Mercurial > repos > drosofff > msp_sr_signature
view test-data/sr_bowtie.output @ 1:9274c7b1e85c
Fixed issue: now the plot properly reflects a subset of analysed overlaps, i.e 5 to 15 nucleotides of overlap.
Also added a working test case. (<tests> and </tests> was missing, and output file must be references with file= and not value=).
| author | chris <drosofff@gmail.com> |
|---|---|
| date | Mon, 16 Feb 2015 12:08:18 +0100 |
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FBti0019476 3131 CACATCACTCAGAATCCATAAGAA 27361 + FBti0019493 1906 TGGATGACTGGAAACGCTTC 27365 + FBti0020400 3389 TTCAGAAGGAGCTTTCGCGAGATGGACT 27370 - FBti0019517 563 GACTTTATCCTATTATCTGTAATCTTG 27409 + FBti0019493 2932 TAATCATGCTGCTGAAAGGTGCCT 27415 - FBti0019502 856 ATTTCGGCCCGAAAATCGTCTTCTAG 27490 + FBti0019493 2804 GGATGACTTGCTGCTTCTCGTCGAG 27568 - FBti0020400 883 CCCAAACACGGTCTTTTGAGCGAC 27581 - FBti0019476 1408 TCTTCCTTATAATAAATTTCAACAA 27614 + FBti0019504 93 TGCGGCAGAGGCACGAACAGC 27652 + FBti0020410 3540 TGGATACAGAACAAGCGCAGCAAA 27651 + FBti0020400 4769 TATAATAGGCGTTGCAATCATGGGT 27684 - FBti0019473 767 TCATCCAACACCCATATGCA 27686 + FBti0019500 686 TCAGATGAGAGAAAAATTGGAAT 27709 + FBti0019493 1823 TGACGATGCCGCTGTAGAGCTTGT 27707 + FBti0019493 1219 TTCGATGCACCTCTGGAACCTTACC 27744 - FBti0019499 1566 CCGTTATCTTTCGTATTTCTTTTCGAC 27741 - FBti0020400 4055 CCACCCAAGCTCCTGCAGCCAAA 27771 - FBti0019483 90 AATCTAATATTTTGCCCCACTATAA 27780 - FBti0019519 1558 CCGCTCGAATTAGCTACCGTTTACA 27795 + FBti0019493 4360 CGTGGTTGTAATCCCTTCAGTGTGGA 27885 - 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FBti0020401 500 GACCTCTCAAGAGTCCCTAA 31976 + FBti0019493 1670 CAGTATAGTACATAGTGTATGTGA 32056 - FBti0019500 2 AAGACCCTAGAATAACAAGATG 32088 + FBti0019493 1051 CCTGAAGGAATGGGGGTTTTCAC 32124 + FBti0019503 199 AAGTATTGGTGTATGCGGACTAGAA 32147 - FBti0020400 4262 ACTTTCTGCATCGATCTCGAGAAA 32166 - FBti0019493 3068 TTCGCTTCGCCAGCGGATGACCGGAG 32181 - FBti0020400 3511 ATAACTGGCTATCGGCTAGATCTTGG 32186 + FBti0020404 1038 TGTAAATGGTAGCTAATTCGAGCGGC 32211 - FBti0019515 1093 TTTGCAGCGATGCCCACAGTACTGTA 32230 + FBti0019519 2113 CTCGCTCTCTAACAAAAATTCGAGA 32260 + FBti0019493 296 CGTGAGCTCCGTCGAGGTGGTGTT 32265 + FBti0019493 3484 TCCAGAGTTGGCAGAACAGATGGG 32318 + FBti0020400 1241 TCGATAAGTGCTGCGGTCTCGAAGGTC 32330 + FBti0020395 771 AAGGGCAGAGAACCCTCTAATTGGG 32367 - FBti0019485 773 GCGCGCAATTTCATCATATTCCT 32388 + FBti0019493 3479 TTTAATCCAGAGTTGGCAGAAC 32517 + FBti0020400 2078 TCGATGCGTAGATTTTTGGACG 32622 + FBti0019502 42 TTTCGCCGTGGCTCTAGAGGT 32636 + FBti0020400 6602 TCTGTATCGCATGGAGGCAACCGACA 32633 - FBti0019499 1031 TCTTATCTTAAACAACCATGCTTTTA 32650 + FBti0019519 1664 TAATGTTACATCATATTAAGTCAAATGA 32672 + FBti0019503 283 TTTGTGAAGAAGAGATCAGTCAGT 32690 + FBti0020400 5185 GAAAATGGTCTCTTGCCCCAAGAGA 32678 + FBti0019519 1664 TAATGTTACATCATATTAAGTCAAATGA 32770 - 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FBti0019492 239 GCTGGAGTCCCCCAAGGCAGC 41916 - FBti0019517 459 TCCAAGTAGATTTACTAGAAACTATA 41957 + FBti0019493 1713 TTGACTCGATCGCCCAGCAGGAGAA 41998 + FBti0020400 7167 TCGAAGAAATACGAAATGGAAGGGA 42029 - FBti0020410 647 TCTCCAACGGATCACGCCAAAGAATACA 42044 - FBti0019507 876 GCACACATGTACGCGTTCTCGTCTC 42090 - FBti0019473 3269 GCCTTCGATCGAGTAGGTGTGCACTCC 42097 + FBti0019499 960 GGATGTCTTTCCTATTATGGATTCGG 42118 - FBti0019476 311 CTCTTCATCCCACAAACCTCACCTAA 42225 + FBti0019494 263 TTTTTGATCAATTGGCACCATGCG 42216 + FBti0019493 1600 TGAGTAGAACAGCCAAACTTCCGGA 42256 + FBti0019517 93 TGATCTTGGTGTTCTTCTGGACCC 42260 + FBti0019473 744 TGCAAAAAATGACTCCGCTTCGGT 42291 + FBti0019503 283 TTTGTGAAGAAGAGATCAGTCAGTCA 42313 + FBti0020400 7101 GTGGTGAAAAAATAGACCT 42314 + FBti0020404 263 TTTTTGATCAATTGGCACCATGCGAA 42368 + FBti0020400 4276 TCTCGAGAAAATCAGTATTTAAAAGA 42389 + FBti0020400 8790 GTGAAGAGCGGGAGAGCGTAAAAGGG 42382 - FBti0019519 1185 AGCAAAGACCCTAGAATAACAAGATG 42416 - FBti0019493 3575 TCCAAGTTTTGGATTCTCGATGAGG 42453 + FBti0019493 3484 TCCAGAGTTGGCAGAACAGATGGGAC 42651 + FBti0020400 8703 TATTGATCGTGGTTAGTTTTACACT 42659 + FBti0019519 1324 TGCTTGCTTGGGTGAGTAAAAACAAGA 42749 + FBti0019517 465 TAGATTCACTAGAAACTATATACCCCT 42807 + FBti0019519 1378 TGTGCTAGAAGACGATTTTCGGTCCG 42818 + FBti0019504 1257 AACTAAGTGAGCCAAGTGGACT 42815 + FBti0019493 2445 TTTGGATTTCGCCAAGGACGATGTG 42844 + FBti0019518 364 TTATATAAGAATATTTGTCATTAGAGA 42873 - 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FBti0019493 4179 GAGACCCAGAGATCAGTAGAGA 79261 + FBti0020398 333 CGGATGATTAGTGATAGTGAACTACA 79302 + FBti0019493 622 ACTTGATGTAGGACGTGTCTACA 79339 + FBti0020400 2078 TCGATGCGGAGATTTTTGGACGGGGC 79409 - FBti0019493 2647 TCCGAAGAGCAGTGATCCGAAGCAGT 79416 - FBti0019493 1318 TCCCTCATGTGGCTTAGCAAACTCT 79417 + FBti0020400 5698 TGGAACGAAATTGGCCTGATTAGCGGA 79448 - FBti0019493 1300 CTCGACGCGAATGCAGTGTCCCCCA 79517 + FBti0020400 4602 TTGTTACGGAAAAGTATTCGCTGGA 79511 - FBti0019499 969 TCCTATTATGGATTCGGAG 79522 + FBti0019493 1385 TGCTGTCAGAGTGGATGCTGGA 79564 + FBti0019493 528 AAAAGTCGGTGCACCTGGTGACCAA 79560 - FBti0019493 3802 TCCTGGATGATCAAGAGAAGACTCAA 79577 + FBti0019500 1014 GCGGAAAGAGAGCAATTTTGGCCG 79637 + FBti0019493 289 TGAGGTACGTGAGCTCCGTCGAGGTG 79627 - FBti0019517 79 ATAACACGAGTTGATGATCTTGGT 79664 - FBti0020400 6302 TGCAGTAACTTCAAGGCCGCCCCAGA 79678 + FBti0019493 1846 TAGTGGTCGAGCTGAGGCGTGCCTC 79676 - FBti0020403 880 ATTTCGGCCCGAAAATCGCCTTCTA 79800 - FBti0019515 1250 AGCTCGAGATCGTATCACACCAACA 79804 - FBti0019504 1137 TCCTGGGTTAAAAGATCGTTCGAACA 79821 - FBti0019493 453 CCATCGGCCCAGAAGAGTTCATGC 79832 - FBti0019499 1112 TCCATGCCATAAGGGTAGGATACCAA 79840 - FBti0019504 964 GCCTTCAAGAAACGTAACAACGA 79841 + FBti0020400 5294 TCATAGAATTTTGGATCCGCCAGT 79889 - FBti0019486 673 ATACCAGGACATGATCAGAAACATA 79882 + FBti0019493 2932 TAATCATGCTGCTGAAAGGT 79912 + FBti0020395 934 TTGACTGGCCTTCTTACGGG 79939 + FBti0019499 1602 CATAGATCAAGCTAAGCGATAAGA 79945 + FBti0020400 7167 TCGAAGAAATGCGAAATGGAAGGGA 79969 + FBti0019503 13 TTAAATGAAACGAAATTTCGTGTT 79996 - FBti0020400 5417 AACGCGGGCCTAGTCGGAGATCGGA 80047 + FBti0019503 239 TGTTGGTATTGCATGTAAAGTCAAGA 80067 + FBti0019493 3775 TTGGCGAAAACTGGATCTTCGAGA 80074 - FBti0019504 1426 CAAAGTTATCAAAGCCGTTCAAAA 80080 - FBti0019484 110 GCGAGAGATCGAAGAGCGCTACAGCGA 80108 + FBti0020400 4276 TCTCGAGAAAATCAGTATTTAAAAGA 80134 - FBti0019493 4027 TACCACGGGTTGAGCAGCTATCCAAGA 80145 - FBti0019493 1551 TCCTGGAACTTCTCCAATGCACGTT 80163 + FBti0020400 3154 ACTTGAACTTGGCACTAGACGCT 80166 - 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FBti0019515 1124 TCCTAAGAATAAAAACGACAGTTCAA 81221 + FBti0019493 1823 TGACGATGCCGCTGTAGAGCT 81336 - FBti0019499 610 AGAATCCTAGTGCCAGTCCGGTA 81339 + FBti0019492 5 TTTCGCGAAAGCCACGGAACCATTGAA 81397 + FBti0020400 4788 ATGGGTAGGAAGAACTTGTCGCAT 81424 + FBti0020404 595 TTTCTACTTCGTATTATTTTTATGA 81492 + FBti0019519 1378 TGTGCTAGAAGACGATTTTCGGGC 81573 - FBti0019504 2839 GCACGAACAACCTCTGCAGCTG 81641 - FBti0019493 452 GCCATCGGCCCAGAAGAGTTCATGCA 81656 - FBti0020405 570 TCCATTTTTATTATTTAAAATGCAA 81663 - FBti0019493 3939 TCGTAAGAGACGACTAATACAGCGATA 81731 - FBti0019516 228 CACCTTAGAAGTTCTTTGACTT 81829 + FBti0019509 398 TGGATGACTGGAAACGCTTCGTGG 81845 - FBti0019492 240 CTGGAGTCCCCCAAGGCAGCG 81847 + FBti0019485 766 TTAAAAAGCGCGTAATTTCA 81857 - FBti0019502 890 GCACACATATACGCGTTCTCGTCTCT 81987 + FBti0019502 728 AAAGCTTTAAAATTATAATAGTCAGG 81999 + FBti0019493 1823 TGACGATGCCGCTGTAGAGCTTGT 82043 + FBti0019503 283 TTTGTGAAGAAGAGATCAGTCAGTCA 82091 - FBti0019516 475 ACTTCGTGCCTCAATATATGACCAA 82108 + FBti0020400 5460 TCTTGGACTGAGCAGCTACTGTT 82117 - 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FBti0020410 79 TGGACAGCATAAGTGGCAACTACA 82696 - FBti0019499 671 AGTTAGTAGTTCTACAATTCGTCGCA 82727 + FBti0019516 736 TGTAAACGGTAGCTAATTCGAGC 82759 - FBti0019517 566 TTTATCCTATTATCTGTAATCTTG 82806 - FBti0019486 603 TCAAATTTGAAGGCCAGT 82866 + FBti0020400 6160 TTTCTTATGTAGAGACTGCTCCCA 82864 + FBti0019483 593 TGTAAGCTTATTCGTGGTGATGTTGAG 82883 - FBti0019473 2738 AACTTTTCAGAGGAGTTCCGGAACA 82878 + FBti0020398 113 TAATGAGGACTGCTCGCAAACGCT 82892 - FBti0020402 6032 TCCTCAACGTAAACATCCAAGAACATC 82909 + FBti0020400 668 TTCTAATGCGTTGGGTTCTCCCAAGC 82935 + FBti0020400 2661 TCGTTAAGTCAGATGTAGGCTCTAA 82929 - FBti0019493 3759 CTTGGAGTGCAGCGCCTTGGCGAAAA 82958 + FBti0020400 7167 TCGAAGAAATACGAAATGGAAGGGA 82971 + FBti0019509 398 TGGATGACTGGAAACGCTTCGTGG 83009 - FBti0020402 3217 TCCGGACAGAAGAAATACAGAATAG 83057 + FBti0019493 1365 TAACGACAGACGGGGTGAGCTGC 83087 + FBti0020400 7167 TCGAAGAAATACGAAATGGAAGGGA 83086 + FBti0019493 3696 GAGGACTGGATGCACATTTTGTGCG 83103 - FBti0020395 751 GCGGACAACCTAGCCAGGAAAGAG 83186 - FBti0019493 3463 CTCGCCTAGAGGAGTGTTTAATCCAG 83196 + FBti0019493 1599 GTGAGTAGAATAGCCGAACTTCC 83199 - 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