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changeset 0:abcd73320f34 draft

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planemo upload for repository https://github.com/dfornika/galaxytools/tree/master/tools/kma/ commit 53a42565eaad1ef0da3e47329dcc93d8841f780e-dirty
author dfornika
date Thu, 03 Oct 2019 01:10:37 -0400
parents
children 0cea5eb0fa0e
files kma_index.loc.sample kma_map.xml macros.xml test-data/VP0001.fasta test-data/test_database.loc tool_data_table_conf.xml.sample tool_data_table_conf.xml.test
diffstat 7 files changed, 213 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/kma_index.loc.sample	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Expect three columns, tab separated, as follows:
+# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB)
+# - name (Galaxy shows this in the UI)
+# - path (folder name containing the KMA index)
+#
+# e.g.
+# senterica_cgmlst<tab>Salmonella cgMLST<tab>/path/to/kma_index/senterica
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/kma_map.xml	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,60 @@
+<tool id="kma_map" name="Map with KMA" version="@TOOL_VERSION@+galaxy0">
+    <description></description>
+    <macros>
+        <import>macros.xml</import>
+    </macros>
+    <requirements>
+        <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">kma</requirement>
+    </requirements>
+    <version_command>kma -v</version_command>
+    <command detect_errors="exit_code">
+        <![CDATA[
+        kma
+            -t \${GALAXY_SLOTS:-1}
+	    -t_db '${kma_index.fields.path}'
+            #if $single_paired.single_paired_selector == 'yes'
+                -ipe '${single_paired.forward_input}' '${single_paired.reverse_input}'
+            #elif $single_paired.single_paired_selector == "collection":
+                -ipe '${single_paired.input_pair.forward}' '${single_paired.input_pair.reverse}'
+            #else:
+                -i '${single_paired.input_sequences}'
+            #end if
+            -o output
+	]]>
+    </command>
+    <inputs>
+        <conditional name="single_paired">
+            <param name="single_paired_selector" type="select" label="Single or paired reads" help="--paired">
+                <option value="collection">Collection</option>
+                <option value="yes">Paired</option>
+                <option selected="True" value="no">Single</option>
+            </param>
+            <when value="collection">
+                <param format="fastq" name="input_pair" type="data_collection" collection_type="paired" label="Collection of paired reads" help="FASTQ datasets" />
+            </when>
+            <when value="yes">
+                <param format="fastq" name="forward_input" type="data" label="Forward strand" help="FASTQ dataset"/>
+                <param format="fastq" name="reverse_input" type="data" label="Reverse strand" help="FASTQ dataset"/>
+            </when>
+            <when value="no">
+                <param format="fastq" label="Input sequences" name="input_sequences" type="data" help="FASTQ datasets"/>
+            </when>
+        </conditional>
+	<param name="kma_index" type="select">
+	    <options from_data_table="kma_index">
+	        <validator type="no_options" message="No KMA index available" />
+            </options>
+        </param>
+    </inputs>
+    <outputs>
+      <data name="res" label="result overview" format="tabular" from_work_dir="output.res" />
+      <data name="aln" label="consensus alignment" format="aln" from_work_dir="output.aln" />
+    </outputs>
+    <tests>
+    </tests>
+    <help>
+      <![CDATA[
+      ]]>
+    </help>
+    <expand macro="citations" />
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,29 @@
+<macros>
+    <token name="@TOOL_VERSION@">1.2.12</token>
+    <token name="@INTYPES@">
+        fastq,fastq.gz,fastqsanger,fastqsanger.gz
+    </token>
+    <xml name="kma_index">
+        <param label="Select a KMA index" name="kma_index" type="select">
+            <options from_data_table="kma_index">
+                <validator message="No KMA index available" type="no_options" />
+            </options>
+        </param>
+    </xml>
+    <xml name="citations">
+        <citations>
+            <citation type="bibtex">
+	    @article{clausen2018rapid,
+                title={Rapid and precise alignment of raw reads against redundant databases with KMA},
+                author={Clausen, Philip TLC and Aarestrup, Frank M and Lund, Ole},
+                journal={BMC bioinformatics},
+                volume={19},
+                number={1},
+                pages={307},
+                year={2018},
+                publisher={BioMed Central}
+            }
+            </citation>
+        </citations>
+    </xml>
+</macros>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/VP0001.fasta	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
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+>VP0001_1
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+>VP0001_2
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+>VP0001_8
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+>VP0001_30
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+>VP0001_31
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+>VP0001_33
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+>VP0001_34
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+>VP0001_35
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+>VP0001_36
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+>VP0001_37
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+>VP0001_38
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+>VP0001_39
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+>VP0001_40
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+>VP0001_41
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+>VP0001_45
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+>VP0001_46
+ATGATCCACATTATTACAGGTAGCACTCTTGGTGGTGCGGAATACGTCGGTGATCACCTGAGCGATCTGCTCGTTGAACAAGGATTTAAAACCACGATCCACAACCAACCGTCATTAGACGAGATCGATAACCAAGGGACTTGGCTTGTGATCACCTCCACCCACGGTGCGGGGGAATATCCAGACAATATTCAACCTTTCATCGCAGCATTGCAAAATACACCACCTAAGATGGCAGACGTGAAGTTTGCAGTCATTGCGATTGGTGATTCGAGCTACGATACGTTCTGCGCTGCCGGTAAGCACGCTTACAACTTGTTAGAAGATATTGGCGCAACGCCGATTGCAGATTGCTTGTTGATTGATGTTCTGGCTCATGACGTCCCAGAAGATGCTGCAGAAGCATGGTTAAAAGAGAATATCGAGCGCTTTTAA
+>VP0001_47
+ATGATCCACATTATTACAGGTAGCACTCTTGGTGGTGCGGAATACGTCGGTGATCACCTGAGCAATCTGCTCGTTGAACAAGGATTTGAAACCACGATCCACAACCAACCGTCATTAGACGAGATCGATAACCAAGGGACTTGGCTTGTGATCACCTCCACCCACGGTGCGGGGGAATATCCAGACAATATTCAACCTTTCATCGCAGCATTGCAAAATACGCCACCTAAGATGGCCGACGTGAAGTTTGCAGTCATTGCGATTGGTGATTCGAGCTACGATACGTTCTGCGCTGCCGGTAAGCACGCTTACAACTTGTTAGAAGATATTGGCGCAACGCCGATTACAGATTGCTTGTTGATTGATGTACTGGCTCATGACGTCCCAGAAGATGCTGCAGAAGCATGGTTAAAAGAGAATATCGAGCGCTTTTAA
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/test_database.loc	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Tab separated with three columns:
+# - value (Galaxy records this in the Galaxy DB)
+# - name (Galaxy shows this in the UI)
+# - path (folder name containing the KMA index)
+#
+#
+test_index	"Test Index"	${__HERE__}/VP0001
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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+<?xml version="1.0"?>
+<tables>
+    <!-- Locations of KMA index in the required format -->
+    <table name="kma_index" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path</columns>
+        <file path="tool-data/kma_index.loc" />
+    </table>
+</tables>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/tool_data_table_conf.xml.test	Thu Oct 03 01:10:37 2019 -0400
@@ -0,0 +1,8 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<tables>
+    <!-- Locations of KMA index in the required format -->
+    <table name="kma_index" comment_char="#">
+        <columns>value, name, path</columns>
+        <file path="${__HERE__}/test-data/test_database.loc" />
+    </table>
+</tables>