# HG changeset patch
# User devteam
# Date 1396357948 14400
# Node ID 68d598b4433eb535b4ed86690885b8f7f0831a2f

Imported from capsule None

diff -r 000000000000 -r 68d598b4433e microsats_alignment_level.py
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/microsats_alignment_level.py	Tue Apr 01 09:12:28 2014 -0400
@@ -0,0 +1,317 @@
+ #!/usr/bin/env python
+#Guruprasad Ananda
+"""
+Uses SPUTNIK to fetch microsatellites and extracts orthologous repeats from the sputnik output.
+"""
+import os
+import re
+import string
+import sys
+import tempfile
+
+def reverse_complement(text):
+    DNA_COMP = string.maketrans( "ACGTacgt", "TGCAtgca" )
+    comp = [ch for ch in text.translate(DNA_COMP)]
+    comp.reverse()
+    return "".join(comp)
+
+
+def main():
+    if len(sys.argv) != 8:
+        print >> sys.stderr, "Insufficient number of arguments."
+        sys.exit()
+    
+    infile = open(sys.argv[1],'r')
+    separation = int(sys.argv[2])
+    outfile = sys.argv[3]
+    mono_threshold = int(sys.argv[5])
+    non_mono_threshold = int(sys.argv[6])
+    allow_different_units = int(sys.argv[7])
+    
+    print "Min distance = %d bp; Min threshold for mono repeats = %d; Min threshold for non-mono repeats = %d; Allow different motifs = %s" % ( separation, mono_threshold, non_mono_threshold, allow_different_units==1 )
+    try:
+        fout = open(outfile, "w")
+        print >> fout, "#Block\tSeq1_Name\tSeq1_Start\tSeq1_End\tSeq1_Type\tSeq1_Length\tSeq1_RepeatNumber\tSeq1_Unit\tSeq2_Name\tSeq2_Start\tSeq2_End\tSeq2_Type\tSeq2_Length\tSeq2_RepeatNumber\tSeq2_Unit"
+        #sputnik_cmd = os.path.join(os.path.split(sys.argv[0])[0], "sputnik")
+        sputnik_cmd = "sputnik"
+        input = infile.read()
+        block_num = 0
+        input = input.replace('\r','\n')
+        for block in input.split('\n\n'):
+            block_num += 1
+            tmpin = tempfile.NamedTemporaryFile()
+            tmpout = tempfile.NamedTemporaryFile()
+            tmpin.write(block.strip())
+            cmdline = sputnik_cmd + " " + tmpin.name + "  > /dev/null 2>&1 >> " + tmpout.name
+            try:
+                os.system(cmdline)
+            except Exception:
+                continue
+            sputnik_out = tmpout.read()
+            tmpin.close()
+            tmpout.close()
+            if sputnik_out != "":
+                if len(block.split('>')[1:]) != 2:        #len(sputnik_out.split('>')):
+                    continue
+                align_block = block.strip().split('>')
+                
+                lendict = {'mononucleotide':1, 'dinucleotide':2, 'trinucleotide':3, 'tetranucleotide':4, 'pentanucleotide':5, 'hexanucleotide':6}
+                blockdict = {}
+                r = 0
+                namelist = []
+                for k, sput_block in enumerate(sputnik_out.split('>')[1:]):
+                    whole_seq = ''.join(align_block[k+1].split('\n')[1:]).replace('\n','').strip()
+                    p = re.compile('\n(\S*nucleotide)')
+                    repeats = p.split(sput_block.strip())
+                    repeats_count = len(repeats)
+                    j = 1
+                    name = repeats[0].strip()
+                    try:
+                        coords = re.search('\d+[-_:]\d+', name).group()
+                        coords = coords.replace('_', '-').replace(':', '-')
+                    except Exception:
+                        coords = '0-0'
+                    r += 1
+                    blockdict[r] = {}
+                    try:
+                        sp_name = name[:name.index('.')]
+                        chr_name = name[name.index('.'):name.index('(')]
+                        namelist.append(sp_name + chr_name)
+                    except:
+                        namelist.append(name[:20])
+                    while j < repeats_count:
+                        try:
+                            if repeats[j].strip() not in lendict:
+                                j += 2
+                                continue
+                            
+                            if blockdict[r].has_key('types'):
+                                blockdict[r]['types'].append(repeats[j].strip())  #type of microsat
+                            else:
+                                blockdict[r]['types'] = [repeats[j].strip()]  #type of microsat
+                            
+                            start = int(repeats[j+1].split('--')[0].split(':')[0].strip())
+                            #check to see if there are gaps before the start of the repeat, and change the start accordingly
+                            sgaps = 0
+                            ch_pos = start - 1
+                            while ch_pos >= 0:
+                                if whole_seq[ch_pos] == '-':
+                                    sgaps += 1
+                                else:
+                                    break    #break at the 1st non-gap character
+                                ch_pos -= 1
+                            if blockdict[r].has_key('starts'):
+                                blockdict[r]['starts'].append(start+sgaps)  #start co-ords adjusted with alignment co-ords to include GAPS
+                            else:
+                                blockdict[r]['starts'] = [start+sgaps]
+                            
+                            end = int(repeats[j+1].split('--')[0].split(':')[1].strip())
+                            #check to see if there are gaps after the end of the repeat, and change the end accordingly
+                            egaps = 0
+                            for ch in whole_seq[end:]:
+                                if ch == '-':
+                                    egaps += 1
+                                else:
+                                    break    #break at the 1st non-gap character
+                            if blockdict[r].has_key('ends'):
+                                blockdict[r]['ends'].append(end+egaps)  #end co-ords adjusted with alignment co-ords to include GAPS
+                            else:
+                                blockdict[r]['ends'] = [end+egaps]
+                                
+                            repeat_seq = ''.join(repeats[j+1].replace('\r','\n').split('\n')[1:]).strip()       #Repeat Sequence
+                            repeat_len = repeats[j+1].split('--')[1].split()[1].strip()
+                            gap_count = repeat_seq.count('-')
+                            #print repeats[j+1].split('--')[1], len(repeat_seq), repeat_len, gap_count
+                            repeat_len = str(int(repeat_len) - gap_count)
+                            
+                            rel_start = blockdict[r]['starts'][-1]
+                            gaps_before_start = whole_seq[:rel_start].count('-')
+                            
+                            if blockdict[r].has_key('gaps_before_start'):
+                                blockdict[r]['gaps_before_start'].append(gaps_before_start)  #lengths
+                            else:
+                                blockdict[r]['gaps_before_start'] = [gaps_before_start]  #lengths
+                            
+                            whole_seq_start = int(coords.split('-')[0])
+                            if blockdict[r].has_key('whole_seq_start'):
+                                blockdict[r]['whole_seq_start'].append(whole_seq_start)  #lengths
+                            else:
+                                blockdict[r]['whole_seq_start'] = [whole_seq_start]  #lengths
+                                
+                            if blockdict[r].has_key('lengths'):
+                                blockdict[r]['lengths'].append(repeat_len)  #lengths
+                            else:
+                                blockdict[r]['lengths'] = [repeat_len]  #lengths
+                            
+                            if blockdict[r].has_key('counts'):
+                                blockdict[r]['counts'].append(str(int(repeat_len)/lendict[repeats[j].strip()]))  #Repeat Unit
+                            else:
+                                blockdict[r]['counts'] = [str(int(repeat_len)/lendict[repeats[j].strip()])]         #Repeat Unit
+                            
+                            if blockdict[r].has_key('units'):
+                                blockdict[r]['units'].append(repeat_seq[:lendict[repeats[j].strip()]])  #Repeat Unit
+                            else:
+                                blockdict[r]['units'] = [repeat_seq[:lendict[repeats[j].strip()]]]         #Repeat Unit
+                            
+                        except Exception:
+                            pass
+                        j += 2
+                    #check the co-ords of all repeats corresponding to a sequence and remove adjacent repeats separated by less than the user-specified 'separation'.
+                    delete_index_list = []
+                    for ind, item in enumerate(blockdict[r]['ends']):
+                        try:
+                            if blockdict[r]['starts'][ind+1]-item < separation:
+                                if ind not in delete_index_list:
+                                    delete_index_list.append(ind)
+                                if ind+1 not in delete_index_list:
+                                    delete_index_list.append(ind+1)
+                        except Exception:
+                            pass
+                    for index in delete_index_list:    #mark them for deletion
+                        try:
+                            blockdict[r]['starts'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['ends'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['types'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['gaps_before_start'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['whole_seq_start'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['lengths'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['counts'][index] = 'marked'
+                            blockdict[r]['units'][index] = 'marked'
+                        except Exception:
+                            pass
+                    #remove 'marked' elements from all the lists
+                    """
+                    for key in blockdict[r].keys():
+                        for elem in blockdict[r][key]:
+                            if elem == 'marked':
+                                blockdict[r][key].remove(elem)
+                    """
+                    #print blockdict
+                
+                #make sure that the blockdict has keys for both the species
+                if (1 not in blockdict) or (2 not in blockdict):
+                    continue
+                
+                visited_2 = [0 for x in range(len(blockdict[2]['starts']))]
+                for ind1, coord_s1 in enumerate(blockdict[1]['starts']):
+                    if coord_s1 == 'marked':
+                        continue
+                    coord_e1 = blockdict[1]['ends'][ind1]
+                    out = []
+                    for ind2, coord_s2 in enumerate(blockdict[2]['starts']):
+                        if coord_s2 == 'marked':
+                            visited_2[ind2] = 1
+                            continue
+                        coord_e2 = blockdict[2]['ends'][ind2]
+                        #skip if the 2 repeats are not of the same type or don't have the same repeating unit.
+                        if allow_different_units == 0:
+                            if (blockdict[1]['types'][ind1] != blockdict[2]['types'][ind2]):
+                                continue
+                            else:
+                                if (blockdict[1]['units'][ind1] not in blockdict[2]['units'][ind2]*2) and (reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2):
+                                    continue
+                        #print >> sys.stderr, (reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2)
+                        #skip if the repeat number thresholds are not met
+                        if blockdict[1]['types'][ind1] == 'mononucleotide':
+                            if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < mono_threshold):
+                                continue
+                        else:
+                            if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < non_mono_threshold):
+                                continue
+                        
+                        if blockdict[2]['types'][ind2] == 'mononucleotide':
+                            if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < mono_threshold):
+                                continue
+                        else:
+                            if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < non_mono_threshold):
+                                continue
+                        #print "s1,e1=%s,%s; s2,e2=%s,%s" % ( coord_s1, coord_e1, coord_s2, coord_e2 )
+                        if (coord_s1 in range(coord_s2, coord_e2)) or (coord_e1 in range(coord_s2, coord_e2)):
+                            out.append(str(block_num))
+                            out.append(namelist[0])
+                            rel_start = blockdict[1]['whole_seq_start'][ind1] + coord_s1 - blockdict[1]['gaps_before_start'][ind1]
+                            rel_end = rel_start + int(blockdict[1]['lengths'][ind1])
+                            out.append(str(rel_start))
+                            out.append(str(rel_end))
+                            out.append(blockdict[1]['types'][ind1])
+                            out.append(blockdict[1]['lengths'][ind1])
+                            out.append(blockdict[1]['counts'][ind1])
+                            out.append(blockdict[1]['units'][ind1])
+                            out.append(namelist[1])
+                            rel_start = blockdict[2]['whole_seq_start'][ind2] + coord_s2 - blockdict[2]['gaps_before_start'][ind2]
+                            rel_end = rel_start + int(blockdict[2]['lengths'][ind2])
+                            out.append(str(rel_start))
+                            out.append(str(rel_end))
+                            out.append(blockdict[2]['types'][ind2])
+                            out.append(blockdict[2]['lengths'][ind2])
+                            out.append(blockdict[2]['counts'][ind2])
+                            out.append(blockdict[2]['units'][ind2])
+                            print >> fout, '\t'.join(out)
+                            visited_2[ind2] = 1
+                            out = []
+                
+                if 0 in visited_2:    #there are still some elements in 2nd set which haven't found orthologs yet.
+                    for ind2, coord_s2 in enumerate(blockdict[2]['starts']):
+                        if coord_s2 == 'marked':
+                            continue
+                        if visited_2[ind] != 0:
+                            continue
+                        coord_e2 = blockdict[2]['ends'][ind2]
+                        out = []
+                        for ind1, coord_s1 in enumerate(blockdict[1]['starts']):
+                            if coord_s1 == 'marked':
+                                continue
+                            coord_e1 = blockdict[1]['ends'][ind1]
+                            #skip if the 2 repeats are not of the same type or don't have the same repeating unit.
+                            if allow_different_units == 0:
+                                if (blockdict[1]['types'][ind1] != blockdict[2]['types'][ind2]):
+                                    continue
+                                else:
+                                    if (blockdict[1]['units'][ind1] not in blockdict[2]['units'][ind2]*2):# and reverse_complement(blockdict[1]['units'][ind1]) not in blockdict[2]['units'][ind2]*2:
+                                        continue
+                            #skip if the repeat number thresholds are not met
+                            if blockdict[1]['types'][ind1] == 'mononucleotide':
+                                if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < mono_threshold):
+                                    continue
+                            else:
+                                if (int(blockdict[1]['counts'][ind1]) < non_mono_threshold):
+                                    continue
+                            
+                            if blockdict[2]['types'][ind2] == 'mononucleotide':
+                                if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < mono_threshold):
+                                    continue
+                            else:
+                                if (int(blockdict[2]['counts'][ind2]) < non_mono_threshold):
+                                    continue
+                            
+                            if (coord_s2 in range(coord_s1, coord_e1)) or (coord_e2 in range(coord_s1, coord_e1)):
+                                out.append(str(block_num))
+                                out.append(namelist[0])
+                                rel_start = blockdict[1]['whole_seq_start'][ind1] + coord_s1 - blockdict[1]['gaps_before_start'][ind1]
+                                rel_end = rel_start + int(blockdict[1]['lengths'][ind1])
+                                out.append(str(rel_start))
+                                out.append(str(rel_end))
+                                out.append(blockdict[1]['types'][ind1])
+                                out.append(blockdict[1]['lengths'][ind1])
+                                out.append(blockdict[1]['counts'][ind1])
+                                out.append(blockdict[1]['units'][ind1])
+                                out.append(namelist[1])
+                                rel_start = blockdict[2]['whole_seq_start'][ind2] + coord_s2 - blockdict[2]['gaps_before_start'][ind2]
+                                rel_end = rel_start + int(blockdict[2]['lengths'][ind2])
+                                out.append(str(rel_start))
+                                out.append(str(rel_end))
+                                out.append(blockdict[2]['types'][ind2])
+                                out.append(blockdict[2]['lengths'][ind2])
+                                out.append(blockdict[2]['counts'][ind2])
+                                out.append(blockdict[2]['units'][ind2])
+                                print >> fout, '\t'.join(out)
+                                visited_2[ind2] = 1
+                                out = []
+                            
+                    #print >> fout, blockdict
+    except Exception, exc:
+        print >> sys.stderr, "type(exc),args,exc: %s, %s, %s" % ( type(exc), exc.args, exc )
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    main()
diff -r 000000000000 -r 68d598b4433e microsats_alignment_level.xml
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/microsats_alignment_level.xml	Tue Apr 01 09:12:28 2014 -0400
@@ -0,0 +1,64 @@
+<tool id="microsats_align1" name="Extract Orthologous Microsatellites" version="0.0.1">
+  <description> from pair-wise alignments</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="1.0">sputnik</requirement>
+  </requirements>
+  <command interpreter="python">
+  	microsats_alignment_level.py $input1 $separation $out_file1 "2way" $mono_threshold $non_mono_threshold $allow_different_units
+  </command>
+  <inputs>
+    <page>
+    	<param format="fasta" name="input1" type="data" label="Select data"/>
+    	<param name="separation" size="10" type="integer" value="10" label="Minimum base pair distance between adjacent microsatellites"
+    	help="A value of 10 means: Adjacent microsatellites separated by less than 10 base pairs will be excluded from the output."/>
+    	<param name="mono_threshold" size="10" type="integer" value="9" label="Minimum Threshold for the number of repeats for mononucleotide microsatellites"
+    	help="A value of 9 means: All mononucleotide microsatellites having fewer than 9 repeats will be excluded from the output."/>
+    	<param name="non_mono_threshold" size="10" type="integer" value="4" label="Minimum Threshold for the number of repeats for non-mononucleotide microsatellites"
+    	help="A value of 4 means: All non-mononucleotide microsatellites having fewer than 4 repeats will be excluded from the output."/>
+    	<param name="allow_different_units" size="5" type="select" label="Allow orthologous positions to have different microsatellite repeat units/motifs?">
+    		<option value="0" selected="true">No</option>
+          	<option value="1">Yes</option>
+         </param>
+    </page>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data format="tabular" name="out_file1" metadata_source="input1"/>
+  </outputs>
+  <requirements>
+     <requirement type="package">sputnik</requirement>
+  </requirements>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="input1" value="2way.maf"/>
+      <param name="separation" value="10"/>
+      <param name="mono_threshold" value="9"/>
+      <param name="non_mono_threshold" value="4"/>
+      <param name="allow_different_units" value="0"/>
+      <output name="out_file1" file="ortho_ms.tab"/>
+    </test>
+  </tests>
+
+ <help> 
+
+.. class:: infomark
+
+**What it does**
+
+This tool uses a modified version of SPUTNIK to fetch microsatellite repeats from the input fasta sequences and extracts orthologous repeats from the sputnik output. The modified version allows detection of mononucleotide microsatellites. More information on SPUTNIK can be found on this website_. The modified version is available here_.
+
+-----
+
+.. class:: warningmark
+
+**Note**
+
+- Any block/s not containing exactly 2 species will be omitted. 
+
+- This tool will filter out microsatellites based on the user input values for minimum distance and repeat number thresholds. Further, this tool will also filter out microsatellites that have no orthologous microsatellites in one of the species.
+
+.. _website: http://espressosoftware.com/pages/sputnik.jsp   
+.. _here: http://www.bx.psu.edu/svn/universe/dependencies/sputnik/
+</help>  
+
+
+</tool>
diff -r 000000000000 -r 68d598b4433e test-data/2way.maf
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/2way.maf	Tue Apr 01 09:12:28 2014 -0400
@@ -0,0 +1,401 @@
+##maf version=1
+a score=51988
+s hg18.chr1       464 785 + 247249719 ccctcgcggtaccctcagccggcccgcccgcccgggtctgacctgaggagaactgtgctccgccttcagagtaccaccgaaatctgtgcagaggacaacgcagctccgccctcgcggtgctctccgggtctgtgctgaggagaacgcaactccgccggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagacacatgctagcgcgtcggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcgccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctaccgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagaggcgcaccgcgccggcgcaggcgcagagacacatgctagcgcgtccaggggtggaggcgtggcgcaggcgcagagacgcaagcctacgggcgggggttgggggggcgtgtgttgcaggagcaaagtcgcacggcgccgggctggggcggggggagggtggcgccgtgcacgcgcagaaactcacgtcacggtggcgcggcgcagagacgggtagaacctcagtaatccgaaaagccgggatcgaccgccccttgcttgcagccgggcactacaggacccgcttgctcacggtgctgtgccagggcgccccctgctggcgactagggcaactgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgccccctgctggcgccggggcactgcagggccctcttgcttactgtatagtggtggcacgccgcctgctggcagctagggacattgcagggtcctcttgctc 
+s panTro2.chr15 13361 700 - 100063422 ccctcgcagtaccctcagcccgcccgcccgcccgggtctgacctgaggagaactctgctccgccttcgcagtaccaccgaaatctgtgcagaggagaactcagctccaccctcgcggtgctctccgggtctgtgctgaggagaacgcaactccgccgtcgtaaacgc----------gccgcgccggcgcacgcgcaga----------------------gaggcg------------------gcgcgccgcgccggcgcacgcgcagagacacatgctagcgcgtctcgggg---------------------gagaggcgcaccgcgccggcgcag------agacacatactagcgcgtcctgggg-ggaggtgcggcgctgtcgccgagac-cacgcctatgggcgggggttgcgggg-cgcgtggtgcaggagcaaagtcgcacggagcctgtctgggg-----gcaggtgggctccgtgcaggcgcagaaacgcacgtcgcggcggcgcggcgcagagacgggtggaacctcagtaatcagaaaagccgggctggaccgccccctgcttgcagccgggcactacaggacccgcttgctcacggtgctctgccagtgcgccccctgctggcaactagggcaactgcagggctctcttgcttagagtggtggccagcgggggctgctggctccggggcactgcagggccctcttgcttactgtatagtggtggcacgccgcctgctggcagctagggacattgcagggtcctcttgctc 
+
+a score=5767
+s hg18.chr1              1249 62 + 247249719 aaggtgtagtggcagcacgcccacctgctggcagctggggacactgccgggccctcttgctC 
+s panTro2.chr9_random 4665776 62 +   7733331 aaagtgtagtggcagcacgcccgcctgctggcagctggggacactgccgggccctcttgctc 
+
+a score=108196
+s hg18.chr1      1311 1227 + 247249719 CAACAGTACTGGCGG-ATTATAGGGAAACACCCGGAGcatatgctgtttggtctcagtagactcctaaatatgggattcctgggtttaaaagtaaaaaataaatatgtttaatttgtgaactgattaccatcagaattgtactgttctgtatcccaccagcaatgtctaggaatgcctgtttctccacaaagtgtttacttttggatttttgccagtctaacaggtgaAGccctggagattcttattagtgatttgggctggggcctggccatgtgtatttttttaaatttccactgatgattttgctgcatggccggtgttgagaatgactgCGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTAGTTTAAACGAGATTGCCAGCACCGGGTATCATTCACCATTTTTCTTTTCGTTAACTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTTTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGAGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTCATCTGCAGGTGTCTGACTTCCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGCAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCATCTTCTGGCCCCTGTTGTCTGCATGTAACTTAATACCACAACCAGGCATAGGGGAAAGATTGGAGGAAAGAT------------GAGTGAGAGCATCAACTTCTCTCACAACCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTGTGCTCATCTCCTTGGCTGTGATACGTGGCCGGCCCTCGCTCCAGCAGCTGGACCCCTACCTGCCGTCTGCTGCCATCGGAGCCCAAAGCCGGGCTGTGACTGCTCAGACCAGCCGGCTGGAGGGAGGGGCTCAGCAGGTCTGGCTTTGGCCCTGGGAGAGCAGGTGGAAGATCAGGCAGGCCATCGCTGCCACAGAACCCAGTGGATTGGCCTAGGTGGGATCTCTGAGCTCAACAAGCCCTCTCTGGGTGGTAGGTGCAGAGACGGGAGGGGCAGAGCCGCAGGCACAGCCAAGAGGGCTGAAGAAATGGTAGAACGGAGCAGCTGGTGATGTGTGGGCCCACCGGCCCCAGGCTCCTGTCTCCCCCCAGGTGTGTGGTGATGCCAGGCATGCCCTTCCCCAGCATCAGGTCTCCAGAGCTGCAGAAGACGAC 
+s panTro2.chr15 14061 1233 - 100063422 caacagtagtggcggGATTATGGGGAAACACCCGGAGCATATGCTGTTTGGTCTCAgtaggctcctaaatatgggattcctggatttaaaagtataaaataaatatgtttaatttgttaactgattaccatcagaattgtactgttctgtaccccaccagcaatgtctaggaatgcctgtttctccacaaagtgtttacttttggatttttgccagtctaacaggtgaAGccctggagattcttattagtgatttgggctggggcctggccatgtgtatttttttaaatttccactgatgattttgctgcatggccggtgttgagaatgactgTGCAAATTTGCCGGATTTCCTTTGCTGTTCCTGCATGTCGTTTAAACGACATTGCCAGCACCGGGTATCGTTCACCATTTTTCTTTTT-----CTTGCCGTCAGCCTTTTCTTTGACCTCTTCTCTCTGTTCATGTGTATTTGCTGTCTCTTAGCCCAGACTTCCCGTGTCCTTTCCACCGGGCCTTTGGGAGGTCACAGGGTCTTGATGCTGTGGTCTTGGTCTGCAGGTGTCTGACTTTCAGCAACTGCTGGCCTGTGCCAGGGTGGAAGCTGAGCACTGGAGTGGAGTTTTCCTGTGGAGAGGAGCCATGCCTAGAGTGGGATGGGCCATTGTTCATATTCTGGCCCCTGTTGTCTGCATGTAACCTAATACCACAACCAGGCATGGGGGAAAGACTGGAGGAAAGATTGGAGAAAAGATGAGTGAGAGGATCAACTTCTCTGACAGCCTAGGCCAGTAAGTAGTGCTTCTGCTCATCTCCTTGGCTGTGATACGTGGCCGGCCCTCGCTCCAGCAGCTGGACCCCTACCTGCCGTCTGCTGCCATCGGAGCCCAAATCCGGGCTGTGACTGCTCAGACCAGCCGGCTGGAGGGAGGGGCTCAGCAGCTCTGGCTTTGGCCTTGGGATAGCAGGTGGAAGATCAGGCAGGCCATCGCTGCCGCAGAACCCAGTGAATTGGCCTAGGTGGGATCTCTGAGCTGAACAAGCCCTCTCCGGGTGGTAGGTGCAGAGAGGGGAGGGGCAGAGCCGCAGGCACAGCCAAGAGGGCTGAGGAAATGGTAGAACGGAGCAGCTGGTGATGTCTGGGCCCACCGGCCCCAGGCTCCTGTCTCCCCCCAG--GTGTGGTGATGCCAGGCATGCCCTTCCTCAGCATCAGGTCTCCAGAGCTGCAGAAGACGAC 
+
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+19	hg18.chr1	36427	36435	dinucleotide	8	4	GT	panTro2.chrUn	9701160	9701168	dinucleotide	8	4	GT
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+19	hg18.chr1	37620	37628	dinucleotide	8	4	TA	panTro2.chrUn	9702357	9702365	dinucleotide	8	4	TA
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+19	hg18.chr1	35586	35595	dinucleotide	9	4	AT	panTro2.chrUn	9700318	9700327	dinucleotide	9	4	AT
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+25	hg18.chr1	60215	60224	mononucleotide	9	9	A	panTro2.chrUn	9727396	9727405	mononucleotide	9	9	A
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+26	hg18.chr1	67953	67961	dinucleotide	8	4	AT	panTro2.chrUn	9735669	9735677	dinucleotide	8	4	AT
+26	hg18.chr1	68606	68614	dinucleotide	8	4	AT	panTro2.chrUn	9736324	9736332	dinucleotide	8	4	AT
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+39	hg18.chr1	87721	87729	dinucleotide	8	4	AG	panTro2.chr1_random	7074333	7074341	dinucleotide	8	4	AG
+39	hg18.chr1	88697	88707	dinucleotide	10	5	TG	panTro2.chr1_random	7075309	7075319	dinucleotide	10	5	TG
+40	hg18.chr1	91199	91212	mononucleotide	13	13	A	panTro2.chr1_random	7089889	7089900	mononucleotide	11	11	A
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+42	hg18.chr1	93838	93847	dinucleotide	9	4	CT	panTro2.chr1_random	7090757	7090768	dinucleotide	11	5	CT
+43	hg18.chr1	97391	97399	dinucleotide	8	4	AG	panTro2.chr1	244578	244586	dinucleotide	8	4	AG
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+44	hg18.chr1	98409	98425	mononucleotide	16	16	A	panTro2.chr1_random	7095323	7095342	mononucleotide	19	19	A
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+48	hg18.chr1	110072	110081	dinucleotide	9	4	TG	panTro2.chr1	258778	258787	dinucleotide	9	4	TG
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+55	hg18.chr1	114709	114728	mononucleotide	19	19	A	panTro2.chr1	262958	262973	mononucleotide	15	15	A
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+75	hg18.chr1	153993	154017	pentanucleotide	24	4	AAAAC	panTro2.chr1_random	7216686	7216711	pentanucleotide	25	5	AAAAC
+75	hg18.chr1	154537	154559	mononucleotide	22	22	A	panTro2.chr1_random	7217231	7217251	mononucleotide	20	20	A
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+75	hg18.chr1	156998	157017	tetranucleotide	19	4	TTTA	panTro2.chr1_random	7219691	7219710	tetranucleotide	19	4	TTTA
+76	hg18.chr1	159723	159736	mononucleotide	13	13	T	panTro2.chr1	224074251	224074269	mononucleotide	18	18	T
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+76	hg18.chr1	159723	159736	mononucleotide	13	13	T	panTro2.chr1	224074251	224074269	mononucleotide	18	18	T
+76	hg18.chr1	160798	160818	pentanucleotide	20	4	GTTTT	panTro2.chr1	224075335	224075355	pentanucleotide	20	4	GTTTT
+77	hg18.chr1	163076	163084	dinucleotide	8	4	AT	panTro2.chr1_random	7293459	7293467	dinucleotide	8	4	AT
+77	hg18.chr1	165179	165187	dinucleotide	8	4	GC	panTro2.chr1_random	7295617	7295625	dinucleotide	8	4	GC
+77	hg18.chr1	165310	165322	mononucleotide	12	12	A	panTro2.chr1_random	7295748	7295770	mononucleotide	22	22	A
+77	hg18.chr1	163076	163084	dinucleotide	8	4	AT	panTro2.chr1_random	7293459	7293467	dinucleotide	8	4	AT
+77	hg18.chr1	165179	165187	dinucleotide	8	4	GC	panTro2.chr1_random	7295617	7295625	dinucleotide	8	4	GC
+77	hg18.chr1	165310	165322	mononucleotide	12	12	A	panTro2.chr1_random	7295748	7295770	mononucleotide	22	22	A
+83	hg18.chr1	219668	219689	tetranucleotide	21	5	TAAA	panTro2.chr3	77587413	77587435	tetranucleotide	22	5	TAAA
+83	hg18.chr1	219668	219689	tetranucleotide	21	5	TAAA	panTro2.chr3	77587413	77587435	tetranucleotide	22	5	TAAA
+87	hg18.chr1	222298	222309	mononucleotide	11	11	T	panTro2.chrUn	1781936	1781946	mononucleotide	10	10	T
+87	hg18.chr1	222298	222309	mononucleotide	11	11	T	panTro2.chrUn	1781936	1781946	mononucleotide	10	10	T
+89	hg18.chr1	224906	224915	mononucleotide	9	9	T	panTro2.chrUn	1780175	1780184	mononucleotide	9	9	T
+89	hg18.chr1	224906	224915	mononucleotide	9	9	T	panTro2.chrUn	1780175	1780184	mononucleotide	9	9	T
+93	hg18.chr1	227371	227380	dinucleotide	9	4	GA	panTro2.chr1_random	7325572	7325581	dinucleotide	9	4	GA
+93	hg18.chr1	227392	227408	mononucleotide	16	16	A	panTro2.chr1_random	7325593	7325616	mononucleotide	23	23	A
+93	hg18.chr1	227371	227380	dinucleotide	9	4	GA	panTro2.chr1_random	7325572	7325581	dinucleotide	9	4	GA
+96	hg18.chr1	234056	234064	dinucleotide	8	4	AG	panTro2.chr1_random	8589985	8589993	dinucleotide	8	4	AG
+97	hg18.chr1	235032	235042	dinucleotide	10	5	TG	panTro2.chr1_random	7331012	7331022	dinucleotide	10	5	TG
+97	hg18.chr1	237516	237529	mononucleotide	13	13	A	panTro2.chr1_random	7333512	7333527	mononucleotide	15	15	A
+99	hg18.chr1	240155	240164	dinucleotide	9	4	CT	panTro2.chr1_random	7334380	7334389	dinucleotide	9	4	CT
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