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comparison change_o/define_clones.sh @ 125:e87dcca14bd6 draft

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author davidvanzessen
date Mon, 29 Aug 2016 03:28:49 -0400
parents 613278c1bde0
children
comparison
equal deleted inserted replaced
124:4a93146f87aa 125:e87dcca14bd6
19 link=$8 19 link=$8
20 dist=$9 20 dist=$9
21 output=${10} 21 output=${10}
22 output2=${11} 22 output2=${11}
23 23
24 /data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link 24 python3 $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
25 #/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
25 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link 26 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
26 27
27 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 28 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
28 else 29 else
29 method=$3 30 method=$3
30 output=$4 31 output=$4
31 output2=$5 32 output2=$5
32 33
33 /data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method 34 python3 $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
35 #/data/users/david/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
34 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method 36 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
35 37
36 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1 38 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
37 fi 39 fi
38 40
39 cp $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output 41 cp $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output
42
43 rm -rf $PWD/outdir/