Include kissing hairpins.
Show best local pseudoknots.
Show predicted global structure.

> PKB171 human coronavirus 229E, coronavirus; ribosomal frameshifting; polymerase
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
Sequence length:  54
Using PKB171 as file identifier

DotKnot is running...
Predicting pseudoknots...
Predicting kissing hairpins...

Detected pseudoknots and kissing hairpins:
1 54 -41.2
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
((((((((((((...[[[[[))))))))))))(((((((..]]]]].)))))))


Best 5 pseudoknots and kissing hairpins in terms of energy to length ratio:
1 54 -41.2
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
((((((((((((...[[[[[))))))))))))(((((((..]]]]].)))))))
1 46 -26.23
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGC
((((((((((((...[[[[[)))))))))))).........]]]]]
11 54 -18.12
GUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
(((..((((.....))))....[[[[[[[))).....]]]]]]]
16 37 -7.79
GCUCGACUAGAGCCCUGUAUGG
((((..[[[))))......]]]
11 48 -13.12
GUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAG
(((..((((.....)))).[[[[......)))..]]]]

Best 5 pseudoknots and kissing hairpins in terms of free energy:
1 54 -41.2
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
((((((((((((...[[[[[))))))))))))(((((((..]]]]].)))))))
1 46 -26.23
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGC
((((((((((((...[[[[[)))))))))))).........]]]]]
11 54 -18.12
GUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
(((..((((.....))))....[[[[[[[))).....]]]]]]]
3 54 -16.6
GGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
(((......[[[.((((.....))))))).(((((((.....]]])))))))
2 54 -16.2
GGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
(((...........[[[[[.......)))..(((((((..]]]]].)))))))

Predicted global structure
CGGGGCUCUAGUGCCGCUCGACUAGAGCCCUGUAUGGACCACGAGCAGUCCAUG
((((((((((((...[[[[[))))))))))))(((((((..]]]]].)))))))
