--- a/BEDTools-Version-2.14.3/Makefile	Thu Nov 03 10:25:04 2011 -0400
+++ /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,89 +0,0 @@
-# ==========================
-# BEDTools Makefile
-# (c) 2009 Aaron Quinlan
-# ==========================
-
-# define our object and binary directories
-export OBJ_DIR	= obj
-export BIN_DIR	= bin
-export SRC_DIR	= src
-export CXX		= g++
-export CXXFLAGS = -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -fPIC
-export LIBS		= -lz
-export BT_ROOT  = src/utils/BamTools/
-
-
-SUBDIRS = $(SRC_DIR)/annotateBed \
-		  $(SRC_DIR)/bamToBed \
-		  $(SRC_DIR)/bedToBam \
-		  $(SRC_DIR)/bedToIgv \
-		  $(SRC_DIR)/bed12ToBed6 \
-		  $(SRC_DIR)/closestBed \
-		  $(SRC_DIR)/complementBed \
-		  $(SRC_DIR)/coverageBed \
-		  $(SRC_DIR)/fastaFromBed \
-		  $(SRC_DIR)/flankBed \
-		  $(SRC_DIR)/genomeCoverageBed \
-		  $(SRC_DIR)/intersectBed \
-		  $(SRC_DIR)/linksBed \
-		  $(SRC_DIR)/maskFastaFromBed \
-		  $(SRC_DIR)/mergeBed \
-		  $(SRC_DIR)/multiBamCov \
-		  $(SRC_DIR)/multiIntersectBed \
-		  $(SRC_DIR)/nucBed \
-		  $(SRC_DIR)/overlap \
-		  $(SRC_DIR)/pairToBed \
-		  $(SRC_DIR)/pairToPair \
-		  $(SRC_DIR)/shuffleBed \
-		  $(SRC_DIR)/slopBed \
-		  $(SRC_DIR)/sortBed \
-		  $(SRC_DIR)/subtractBed \
-		  $(SRC_DIR)/tagBam \
-		  $(SRC_DIR)/unionBedGraphs \
-		  $(SRC_DIR)/windowBed
-
-UTIL_SUBDIRS =	$(SRC_DIR)/utils/lineFileUtilities \
-				$(SRC_DIR)/utils/bedFile \
-				$(SRC_DIR)/utils/bedGraphFile \
-				$(SRC_DIR)/utils/chromsweep \
-				$(SRC_DIR)/utils/gzstream \
-				$(SRC_DIR)/utils/fileType \
-				$(SRC_DIR)/utils/bedFilePE \
-				$(SRC_DIR)/utils/sequenceUtilities \
-				$(SRC_DIR)/utils/tabFile \
-				$(SRC_DIR)/utils/BamTools \
-				$(SRC_DIR)/utils/BamTools-Ancillary \
-				$(SRC_DIR)/utils/Fasta \
-				$(SRC_DIR)/utils/genomeFile
-
-all:
-	[ -d $(OBJ_DIR) ] || mkdir -p $(OBJ_DIR)
-	[ -d $(BIN_DIR) ] || mkdir -p $(BIN_DIR)
-	
-	@echo "Building BEDTools:"
-	@echo "========================================================="
-	
-	@for dir in $(UTIL_SUBDIRS); do \
-		echo "- Building in $$dir"; \
-		$(MAKE) --no-print-directory -C $$dir; \
-		echo ""; \
-	done
-
-	@for dir in $(SUBDIRS); do \
-		echo "- Building in $$dir"; \
-		$(MAKE) --no-print-directory -C $$dir; \
-		echo ""; \
-	done
-
-
-.PHONY: all
-
-clean:
-	@echo "Cleaning up."
-	@rm -f $(OBJ_DIR)/* $(BIN_DIR)/*
-	@rm -Rf $(BT_ROOT)/lib
-	@rm -f $(BT_ROOT)/src/api/*.o
-	@rm -f $(BT_ROOT)/src/api/internal/*.o
-	@rm -Rf $(BT_ROOT)/include
-
-.PHONY: clean