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comparison test-data/art.solid.01.map @ 0:03a48ad6b460 draft

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date Fri, 10 Apr 2015 22:46:25 -0400
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1 ##ART_SOLiD read_length 25
2 @CM art_SOLiD -s -r 42 test-data/input.fa test-data/art.solid.01 25 10
3 @SQ chr1 1626
4 ##Header End
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7 chr1 1_1_3_F3 705 + 0
8 chr1 1_1_4_F3 765 + 1 22 32
9 chr1 1_1_5_F3 566 - 1 0 10
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14 chr1 1_1_10_F3 86 - 0
15 chr1 1_1_11_F3 1335 - 2 19 30 22 23
16 chr1 1_1_12_F3 15 + 2 2 01 10 13
17 chr1 1_1_13_F3 108 - 1 9 02
18 chr1 1_1_14_F3 914 - 3 10 01 13 32 17 01
19 chr1 1_1_15_F3 775 + 1 22 20
20 chr1 1_1_16_F3 681 + 1 4 20
21 chr1 1_1_17_F3 1231 - 1 11 03
22 chr1 1_1_18_F3 1271 - 2 14 13 17 01
23 chr1 1_1_19_F3 685 - 2 0 13 20 23
24 chr1 1_1_20_F3 94 - 1 24 30
25 chr1 1_1_21_F3 1171 - 3 4 02 16 02 17 23
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27 chr1 1_1_23_F3 229 - 1 24 02
28 chr1 1_1_24_F3 1053 - 1 4 20
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43 chr1 1_1_39_F3 916 - 0
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63 chr1 1_1_59_F3 422 - 2 9 03 10 03
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260 chr1 1_1_256_F3 1093 - 0
261 chr1 1_1_257_F3 1325 - 1 14 03
262 chr1 1_1_258_F3 1192 - 1 14 01
263 chr1 1_1_259_F3 1221 + 1 2 23
264 chr1 1_1_260_F3 624 + 1 9 32
265 chr1 1_1_261_F3 155 - 0
266 chr1 1_1_262_F3 503 + 2 14 13 22 03
267 chr1 1_1_263_F3 752 + 0
268 chr1 1_1_264_F3 404 - 4 9 32 17 13 19 23 24 03
269 chr1 1_1_265_F3 323 + 0
270 chr1 1_1_266_F3 437 - 3 3 03 4 03 15 03
271 chr1 1_1_267_F3 679 - 1 19 30
272 chr1 1_1_268_F3 261 + 1 19 13
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276 chr1 1_1_272_F3 1027 - 0
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290 chr1 1_1_286_F3 1133 + 0
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324 chr1 1_1_320_F3 330 - 1 0 10
325 chr1 1_1_321_F3 192 + 1 17 12
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327 chr1 1_1_323_F3 843 - 1 24 12
328 chr1 1_1_324_F3 154 + 3 15 10 22 01 24 32
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330 chr1 1_1_326_F3 217 - 0
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341 chr1 1_1_337_F3 1377 + 0
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343 chr1 1_1_339_F3 121 + 0
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345 chr1 1_1_341_F3 631 - 2 17 03 23 32
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370 chr1 1_1_366_F3 1581 - 2 4 32 22 23
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377 chr1 1_1_373_F3 1412 + 2 21 02 24 32
378 chr1 1_1_374_F3 217 - 0
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380 chr1 1_1_376_F3 783 - 0
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389 chr1 1_1_385_F3 1361 - 1 24 01
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392 chr1 1_1_388_F3 1210 - 0
393 chr1 1_1_389_F3 369 - 0
394 chr1 1_1_390_F3 97 - 1 19 13
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399 chr1 1_1_395_F3 969 - 0
400 chr1 1_1_396_F3 149 - 1 19 03
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402 chr1 1_1_398_F3 1008 - 1 7 02
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406 chr1 1_1_402_F3 763 + 0
407 chr1 1_1_403_F3 161 - 2 18 32 22 31
408 chr1 1_1_404_F3 1441 - 2 3 03 9 03
409 chr1 1_1_405_F3 1078 + 0
410 chr1 1_1_406_F3 938 - 0
411 chr1 1_1_407_F3 448 + 2 7 32 22 03
412 chr1 1_1_408_F3 505 - 2 14 03 19 12
413 chr1 1_1_409_F3 636 - 1 14 32
414 chr1 1_1_410_F3 1360 - 1 19 30
415 chr1 1_1_411_F3 99 + 1 5 32
416 chr1 1_1_412_F3 909 - 3 19 32 23 03 24 01
417 chr1 1_1_413_F3 0 + 1 14 03
418 chr1 1_1_414_F3 17 + 1 22 23
419 chr1 1_1_415_F3 623 + 2 15 02 24 23
420 chr1 1_1_416_F3 127 + 1 22 23
421 chr1 1_1_417_F3 178 - 1 14 23
422 chr1 1_1_418_F3 1357 - 1 10 03
423 chr1 1_1_419_F3 326 + 3 10 12 22 02 24 32
424 chr1 1_1_420_F3 1573 + 0
425 chr1 1_1_421_F3 43 + 0
426 chr1 1_1_422_F3 1269 + 1 19 02
427 chr1 1_1_423_F3 1017 + 1 22 13
428 chr1 1_1_424_F3 542 - 1 16 32
429 chr1 1_1_425_F3 247 - 2 2 03 6 03
430 chr1 1_1_426_F3 1443 + 2 0 13 22 13
431 chr1 1_1_427_F3 226 + 0
432 chr1 1_1_428_F3 48 - 1 19 03
433 chr1 1_1_429_F3 467 - 1 24 30
434 chr1 1_1_430_F3 1583 + 0
435 chr1 1_1_431_F3 296 + 1 22 03
436 chr1 1_1_432_F3 677 + 0
437 chr1 1_1_433_F3 859 - 0
438 chr1 1_1_434_F3 35 + 0
439 chr1 1_1_435_F3 1207 + 0
440 chr1 1_1_436_F3 154 - 2 17 32 19 03
441 chr1 1_1_437_F3 334 + 2 4 01 8 32
442 chr1 1_1_438_F3 939 + 1 17 12
443 chr1 1_1_439_F3 227 + 1 4 10
444 chr1 1_1_440_F3 1226 + 1 3 30
445 chr1 1_1_441_F3 1290 + 3 5 03 19 13 24 32
446 chr1 1_1_442_F3 1212 - 2 9 13 24 03
447 chr1 1_1_443_F3 1549 - 1 3 03
448 chr1 1_1_444_F3 531 - 0
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450 chr1 1_1_446_F3 1167 - 1 2 02
451 chr1 1_1_447_F3 1537 + 2 2 02 14 03
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453 chr1 1_1_449_F3 632 + 0
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464 chr1 1_1_460_F3 1362 + 1 20 13
465 chr1 1_1_461_F3 862 + 2 23 03 24 13
466 chr1 1_1_462_F3 1589 + 1 24 13
467 chr1 1_1_463_F3 1536 + 0
468 chr1 1_1_464_F3 939 + 2 19 13 23 12
469 chr1 1_1_465_F3 189 - 0
470 chr1 1_1_466_F3 1185 - 1 14 03
471 chr1 1_1_467_F3 1416 - 2 12 13 24 20
472 chr1 1_1_468_F3 1229 + 3 4 01 18 02 22 32
473 chr1 1_1_469_F3 220 - 1 10 10
474 chr1 1_1_470_F3 1568 + 1 4 13
475 chr1 1_1_471_F3 733 + 2 1 02 24 03
476 chr1 1_1_472_F3 741 - 1 24 32
477 chr1 1_1_473_F3 985 - 1 5 03
478 chr1 1_1_474_F3 190 + 0
479 chr1 1_1_475_F3 584 + 1 21 32
480 chr1 1_1_476_F3 690 + 1 4 03
481 chr1 1_1_477_F3 788 + 1 10 02
482 chr1 1_1_478_F3 481 + 1 4 03
483 chr1 1_1_479_F3 927 + 0
484 chr1 1_1_480_F3 199 + 0
485 chr1 1_1_481_F3 654 + 1 22 13
486 chr1 1_1_482_F3 292 + 2 17 03 24 03
487 chr1 1_1_483_F3 589 + 0
488 chr1 1_1_484_F3 507 - 0
489 chr1 1_1_485_F3 1153 - 1 14 03
490 chr1 1_1_486_F3 7 - 0
491 chr1 1_1_487_F3 1015 + 1 4 03
492 chr1 1_1_488_F3 238 + 1 22 32
493 chr1 1_1_489_F3 451 - 2 9 03 22 02
494 chr1 1_1_490_F3 883 + 3 19 13 22 02 24 32
495 chr1 1_1_491_F3 338 + 0
496 chr1 1_1_492_F3 1260 - 0
497 chr1 1_1_493_F3 27 - 1 7 03
498 chr1 1_1_494_F3 988 + 2 19 13 20 31
499 chr1 1_1_495_F3 1296 - 1 19 01
500 chr1 1_1_496_F3 1022 - 1 22 32
501 chr1 1_1_497_F3 1328 + 1 22 03
502 chr1 1_1_498_F3 1393 - 1 22 12
503 chr1 1_1_499_F3 355 + 0
504 chr1 1_1_500_F3 563 - 1 9 30
505 chr1 1_1_501_F3 1115 + 1 20 30
506 chr1 1_1_502_F3 657 - 2 14 31 16 01
507 chr1 1_1_503_F3 1442 - 1 13 13
508 chr1 1_1_504_F3 314 + 1 10 10
509 chr1 1_1_505_F3 576 + 1 24 13
510 chr1 1_1_506_F3 176 - 0
511 chr1 1_1_507_F3 544 + 2 22 31 23 03
512 chr1 1_1_508_F3 1453 + 0
513 chr1 1_1_509_F3 530 + 1 4 23
514 chr1 1_1_510_F3 1206 + 1 19 01
515 chr1 1_1_511_F3 1042 - 2 10 03 17 01
516 chr1 1_1_512_F3 978 + 0
517 chr1 1_1_513_F3 1114 + 2 4 03 22 02
518 chr1 1_1_514_F3 535 + 2 1 32 19 13
519 chr1 1_1_515_F3 1008 + 2 9 10 24 32
520 chr1 1_1_516_F3 637 - 0
521 chr1 1_1_517_F3 278 - 1 0 01
522 chr1 1_1_518_F3 403 - 0
523 chr1 1_1_519_F3 818 - 0
524 chr1 1_1_520_F3 1049 - 1 7 03
525 chr1 1_1_521_F3 1567 + 2 13 03 24 23
526 chr1 1_1_522_F3 901 + 0
527 chr1 1_1_523_F3 378 - 0
528 chr1 1_1_524_F3 117 - 1 16 13
529 chr1 1_1_525_F3 292 + 1 22 23
530 chr1 1_1_526_F3 1263 + 1 12 03
531 chr1 1_1_527_F3 634 + 2 2 03 24 03
532 chr1 1_1_528_F3 85 - 0
533 chr1 1_1_529_F3 787 - 0
534 chr1 1_1_530_F3 1373 + 3 17 01 19 13 24 23
535 chr1 1_1_531_F3 1194 - 0
536 chr1 1_1_532_F3 33 - 1 22 01
537 chr1 1_1_533_F3 333 + 0
538 chr1 1_1_534_F3 1472 + 2 4 23 18 03
539 chr1 1_1_535_F3 790 - 0
540 chr1 1_1_536_F3 1010 + 1 11 13
541 chr1 1_1_537_F3 1414 + 1 14 13
542 chr1 1_1_538_F3 1305 - 1 10 03
543 chr1 1_1_539_F3 137 + 0
544 chr1 1_1_540_F3 975 - 1 10 03
545 chr1 1_1_541_F3 1420 - 1 10 12
546 chr1 1_1_542_F3 292 + 1 24 03
547 chr1 1_1_543_F3 1044 - 1 24 03
548 chr1 1_1_544_F3 921 + 1 24 03
549 chr1 1_1_545_F3 1248 - 3 7 32 15 31 21 10
550 chr1 1_1_546_F3 542 - 1 24 02
551 chr1 1_1_547_F3 348 + 1 22 02
552 chr1 1_1_548_F3 986 - 0
553 chr1 1_1_549_F3 292 + 0
554 chr1 1_1_550_F3 593 - 2 9 01 24 31
555 chr1 1_1_551_F3 276 + 3 4 13 9 32 19 32
556 chr1 1_1_552_F3 1523 + 1 1 30
557 chr1 1_1_553_F3 1249 + 1 3 32
558 chr1 1_1_554_F3 1392 + 0
559 chr1 1_1_555_F3 1221 - 1 17 23
560 chr1 1_1_556_F3 1531 + 1 19 10
561 chr1 1_1_557_F3 1060 + 0
562 chr1 1_1_558_F3 261 + 2 14 03 17 01
563 chr1 1_1_559_F3 1124 + 1 9 03
564 chr1 1_1_560_F3 723 + 2 0 10 13 13
565 chr1 1_1_561_F3 1349 + 0
566 chr1 1_1_562_F3 270 + 2 19 03 24 23
567 chr1 1_1_563_F3 1598 + 2 4 03 16 03
568 chr1 1_1_564_F3 727 + 0
569 chr1 1_1_565_F3 1303 - 1 5 03
570 chr1 1_1_566_F3 999 - 3 4 32 17 32 22 32
571 chr1 1_1_567_F3 461 + 3 2 03 15 32 24 01
572 chr1 1_1_568_F3 651 - 3 4 01 9 30 17 13
573 chr1 1_1_569_F3 750 + 0
574 chr1 1_1_570_F3 1358 - 1 4 03
575 chr1 1_1_571_F3 1437 + 1 19 13
576 chr1 1_1_572_F3 970 + 0
577 chr1 1_1_573_F3 744 - 3 17 03 18 23 22 03
578 chr1 1_1_574_F3 61 - 1 9 03
579 chr1 1_1_575_F3 1503 + 0
580 chr1 1_1_576_F3 93 - 1 17 02
581 chr1 1_1_577_F3 563 + 1 24 31
582 chr1 1_1_578_F3 1117 - 0
583 chr1 1_1_579_F3 235 - 2 14 01 22 01
584 chr1 1_1_580_F3 1539 - 1 22 13
585 chr1 1_1_581_F3 447 + 1 22 20
586 chr1 1_1_582_F3 297 + 0
587 chr1 1_1_583_F3 1140 - 2 4 23 13 13
588 chr1 1_1_584_F3 241 - 0
589 chr1 1_1_585_F3 507 + 2 10 12 18 03
590 chr1 1_1_586_F3 46 + 1 3 03
591 chr1 1_1_587_F3 1203 + 0
592 chr1 1_1_588_F3 71 - 0
593 chr1 1_1_589_F3 217 + 0
594 chr1 1_1_590_F3 887 + 1 23 32
595 chr1 1_1_591_F3 220 + 2 16 32 22 03
596 chr1 1_1_592_F3 853 - 0
597 chr1 1_1_593_F3 38 - 1 19 02
598 chr1 1_1_594_F3 542 - 0
599 chr1 1_1_595_F3 62 - 1 22 21
600 chr1 1_1_596_F3 1256 - 1 21 02
601 chr1 1_1_597_F3 181 + 1 19 23
602 chr1 1_1_598_F3 1242 - 0
603 chr1 1_1_599_F3 190 - 0
604 chr1 1_1_600_F3 689 + 2 7 02 23 31
605 chr1 1_1_601_F3 1215 + 2 22 02 24 12
606 chr1 1_1_602_F3 617 + 1 14 03
607 chr1 1_1_603_F3 532 + 0
608 chr1 1_1_604_F3 854 + 2 1 03 7 30
609 chr1 1_1_605_F3 322 - 1 22 21
610 chr1 1_1_606_F3 1502 - 1 4 03
611 chr1 1_1_607_F3 981 - 1 14 01
612 chr1 1_1_608_F3 1069 + 1 12 03
613 chr1 1_1_609_F3 210 - 0
614 chr1 1_1_610_F3 804 - 1 22 03
615 chr1 1_1_611_F3 17 - 1 7 02
616 chr1 1_1_612_F3 174 - 1 14 23
617 chr1 1_1_613_F3 1113 - 0
618 chr1 1_1_614_F3 1323 + 0
619 chr1 1_1_615_F3 60 + 2 21 32 22 21
620 chr1 1_1_616_F3 1140 - 2 17 23 24 03
621 chr1 1_1_617_F3 386 + 0
622 chr1 1_1_618_F3 1489 - 3 8 03 21 01 22 01
623 chr1 1_1_619_F3 263 - 0
624 chr1 1_1_620_F3 1442 - 0
625 chr1 1_1_621_F3 1369 - 1 19 32
626 chr1 1_1_622_F3 917 - 2 17 23 24 23
627 chr1 1_1_623_F3 1535 + 1 24 03
628 chr1 1_1_624_F3 267 + 1 7 32
629 chr1 1_1_625_F3 1050 + 0
630 chr1 1_1_626_F3 1302 + 1 16 03
631 chr1 1_1_627_F3 1589 - 1 22 30
632 chr1 1_1_628_F3 529 - 0
633 chr1 1_1_629_F3 723 + 3 4 23 6 32 11 03
634 chr1 1_1_630_F3 719 + 0
635 chr1 1_1_631_F3 598 + 2 12 32 13 02
636 chr1 1_1_632_F3 100 + 1 22 31
637 chr1 1_1_633_F3 1320 - 0
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640 chr1 1_1_636_F3 145 - 1 22 12
641 chr1 1_1_637_F3 56 + 3 3 32 4 03 19 12
642 chr1 1_1_638_F3 655 - 2 14 03 21 23
643 chr1 1_1_639_F3 237 - 2 19 30 24 30
644 chr1 1_1_640_F3 1333 - 1 14 13
645 chr1 1_1_641_F3 528 + 0
646 chr1 1_1_642_F3 549 - 2 15 01 24 01
647 chr1 1_1_643_F3 157 + 0
648 chr1 1_1_644_F3 1059 + 1 4 23
649 chr1 1_1_645_F3 681 + 0
650 chr1 1_1_646_F3 648 - 1 24 01
651 chr1 1_1_647_F3 776 + 1 22 01
652 chr1 1_1_648_F3 533 + 0
653 chr1 1_1_649_F3 1311 - 1 6 01
654 chr1 1_1_650_F3 1300 - 1 18 03