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comparison rooting_order.config @ 55:150087c2f41d draft

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author greg
date Fri, 10 Feb 2017 14:00:08 -0500
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54:77c1b345bc95 55:150087c2f41d
1 ###########################################################################
2 ## Configuration File for Rooting RAxML Phylogenetic Trees ##
3 ## Requirements: ##
4 ## A list of string fragments matching sequences identifiers of species ##
5 ## in the classification (including scaffold taxa) to be used for ##
6 ## determining the most basal taxa in the orthogroups for rooting trees. ##
7 ## Should be listed in decreasing order from older to younger lineages. ##
8 ## If the file is not provided using the "--rooting_order" option, trees ##
9 ## will be rooted using the oldest lineage scaffold tax0n present in ##
10 ## each orthogroup. ##
11 ###########################################################################
12 ## Author: Eric Wafula ##
13 ## Email: ekw10@psu.edu ##
14 ## Institution: Penn State University, Bio Dept, Claude dePamphilis Lab ##
15 ## Date: 01-31-2015 ##
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18 [DEFAULT TAXA]
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21 ## Out Groups ##
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23 #
24 Physcomitrella patens=Phypa
25 Selaginella moellendorffii=Selmo
26 #
27 ###########################################################################
28 ## Basal Angiosperm ##
29 ###########################################################################
30 #
31 Amborella trichopoda=Ambtr
32 #
33 ###########################################################################
34 ## Monocots ##
35 ###########################################################################
36 #
37 Phoenix dactylifera=Phoda
38 Musa acuminata=Musac
39 Sorghum bicolor=Sorbi
40 Brachypodium distachyon=Bradi
41 Oryza sativa=Orysa
42 #
43 ###########################################################################
44 ## Basal Eudicots ##
45 ###########################################################################
46 #
47 Aquilegia coerulea=Aquco
48 Nelumbo nucifera=Nelnu
49 #
50 ###########################################################################
51 ## Asterids ##
52 ###########################################################################
53 #
54 Mimulus guttatus=Mimgu
55 Solanum tuberosum=Soltu
56 Solanum lycopersicum=Solly
57 #
58 ###########################################################################
59 ## Rosids ##
60 ###########################################################################
61 #
62 Vitis vinifera=Vitvi
63 Medicago truncatula=Medtr
64 Glycine max=Glyma
65 Fragaria vesca=Frave
66 Populus trichocarpa=Poptr
67 Theobroma cacao=Theca
68 Carica papaya=Carpa
69 Thellungiella parvula=Thepa
70 Arabidopsis thaliana=Arath
71 #
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