Mercurial > repos > iuc > circos

comparison test-data/alignments/1.maf @ 2:890ef899a3d7 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/circos commit 076837a2e9c2b6ececcea4aa286ea7a412387a96"
author iuc
date Tue, 17 Sep 2019 16:54:24 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:95664f8de269 2:890ef899a3d7
1 ##maf version=1 scoring=lastz.v1.04.00
2 # lastz.v1.04.00 --strand=both --ambiguous=iupac --chain --traceback=160M --format=maf --action:target=multiple
3 #
4 # hsp_threshold = 3000
5 # gapped_threshold = 3000
6 # x_drop = 910
7 # y_drop = 9400
8 # gap_open_penalty = 400
9 # gap_extend_penalty = 30
10 # A C G T
11 # A 91 -114 -31 -123
12 # C -114 100 -125 -31
13 # G -31 -125 100 -114
14 # T -123 -31 -114 91
15 a score=8421
16 s CP020543.1 76314 796 + 4617024 ATGTTGCTTATGGCATTGATAAAAACTTTCTTTTTGGTTGTGGTGTTTCAATCACGTCAGTTTTGTTACATAACAACGACGTGAGTTTTGTTTTCCACGTTTTTATTGATGATATCCCTGAAGCCGATATCCAGCGTTTAGCCCAATTGGCGAAAAGCTATCGTACCTGTATCCAGATCCATCTGGTAAATTGTGAACGGCTTAAGGCATTACCGACGACCAAAAATTGGTCTATTGCCATGTATTTCCGTTTTGTAATTGCAGATTACTTTATTGA-------TCAACAAGATAAGATCCTTTACCTGGATGCTGATATCGCCTGTCAGGGAAACTTAAAGCCGCTGATAACAATGGATCTTGCCAATAACGTTGCTGCTGTTGTTACTGAACGCGATGCTAACTGGTGGTCGTTACGGGGTCAAAGTCTGCAGTGTAATGAACTTGAAAAGGGTTACTTTAATTCAGGTGTCCTGTTAATTAAT-----ACACTAGCGTGGGCGCAG----GAGTCCGTTTCTGCTAAAGCGATGTCGATGCTTGCTGATAAAACCATCGTTTCCCATTTAACCTATATGGATCAAGATATTCTTAATCTTATCCTGTTAGGGAAAGTTAAATTCATTGATGCTAAATACAATACGCAG---TTTAGTTTAAATTATGAATTAAAAAAATCATTTGTTTGTC------------------------CAATTAATGATGAAACCGTATTAATTCATTATGTCGGCCCGACAAAACCCTGGCATTACTGGGCCAGTTATCCAAGTGCGCAACCATTTATCAAAGCCAAAGAAGCATCGCCCTGGAAAAA
17 s CP020543.2 77326 805 + 4617024 ATGTTTCCTACGGTATCGATAAGAATTTTTTGTATGGTGCTGGCGTTTCAATTTCTTCCGTTTTGATTAATAATTCAGATATTAATTTTGTCTTTCATGTTTTCACTGATTATGTGGATGATGATTATTTAAAGTCATTTAATGAAACAGCAAAACAATTTAATACCTCAATTATTGTATATTTAATTGACCCCAAATACTTTGCTGATCTGCCGACGTCACAGTTTTGGTCGTACGCGACATACTTCAGGGTATTGTCTTTTGAATATCTGAGTGAAAGTATTTCCACA-------CTGCTGTATCTGGATGCCGATGTTGTTTGTAAAGGAAGCCTGAAACCTCTCACAGAAATTATATTTAAAGATGAGTTTGCTGCGGTCATTCCTGA---CAATGATAGTACTCAGGCGGCATGTGCAAAACGCCTCAACATTCCCGAAATGAATGGACGTTATTTCAATGCAGGCGTTATCTATGTCAATCTTAAAAAATGGCATGAA-GCAAATTTGACACCGTATTTACTCAAACTTTTACGA--------GGGGAAACTAAATATGGCTCTCTTAAATATTTAGATCAGGATGCGTTGAATATCGC------------ATTTAA---TATGAATAATATCTACCTTGCGAAGGGTTTTGATACTATTTATACCCTGAAAAACGAACTTTATGATCGTAGTCATCGAAAGTATCAGCAAACCATTACCGATAAAACAGTGTTGATTCACTATACAGGGATAACTAAACCATGGCATAGCTGGGCTGGATATCCGTCTGCATCATACTTTAATATCGCGCGTGAACAATCTCCCTGGAAGAA
18 s CP020543.3 77326 805 + 4617024 ATGTTTCCTACGGTATCGATAAGAATTTTTTGTATGGTGCTGGCGTTTCAATTTCTTCCGTTTTGATTAATAATTCAGATATTAATTTTGTCTTTCATGTTTTCACTGATTATGTGGATGATGATTATTTAAAGTCATTTAATGAAACAGCAAAACAATTTAATACCTCAATTATTGTATATTTAATTGACCCCAAATACTTTGCTGATCTGCCGACGTCACAGTTTTGGTCGTACGCGACATACTTCAGGGTATTGTCTTTTGAATATCTGAGTGAAAGTATTTCCACA-------CTGCTGTATCTGGATGCCGATGTTGTTTGTAAAGGAAGCCTGAAACCTCTCACAGAAATTATATTTAAAGATGAGTTTGCTGCGGTCATTCCTGA---CAATGATAGTACTCAGGCGGCATGTGCAAAACGCCTCAACATTCCCGAAATGAATGGACGTTATTTCAATGCAGGCGTTATCTATGTCAATCTTAAAAAATGGCATGAA-GCAAATTTGACACCGTATTTACTCAAACTTTTACGA--------GGGGAAACTAAATATGGCTCTCTTAAATATTTAGATCAGGATGCGTTGAATATCGC------------ATTTAA---TATGAATAATATCTACCTTGCGAAGGGTTTTGATACTATTTATACCCTGAAAAACGAACTTTATGATCGTAGTCATCGAAAGTATCAGCAAACCATTACCGATAAAACAGTGTTGATTCACTATACAGGGATAACTAAACCATGGCATAGCTGGGCTGGATATCCGTCTGCATCATACTTTAATATCGCGCGTGAACAATCTCCCTGGAAGAA