994 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24553 NC_045512.2;24553;C;A C A 63 62 1 S 2991C>A I997I 0.0158730158730159 997 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24575 NC_045512.2;24575;C;A C A 63 62 1 S 3013C>A Q1005K 0.0158730158730159 1005 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24654 NC_045512.2;24654;A;C A C 63 62 1 S 3092A>C E1031A 0.0158730158730159 1031 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24682 NC_045512.2;24682;T;G T G 63 62 1 S 3120T>G V1040V 0.0158730158730159 1040 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24693 NC_045512.2;24693;G;C G C 42 41 1 S 3131G>C G1044A 0.0238095238095238 1044 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24705 NC_045512.2;24705;A;C A C 85 84 1 S 3143A>C H1048P 0.0117647058823529 1048 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24706 NC_045512.2;24706;T;C T C 86 85 1 S 3144T>C H1048H 0.0116279069767442 1048 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24709 NC_045512.2;24709;TAT;TAAT TAT TAAT 90 88 1 S 3148dupA M1050fs 0.0111111111111111 1049 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24709 NC_045512.2;24709;TAT;GAT TAT GAT 90 88 1 S 3148dupA M1050fs 0.0111111111111111 1049 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24719 NC_045512.2;24719;C;A C A 99 97 1 S 3157C>A P1053T 0.0101010101010101 1053 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24719 NC_045512.2;24719;C;G C G 99 97 1 S 3157C>A P1053T 0.0101010101010101 1053 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24776 NC_045512.2;24776;G;A G A 127 125 2 S 3214G>A E1072K 0.015748031496063 1072 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24821 NC_045512.2;24821;G;C G C 131 129 2 S 3259G>C A1087P 0.0152671755725191 1087 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24867 NC_045512.2;24867;G;T G T 134 132 2 S 3305G>T W1102L 0.0149253731343284 1102 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24914 NC_045512.2;24914;GACA;CACT GACA CACT 134 0 2 S 3352G>C D1118H 0.0149253731343284 1118 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24914 NC_045512.2;24914;GACA;CACA GACA CACA 134 0 131 S 3352G>C D1118H 0.977611940298507 1118 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 24958 NC_045512.2;24958;T;C T C 133 131 2 S 3396T>C I1132I 0.0150375939849624 1132 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25001 NC_045512.2;25001;T;C T C 149 147 2 S 3439T>C S1147P 0.0134228187919463 1147 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25132 NC_045512.2;25132;C;T C T 132 130 2 S 3570C>T A1190A 0.0151515151515152 1190 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25241 NC_045512.2;25241;A;G A G 131 129 2 S 3679A>G I1227V 0.0152671755725191 1227 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25304 NC_045512.2;25304;T;C T C 113 109 4 S 3742T>C C1248R 0.0353982300884956 1248 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25394 NC_045512.2;25394;T;C T C 116 113 2 ORF3a 2T>C M1? 0.0172413793103448 1 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25446 NC_045512.2;25446;T;A T A 116 114 2 ORF3a 54T>A G18G 0.0172413793103448 18 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25479 NC_045512.2;25479;T;C T C 116 114 2 ORF3a 87T>C V29V 0.0172413793103448 29 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25515 NC_045512.2;25515;C;A C A 116 114 2 ORF3a 123C>A L41L 0.0172413793103448 41 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25549 NC_045512.2;25549;CTTGC;CTGC CTTGC CTGC 112 110 2 ORF3a 159delT A54fs 0.0178571428571429 53 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25586 NC_045512.2;25586;T;C T C 82 80 2 ORF3a 194T>C L65P 0.024390243902439 65 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25611 NC_045512.2;25611;CT;AC CT AC 65 64 1 ORF3a 219_220delCTinsAC S74P 0.0153846153846154 73 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25620 NC_045512.2;25620;T;G T G 70 69 1 ORF3a 228T>G G76G 0.0142857142857143 76 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25624 NC_045512.2;25624;C;T C T 72 64 8 ORF3a 232C>T H78Y 0.111111111111111 78 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25630 NC_045512.2;25630;G;T G T 72 71 1 ORF3a 238G>T V80F 0.0138888888888889 80 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25635 NC_045512.2;25635;C;G C G 72 71 1 ORF3a 243C>G C81W 0.0138888888888889 81 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25638 NC_045512.2;25638;C;T C T 72 63 9 ORF3a 246C>T N82N 0.125 82 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25643 NC_045512.2;25643;T;G T G 71 70 1 ORF3a 251T>G L84R 0.0140845070422535 84 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25673 NC_045512.2;25673;T;A T A 42 41 1 ORF3a 281T>A L94H 0.0238095238095238 94 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25687 NC_045512.2;25687;G;A G A 9 8 1 ORF3a 295G>A A99T 0.111111111111111 99 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25698 NC_045512.2;25698;A;C A C 15 14 1 ORF3a 306A>C E102D 0.0666666666666667 102 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25716 NC_045512.2;25716;T;C T C 18 16 2 ORF3a 324T>C L108L 0.111111111111111 108 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25718 NC_045512.2;25718;A;T A T 18 17 1 ORF3a 326A>T Y109F 0.0555555555555556 109 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25740 NC_045512.2;25740;G;T G T 17 15 2 ORF3a 348G>T Q116H 0.117647058823529 116 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25795 NC_045512.2;25795;T;C T C 18 17 1 ORF3a 403T>C S135P 0.0555555555555556 135 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25855 NC_045512.2;25855;G;T G T 18 17 1 ORF3a 463G>T D155Y 0.0555555555555556 155 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 25862 NC_045512.2;25862;G;T G T 18 17 1 ORF3a 470G>T C157F 0.0555555555555556 157 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26010 NC_045512.2;26010;C;T C T 4 3 1 ORF3a 618C>T Y206Y 0.25 206 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26064 NC_045512.2;26064;T;G T G 8 7 1 ORF3a 672T>G G224G 0.125 224 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26171 NC_045512.2;26171;T;C T C 8 4 4 ORF3a 779T>C M260T 0.5 260 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26187 NC_045512.2;26187;T;C T C 8 6 2 ORF3a 795T>C D265D 0.25 265 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26213 NC_045512.2;26213;CTTTGTA;CTTGTA CTTTGTA CTTGTA 18 17 1 ORF3a 824delT L275fs 0.0555555555555556 274 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26271 NC_045512.2;26271;A;C A C 24 23 1 E 27A>C T9T 0.0416666666666667 9 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26308 NC_045512.2;26308;G;T G T 33 32 1 E 64G>T A22S 0.0303030303030303 22 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26312 NC_045512.2;26312;T;A T A 32 30 2 E 68T>A F23Y 0.0625 23 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26450 NC_045512.2;26450;G;A G A 29 28 1 E 206G>A R69K 0.0344827586206897 69 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26451 NC_045512.2;26451;A;C A C 26 25 1 E 207A>C R69S 0.0384615384615385 69 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26602 NC_045512.2;26602;T;A T A 39 38 1 M 80T>A L27Q 0.0256410256410256 27 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26612 NC_045512.2;26612;A;G A G 50 48 1 M 90A>G T30T 0.02 30 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26612 NC_045512.2;26612;A;T A T 50 48 1 M 90A>G T30T 0.02 30 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26669 NC_045512.2;26669;T;G T G 58 57 1 M 147T>G I49M 0.0172413793103448 49 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26718 NC_045512.2;26718;G;T G T 59 57 2 M 196G>T V66L 0.0338983050847458 66 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26720 NC_045512.2;26720;G;T G T 59 57 2 M 198G>T V66V 0.0338983050847458 66 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26731 NC_045512.2;26731;T;C T C 59 57 2 M 209T>C V70A 0.0338983050847458 70 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26766 NC_045512.2;26766;A;C A C 58 57 1 M 244A>C I82L 0.0172413793103448 82 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26785 NC_045512.2;26785;T;C T C 58 56 2 M 263T>C V88A 0.0344827586206897 88 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26810 NC_045512.2;26810;C;A C A 59 58 1 M 288C>A F96L 0.0169491525423729 96 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26816 NC_045512.2;26816;TT;GG TT GG 56 55 1 M 294_295delTTinsGG S99A 0.0178571428571429 98 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26827 NC_045512.2;26827;T;C T C 33 32 1 M 305T>C L102P 0.0303030303030303 102 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26832 NC_045512.2;26832;G;T G T 32 31 1 M 310G>T A104S 0.03125 104 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 26890 NC_045512.2;26890;C;T C T 138 136 2 M 368C>T P123L 0.0144927536231884 123 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27142 NC_045512.2;27142;A;C A C 156 154 2 M 620A>C N207T 0.0128205128205128 207 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27163 NC_045512.2;27163;G;T G T 140 127 13 M 641G>T S214I 0.0928571428571429 214 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27214 NC_045512.2;27214;G;T G T 95 94 1 ORF6 13G>T V5F 0.0105263157894737 5 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27215 NC_045512.2;27215;T;G T G 85 83 2 ORF6 14T>G V5G 0.0235294117647059 5 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27217 NC_045512.2;27217;G;C G C 37 36 1 ORF6 16G>C D6H 0.027027027027027 6 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27224 NC_045512.2;27224;A;G A G 37 36 1 ORF6 23A>G Q8R 0.027027027027027 8 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27237 NC_045512.2;27237;A;C A C 40 39 1 ORF6 36A>C A12A 0.025 12 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27240 NC_045512.2;27240;G;A G A 41 40 1 ORF6 39G>A E13E 0.024390243902439 13 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27279 NC_045512.2;27279;T;G T G 41 40 1 ORF6 78T>G I26M 0.024390243902439 26 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27285 NC_045512.2;27285;T;G T G 42 41 1 ORF6 84T>G N28K 0.0238095238095238 28 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27289 NC_045512.2;27289;G;T G T 42 41 1 ORF6 88G>T D30Y 0.0238095238095238 30 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27366 NC_045512.2;27366;G;T G T 42 38 4 ORF6 165G>T E55D 0.0952380952380952 55 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27386 NC_045512.2;27386;A;C A C 41 40 1 ORF6 185A>C Ter62Sext*? 0.024390243902439 62 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27447 NC_045512.2;27447;T;G T G 57 56 1 ORF7a 54T>G Y18* 0.0175438596491228 18 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27460 NC_045512.2;27460;T;G T G 67 66 1 ORF7a 67T>G C23G 0.0149253731343284 23 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27468 NC_045512.2;27468;A;G A G 66 65 1 ORF7a 75A>G R25R 0.0151515151515152 25 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27472 NC_045512.2;27472;A;T A T 69 68 1 ORF7a 79A>T T27S 0.0144927536231884 27 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27478 NC_045512.2;27478;G;A G A 69 68 1 ORF7a 85G>A V29I 0.0144927536231884 29 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27484 NC_045512.2;27484;T;C T C 69 67 2 ORF7a 91T>C L31L 0.0289855072463768 31 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27542 NC_045512.2;27542;C;A C A 68 67 1 ORF7a 149C>A A50D 0.0147058823529412 50 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27557 NC_045512.2;27557;C;A C A 94 93 1 ORF7a 164C>A A55E 0.0106382978723404 55 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27558 NC_045512.2;27558;A;C A C 95 94 1 ORF7a 165A>C A55A 0.0105263157894737 55 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27621 NC_045512.2;27621;G;T G T 101 89 12 ORF7a 228G>T Q76H 0.118811881188119 76 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27647 NC_045512.2;27647;A;C A C 101 99 2 ORF7a 254A>C K85T 0.0198019801980198 85 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27690 NC_045512.2;27690;A;C A C 99 98 1 ORF7a 297A>C P99P 0.0101010101010101 99 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27691 NC_045512.2;27691;A;C A C 98 97 1 ORF7a 298A>C I100L 0.0102040816326531 100 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27700 NC_045512.2;27700;A;T A T 99 97 2 ORF7a 307A>T I103F 0.0202020202020202 103 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27703 NC_045512.2;27703;G;T G T 97 96 1 ORF7a 310G>T V104F 0.0103092783505155 104 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27722 NC_045512.2;27722;T;G T G 97 96 1 ORF7a 329T>G I110R 0.0103092783505155 110 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27741 NC_045512.2;27741;C;A C A 96 95 1 ORF7a 348C>A L116L 0.0104166666666667 116 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27742 NC_045512.2;27742;A;C A C 95 94 1 ORF7a 349A>C K117Q 0.0105263157894737 117 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27779 NC_045512.2;27779;C;T C T 54 53 1 ORF7b 24C>T D8D 0.0185185185185185 8 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27837 NC_045512.2;27837;T;C T C 93 92 1 ORF7b 82T>C F28L 0.010752688172043 28 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27848 NC_045512.2;27848;A;G A G 83 82 1 ORF7b 93A>G S31S 0.0120481927710843 31 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27853 NC_045512.2;27853;A;T A T 87 86 1 ORF7b 98A>T E33V 0.0114942528735632 33 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27860 NC_045512.2;27860;A;C A C 72 70 1 ORF7b 105A>C Q35H 0.0138888888888889 35 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27860 NC_045512.2;27860;A;G A G 72 70 1 ORF7b 105A>C Q35H 0.0138888888888889 35 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27865 NC_045512.2;27865;A;G A G 78 77 1 ORF7b 110A>G H37R 0.0128205128205128 37 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27867 NC_045512.2;27867;A;C A C 80 79 1 ORF7b 112A>C N38H 0.0125 38 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27945 NC_045512.2;27945;C;T C T 114 112 2 ORF8 52C>T Q18* 0.0175438596491228 18 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27972 NC_045512.2;27972;C;T C T 114 0 114 ORF8 79C>T Q27* 1 27 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 27989 NC_045512.2;27989;A;T A T 114 112 2 ORF8 96A>T V32V 0.0175438596491228 32 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28011 NC_045512.2;28011;C;T C T 114 104 10 ORF8 118C>T H40Y 0.087719298245614 40 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28040 NC_045512.2;28040;A;C A C 114 112 2 ORF8 147A>C V49V 0.0175438596491228 49 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28048 NC_045512.2;28048;G;T G T 114 0 114 ORF8 155G>T R52I 1 52 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28076 NC_045512.2;28076;C;T C T 113 109 4 ORF8 183C>T C61C 0.0353982300884956 61 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28095 NC_045512.2;28095;A;T A T 152 138 14 ORF8 202A>T K68* 0.0921052631578947 68 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28111 NC_045512.2;28111;A;G A G 155 0 155 ORF8 218A>G Y73C 1 73 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28178 NC_045512.2;28178;G;A G A 197 195 2 ORF8 285G>A L95L 0.0101522842639594 95 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28217 NC_045512.2;28217;T;C T C 199 196 2 ORF8 324T>C F108F 0.0100502512562814 108 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28250 NC_045512.2;28250;TTTCAT;TCTGTTCT TTTCAT TCTGTTCT 201 195 3 ORF8 358_361delTTCAinsCTGTTC F120fs 0.0149253731343284 119 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28280 NC_045512.2;28280;GAT;CTA GAT CTA 200 0 200 N 7_9delGATinsCTA D3L 1 3 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28295 NC_045512.2;28295;A;G A G 201 192 8 N 22A>G N8D 0.0398009950248756 8 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28338 NC_045512.2;28338;A;C A C 198 195 3 N 65A>C D22A 0.0151515151515152 22 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28434 NC_045512.2;28434;C;T C T 148 146 2 N 161C>T T54I 0.0135135135135135 54 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28477 NC_045512.2;28477;A;G A G 65 64 1 N 204A>G R68R 0.0153846153846154 68 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28487 NC_045512.2;28487;G;A G A 110 107 3 N 214G>A V72I 0.0272727272727273 72 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28524 NC_045512.2;28524;T;G T G 111 109 2 N 251T>G I84S 0.018018018018018 84 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28525 NC_045512.2;28525;T;G T G 107 103 4 N 252T>G I84M 0.0373831775700935 84 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28539 NC_045512.2;28539;G;T G T 113 107 6 N 266G>T R89I 0.0530973451327434 89 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28549 NC_045512.2;28549;ACGA;AA ACGA AA 113 101 12 N 277_278delCG R93fs 0.106194690265487 92 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28568 NC_045512.2;28568;G;C G C 113 111 2 N 295G>C G99R 0.0176991150442478 99 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28653 NC_045512.2;28653;A;C A C 113 111 2 N 380A>C K127T 0.0176991150442478 127 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28657 NC_045512.2;28657;C;T C T 113 101 12 N 384C>T D128D 0.106194690265487 128 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28718 NC_045512.2;28718;C;T C T 92 91 1 N 445C>T R149C 0.0108695652173913 149 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28719 NC_045512.2;28719;G;T G T 92 87 5 N 446G>T R149L 0.0543478260869565 149 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28725 NC_045512.2;28725;C;T C T 92 90 2 N 452C>T P151L 0.0217391304347826 151 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28739 NC_045512.2;28739;G;T G T 91 88 3 N 466G>T A156S 0.032967032967033 156 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28746 NC_045512.2;28746;T;A T A 93 92 1 N 473T>A V158E 0.010752688172043 158 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28750 NC_045512.2;28750;A;G A G 94 93 1 N 477A>G L159L 0.0106382978723404 159 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28753 NC_045512.2;28753;A;C A C 97 95 1 N 480A>C Q160H 0.0103092783505155 160 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28753 NC_045512.2;28753;A;G A G 97 95 1 N 480A>C Q160H 0.0103092783505155 160 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28782 NC_045512.2;28782;G;T G T 64 63 1 N 509G>T G170V 0.015625 170 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28786 NC_045512.2;28786;C;A C A 64 63 1 N 513C>A F171L 0.015625 171 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28802 NC_045512.2;28802;A;G A G 64 63 1 N 529A>G R177G 0.015625 177 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28827 NC_045512.2;28827;G;T G T 69 68 1 N 554G>T R185L 0.0144927536231884 185 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28835 NC_045512.2;28835;T;G T G 69 68 1 N 562T>G S188A 0.0144927536231884 188 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28847 NC_045512.2;28847;A;G A G 69 68 1 N 574A>G N192D 0.0144927536231884 192 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28853 NC_045512.2;28853;T;G T G 69 68 1 N 580T>G S194A 0.0144927536231884 194 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28858 NC_045512.2;28858;AAA;CAT AAA CAT 69 68 1 N 585_587delAAAinsCAT RN195SI 0.0144927536231884 195 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28865 NC_045512.2;28865;A;C A C 69 68 1 N 592A>C T198P 0.0144927536231884 198 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28874 NC_045512.2;28874;A;G A G 69 68 1 N 601A>G S201G 0.0144927536231884 201 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGGGAAC;AACGAAT GGGGAAC AACGAAT 69 0 2 N 608_610delGGGinsAAC RG203KR 0.0289855072463768 203 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGGGAAC;AACGAAC GGGGAAC AACGAAC 69 0 66 N 608_610delGGGinsAAC RG203KR 0.956521739130435 203 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28889 NC_045512.2;28889;T;A T A 69 68 1 N 616T>A S206T 0.0144927536231884 206 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28895 NC_045512.2;28895;GCTAG;GG GCTAG GG 69 64 4 N 623_625delCTA A208_R209delinsG 0.0579710144927536 208 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28895 NC_045512.2;28895;GCTAG;GCAAG GCTAG GCAAG 69 64 1 N 623_625delCTA A208_R209delinsG 0.0144927536231884 208 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28900 NC_045512.2;28900;A;G A G 69 68 1 N 627A>G R209R 0.0144927536231884 209 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28905 NC_045512.2;28905;C;T C T 69 67 2 N 632C>T A211V 0.0289855072463768 211 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28960 NC_045512.2;28960;G;T G T 65 63 2 N 687G>T Q229H 0.0307692307692308 229 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28963 NC_045512.2;28963;T;G T G 65 64 1 N 690T>G L230L 0.0153846153846154 230 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28975 NC_045512.2;28975;G;T G T 65 61 4 N 702G>T M234I 0.0615384615384615 234 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28977 NC_045512.2;28977;C;T C T 65 4 61 N 704C>T S235F 0.938461538461539 235 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28984 NC_045512.2;28984;A;C A C 44 43 1 N 711A>C K237N 0.0227272727272727 237 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28988 NC_045512.2;28988;C;T C T 74 73 1 N 715C>T Q239* 0.0135135135135135 239 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 28991 NC_045512.2;28991;C;A C A 80 79 1 N 718C>A Q240K 0.0125 240 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29030 NC_045512.2;29030;G;A G A 91 90 1 N 757G>A E253K 0.010989010989011 253 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29034 NC_045512.2;29034;C;T C T 91 90 1 N 761C>T A254V 0.010989010989011 254 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29071 NC_045512.2;29071;A;G A G 61 60 1 N 798A>G K266K 0.0163934426229508 266 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29081 NC_045512.2;29081;G;T G T 98 86 12 N 808G>T V270L 0.122448979591837 270 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29149 NC_045512.2;29149;C;T C T 106 104 2 N 876C>T I292I 0.0188679245283019 292 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29170 NC_045512.2;29170;A;C A C 106 104 2 N 897A>C K299N 0.0188679245283019 299 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29219 NC_045512.2;29219;G;T G T 106 104 2 N 946G>T G316* 0.0188679245283019 316 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29240 NC_045512.2;29240;G;C G C 98 97 1 N 967G>C E323Q 0.0102040816326531 323 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29277 NC_045512.2;29277;G;T G T 99 98 1 N 1004G>T G335V 0.0101010101010101 335 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29278 NC_045512.2;29278;T;A T A 99 98 1 N 1005T>A G335G 0.0101010101010101 335 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29279 NC_045512.2;29279;G;T G T 98 97 1 N 1006G>T A336S 0.0102040816326531 336 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29283 NC_045512.2;29283;T;C T C 95 94 1 N 1010T>C I337T 0.0105263157894737 337 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29300 NC_045512.2;29300;G;A G A 58 57 1 N 1027G>A D343N 0.0172413793103448 343 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29304 NC_045512.2;29304;C;A C A 58 57 1 N 1031C>A P344Q 0.0172413793103448 344 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29344 NC_045512.2;29344;T;G T G 59 58 1 N 1071T>G I357M 0.0169491525423729 357 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29369 NC_045512.2;29369;A;C A C 52 50 1 N 1096A>C T366P 0.0192307692307692 366 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29369 NC_045512.2;29369;A;G A G 52 50 1 N 1096A>C T366P 0.0192307692307692 366 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29401 NC_045512.2;29401;T;A T A 14 13 1 N 1128T>A A376A 0.0714285714285714 376 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29420 NC_045512.2;29420;C;A C A 14 13 1 N 1147C>A P383T 0.0714285714285714 383 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29431 NC_045512.2;29431;G;A G A 14 13 1 N 1158G>A Q386Q 0.0714285714285714 386 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29433 NC_045512.2;29433;A;G A G 14 13 1 N 1160A>G K387R 0.0714285714285714 387 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29570 NC_045512.2;29570;A;C A C 53 51 2 ORF10 13A>C N5H 0.0377358490566038 5 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29580 NC_045512.2;29580;CTTTTCCG;CTTTCCG CTTTTCCG CTTTCCG 53 47 2 ORF10 27delT P10fs 0.0377358490566038 8 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29580 NC_045512.2;29580;CTTTTCCG;TTTTTCCG CTTTTCCG TTTTTCCG 53 47 4 ORF10 27delT P10fs 0.0754716981132076 8 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29594 NC_045512.2;29594;A;T A T 52 51 1 ORF10 37A>T I13L 0.0192307692307692 13 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 29607 NC_045512.2;29607;T;C T C 51 50 1 ORF10 50T>C L17P 0.0196078431372549 17 SampleB_freebayes_ann NC_045512.2 280 NC_045512.2;280;CC;TT CC TT 495 302 192 ORF1a 15_16delCCinsTT P6S 0.387878787878788 5 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 335 NC_045512.2;335;CGC;TGT CGC TGT 783 609 170 ORF1a 70_72delCGCinsTGT R24C 0.217113665389527 24 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 346 NC_045512.2;346;C;T C T 914 904 10 ORF1a 81C>T L27L 0.0109409190371991 27 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 396 NC_045512.2;396;A;G A G 1364 1344 19 ORF1a 131A>G Q44R 0.0139296187683284 44 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 613 NC_045512.2;613;G;A G A 1438 247 1191 ORF1a 348G>A V116V 0.828233657858136 116 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 682 NC_045512.2;682;T;C T C 1852 1771 79 ORF1a 417T>C D139D 0.0426565874730022 139 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 823 NC_045512.2;823;C;T C T 1547 1524 22 ORF1a 558C>T V186V 0.0142210730446025 186 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 895 NC_045512.2;895;A;T A T 1742 1653 89 ORF1a 630A>T K210N 0.0510907003444317 210 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 913 NC_045512.2;913;C;T C T 1739 1471 262 ORF1a 648C>T S216S 0.15066129959747 216 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1048 NC_045512.2;1048;G;T G T 3251 938 2313 ORF1a 783G>T K261N 0.711473392802215 261 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1259 NC_045512.2;1259;C;T C T 2654 2459 194 ORF1a 994C>T Q332* 0.0730972117558402 332 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1441 NC_045512.2;1441;C;T C T 1222 1203 18 ORF1a 1176C>T G392G 0.0147299509001637 392 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1469 NC_045512.2;1469;C;T C T 1145 1036 109 ORF1a 1204C>T R402C 0.0951965065502183 402 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1485 NC_045512.2;1485;GAG;GG GAG GG 1076 867 206 ORF1a 1221delA G408fs 0.191449814126394 407 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1644 NC_045512.2;1644;ACAT;CCAA ACAT CCAA 3724 3669 43 ORF1a 1379_1382delACATinsCCAA NI460TN 0.011546723952739 460 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1656 NC_045512.2;1656;TTGG;ATGT TTGG ATGT 3885 3811 61 ORF1a 1391_1394delTTGGinsATGT VG464DV 0.0157014157014157 464 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1700 NC_045512.2;1700;T;C T C 4549 4481 66 ORF1a 1435T>C S479P 0.0145086832270829 479 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 1820 NC_045512.2;1820;G;A G A 4790 4561 225 ORF1a 1555G>A G519S 0.046972860125261 519 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 2095 NC_045512.2;2095;G;A G A 1292 1273 16 ORF1a 1830G>A S610S 0.0123839009287926 610 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 2155 NC_045512.2;2155;G;A G A 1466 1443 20 ORF1a 1890G>A W630* 0.0136425648021828 630 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 2763 NC_045512.2;2763;TGC;TC TGC TC 2954 2410 532 ORF1a 2499delG Q834fs 0.180094786729858 833 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3037 NC_045512.2;3037;CTAC;TTAT CTAC TTAT 2053 0 326 ORF1a 2772C>T F924F 0.158792011690209 924 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3037 NC_045512.2;3037;CTAC;TTAC CTAC TTAC 2053 0 1726 ORF1a 2772C>T F924F 0.840720896249391 924 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3244 NC_045512.2;3244;C;T C T 3062 3019 43 ORF1a 2979C>T G993G 0.0140431090790333 993 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3267 NC_045512.2;3267;C;T C T 3354 524 2829 ORF1a 3002C>T T1001I 0.843470483005367 1001 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3290 NC_045512.2;3290;C;G C G 3816 3719 92 ORF1a 3025C>G Q1009E 0.0241090146750524 1009 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3327 NC_045512.2;3327;AGA;AA AGA AA 3813 3293 509 ORF1a 3063delG T1022fs 0.133490689745607 1021 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3483 NC_045512.2;3483;G;T G T 2793 2753 35 ORF1a 3218G>T G1073V 0.012531328320802 1073 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3491 NC_045512.2;3491;AA;TT AA TT 2589 2540 47 ORF1a 3226_3227delAAinsTT N1076F 0.0181537273078409 1076 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3500 NC_045512.2;3500;A;C A C 2368 2319 49 ORF1a 3235A>C T1079P 0.0206925675675676 1079 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3522 NC_045512.2;3522;A;T A T 1893 1737 156 ORF1a 3257A>T E1086V 0.0824088748019018 1086 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3668 NC_045512.2;3668;T;G T G 1674 1656 17 ORF1a 3403T>G Y1135D 0.0101553166069295 1135 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 3961 NC_045512.2;3961;C;T C T 455 450 5 ORF1a 3696C>T I1232I 0.010989010989011 1232 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4038 NC_045512.2;4038;A;C A C 363 357 6 ORF1a 3773A>C D1258A 0.0165289256198347 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4102 NC_045512.2;4102;A;T A T 1952 1932 20 ORF1a 3837A>T L1279F 0.0102459016393443 1279 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4162 NC_045512.2;4162;G;T G T 2283 2001 282 ORF1a 3897G>T V1299V 0.123521681997372 1299 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4181 NC_045512.2;4181;G;T G T 2202 934 1267 ORF1a 3916G>T A1306S 0.575386012715713 1306 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4268 NC_045512.2;4268;A;G A G 2364 2332 32 ORF1a 4003A>G N1335D 0.0135363790186125 1335 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4435 NC_045512.2;4435;T;C T C 1857 1831 25 ORF1a 4170T>C P1390P 0.0134625740441572 1390 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4747 NC_045512.2;4747;T;C T C 644 627 16 ORF1a 4482T>C S1494S 0.0248447204968944 1494 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4752 NC_045512.2;4752;C;T C T 643 553 89 ORF1a 4487C>T T1496I 0.138413685847589 1496 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4839 NC_045512.2;4839;T;C T C 596 590 6 ORF1a 4574T>C I1525T 0.0100671140939597 1525 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4850 NC_045512.2;4850;A;G A G 650 642 8 ORF1a 4585A>G K1529E 0.0123076923076923 1529 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4955 NC_045512.2;4955;GAAGT;GAGT GAAGT GAGT 1155 1091 13 ORF1a 4692delA V1565fs 0.0112554112554113 1564 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 4955 NC_045512.2;4955;GAAGT;GACGT GAAGT GACGT 1155 1091 48 ORF1a 4692delA V1565fs 0.0415584415584416 1564 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5118 NC_045512.2;5118;TTT;AAA TTT AAA 2311 2265 43 ORF1a 4853_4855delTTTinsAAA FY1618* 0.0186066637819126 1618 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5182 NC_045512.2;5182;T;C T C 1991 1486 503 ORF1a 4917T>C D1639D 0.252636865896534 1639 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5184 NC_045512.2;5184;C;T C T 1997 1661 332 ORF1a 4919C>T P1640L 0.166249374061092 1640 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5239 NC_045512.2;5239;C;T C T 1769 1265 502 ORF1a 4974C>T Y1658Y 0.283776144714528 1658 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5283 NC_045512.2;5283;AC;GT AC GT 1943 1901 36 ORF1a 5018_5019delACinsGT N1673S 0.0185280494081318 1673 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5388 NC_045512.2;5388;C;A C A 1638 945 691 ORF1a 5123C>A A1708D 0.421855921855922 1708 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5584 NC_045512.2;5584;A;G A G 1403 1043 359 ORF1a 5319A>G T1773T 0.255880256593015 1773 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5765 NC_045512.2;5765;GG;AC GG AC 638 621 11 ORF1a 5500_5501delGGinsAC G1834T 0.0172413793103448 1834 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5818 NC_045512.2;5818;T;C T C 650 390 260 ORF1a 5553T>C A1851A 0.4 1851 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5909 NC_045512.2;5909;TAT;TT TAT TT 1363 1149 213 ORF1a 5645delA Y1882fs 0.156272927366104 1882 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5944 NC_045512.2;5944;C;T C T 1712 1315 395 ORF1a 5679C>T D1893D 0.230724299065421 1893 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5986 NC_045512.2;5986;CACAG;TACAA CACAG TACAA 1749 655 576 ORF1a 5721_5725delCACAGinsTACAA E1909K 0.329331046312178 1907 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 5986 NC_045512.2;5986;CACAG;TACAG CACAG TACAG 1749 655 504 ORF1a 5721_5725delCACAGinsTACAA E1909K 0.288164665523156 1907 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6401 NC_045512.2;6401;CC;GT CC GT 2996 1228 40 ORF1a 6137C>T P2046L 0.013351134846462 2046 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6401 NC_045512.2;6401;CC;CT CC CT 2996 1228 1723 ORF1a 6137C>T P2046L 0.575100133511349 2046 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6459 NC_045512.2;6459;A;G A G 2778 2731 47 ORF1a 6194A>G N2065S 0.0169186465082793 2065 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6581 NC_045512.2;6581;A;G A G 3950 3899 42 ORF1a 6316A>G T2106A 0.0106329113924051 2106 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6654 NC_045512.2;6654;TTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCT;TT TTAATAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCT TT 2584 2411 90 ORF1a 6394_6420delAGTGTCCCTTGGGATACTATAGCTAAT S2132_N2140del 0.0348297213622291 2130 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6728 NC_045512.2;6728;A;G A G 4495 4361 131 ORF1a 6463A>G N2155D 0.0291434927697442 2155 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6772 NC_045512.2;6772;G;A G A 5961 5882 72 ORF1a 6507G>A M2169I 0.0120785103170609 2169 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 6954 NC_045512.2;6954;T;C T C 4348 1098 3244 ORF1a 6689T>C I2230T 0.746090156393744 2230 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 7124 NC_045512.2;7124;C;T C T 2633 1069 1563 ORF1a 6859C>T P2287S 0.59361944549943 2287 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 7262 NC_045512.2;7262;C;A C A 2907 2866 36 ORF1a 6997C>A L2333I 0.0123839009287926 2333 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 7363 NC_045512.2;7363;G;C G C 3189 2796 387 ORF1a 7098G>C W2366C 0.121354656632173 2366 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 7429 NC_045512.2;7429;A;G A G 2042 1204 835 ORF1a 7164A>G A2388A 0.408912830558276 2388 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8172 NC_045512.2;8172;C;T C T 841 824 17 ORF1a 7907C>T A2636V 0.0202140309155767 2636 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8364 NC_045512.2;8364;A;G A G 897 530 366 ORF1a 8099A>G N2700S 0.408026755852843 2700 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8557 NC_045512.2;8557;A;G A G 1033 660 373 ORF1a 8292A>G K2764K 0.36108422071636 2764 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8565 NC_045512.2;8565;ATAA;GTAG ATAA GTAG 903 592 310 ORF1a 8300_8303delATAAinsGTAG NN2767SS 0.343300110741971 2767 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8634 NC_045512.2;8634;T;C T C 694 622 71 ORF1a 8369T>C I2790T 0.102305475504323 2790 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8716 NC_045512.2;8716;TC;GA TC GA 265 260 5 ORF1a 8451_8452delTCinsGA R2818S 0.0188679245283019 2817 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8782 NC_045512.2;8782;C;A C A 295 291 4 ORF1a 8517C>A S2839R 0.0135593220338983 2839 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8844 NC_045512.2;8844;G;A G A 330 318 12 ORF1a 8579G>A R2860K 0.0363636363636364 2860 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8873 NC_045512.2;8873;C;T C T 293 289 3 ORF1a 8608C>T P2870S 0.0102389078498294 2870 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 8986 NC_045512.2;8986;C;T C T 920 114 804 ORF1a 8721C>T D2907D 0.873913043478261 2907 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9026 NC_045512.2;9026;A;T A T 1113 1042 71 ORF1a 8761A>T I2921F 0.0637915543575921 2921 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9053 NC_045512.2;9053;G;T G T 1082 169 913 ORF1a 8788G>T V2930L 0.843807763401109 2930 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9241 NC_045512.2;9241;A;T A T 1557 1495 60 ORF1a 8976A>T S2992S 0.0385356454720617 2992 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9445 NC_045512.2;9445;T;C T C 1927 1836 91 ORF1a 9180T>C L3060L 0.047223663725999 3060 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9511 NC_045512.2;9511;T;C T C 2576 2355 220 ORF1a 9246T>C T3082T 0.0854037267080745 3082 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9521 NC_045512.2;9521;C;T C T 2683 2625 56 ORF1a 9256C>T L3086F 0.0208721580320537 3086 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9627 NC_045512.2;9627;CTTTTTTAG;CTTTTTAG CTTTTTTAG CTTTTTAG 2471 2424 30 ORF1a 9368delT L3123fs 0.0121408336705787 3121 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9734 NC_045512.2;9734;T;C T C 2465 1803 659 ORF1a 9469T>C F3157L 0.267342799188641 3157 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9865 NC_045512.2;9865;T;C T C 945 934 11 ORF1a 9600T>C P3200P 0.0116402116402116 3200 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 9891 NC_045512.2;9891;C;T C T 1065 691 373 ORF1a 9626C>T A3209V 0.350234741784038 3209 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 10029 NC_045512.2;10029;C;T C T 857 419 437 ORF1a 9764C>T T3255I 0.509918319719953 3255 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 10228 NC_045512.2;10228;C;T C T 3020 2170 847 ORF1a 9963C>T L3321L 0.28046357615894 3321 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 10408 NC_045512.2;10408;C;T C T 2339 1750 587 ORF1a 10143C>T Y3381Y 0.25096194955109 3381 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 10487 NC_045512.2;10487;T;C T C 1268 1208 60 ORF1a 10222T>C C3408R 0.0473186119873817 3408 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11074 NC_045512.2;11074;CTTTTTTTTGTATGA;CTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTGTATGA 552 518 13 ORF1a 10817delT L3606fs 0.0235507246376812 3603 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11074 NC_045512.2;11074;CTTTTTTTTGTATGA;CTTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTGTATGA CTTTTTTTTTGTATGA 552 518 12 ORF1a 10817delT L3606fs 0.0217391304347826 3603 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11151 NC_045512.2;11151;T;A T A 800 788 12 ORF1a 10886T>A V3629D 0.015 3629 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11201 NC_045512.2;11201;A;G A G 801 56 744 ORF1a 10936A>G T3646A 0.928838951310862 3646 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11332 NC_045512.2;11332;A;G A G 1472 674 797 ORF1a 11067A>G V3689V 0.541440217391304 3689 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11418 NC_045512.2;11418;T;C T C 2727 2269 444 ORF1a 11153T>C V3718A 0.162816281628163 3718 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11514 NC_045512.2;11514;C;T C T 2189 1839 349 ORF1a 11249C>T T3750I 0.159433531292828 3750 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11522 NC_045512.2;11522;T;G T G 2266 1963 301 ORF1a 11257T>G F3753V 0.132833186231245 3753 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11593 NC_045512.2;11593;TC;GA TC GA 2530 2495 31 ORF1a 11328_11329delTCinsGA Q3777K 0.0122529644268775 3776 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 11952 NC_045512.2;11952;A;T A T 3760 3720 40 ORF1a 11687A>T N3896I 0.0106382978723404 3896 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 12165 NC_045512.2;12165;C;T C T 4731 4675 48 ORF1a 11900C>T A3967V 0.010145846544071 3967 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 12395 NC_045512.2;12395;G;A G A 2722 2692 28 ORF1a 12130G>A A4044T 0.0102865540044085 4044 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 12421 NC_045512.2;12421;A;G A G 2716 2679 34 ORF1a 12156A>G A4052A 0.0125184094256259 4052 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 12543 NC_045512.2;12543;C;T C T 3019 2977 41 ORF1a 12278C>T S4093L 0.0135806558463067 4093 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13061 NC_045512.2;13061;G;A G A 3822 3763 53 ORF1a 12796G>A V4266I 0.0138670852956567 4266 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13105 NC_045512.2;13105;C;T C T 3664 3555 105 ORF1a 12840C>T Y4280Y 0.0286572052401747 4280 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13162 NC_045512.2;13162;TACACACACT;TACACACT TACACACACT TACACACT 2963 2599 334 ORF1a 12904_12905delAC T4302fs 0.112723590955113 4299 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13514 NC_045512.2;13514;G;A G A 729 713 16 ORF1b 13250G>A G4417D 0.0219478737997256 25 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13617 NC_045512.2;13617;G;A G A 1856 1161 681 ORF1b 13353G>A K4451K 0.366918103448276 59 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13625 NC_045512.2;13625;ATG;AG ATG AG 1903 1859 43 ORF1b 13362delT D4454fs 0.022595901208618 62 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13837 NC_045512.2;13837;C;T C T 3272 3183 88 ORF1b 13573C>T H4525Y 0.0268948655256724 132 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13884 NC_045512.2;13884;ATA;AA ATA AA 3158 3117 38 ORF1b 13621delT Y4541fs 0.0120329322355921 148 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 13948 NC_045512.2;13948;G;T G T 2345 1889 452 ORF1b 13684G>T D4562Y 0.192750533049041 169 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14343 NC_045512.2;14343;T;C T C 3163 2919 243 ORF1b 14079T>C C4693C 0.07682579829276 301 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14408 NC_045512.2;14408;C;T C T 2866 3 2863 ORF1b 14144C>T P4715L 0.998953244940684 323 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14599 NC_045512.2;14599;C;T C T 1918 1293 624 ORF1b 14335C>T L4779L 0.32533889468196 386 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14676 NC_045512.2;14676;C;T C T 2867 2494 371 ORF1b 14412C>T P4804P 0.129403557725846 412 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14925 NC_045512.2;14925;C;T C T 1720 1651 68 ORF1b 14661C>T V4887V 0.0395348837209302 495 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 14960 NC_045512.2;14960;A;T A T 1845 1803 42 ORF1b 14696A>T N4899I 0.0227642276422764 507 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15081 NC_045512.2;15081;C;A C A 1823 1800 19 ORF1b 14817C>A A4939A 0.0104223806911684 547 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15099 NC_045512.2;15099;A;G A G 1724 1702 20 ORF1b 14835A>G R4945R 0.0116009280742459 553 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15112 NC_045512.2;15112;G;A G A 1742 1719 22 ORF1b 14848G>A A4950T 0.0126291618828932 557 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15279 NC_045512.2;15279;C;T C T 1355 672 679 ORF1b 15015C>T H5005H 0.501107011070111 613 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15451 NC_045512.2;15451;G;A G A 1065 639 426 ORF1b 15187G>A G5063S 0.4 670 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15610 NC_045512.2;15610;C;T C T 2649 2587 61 ORF1b 15346C>T Q5116* 0.0230275575688939 723 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15682 NC_045512.2;15682;TATT;AATA TATT AATA 3135 3065 62 ORF1b 15418_15421delTATTinsAATA YL5140NM 0.0197767145135566 747 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15765 NC_045512.2;15765;A;G A G 2620 2591 29 ORF1b 15501A>G L5167L 0.0110687022900763 775 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 15924 NC_045512.2;15924;C;T C T 3061 3024 37 ORF1b 15660C>T Y5220Y 0.0120875530872264 828 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 16047 NC_045512.2;16047;T;C T C 3555 3144 409 ORF1b 15783T>C L5261L 0.115049226441632 869 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 16176 NC_045512.2;16176;T;C T C 2173 1925 247 ORF1b 15912T>C T5304T 0.113667740450989 912 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 16466 NC_045512.2;16466;C;T C T 1646 33 1613 ORF1b 16202C>T P5401L 0.979951397326853 1009 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 16816 NC_045512.2;16816;C;T C T 1179 878 301 ORF1b 16552C>T Q5518* 0.255301102629347 1125 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 17218 NC_045512.2;17218;G;C G C 2615 2579 35 ORF1b 16954G>C D5652H 0.0133843212237094 1259 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 17814 NC_045512.2;17814;G;A G A 1401 1158 241 ORF1b 17550G>A L5850L 0.172019985724483 1458 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18564 NC_045512.2;18564;A;C A C 2012 1986 26 ORF1b 18300A>C K6100N 0.0129224652087475 1708 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18585 NC_045512.2;18585;A;G A G 1713 1666 34 ORF1b 18321A>G V6107V 0.0198482194979568 1715 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18589 NC_045512.2;18589;G;T G T 1666 1595 68 ORF1b 18325G>T V6109F 0.0408163265306122 1716 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18591 NC_045512.2;18591;C;A C A 1626 1549 22 ORF1b 18327C>A V6109V 0.013530135301353 1717 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18591 NC_045512.2;18591;C;G C G 1626 1549 53 ORF1b 18327C>A V6109V 0.0325953259532595 1717 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18596 NC_045512.2;18596;G;T G T 1560 1519 36 ORF1b 18332G>T W6111L 0.0230769230769231 1719 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18607 NC_045512.2;18607;T;G T G 2032 1989 37 ORF1b 18343T>G F6115V 0.0182086614173228 1722 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18634 NC_045512.2;18634;G;T G T 2484 2453 30 ORF1b 18370G>T V6124L 0.0120772946859903 1731 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 18977 NC_045512.2;18977;A;G A G 3941 3433 507 ORF1b 18713A>G Q6238R 0.128647551382898 1846 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19132 NC_045512.2;19132;G;T G T 5691 5556 135 ORF1b 18868G>T E6290* 0.0237216657880865 1897 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19137 NC_045512.2;19137;A;C A C 5642 5525 114 ORF1b 18873A>C L6291F 0.0202056008507621 1899 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19165 NC_045512.2;19165;A;G A G 5857 5683 172 ORF1b 18901A>G K6301E 0.0293665699163394 1908 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19220 NC_045512.2;19220;C;T C T 5406 1886 3517 ORF1b 18956C>T A6319V 0.650573436921939 1927 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19245 NC_045512.2;19245;C;T C T 5068 4668 399 ORF1b 18981C>T D6327D 0.0787292817679558 1935 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19333 NC_045512.2;19333;G;T G T 4077 2976 1101 ORF1b 19069G>T D6357Y 0.270051508462104 1964 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19452 NC_045512.2;19452;T;A T A 3420 3372 42 ORF1b 19188T>A A6396A 0.012280701754386 2004 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19751 NC_045512.2;19751;A;T A T 917 904 12 ORF1b 19487A>T E6496V 0.0130861504907306 2104 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19887 NC_045512.2;19887;A;G A G 1166 1133 33 ORF1b 19623A>G K6541K 0.0283018867924528 2149 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19895 NC_045512.2;19895;C;T C T 1174 1155 18 ORF1b 19631C>T A6544V 0.0153321976149915 2152 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 19983 NC_045512.2;19983;CTTTTTTGA;CTTTTTGA CTTTTTTGA CTTTTTGA 941 897 24 ORF1b 19725delT F6575fs 0.0255047821466525 2181 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 20088 NC_045512.2;20088;T;C T C 976 966 10 ORF1b 19824T>C G6608G 0.0102459016393443 2216 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 20633 NC_045512.2;20633;T;C T C 2089 1923 166 ORF1b 20369T>C V6790A 0.0794638583054093 2398 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 20686 NC_045512.2;20686;G;A G A 1937 1901 36 ORF1b 20422G>A A6808T 0.0185854414042334 2415 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 20897 NC_045512.2;20897;C;A C A 1649 1609 40 ORF1b 20633C>A P6878Q 0.0242571255306246 2486 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 20912 NC_045512.2;20912;T;A T A 1786 1762 20 ORF1b 20648T>A L6883* 0.0111982082866741 2491 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21004 NC_045512.2;21004;G;T G T 2194 2124 68 ORF1b 20740G>T A6914S 0.0309936189608022 2521 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21137 NC_045512.2;21137;A;G A G 3005 2941 62 ORF1b 20873A>G K6958R 0.0206322795341098 2566 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21357 NC_045512.2;21357;T;C T C 3104 3026 76 ORF1b 21093T>C N7031N 0.0244845360824742 2639 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21408 NC_045512.2;21408;T;A T A 3187 3152 33 ORF1b 21144T>A F7048L 0.010354565422027 2656 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21417 NC_045512.2;21417;A;T A T 3209 3108 101 ORF1b 21153A>T K7051N 0.0314739794328451 2659 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21575 NC_045512.2;21575;C;T C T 2364 1871 489 S 13C>T L5F 0.206852791878173 5 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21618 NC_045512.2;21618;C;G C G 2058 609 1448 S 56C>G T19R 0.703595724003887 19 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21650 NC_045512.2;21650;A;C A C 1834 1636 198 S 88A>C N30H 0.107960741548528 30 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21656 NC_045512.2;21656;TTCACACG;TACC TTCACACG TACC 1573 1501 51 S 95_101delTCACACGinsACC F32fs 0.0324221233312142 32 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21764 NC_045512.2;21764;ATACATGT;AT ATACATGT AT 744 0 744 S 204_209delACATGT H69_V70del 1 68 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21855 NC_045512.2;21855;C;T C T 784 351 433 S 293C>T S98F 0.552295918367347 98 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21974 NC_045512.2;21974;G;C G C 739 390 348 S 412G>C D138H 0.470906630581867 138 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21979 NC_045512.2;21979;ATTTTTGGGTGTTTATTAC;ATTTTGGGTGTTTAC ATTTTTGGGTGTTTATTAC ATTTTGGGTGTTTAC 548 47 12 S 422_431delTGGGTGTTTAinsGGGTGT L141fs 0.0218978102189781 139 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 21979 NC_045512.2;21979;ATTTTTGGGTGTTTATTAC;ATTTTTGGGTGTTTAC ATTTTTGGGTGTTTATTAC ATTTTTGGGTGTTTAC 548 47 482 S 422_431delTGGGTGTTTAinsGGGTGT L141fs 0.87956204379562 139 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22028 NC_045512.2;22028;GAGTTCAG;GG GAGTTCAG GG 505 444 60 S 467_472delAGTTCA E156_R158delinsG 0.118811881188119 156 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22070 NC_045512.2;22070;T;G T G 415 404 11 S 508T>G Y170D 0.0265060240963855 170 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22218 NC_045512.2;22218;GTTTTTCG;GTTTTCG GTTTTTCG GTTTTCG 973 946 12 S 661delT S221fs 0.0123329907502569 219 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22282 NC_045512.2;22282;TTTACTTGCT;TT TTTACTTGCT TT 2520 2139 370 S 723_730delACTTGCTT L241fs 0.146825396825397 240 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22315 NC_045512.2;22315;T;G T G 4311 3944 357 S 753T>G P251P 0.0828114126652749 251 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22600 NC_045512.2;22600;ATTTGC;ATTGC ATTTGC ATTGC 5420 5113 275 S 1041delT F347fs 0.0507380073800738 346 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22643 NC_045512.2;22643;TGT;ACA TGT ACA 3250 3179 66 S 1081_1083delTGTinsACA C361T 0.0203076923076923 361 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22852 NC_045512.2;22852;A;G A G 2894 2473 416 S 1290A>G T430T 0.143745680718728 430 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22917 NC_045512.2;22917;T;G T G 1753 604 1147 S 1355T>G L452R 0.654306902452938 452 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 22995 NC_045512.2;22995;C;A C A 1708 619 1088 S 1433C>A T478K 0.637002341920375 478 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23063 NC_045512.2;23063;A;T A T 1592 1014 578 S 1501A>T N501Y 0.363065326633166 501 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23271 NC_045512.2;23271;C;A C A 3990 3879 99 S 1709C>A A570D 0.024812030075188 570 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23302 NC_045512.2;23302;G;C G C 4207 3556 649 S 1740G>C Q580H 0.154266698359876 580 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23403 NC_045512.2;23403;A;G A G 3572 2 3570 S 1841A>G D614G 0.999440089585666 614 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23472 NC_045512.2;23472;C;A C A 2386 2346 35 S 1910C>A S637Y 0.0146689019279128 637 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23492 NC_045512.2;23492;C;A C A 1868 1835 22 S 1930C>A Q644K 0.0117773019271949 644 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23575 NC_045512.2;23575;C;T C T 456 448 6 S 2013C>T C671C 0.0131578947368421 671 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23604 NC_045512.2;23604;C;G C G 536 0 536 S 2042C>G P681R 1 681 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23746 NC_045512.2;23746;A;G A G 618 559 59 S 2184A>G P728P 0.0954692556634304 728 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23865 NC_045512.2;23865;C;T C T 325 319 6 S 2303C>T T768I 0.0184615384615385 768 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23887 NC_045512.2;23887;CAAAAACACCCAAG;CAAAACACCCAAG CAAAAACACCCAAG CAAAACACCCAAG 304 300 4 S 2330delA N777fs 0.0131578947368421 775 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23910 NC_045512.2;23910;C;T C T 401 395 6 S 2348C>T A783V 0.0149625935162095 783 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 23996 NC_045512.2;23996;C;T C T 555 548 6 S 2434C>T P812S 0.0108108108108108 812 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24110 NC_045512.2;24110;A;C A C 569 512 57 S 2548A>C I850L 0.100175746924429 850 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24201 NC_045512.2;24201;G;A G A 542 529 12 S 2639G>A G880D 0.022140221402214 880 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24320 NC_045512.2;24320;CAAAAATTG;CAAAATTG CAAAAATTG CAAAATTG 537 358 172 S 2763delA K921fs 0.320297951582868 920 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24329 NC_045512.2;24329;A;G A G 563 557 6 S 2767A>G I923V 0.0106571936056838 923 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24410 NC_045512.2;24410;G;A G A 949 580 368 S 2848G>A D950N 0.387776606954689 950 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24506 NC_045512.2;24506;T;G T G 2224 1519 704 S 2944T>G S982A 0.316546762589928 982 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24626 NC_045512.2;24626;G;A G A 2469 2418 45 S 3064G>A A1022T 0.0182260024301337 1022 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24794 NC_045512.2;24794;G;C G C 3784 3110 668 S 3232G>C A1078P 0.176532769556025 1078 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24914 NC_045512.2;24914;G;C G C 4900 3738 1158 S 3352G>C D1118H 0.236326530612245 1118 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 24952 NC_045512.2;24952;A;G A G 4842 4770 70 S 3390A>G I1130M 0.0144568360181743 1130 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25047 NC_045512.2;25047;C;T C T 4648 4309 333 S 3485C>T P1162L 0.0716437177280551 1162 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25243 NC_045512.2;25243;A;G A G 3225 3152 69 S 3681A>G I1227M 0.0213953488372093 1227 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25244 NC_045512.2;25244;G;T G T 3243 2802 439 S 3682G>T V1228L 0.135368485969781 1228 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25277 NC_045512.2;25277;A;T A T 2415 2353 49 S 3715A>T S1239C 0.0202898550724638 1239 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25286 NC_045512.2;25286;A;T A T 2593 2498 74 S 3724A>T S1242C 0.0285383725414578 1242 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25296 NC_045512.2;25296;A;C A C 2571 2375 141 S 3734A>C K1245T 0.0548424737456243 1245 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25296 NC_045512.2;25296;A;T A T 2571 2375 54 S 3734A>C K1245T 0.0210035005834306 1245 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25297 NC_045512.2;25297;GGGC;GGGG GGGC GGGG 2484 2410 63 S 3738C>G G1246G 0.0253623188405797 1245 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25308 NC_045512.2;25308;C;G C G 2591 2521 27 S 3746C>G S1249C 0.0104206869934388 1249 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25308 NC_045512.2;25308;C;T C T 2591 2521 37 S 3746C>G S1249C 0.0142802006947125 1249 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25312 NC_045512.2;25312;T;G T G 2594 2563 29 S 3750T>G C1250W 0.0111796453353894 1250 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25314 NC_045512.2;25314;G;T G T 2511 2398 98 S 3752G>T G1251V 0.0390282755874154 1251 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25316 NC_045512.2;25316;T;C T C 2470 2408 38 S 3754T>C S1252P 0.0153846153846154 1252 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25323 NC_045512.2;25323;GCAAA;GAAAT GCAAA GAAAT 2463 1957 71 S 3762C>A C1254* 0.0288266341859521 1254 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25323 NC_045512.2;25323;GCAAA;CAAAA GCAAA CAAAA 2463 1957 67 S 3762C>A C1254* 0.0272025984571661 1254 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25323 NC_045512.2;25323;GCAAA;GAAAA GCAAA GAAAA 2463 1957 284 S 3762C>A C1254* 0.115306536743808 1254 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25331 NC_045512.2;25331;G;T G T 2694 2510 167 S 3769G>T D1257Y 0.0619896065330364 1257 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;CACG GAAG CACG 2461 1948 70 S 3772G>T E1258* 0.0284437220642015 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;CACC GAAG CACC 2461 1948 48 S 3772G>T E1258* 0.0195042665583096 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;GACC GAAG GACC 2461 1948 48 S 3772G>T E1258* 0.0195042665583096 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;CAAG GAAG CAAG 2461 1948 67 S 3772G>T E1258* 0.0272247054043072 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;TAAG GAAG TAAG 2461 1948 57 S 3772G>T E1258* 0.0231613165379927 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;GACG GAAG GACG 2461 1948 133 S 3772G>T E1258* 0.0540430719219829 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25334 NC_045512.2;25334;GAAG;GAAC GAAG GAAC 2461 1948 35 S 3772G>T E1258* 0.0142218610321008 1258 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25350 NC_045512.2;25350;CAGT;CT CAGT CT 3349 2991 349 S 3789_3790delAG V1264fs 0.104210212003583 1263 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25439 NC_045512.2;25439;A;C A C 4980 4568 409 ORF3a 47A>C K16T 0.0821285140562249 16 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25469 NC_045512.2;25469;C;T C T 4510 684 3826 ORF3a 77C>T S26L 0.848337028824834 26 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25696 NC_045512.2;25696;G;A G A 54 52 2 ORF3a 304G>A E102K 0.037037037037037 102 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25702 NC_045512.2;25702;C;A C A 62 61 1 ORF3a 310C>A P104T 0.0161290322580645 104 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25734 NC_045512.2;25734;C;A C A 68 67 1 ORF3a 342C>A F114L 0.0147058823529412 114 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25750 NC_045512.2;25750;T;C T C 74 72 2 ORF3a 358T>C F120L 0.027027027027027 120 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25785 NC_045512.2;25785;G;T G T 90 80 10 ORF3a 393G>T W131C 0.111111111111111 131 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25797 NC_045512.2;25797;CAAAAACCCAT;CAAAAAACCCAT CAAAAACCCAT CAAAAAACCCAT 96 76 18 ORF3a 410dupA N137fs 0.1875 135 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25797 NC_045512.2;25797;CAAAAACCCAT;CAAAAACCCAC CAAAAACCCAT CAAAAACCCAC 96 76 2 ORF3a 410dupA N137fs 0.0208333333333333 135 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25811 NC_045512.2;25811;T;A T A 97 95 2 ORF3a 419T>A L140H 0.0206185567010309 140 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 25831 NC_045512.2;25831;C;T C T 79 75 4 ORF3a 439C>T L147F 0.0506329113924051 147 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26042 NC_045512.2;26042;CTCAA;TTGAG CTCAA TTGAG 1484 1433 44 ORF3a 650_654delCTCAAinsTTGAG TQ217IE 0.0296495956873315 217 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26057 NC_045512.2;26057;A;C A C 1482 1465 15 ORF3a 665A>C D222A 0.0101214574898785 222 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26069 NC_045512.2;26069;A;G A G 1483 1467 16 ORF3a 677A>G E226G 0.0107889413351315 226 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26089 NC_045512.2;26089;T;A T A 1477 1460 17 ORF3a 697T>A Y233N 0.011509817197021 233 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26108 NC_045512.2;26108;A;T A T 1558 1542 16 ORF3a 716A>T E239V 0.0102695763799743 239 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26141 NC_045512.2;26141;A;T A T 1542 1522 17 ORF3a 749A>T D250V 0.0110246433203632 250 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26145 NC_045512.2;26145;T;C T C 1538 1516 20 ORF3a 753T>C G251G 0.0130039011703511 251 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26533 NC_045512.2;26533;C;T C T 2958 2905 52 M 11C>T S4F 0.017579445571332 4 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26542 NC_045512.2;26542;CTAT;ATAG CTAT ATAG 2947 2808 131 M 20_23delCTATinsATAG TI7NS 0.0444519850695623 7 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26554 NC_045512.2;26554;A;G A G 3289 3248 40 M 32A>G E11G 0.0121617512921861 11 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26611 NC_045512.2;26611;C;G C G 4179 3615 561 M 89C>G T30R 0.13424264178033 30 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26705 NC_045512.2;26705;T;C T C 4508 4311 193 M 183T>C T61T 0.042812777284827 61 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26767 NC_045512.2;26767;T;C T C 3984 1212 2770 M 245T>C I82T 0.695281124497992 82 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 26837 NC_045512.2;26837;T;C T C 3100 3055 44 M 315T>C R105R 0.0141935483870968 105 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27059 NC_045512.2;27059;C;T C T 5267 4956 299 M 537C>T Y179Y 0.0567685589519651 179 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27115 NC_045512.2;27115;G;A G A 4546 4357 184 M 593G>A R198H 0.0404751429828421 198 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27143 NC_045512.2;27143;C;T C T 4401 4125 272 M 621C>T N207N 0.0618041354237673 207 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27285 NC_045512.2;27285;T;A T A 2885 2852 31 ORF6 84T>A N28K 0.0107452339688042 28 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27291 NC_045512.2;27291;TTACA;TA TTACA TA 2674 2606 61 ORF6 91_93delTAC Y31del 0.0228122662677637 30 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27335 NC_045512.2;27335;C;T C T 3108 3027 78 ORF6 134C>T T45I 0.0250965250965251 45 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27344 NC_045512.2;27344;AA;TT AA TT 3040 2943 95 ORF6 143_144delAAinsTT K48I 0.03125 48 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27354 NC_045512.2;27354;A;G A G 3037 2967 68 ORF6 153A>G Q51Q 0.0223905169575239 51 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27527 NC_045512.2;27527;C;T C T 3598 2439 1157 ORF7a 134C>T P45L 0.321567537520845 45 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27566 NC_045512.2;27566;G;T G T 3845 3117 727 ORF7a 173G>T C58F 0.189076723016905 58 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27607 NC_045512.2;27607;A;T A T 4113 3369 744 ORF7a 214A>T K72* 0.180889861415026 72 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27625 NC_045512.2;27625;C;T C T 4049 3973 75 ORF7a 232C>T R78C 0.0185230921215115 78 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27629 NC_045512.2;27629;C;A C A 4112 3313 788 ORF7a 236C>A A79D 0.191634241245136 79 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27638 NC_045512.2;27638;T;C T C 4141 1838 2302 ORF7a 245T>C V82A 0.555904370924897 82 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27652 NC_045512.2;27652;T;A T A 4346 4299 46 ORF7a 259T>A F87I 0.0105844454670962 87 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27696 NC_045512.2;27696;T;C T C 5194 5136 57 ORF7a 303T>C F101F 0.0109742010011552 101 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27752 NC_045512.2;27752;C;T C T 4981 2247 2730 ORF7a 359C>T T120I 0.548082714314395 120 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27777 NC_045512.2;27777;G;A G A 4362 4286 74 ORF7b 22G>A D8N 0.0169646950939936 8 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27857 NC_045512.2;27857;G;A G A 1159 1139 16 ORF7b 102G>A L34L 0.0138050043140639 34 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27864 NC_045512.2;27864;C;A C A 1237 1169 66 ORF7b 109C>A H37N 0.053354890864996 37 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27870 NC_045512.2;27870;GAAAC;TAAAT GAAAC TAAAT 1272 136 17 ORF7b 115G>T E39* 0.0133647798742138 39 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27870 NC_045512.2;27870;GAAAC;TAAAC GAAAC TAAAC 1272 136 25 ORF7b 115G>T E39* 0.0196540880503145 39 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27870 NC_045512.2;27870;GAAAC;GAAAT GAAAC GAAAT 1272 136 1088 ORF7b 115G>T E39* 0.855345911949686 39 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27942 NC_045512.2;27942;C;T C T 1411 1229 182 ORF8 49C>T H17Y 0.128986534372785 17 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27972 NC_045512.2;27972;C;T C T 1308 1152 150 ORF8 79C>T Q27* 0.114678899082569 27 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27981 NC_045512.2;27981;CCA;CTACA CCA CTACA 1259 1239 15 ORF8 88_89insTA P30fs 0.0119142176330421 30 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 27987 NC_045512.2;27987;GTAG;GG GTAG GG 1259 1238 17 ORF8 95_96delTA V32fs 0.0135027799841144 32 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28048 NC_045512.2;28048;G;T G T 1234 1101 133 ORF8 155G>T R52I 0.107779578606159 52 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28095 NC_045512.2;28095;A;T A T 2258 2163 95 ORF8 202A>T K68* 0.0420726306465899 68 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28111 NC_045512.2;28111;A;G A G 2841 1357 1482 ORF8 218A>G Y73C 0.521647307286167 73 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28242 NC_045512.2;28242;GTTTTAGATTTCA;GTTTTAA GTTTTAGATTTCA GTTTTAA 6286 4147 1587 ORF8 353dupT L118fs 0.252465797009227 117 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28242 NC_045512.2;28242;GTTTTAGATTTCA;GTTTTTAGATTTCA GTTTTAGATTTCA GTTTTTAGATTTCA 6286 4147 509 ORF8 353dupT L118fs 0.0809735921094496 117 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28280 NC_045512.2;28280;GAT;CTA GAT CTA 6314 2875 3423 N 7_9delGATinsCTA D3L 0.542128603104213 3 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28295 NC_045512.2;28295;A;G A G 7561 6578 980 N 22A>G N8D 0.129612485121016 8 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28461 NC_045512.2;28461;A;G A G 2180 1392 787 N 188A>G D63G 0.361009174311927 63 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28567 NC_045512.2;28567;C;T C T 2372 2344 26 N 294C>T D98D 0.0109612141652614 98 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28579 NC_045512.2;28579;A;T A T 2340 2254 86 N 306A>T K102N 0.0367521367521368 102 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28598 NC_045512.2;28598;T;C T C 2328 2299 27 N 325T>C Y109H 0.0115979381443299 109 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGGG;AACC GGGG AACC 4147 1 414 N 608G>T R203M 0.0998312032794791 203 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGGG;AACG GGGG AACG 4147 1 1062 N 608G>T R203M 0.25608873884736 203 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28881 NC_045512.2;28881;GGGG;TGGG GGGG TGGG 4147 1 2649 N 608G>T R203M 0.638775018085363 203 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28915 NC_045512.2;28915;CG;TT CG TT 4477 1892 125 N 643G>T G215C 0.027920482465937 214 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28915 NC_045512.2;28915;CG;CT CG CT 4477 1892 2449 N 643G>T G215C 0.547018092472638 214 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28972 NC_045512.2;28972;A;G A G 4047 3939 108 N 699A>G K233K 0.0266864343958488 233 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 28977 NC_045512.2;28977;C;T C T 3909 2408 1501 N 704C>T S235F 0.383985674085444 235 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29000 NC_045512.2;29000;G;T G T 3760 3028 732 N 727G>T G243C 0.19468085106383 243 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29029 NC_045512.2;29029;T;C T C 3572 3497 74 N 756T>C A252A 0.0207166853303471 252 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29039 NC_045512.2;29039;A;T A T 3516 3367 149 N 766A>T K256* 0.0423777019340159 256 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29049 NC_045512.2;29049;G;A G A 3347 3243 101 N 776G>A R259Q 0.0301762772632208 259 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29067 NC_045512.2;29067;CTAAAGCATACAATGT;CT CTAAAGCATACAATGT CT 2118 1911 187 N 798_811delAGCATACAATGTAA K266fs 0.0882908404154863 265 SampleC_freebayes_ann NC_045512.2 29402 NC_045512.2;29402;G;T G T 4271 2642 1623 N 1129G>T D377Y 0.380004682744088 377 SampleC_freebayes_ann