--- a/change_o/define_clones.sh	Mon Aug 22 09:11:17 2016 -0400
+++ b/change_o/define_clones.sh	Mon Aug 29 03:28:49 2016 -0400
@@ -21,7 +21,8 @@
 	output=${10}
 	output2=${11}
 	
-	/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
+	python3 $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
+	#/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
 	#/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
 	
 	Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
@@ -30,10 +31,13 @@
 	output=$4
 	output2=$5
 	
-	/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
+	python3 $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
+	#/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
 	#/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
 	
 	Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
 fi
 
 cp $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output
+
+rm -rf $PWD/outdir/