--- a/naive_output.r	Fri Apr 22 05:07:10 2016 -0400
+++ b/naive_output.r	Thu Apr 28 08:11:55 2016 -0400
@@ -21,6 +21,19 @@
 final.cg = final[grepl("cg", final$Sample),]
 final.cm = final[grepl("cm", final$Sample),]
 
+if(nrow(final.ca) > 0){
+	final.ca$Replicate = 1
+}
+
+if(nrow(final.cg) > 0){
+	final.cg$Replicate = 1
+}
+
+if(nrow(final.cm) > 0){
+	final.cm$Replicate = 1
+}
+
+
 
 
 #print(paste("nrow final:", nrow(final)))