|
0
|
1 #!/bin/bash
|
|
|
2 dir="$(cd "$(dirname "$0")" && pwd)"
|
|
|
3
|
|
|
4 #define_clones.sh $input $noparse $scores $regions $out_file
|
|
|
5
|
|
|
6 type=$1
|
|
|
7 input=$2
|
|
|
8
|
|
6
|
9 mkdir -p $PWD/outdir
|
|
|
10
|
|
|
11 echo "defineclones: $PWD/outdir"
|
|
0
|
12
|
|
|
13 cp $input $PWD/input.tab #file has to have a ".tab" extension
|
|
|
14
|
|
|
15 if [ "bygroup" == "$type" ] ; then
|
|
|
16 mode=$3
|
|
|
17 act=$4
|
|
|
18 model=$5
|
|
|
19 norm=$6
|
|
|
20 sym=$7
|
|
|
21 link=$8
|
|
|
22 dist=$9
|
|
|
23 output=${10}
|
|
1
|
24 output2=${11}
|
|
0
|
25
|
|
6
|
26 python3 $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
|
|
2
|
27 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py bygroup -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --mode $mode --act $act --model $model --dist $dist --norm $norm --sym $sym --link $link
|
|
1
|
28
|
|
|
29 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
|
|
0
|
30 else
|
|
|
31 method=$3
|
|
|
32 output=$4
|
|
1
|
33 output2=$5
|
|
0
|
34
|
|
6
|
35 python3 $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
|
|
2
|
36 #/home/galaxy/anaconda3/bin/python $dir/DefineClones.py hclust -d $PWD/input.tab --nproc 4 --outdir $PWD/outdir --outname output --method $method
|
|
1
|
37
|
|
|
38 Rscript $dir/define_clones.r $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output2 2>&1
|
|
0
|
39 fi
|
|
|
40
|
|
|
41 cp $PWD/outdir/output_clone-pass.tab $output
|
